土壤微生物的分离鉴定
实验八、土壤微生物的分离和 纯化
实验八、土壤微生物的分离和纯化土壤微生物是指生长在土壤中的微弱的、微小的生物体，包括细菌、真菌、放线菌、原生动物等。
土壤微生物是土壤的重要组成部分，对维持土壤生态系统的平衡和功能发挥起着关键作用。
因此，对土壤微生物的分离和纯化具有重要意义。
本实验就是针对土壤微生物的分离和纯化进行研究。
一、实验原理由于土壤微生物数量繁多而多样，分离出单一的菌落对于此实验来说非常的困难。
但是采用适宜的富培养基后能够轻松的促进土壤微生物菌群的生长。
富培养基包括有机和无机元素、维生素、氨基酸、碳源和氮源。
地衣素琼脂（ISP）是一种富含多种碳源和氮源的优质菌落培养基，是常用的微生物培养基。
本实验的基本原理就是在能够生长的环境中分离出单一的菌落，通过多次分离和鉴定获得纯种菌株。
二、实验器材和试剂1.地衣素琼脂培养基2.试管、移液器、移菌环、烧灼器、电热蚊子香、灭菌器3.已经壳霉菌疫苗接种的贵州悬钩子种子和土壤三、实验步骤1.准备工作。
用移液器将壳霉菌疫苗接种在新的地衣素琼脂培养基板上，将其灭菌，以备之后的使用。
2.准备土壤基质。
将土壤样品剪碎成非常小的颗粒，并放入烧灼的试管中，加入恰当的地衣素酵母素琼脂，变形后形成一个接种板。
在较大的容器中放置电热器设备，以保持环境的湿度和温度适宜。
接下来，将接种板和采样站放在单独的区域以免混淆。
3.接种。
从土壤中取一小部分，倒入试管中，并加入适量的地衣素琼脂培养基，并将其摇动均匀，使菌群溢出。
等到土壤均匀地分散在地衣素琼脂培养基中之后，用移菌环扭曲并切出一个菌落，并将其置于新的地衣素琼脂培养基板中。
重复此步骤至少三次，每次都要将新的分离土壤菌落剪出来。
4.孵育。
将地衣素琼脂培养基板置于电热器设备中，以使温度保持在合适的范围内，并等待菌落的生长。
当新的菌落形成后，即可重复上述步骤以获得更多的菌株。
5.纯化。
检查菌落后，需要进行纯化。
鉴定每个菌落，把每个菌落分别悬浮在新的地衣素琼脂培养基板中，并等待菌落的生长。
土壤微生物的分离纯化与鉴定
目录摘要利用分离纯化微生物的基本操作技术以及选择培养基对土壤中的微生物进行分离与纯化,得到能够产生果胶水解酶的细菌以及能够分解几丁质的霉菌;根据菌落形态观察,革兰氏染色结果,芽孢有无及位置,运动性以及一系列的生理生化试验的结果,对照种属特征初步鉴定分离纯化的微生物所属的类群;关键词土壤微生物、细菌、果胶、霉菌、几丁质、划线分离、纯培养前言在自然条件下,微生物常常在各种生态系统中群居杂聚;群落是不同种类微物的混和体;为了生产和科研的需要,人们往往需要从自然界混杂的微生物群体中分离出具有特殊功能的纯种微生物；或重新分离被其他微生物污染或因自发突变而丧失原有优良性状的菌株；或通过诱变及遗传改造后选出优良性状的突变株及重组株;这种获得单一菌株纯培养的方法称为微生物的分离纯化技术;纯培养是指一株菌种或一个培养物中所有的细胞或孢子都是由一个细胞分裂、繁殖而产生的后代;分离纯化技术主要由采集样品、富集培养、纯种分离和性能测定等几个基本环节组成;实验目的1.学习利用选择培养基从土壤中分离能够产生特殊水解酶的细菌以及霉菌的方法；2.学习运用划线分离法纯化分得的细菌以及真菌的方法；3.学习测定土壤中细菌数目,种类的方法；4.根据菌落形态,染色结果,运动性以及生理生化试验鉴定未知细菌；小室培养法观察鉴定未知真菌;实验原理一、经典分类鉴定方法以上便是在微生物鉴定过程中的经典思路及流程,因此我们可以针对以上各项指标设计一系列试验包括形态学观察,染色,生理生化试验,免疫学试验等对其进行逐步定位;二、现代分类鉴定方法1．