DNA胶回收中常见问题和解答
胶回收DNA注意事项
胶回收DNA注意事项①切胶回收DNA片段是要把整个目的片断所在位置的胶全部回收。
所以为了减少胶的体积，我们就可以用相对比较薄的胶来跑电泳，通常只要够点样即可，或是采用薄而宽的梳子来跑胶。
这样可减少回收试剂引起的一些后续麻烦。
②主要还是DNA的浓度, 如果DNA浓度不够, 想胶小点也不可能。
③紫外灯下切下含待回收DNA的凝胶时，要衬以干净的塑料薄膜，使用无DNA污染的新刀片，其目的在于防止外源DNA的污染。
④利用凝胶回收试剂盒DNA回收效率较低或者未回收到目的片段可能有以下几个原因：胶块未完全溶解，可适当延长水浴时间，并增加上下颠倒次数辅助溶解；胶块体积太大，应先将其切为小块，分多次回收；电泳缓冲液pH太高，硅基质膜在高盐低pH结合DNA，如pH太高，应作适当调整；漂洗液中未加入无水乙醇。
⑤可以改用去离子水洗脱。
但是实验室所用纯水一般pH偏低，可利用NaOH适当调高其pH 值，以增加洗脱得率。
⑥洗脱产物含有残留的乙醇会影响后续酶切实验，请确保彻底去除漂洗缓冲液，具体方法参见回收效率低的解决方案。
⑦不可以使用更小洗脱体积（小于说明书提供的最小洗脱体积）进行洗脱以提高浓度，因为说明书提供的最少洗脱体积是能完全覆盖吸附膜的最小体积，若减少体积则不能将DNA完全洗脱下来。
⑧电泳检测只有一条目的带，可以选用凝胶回收试剂盒。
如果后续实验对片段纯度要求较高，建议即使只有一条带，也可以切胶纯化，其回收得到片段的纯度可能要比直接回收高一些。
⑨琼脂糖凝胶胶块不溶可能是下述原因：琼脂糖质量不好；含目的片段的凝胶再空气中放置过久，使胶块失水、干燥，建议切胶后立即进行回收或将胶块保存在4℃或-20℃；制胶的电泳缓冲液浓度过高或陈旧。
关于胶回收切胶的一点注意事项1. 电泳的buffer和gel都是新制的，切胶的台子清理干净，刀片最好洗净灭菌，总之一句话就是保证切下的带没有外源dna污染。
2. 切胶是要把整个目的片断所在位置的胶全部回收。
凝胶回收
AxyPrep DNA 凝胶回收试剂盒本试剂盒适合从各种琼脂糖凝胶中回收多至8μg DNA（70bp-10Kb），回收率为60-85%。
琼脂糖凝胶在温和的缓冲液(DE-A 溶液)中熔化，其中的保护剂能防止线状DNA 在高温下降解，然后在DE-B 溶液的作用下使DNA 选择性结合到膜上。
纯化的DNA 纯度高，并保持片断完整性和高生物活性，可直接用于连接、体外转录、PCR 扩增、测序、微注射等分子生物学实验。
一、试剂盒组成、贮存、稳定性2ml离心管1.5ml离心管说明书Buffer DE-A：凝胶熔化剂，含DNA 保护剂，防止DNA 在高温下降解。
室温密闭贮存。
Buffer DE-B：结合液（促使大于70bp 的DNA 片段选择性结合到DNA 制备膜上）。
室温密闭贮存。
Buffer W1：洗涤液，室温密闭贮存。
Buffer W2 concentrate：去盐液，使用前，按试剂瓶上指定的体积加入无水乙醇（用100%乙醇或95%乙醇），混合均匀，室温密闭贮存。
Eluent：洗脱液，室温密闭贮存。
二、注意事项1. Buffer DE-A(含有β-巯基乙醇)、Buffer DE-B 和Buffer W1 含刺激性化合物，操作时要戴乳胶手套和眼镜，避免沾染皮肤、眼睛和衣服，谨防吸入口鼻。
若沾染皮肤、眼睛时，要立即用大量清水或生理盐水冲洗，必要时寻求医疗咨询。
2. 在步骤1 中，将凝胶切成细小的碎块可大大缩短凝胶熔化时间（线型DNA 长时间暴露在高温条件下易于水解），从而提高回收率。
勿将含DNA 的凝胶长时间地暴露在紫外灯下，减少紫外线对DNA造成的损伤。
3. 在步骤2 中凝胶必须完全熔化，否则将严重影响DNA 回收率。
4. 将Eluent 或去离子水加热至65°C，有利于提高洗脱效率。
5. DNA 分子呈酸性，建议在2.5 mM Tris-HCl，pH 7.0-8.5 洗脱液中保存。