微生物遗传型的鉴定（1） DNA碱基比例的测定 G+Cmol%以下为该方法的关键因素：解链温度法Tm值G+Cmol%值只能做否定判断；G+Cmol%值差别>5,属不同的种；差别>10,属不同的属;2 核酸分子杂交法DNA-DNA分子杂交原理：DNA分子解链的可逆性和碱基配对的专一性;结论：I DNA同源性≥ 60% 同种II DNA同源性≥ 70% 同亚种III DNA同源性60~ 70% 不同亚种IV DNA同源性20~ 60% 同属316s rRNA作为细菌进化的计时器本次实验中由于实验性质以及仪器试剂限制,主要以微生物形态鉴定以及生理生化指标鉴定为主;实验整体思路：在确定取样环境之后,对微生物原样进行梯度稀释,产生合适的浓度在选择培养基上进行涂板用于微生物的选择与计数；通过检测得到有特定功能的细菌以及霉菌进行菌种的分离纯化,用平板划线法多次划线得到纯种；对得到的纯种细菌染色并镜检,利用形态学方法以及运动性对微生物做一粗略的定位；根据镜检设计相关生理生化试验作进一步定位；运用小室培养法观察霉菌形态并对其进行鉴定；根据以上获得的信息确定微生物类群并加以定位;实验仪器及材料1.土样：18号土样2.试剂及培养基a)培养基：果胶酶筛选培养基；几丁质酶真菌筛选培养基；果胶酶划线分离培养基；几丁质酶划线培养基；细菌半固体培养基；淀粉培养基；葡萄糖酵解培养基；乳糖酵解培养基；蛋白胨水培养基b)试剂：草酸铵结晶紫染液、番红复染液等各种染料以及卢戈氏碘液、95%乙醇、5%孔雀绿水溶液、无菌水等3.仪器锥形瓶500mL×2；300mL×2；100mL×3、培养皿20套、试管20支、移液管3支、烧杯、玻璃棒、载玻片、盖玻片、光学显微镜、涂布棒、U型管、德汉氏小管、酒精灯、漏斗、接种环、滤纸、棉塞、牛皮纸、无菌操作台、灭菌锅、纱布等实验步骤A.细菌的筛选,分离纯化及鉴定1.细菌的筛选a)土样处理i.配制生理盐水：在烧杯中配置％的生理盐水,用移液管各移取9ml于五支洁净试管,再移取90ml配置好的生理盐水于三角烧瓶,并放入少许玻璃珠,包好灭菌；ii.加土样：冷却后准确称取10g土样放入盛有90ml无菌生理盐水并带有少许玻璃珠的三角烧瓶中,充分震荡摇匀,然后放在30℃恒温培养箱中静置15min;b)果胶酶菌种筛选i.梯度稀释：用一支无菌吸管吸取1ml土壤悬液加入到盛有9ml无菌水的试管中充分混匀,此为10-1稀释液,以此类推制成10-2、10-3两种稀释度的土壤溶液如下图；ii.涂布：配制果胶酶筛选培养基,110度灭菌20-30分钟,冷却后倒平板在培养皿盖周边用记号笔做好标记,分别写上10-1、10-3两种稀释度字样,每稀释度标记三皿,然后用无菌吸管分别由10-3、10-1两管土壤稀释液中吸取适量对好放入已写好稀释度的平板中央位置,每皿准确放入,用无菌玻璃棒在培养基表面轻轻地涂布均匀,其方法是将菌液先沿一条直线轻轻地来回推动,使之均匀分布,然后改变方向90度沿另一垂直线来回推动,平板内边缘处改变方向用涂布棒再涂布几次；iii.培养：将平板倒置于30℃恒温箱中培养1-2天；iv.果胶酶透明圈平板检测：取10-1涂布平皿,用％的刚果红染色15-20min后,倒掉刚果红,用1mol/L的NaCl脱色几分钟至观察到透明圈,则说明水解圈内的菌有水解果胶的能力；v.菌落描述：取此菌进行菌落形态描述,就菌落的大小大、中,小,颜色白,黄,粉红等,干湿干、湿,边缘整齐,不整齐,表面光滑,粗糙,有无突起等分别进行阐述并详细记录；2.细菌的分离纯化a)划线分离：制备果胶酶划线培养基,灭菌后倒平板,挑取具有水解圈的菌种,第一次划线分离培养1-2天后取分离所得单菌落再进行第二次划线分离,划线分离的具体方法是：先在平皿上划定区域,然后将接种针在火焰上进行灭菌操作,取含菌种的培养皿,在火图细菌的划线分离示意图焰上方注意：不能离火焰太近打开培养皿盖,先拿接种针在上盖处划线以降温,然后用接种针轻挑所选菌落一到两下,将平皿盖上放好,再取刚刚冷却了的干净平皿在1区进行划线接种操作;操作完毕后对接种针进行灭菌操作,完成后在火焰上方打开平皿盖,将接种针冷却后从1区引线到2区,再如图所示划线,划完后引线到3区,同上进行划线,划线完毕后盖盖平放；b)纯种保藏：再配制一份普通细菌培养基,分装试管后灭菌,制得斜面,将纯种划线接种在斜面上培养保存并进行下一步的鉴定;3.细菌的基本形态及运动性鉴定a)纯种果胶酶水解能力的测定配制果胶酶筛选培养基,110度灭菌20-30分钟,冷却后倒平板在培养皿盖周边用记号笔做好标记,将分离纯化的细菌点种于平板上注意：点种的量不宜过多,以3～4个为宜,在30℃培养箱中培养1～2天,取培养后的平皿用％的刚果红染色15-20min后,倒掉刚果红,用1mol/L的NaCl脱色几分钟至观察到透明圈,测量并记录透明圈的大小b)简单染色步骤i.涂片取一块载玻片,在上边用胶头滴管加半滴无菌水,用接种环无菌操作将沾有菌的接种环置于载玻片上的无菌水种涂抹,待看到微弱的浑浊即可；注意取菌不要太多ii.干燥与固定涂菌面朝上,通过火焰以干燥并固定菌物,固定过程应使载玻片通过火焰2-3次,注意温度的控制,过热的温度会将细菌杀死,温度以手背感觉微微发烫为标准；iii.染色将载玻片平放于载波片支架上,滴加结晶紫染液覆盖涂菌部位即可,染色iv.水洗倾去染液,将载玻片的涂菌面朝下,自来水冲洗,水流不宜太急、太大,至洗出水无色为止；v.干燥用吸水纸吸去多余水分后自然干燥；vi.镜检将制备好的样片置于显微镜下进行观察,先低倍观察,再高倍观察,并找出适当的视野后,将高倍镜转出,在涂片上加香柏油,用油镜观察细菌的形态;c)革兰氏染色步骤i.涂片先在载玻片一侧用记号笔标记间隔的四个区域,在另一侧四个区域的位置分别滴加半滴无菌水;分别取四种活跃生长期菌种大肠杆菌,金黄色葡萄球菌,枯草杆菌和一种自选菌按常规方法涂片不宜过厚,用酒精灯按照简单染色中所述干燥和固定的方法对四种菌进行干燥和固定;ii.初染滴加草酸铵结晶紫染液使之覆盖涂菌部位,染色后水洗；iii.媒染先用卢戈氏碘液冲去残留水迹,再用碘液覆盖1min后水洗；iv.脱色先用乙醇冲去水迹,然后用95%乙醇覆盖脱去色素,脱色约30s,立即用水冲洗；v.复染先用番红洗去水迹,然后滴加番红复染后水洗；vi.镜检将制备好的样片置于显微镜下进行观察,先低倍观察,再高倍观察,并找出适当的视野后,将高倍镜转出,在涂片上加香柏油,用油镜观察细菌;分别以大肠杆菌与金黄色葡萄球菌所染颜色作为对照,来判断枯草杆菌以及另一种自选菌的染色结果;d)芽孢染色步骤i.涂片,加热干燥及固定在洁净盖玻片接近中部两处分别滴一滴无菌水,分别接种枯草芽孢杆菌及梭状芽孢杆菌;然后按照常规方法加热干燥及固定；ii.