三、实验准备1. 第一次使用前，Buffer W2 concentrate中加入指定体积的无水乙醇。
琼脂糖凝胶DNA片段回收中的常见问题
原因：洗脱液中含有乙醇
建议：洗脱前，确保柱子中乙醇已无残留乙醇。
琼脂糖凝胶DNA片段回收中的常见问来自 1、未回收到DNA片段或回收效率很低
A、原因：胶块未完全溶解
建议：为加快凝胶的溶解，应将凝胶置于55度水浴中溶解，期间不断上下颠倒，待确定凝胶完全溶解后再进行后续操作。每100 mg凝胶应加入100uL溶胶液，如果胶块过大，应将胶块切成小块，以便于凝胶溶解。
D、原因：洗脱缓冲液不合适
建议：洗脱液的pH值在7.0~8.5时，洗脱效率最高，洗脱液pH超出此范围，将会显著影响收获率，请使用试剂盒配套的Elution Buffer（pH 8.5，10mM Tris-HCl），或者使用使用pH值在此范围的ddH2O。
E、原因：洗脱缓冲液未加到离心柱中间
建议：因为在洗脱时使用较少的洗脱缓冲液，洗脱缓冲液应加在中间位置，并室温放置1~2分钟，然后再离心洗脱。另外，采用65度预热的洗脱Buffer将显著提高回收效率。
F、原因：起始回收量太少
建议：如果起始回收量很好的样品，应富集，最好使用不少于1ug的样品。对于PCR产物，应事先电泳检测产量，在进行回收操作。
2、电泳时，产物漂出点样孔
原因：洗脱时，柱子中残留乙醇
建议：在进行洗脱前，如果柱子上残留乙醇，将会影响洗脱效率，在洗脱前应再次离心，或者空气中放置几分钟，再进行洗脱。
B、原因：加入溶胶液过少
建议：对于PCR产物，或者酶切产物，应加入2倍体积的溶胶液。对于凝胶回收，每100 mg凝胶应加入不少于100uL溶胶液。对小于200bp的片段应加入5倍体积的溶胶液。
C、原因：DNA Wash Buffer 中未加入无水乙醇
DNA胶回收实验技术总结
DNA胶回收实验技术总结一. 提高胶回收量的办法：1）增加电泳时的上样量。
2）电泳缓冲液用新鲜配制的。
3）切胶时尽量只切有条带的胶，减小切胶体积：含目的片断很少的胶就不要要了，不然影响回收率.4）把切的两块或多块胶融化后，无论多大的体积都用一个管子，转移到同一个柱子上。
5）溶胶时所加的溶液可多一点，这样更有利于DNA与膜的结合，不过一般不要多余750ul。
6）胶回收的关键是通过柱子的溶液的盐浓度、酸碱性（电荷)和疏水性使DNA与柱子结合，因此,若电泳缓冲液的PH偏高，可在溶胶液中加入10ul（PH 5.0，3mol/L的NaAC);为了使DNA分子更好的拦截在膜上，可以添加30％异丙醇在加热溶解胶后的液体里。
7) 加洗脱液之前,将柱子在室温放置几分钟（大约需10分钟），以使乙醇充分挥发。
8) 最后少加些洗脱液，尽量减少回收体积,一般用30—50μl洗脱液洗脱（不能太少，否则无法浸湿膜反而不利于洗脱）；洗脱液滴在膜中央，以充分洗脱结合在膜上的DNA.9）可以在加入洗脱液之后，可以在55度水浴5分钟或放在50度水浴10分钟以上再洗脱，或用封口膜密封4度过夜，第二天再离心回收，效果不错。
10) 将离心后的洗脱液加回吸附柱,再次离心。
二. 几种PCR 产物回收的详方法和步骤1) 普通胶回收如果要胶回收,最好还是用试剂盒，方便，回收率也略高，实在要手工回收,可以切胶后加入3倍体积TE，水浴熔化后,酚、酚／氯仿抽提干净，乙醇沉淀即可.另外好像还有冷冻法，没作过,不是很清楚。
2) 从低熔点凝胶回收DNA纯化DNA片段加与凝胶体积相等的TE(10mmol/l Tris-HCl pH8。
0，0。
1mmol/l EDTA），置65℃水浴5分钟保温,使凝胶完全溶解.待放至室温，加等量酚(TE饱和，TE封在上层,取下层酚），轻轻混匀(不用混匀),12000rpm，3分钟离心。
反复1—2次.取上层液，加0.1体积3mol/L 醋酸钠(pH5。
DNA胶回收实验技术总结
DNA胶回收实验技术总结一。
提高胶回收量的办法：1）增加电泳时的上样量。
2）电泳缓冲液用新鲜配制的。