孔雀绿加热染色用木夹夹住载玻片,向载玻片上滴加5%孔雀绿水溶液使之完全覆盖涂菌部位,然后在酒精灯上微微加热孔雀绿着色能力强,加热可使较难染色的芽孢染成绿色,且再难洗脱至染液冒蒸汽开始计时并维持5min,注意加热时应以有蒸汽微微冒出为宜,过热或加热不足均会影响观察效果,且加热时在载玻片上随时补加染液,切勿让涂片干涸；iii.水洗水洗一定要等载玻片冷却后进行,否则可能导致载玻片的破裂;具体水洗按常规方法进行；iv.复染用%番红水溶液复染2min；v.水洗并干燥按常规方法水洗后自然干燥；vi.镜检先在低倍镜下寻找视野范围,然后换用高倍镜调焦,最后加香柏油在油镜下仔细寻找两种细菌以及其周围或内部染成绿色的芽孢;e)半固体穿刺法观察细菌运动性i.配制培养基配制半固体牛肉膏蛋白胨培养基,分装于4支试管内,110度灭菌20-30分钟,正立于烧杯中冷却至室温；ii.在无菌操作台上右手握接种针,以针挑取菌苔.垂直刺入半固体琼脂培养的中心直至接近但勿触及试管底,然后循原路退出;如图所示：iii.接种完成后在30℃条件下培养两天观察并判断其运动性;4.细菌的生理生化试验a)淀粉水解试验i.培养基制备配制淀粉培养基,灭菌后将冷却至50℃左右,无菌操作制成平板；ii.接种用记号笔将平板划成四部分,将所鉴定的菌种在不同位置点种;注：由于四种菌对淀粉的水解程度不同,为防止由于接种量过大导致四种菌对应区域水解部位发生重叠,宜采用点种的方式,如下图;接种完成后贴好标签；iii.培养将上述已接种的平板倒置于30℃培养箱中培养48小时;b)葡萄糖发酵试验i.培养基配制将配制好的葡萄糖发酵培养基分装于试管中同时向每只试管中加入一支德汉氏小管后放入灭菌锅中进行湿热灭菌,冷却至室温;ii.接种用记号笔在各试管上分别标明发酵培养基名称和所接种的菌名;取盛有葡萄糖发酵培养基的试管2支,接种鉴定菌,另一支作为对照;iii.培养将上述已接种的试管置于30℃培养箱中培养48小时;c)乳糖发酵试验i.培养基配制将配制好的乳糖发酵培养基分装于试管中同时向每只试管中加入一支德汉氏小管后放入灭菌锅中进行湿热灭菌,冷却至室温;ii.接种用记号笔在各试管上分别标明发酵培养基名称和所接种的菌名;取盛有乳糖发酵培养基的试管2支,接种鉴定菌,另一支作为对照;iii.培养将上述已接种的试管置于30℃培养箱中培养48小时;d)吲哚试验i.培养基的配制将配制好的蛋白胨水培养基分装于试管中后放入灭菌锅中进行湿热灭菌,冷却至室温;ii.接种用记号笔在各试管上标明所接种的菌名;取盛有蛋白胨水培养基的试管2支,接种鉴定的菌种;iii.培养将上述已接种的试管置于30℃培养箱中培养48小时;e)甲基红试验i.培养基的配制将配制好的蛋白胨水培养基分装于试管中后放入灭菌锅中进行湿热灭菌,冷却至室温;ii.接种用记号笔在各试管上标明所接种的菌名;取盛有蛋白胨水培养基的试管2支,接种鉴定的菌种;iii.培养将上述已接种的试管置于30℃培养箱中培养48小时;5.土壤中分解果胶细菌种类和数目的测定及纯化细菌菌属鉴定取培养三天的菌液1000倍稀释涂布平板3个,观察不同形态菌落的数目以及总菌落数,并记录,求3个平板的总菌数平均值来计算1g土壤中分解果胶的细菌数目;根据以上细菌的形态,革兰氏染色结果,芽孢的位置,运动性以及生理生化试验结果查看伯杰手册对纯种细菌做出鉴定;B.霉菌的筛选,分离纯化及鉴定1.霉菌的筛选a)涂布配制几丁质酶筛选培养基,110度灭菌20-30分钟,冷却至不烫手,无菌操作加链霉素1mL/1000mL倒平板在培养皿盖周边用记号笔做好标记,分别写上100、10-2两种稀释度字样,每稀释度标记三皿,然后用无菌吸管分别由100、10-2两管土壤稀释液中吸取适量对好放入已写好稀释度的平板中央位置,每皿准确放入,用无菌玻璃棒在培养基表面轻轻地涂布均匀,其方法是将菌液先沿一条直线轻轻地来回推动,使之均匀分布,然后改变方向90度沿另一垂直线来回推动,平板内边缘处改变方向用涂布棒再涂布几次；b)培养将平板倒置于30℃恒温箱中培养2-3天；2.霉菌的分离纯化a)划线分离：制备几丁质酶划线培养基,灭菌后倒平板,挑取长出的菌种,第一次划线分离培养2-3天后取分离所得单菌落再进行第二次划线分离,划线分离的具体方法是：先在平皿上划定区域,然后将接种针在火焰上进行灭菌操作,取含菌种的培养皿,在火焰上方注意：不能离火焰太近打开培养皿盖,先拿接种针在上盖处划线以图霉菌的划线分离示意图降温,然后用接种针轻挑所选菌落一到两下,将平皿盖上放好,再取刚刚冷却了的干净平皿在1区进行划线接种操作;操作完毕后对接种针进行灭菌操作,完成后在火焰上方打开平皿盖,将接种针冷却后从1区引线到2区,再如图所示划线,划完后引线到3区,同上进行划线,划线完毕后盖盖平放；b)再配制一份PDA培养基,分装试管后灭菌,制得斜面,将纯种划线接种在斜面上培养保存并进行下一步的鉴定;3.小室培养法鉴定霉菌a)灭菌准备制作4个平皿,在每个平皿皿底铺一张略小于皿底的圆滤纸片,再放一U形玻棒,其上放一洁净载玻片和四块盖玻片,盖上皿盖、再与1个空平皿一起用牛皮纸包好；在100mL锥形瓶中用甘油配制20%的甘油,加塞包好；最后取10mL 移液管两支用牛皮纸包好;b)灭菌将上述用牛皮纸包好的仪器与试剂连同配好的PDA培养基一并放入灭菌锅中110℃灭菌30min由于培养基中有葡萄糖,为防止由于高温而使糖发生糊化而变质,灭菌温度不宜过高;c)制作琼脂薄片在无菌操作台上分别取已灭菌并溶化冷却至约50℃的马铃薯琼脂培养基6～7mL 注入两个灭菌空平皿中,使之凝固成薄层;在两个凝固后的平板背部用记号笔画下约1～×1～的方格,通过无菌操作,用解剖刀沿画下的方格线将其切成方形的琼脂块;注：解剖刀使用前应先在酒精中浸泡,然后在酒精灯上灼烧,冷却后再进行切割操作d)接种在无菌操作台上,先用镊子将载玻片放于U型玻璃管上,然后用解剖刀取一小块儿琼脂块,置于载玻片上注意：镊子与解剖刀每次使用前都应先在酒精中浸泡,灼烧冷却后再进行下一步的操作,用接种环分别从斜面培养物上挑取很少量的鉴定菌的孢子,分别接种于培养小室中琼脂块的边缘上,用无菌镊子将盖玻片覆盖在琼脂块上;最后用移液管在培养小室中的圆滤纸上加3ml 灭菌的20 %的甘油用于保持平皿内的湿度 ,盖上皿盖并贴标签,每一种菌接种两个小室;e)恒温培养将接种后的平皿正置于28℃培养箱中恒温培养3～4天;f)镜检在显微镜下直接观察小室培养后的载玻片,用低倍镜即可较为清晰的观察到霉菌的菌丝体及孢子,根据真菌手册对所得的菌进行鉴定;实验结果A.细菌部分倍稀释平板的细菌种类和数目表错误!未定义书签。
分离土壤中微生物的方法
分离土壤中微生物的方法
《分离土壤中微生物的方法》
一、离心分离法
1、离心分离法是一种快速、简便、有效的土壤微生物分离方法，主要用来分离大量的土壤和沉淀物中的微生物。
原理是利用离心力将土壤中的微生物悬浮液中的水分剥离出来，浓缩悬浮液，然后采用制备的高标准分析液（如硫酸铵）搅拌悬浮液，将微生物转移到新的液体中，最终将微生物和悬浮液分离。
2、离心分离的步骤包括：
（1）采集土壤样品
（2）将土壤样品放入备有清水的容器中，并予以搅拌，搅拌时间1-2min。