3）切胶时尽量只切有条带的胶，减小切胶体积：含目的片断很少的胶就不要要了，不然影响回收率。
4）把切的两块或多块胶融化后,无论多大的体积都用一个管子，转移到同一个柱子上.5）溶胶时所加的溶液可多一点,这样更有利于DNA与膜的结合，不过一般不要多余750ul。
6）胶回收的关键是通过柱子的溶液的盐浓度、酸碱性（电荷）和疏水性使DNA与柱子结合，因此，若电泳缓冲液的PH偏高,可在溶胶液中加入10ul（PH 5.0,3mol/L的NaAC)；为了使DNA分子更好的拦截在膜上，可以添加30％异丙醇在加热溶解胶后的液体里。
7）加洗脱液之前，将柱子在室温放置几分钟(大约需10分钟），以使乙醇充分挥发。
8）最后少加些洗脱液，尽量减少回收体积，一般用30—50μl洗脱液洗脱（不能太少，否则无法浸湿膜反而不利于洗脱）；洗脱液滴在膜中央，以充分洗脱结合在膜上的DNA。
9) 可以在加入洗脱液之后，可以在55度水浴5分钟或放在50度水浴10分钟以上再洗脱，或用封口膜密封4度过夜,第二天再离心回收，效果不错。
10）将离心后的洗脱液加回吸附柱，再次离心。
二。
几种PCR 产物回收的详方法和步骤1）普通胶回收如果要胶回收，最好还是用试剂盒，方便，回收率也略高，实在要手工回收，可以切胶后加入3倍体积TE，水浴熔化后,酚、酚／氯仿抽提干净，乙醇沉淀即可.另外好像还有冷冻法，没作过，不是很清楚.2）从低熔点凝胶回收DNA纯化DNA片段加与凝胶体积相等的TE（10mmol/l Tris—HCl pH8.0，0.1mmol/l EDTA)，置65℃水浴5分钟保温，使凝胶完全溶解。
待放至室温,加等量酚（TE饱和，TE封在上层，取下层酚），轻轻混匀（不用混匀)，12000rpm，3分钟离心.反复1—2次。
取上层液，加0。
1体积3mol/L醋酸钠（pH5.2)和2。
DNA凝胶回收方法及常见问题
DNA凝胶回收方法及常见问题琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳是分离、鉴定和纯化核酸和蛋白质片断的标准方法。
聚丙烯酰胺凝胶电泳片段的回收将在以后的文章中介绍，在这里我先介绍一下琼脂糖凝胶电泳片断回收的常用方法，方便大家学习交流。
从琼脂糖凝胶中回收DNA，是一种简单不过的常规实验操作。
但是由于胶回收的质量和数量直接影响后继的一系列实验――比如酶切连接、转化筛选、测序或者PCR扩增、标记乃至显微注射等等，所以这一步的操作也显得非常重要。
胶回收的质量好否直接影响后继实验的成功与否。
现今除了手工回收方法外，许多公司都开发了方便的回收试剂盒系列，但是无论借助何种方式，最基本的评定标准均包括: 回收产物质量：主要指纯度。
常规电泳过程中，普通级别的琼脂糖自带的一些性状不明的多糖，会连同DNA一起从凝胶中抽提出来，强烈抑制后继的连接、酶切、或者标记、扩增等实验。
对于大片断DNA回收，质量还包括产物的完整性；而对于较小片断回收，质量还包括回收产物的浓度；此外，极微量的纯化介质或者是某些试剂混入回收产物中也会对结果产生致命的影响。
回收率：由于上电泳样品量通常都很少，电泳过程本身也会导致样品的分散和损失，因而尽可能多的回收电泳凝胶条带中的目的片断，提高产物得率，对于后继实验来说是非常重要的。
回收率的多少通常和回收产物的大小以及量的多少有关，比如DNA片断越大，和固相基质的结合力越强，就越难洗脱，回收率就低；又如，DNA的量越少，相对损失越大，回收率越低。
因此，根据情况选择不同的方法是很重要的。
其他：操作方面，操作简单，快速，应用方便的方法或产品自然比较受欢迎。
如溶胶的缓冲液中添加指示剂，可以指示溶胶的溶液pH值就是很方便的设计；离心过柱就比离心沉淀要简单方便。
还有要注意载量问题，因为对于纯化柱或者一定量的纯化介质都有一定的吸附限度，过量的产物吸附不了即被损失掉。
以下是我总结的常见问题，希望对大家有所帮助。