（3）将搅拌后的样品置于离心机中，用适当速度及时间进行离心分离，离心结束即可得到悬浮液。
（4）将离心后的悬浮液加入制备好的高标准分析液中，并搅拌。
（5）将混合液再次置入离心机中，离心一段时间，即可将高标准分析液和悬浮液分离开来，从而完成土壤中微生物的分离。
二、膜过滤法
1、膜过滤法是一种分离土壤中微生物的有效方法。
原理是将土壤中的微生物悬浮液置于膜滤器上，通过该膜滤器，微生物悬浮液中的水分可以通过滤膜留下，膜滤器上的微生物则由于大小不同而滞留在膜滤器上，最终完成分离。
2、膜过滤分离的步骤包括：
（1）采集土壤样品
（2）将样品放入备有清水的容器中，并搅拌于汤匙，搅拌时间1-2分钟；
（3）将搅拌后的悬浮液置于膜滤器上，以适当的速度滤过，最终完成分离。
（4）完成后，将膜滤器上的微生物收集用来进行后续操作。
王--实验二 土壤中微生物的分离与纯化
王--实验二土壤中微生物的分离与纯化
土壤中是存在大量微生物的，包括细菌、真菌、放线菌等，在生态系统中起着重要作用。
微生物的分离与纯化是微生物学研究的重要方法之一，对于了解土壤微生物多样性、功能和应用具有重要意义。
本实验旨在通过土壤样品进行微生物分离和纯化，了解微生物分离技术和分离纯化菌株的方法。
一、实验方法
1.1 实验设备
实验室常用的分离纯化设备有平板计数器、减压灭菌器、烧杯、移液器、离心机等。
其中，平板计数器是精确测定细菌数量的仪器。
实验材料包括培养基、细菌液、土壤样品等。
1.3 分离纯化细菌的步骤
（1）将土壤样品放入离心管内。
（2）在土壤样品中加入生理盐水，摇晃离心管，使土壤样品和生理盐水充分混合。
（3）将混合物在烧杯内振荡。
（4）利用平板计数器精确测定细菌数量。
（5）从混合物中挑出单个菌落，进行菌株分离和纯化。
（6）将菌落移至培养基上，进行培养、观察和记录。
二、实验结果
通过本实验，我们共采集了5个不同土壤样品，进行菌落计数和菌株分离、纯化、培养等处理。
实验结果显示，不同土壤样品中微生物的数量和种类存在差异。
其中，含有腐殖质较多的土壤样品中微生物数量较多，且种类丰富。
2.2 结果分析
土壤微生物数量和种类的差异主要与土壤样品的营养含量及物理化学性质有关。
白灰土、黄土、红壤等含有较高营养含量和较优地理环境的土壤样品中微生物的数量和种类较多，而贫瘠荒芜的土壤样品中微生物数量和种类较少。
此外，氧分压、pH值、盐分等土壤环境因素的差异也会导致土壤中的微生物数量和种类存在差异。
分离土壤中微生物的方法
分离土壤中微生物的方法土壤中的微生物是土壤生态系统中非常重要的组成部分，对土壤的物质循环、生态功能以及农田生产等都有着重要的影响。
因此，分离土壤中的微生物并进行研究是了解土壤微生物群落结构和功能的重要手段。
下面将介绍一些常用的分离土壤中微生物的方法。
1.稀释涂平法：稀释涂平法是最为常用的一种分离培养微生物的方法。
首先，将土壤样品稀释成一定的浓度；然后，将适量的稀释液均匀地涂布在培养基平板上；最后，将培养基平板的菌落进行分离鉴定。
优点是简单易行，适用于常见的土壤微生物；缺点是只适用于可培养的微生物。
2.筛选技术：筛选技术通过筛选和培养特定类型的微生物，实现对土壤微生物的分离。
常用的筛选技术有选择性培养基筛选、酶基因筛选、菌落形态和色素筛选等。
优点是可以选择性培养其中一类型的微生物；缺点是存在选择性偏倚和培养基有限性。
3.海绵法：海绵法通过悬浮土壤样品，利用海绵吸附和负压吸附的原理，分离土壤中的微生物。