Q1：利用凝胶回收试剂盒DNA回收效率较低或者未回收到目的片段？A1: 可能有以下几个原因：1. 胶块未完全溶解，溶解凝胶时应置于55℃水浴，可适当延长水浴时间，并增加上下颠倒次数,确定胶块完全溶解后再进行下一步骤;2. 胶块体积太大,应使用枪头捣碎，还不能充分溶解，则应先将其切为小块，分多次回收或选用大量型回收试剂盒；3.紫外灯下切胶时间过长，导致DNA部分降解，应尽量把切胶时间控制在30s以内；4. 电泳缓冲液pH太高，硅基质膜在高盐低pH值（pH≤7.5）时可结合DNA，在低盐及高pH 值（pH≥8）条件下洗脱。
DNA胶回收
关于DNA胶回收的一些东西(2012-08-28 21:01:59)分类：资料标签：杂谈这几次做胶回收的回收率都不高，所以很就纠结啊。
逛论坛的时候发现原来中科大IGEM实验的胶回收也跟我们情况差不多，于是去看了一下他们的论坛，就把中科大师兄师姐的经验拿过来先了，希望我们的后续实验能顺利些，前面时间有点拖得久了....1.切胶时放在不吸水的PE手套上，但是PE手套一旦滑动将导致质量的改变，因为说DNA主要在琼脂糖颗粒的缝隙中，也就是TAE缓冲液里，所以吸水过强会导致DNA损失。
2.胶回收的Eluent要预热这个已经不用多说。
我们平时加入Eluent一般静置1-2min，后来在学姐的建议下我延长了静置时间，后来浓度很高的两次都是在5分钟以上，30ng/ul的那次是5分钟，51ng/ul的那次是在65摄氏度水浴中盖盖静置10分钟。
取得了很好的效果，回收浓度比较高（以前经常是10ng/ul）。
主要就这两点，尤其是第二点，个人认为第二点确实很重要。
因为我们平时会遇到片段小了挂不上（用异丙醇），片段大了洗不下来。
我们有的时候是几kb的，一般属于第二种情况，这时就应该延长加入Eluent的静置时间，以获得更高的回收率。
3.照胶一定要快，长时间的紫外照射会引起序列的突变。
4.切胶时注意把胶块切得小些，但是要切掉所有目的片段。
胶块太大不容易溶解，而且会使得浓度低，影响回收效率。
没有切干净所有片段会更加严重影响回收效率。
关于切胶和胶回收效率的关系，文献上是这么讲的：“切胶质量比较小时，对回收效率影响不大；但是切胶质量比较大时，将明显降低胶的回收效率。
”也就是说，切胶不是越小越好，但大了肯定不好，具体到我们现在的条件下，若能控制到0.15g~0.1g左右就应该没有问题了。
当然，前提是一定要把所有的目的条带切干净。
5. 关于溶胶的问题，文献中则说太长和太短都不好，推荐时间是 10min。
他们用的试剂盒和我们的不一样，绝对时间不具有可比性，生工的试剂盒说明书上写的是5~10min。
DNA片段纯化与回收常见问题分析与解决
Q：利用凝胶回收试剂盒DNA回收效率较低或者未回收到目的片段？
A：
可能有以下几个原因：
1. 胶块未完全溶解，可适当延长水浴时间，并增加上下颠倒次数辅助溶解；
2. 胶块体积太大，应先将其切为小块，分多次回收；
3. 电泳缓冲液pH太高，硅基质膜在高盐低pH结合DNA，如pH太高，应作适当调整；
4. 漂洗液中未加入无水乙醇。
Q：能否改用去离子水洗脱？
A：可以。
但是实验室所用纯水一般pH偏低，可利用NaOH适当调高其pH值，以增加洗脱得率。
Q：回收DNA进行后续酶切实验？
A：洗脱产物含有残留的乙醇会影响酶切，请确保彻底去除漂洗缓冲液，具体方法参见回收效率低的解决方案。
Q：可否使用更小洗脱体积(小于说明书提供的最小洗脱体积)进行洗脱以提高浓度？
A：不可以。
因为说明书提供的最少洗脱体积是能完全覆盖吸附膜的最小体积，若减少体积则不能将DNA完全洗脱下来。
Q：电泳检测只有一条目的带，可否选用凝胶回收试剂盒？
A：可以。
如果后续实验对片段纯度要求较高，建议即使只有一条带，也可以切胶纯化，其回收得到片段的纯度可能要比直接回收高一些。
Q：琼脂糖凝胶胶块不溶？
A：1. 琼脂糖质量不好。
2. 含目的片段的凝胶再空气中放置过久，使胶块失水、干燥，建议切胶后立即进行回收或将胶块保存在4℃或-20℃。
3. 制胶的电泳缓冲液浓度过高或陈旧。
原文地址:/biotech/exp/molbio/DNA/2010/e817582666.html。
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1、如何计算提取率
1) 回收前样品中，往往含有非目的DNA 片段、引物、dNTP 等，所以不能用测回收前后吸光度的的方法计算回收率；
2) 可将回收前后DNA 片段一起电泳，使用凝胶成像系统拍照后，用配套的软件进行电泳条带灰度对比；
3) 注意，电泳条件及拍摄条件将对灰度对比结果造成很大影响，请仔细操作，以减小误差。
2、如何简易测算提取率
取胶回收后的DNA溶液体积的1/5—1/10，与等体积的回收前的DNA溶液的5-10倍稀释液一起电泳，肉眼观察回收后的条带相对于回收前条带的亮度，粗略测算回收率（如亮度只有一半时，其回收率可粗略为50%）。
3、如何看待提取得率
影响回收率的因素很多，如DNA片段大小、点样量、凝胶种类、电泳缓冲液的缓冲能力、切胶操作、紫外灯照射强度和时间、溶胶是否彻底等等，所以不能单凭1-2次的实验来判断其质量好坏，最好是多做几次实验或用几种不同品牌的产品做平行对照实验，结果相对真实。
4、回收率为什么与点样量和片段大小有关
DNA片断越大，和固相基质的结合力越强，就越难洗脱，回收率就低；DNA的量越少，相对损失越大，回收率越低。
5、用胶回收试剂盒从凝胶中回收DNA得率低是什么原因
1）胶块溶解不完全，可适当延长水浴时间和上下颠倒的次数以及增加溶胶液的比例；
2）胶块体积太大，应使用枪头捣碎，还不能充分溶解则先将其切为小块，分多次回收；
3）紫外灯下切胶时间过长，导致DNA部分降解，应尽量把切胶时间控制在30s以内；
4）洗涤液使用后未及时盖严瓶盖，乙醇挥发，影响回收效率；
5） TAE或TBE电泳缓冲液不新鲜，失去了缓冲能力，导致PH值升高，降低DNA和膜的吸附力，应及时更换电泳缓冲液，最好使用新鲜配制的电泳缓冲液，效果更好；
6）回收前的样品量太少，加大点样量；
7）洗脱前，预先65℃预热洗脱液、延长室温静置时间、增加洗脱次数可以有效提高回收率30%以上。
6、加入溶胶液温浴后，液体仍很粘稠或后续步骤有堵柱子现象
1）胶块溶解不充分，可再补加一些溶胶液或延长水浴时间并增加上下颠倒次数帮助溶胶；
2）胶块体积过大，应尽量切除多余部分，并将其切为小碎块，分几次回收；
3）水浴温度是否达到规定温度65℃，用温度计检测。
7、琼脂糖凝胶块不溶
1）琼脂糖质量不好；
2）含目的片断的凝胶在空气中放置过久，使胶块失水干躁，建议切胶后立即进行回收或将胶块保存于4 ℃或-20℃；
3）制胶的电泳缓冲液浓度过高或陈旧。
8、点样时发现DNA样品有漂出点样孔外的现象
柱子上的乙醇未完全挥发干净，延长室温下空柱静置时间以确保乙醇完全挥发干净。
9、能否使用去离子水洗脱回收
可以，但是实验室所用去离子水一般PH值偏低，可用NaOH适当调高PH值＞，以增加回收得率。
10、能否使用TE（）洗脱
可以。
11、可否使用小于30μl的洗脱液进行洗脱
不可以。
因为说明书提供的最少洗脱体积是能完全覆盖吸附膜的最小体积。
12、关于DNA片段大小与回收率的问题
100bp-500bp，30-60%；500bp-4kb，80-95%；4kb以上，30-50%。
13、OD值与琼脂糖凝胶中的DNA产量不相符
从柱子上洗脱下来的痕量杂质增加了A260的值。
14、吸光度纯度测定时应注意哪些问题
吸光度测量的是未知样品与调零标准之间的相对吸光度，所以请用与洗脱液体相同的液体，对测量样品进行稀释和调零。
15、为什么溶胶不彻底会影响回收结果的纯度
在电泳过程中，DNA会与大分子的多糖紧密的结合在一起，凝胶的种类和质量不同，DNA与之结合力也不同，只有凝胶充分溶解DNA才能充分释放，否则，凝胶将与DNA一起沉淀下来，洗脱后将影响回收结果的纯度。