首先，将土壤样品加入海绵中；然后，通过一定的操作将海绵中的微生物分离出来；最后，对分离出的微生物进行鉴定。
优点是可以分离植物根际微生物和陆地微生物；缺点是操作复杂。
4.聚合物链式反应（PCR）和16SrRNA基因测序：PCR和16SrRNA基因测序是一种通过分子生物学手段分离和鉴定微生物的方法。
首先，从土壤中提取微生物的DNA；然后，利用PCR方法扩增16SrRNA基因片段；最后，对扩增产物进行测序并分析。
优点是可以快速分离和鉴定微生物，无需进行培养；缺点是依赖于标准数据库的准确性。
5.激光共聚焦显微镜技术：激光共聚焦显微镜技术可以直接观察土壤中的微生物，并通过分析其形态特征对微生物进行分类和分离。
优点是可以快速直观地观察微生物；缺点是无法进行鉴定和培养。
综上所述，分离土壤中微生物的方法有许多种，分别适用于不同的研究目的和需求。
可以根据具体情况选择适合的方法。
同时，需要注意的是，单一的方法可能无法完全反映土壤微生物多样性，因此最好结合多种方法进行研究，以全面了解土壤中微生物的群落结构和功能。
土壤微生物分离实验报告
土壤微生物分离实验报告周五第二组05级生科基地班刘蕾孙飞卢永峰鲁薪安齐永闪波【摘要】利用分离纯化微生物的基本操作技术对土壤中的微生物进行分离与纯化，根据菌落形态观察、染色鉴定以及一系列的生理生化试验的结果通过查阅《伯杰氏系统细菌学手册》对照种属特征最终判断所分离纯化的细菌所属的属。
【abstract】By several methods and technique, we got the pure cultures of two kinds of bacteria which were separated from soil. According to the results of colony observing, staining, and experiments of physiology and bio-chemistry, we referred to the Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology and finally decided their genus.【关键词】革兰氏阳性、芽孢、片球菌属、芽孢杆菌属【Key Words】Gram Positive 、Spore、Pediococcus、Bacillus实验目的：1、学习从土壤中分离、纯化微生物的原理与方法。
2、学习、掌握微生物的鉴定方法。
3、对提取的土样进行微生物的分离、纯化培养，并进行简单的形态鉴定。
4、对简单鉴定后的微生物进行生理生化鉴定并由鉴定结果查伯杰氏手册以确定分离出微生物的品种。
实验原理：从复杂的微生物群体中获得只含有一种或某一株微生物的过程称为微生物的分离与纯化。
常用的方法有1、简单单细胞挑取法2、平板分离法此次实验采取的是平板分离法，该方法操作简单，普遍用于微生物的分离与纯化。
其原理包括两方面：1、在适合于待分离微生物的生长条件（如营养、酸碱度、温度与氧等）下培养微生物，或加入某种抑制剂造成只利于待分离微生物的生长，而抑制其他微生物生长的环境，从而淘汰一些不需要的微生物。
土壤微生物的分离和纯化实验报告
土壤微生物的分离和纯化实验报告
土壤微生物的分离和纯化实验报告
实验目的
本次实验的目的是利用物理、化学和生物性等技术，从原始土壤样品中分离、筛选和纯化微生物株，并对分离出的微生物株进行形态学特征观察和分类鉴定。
实验材料
1. 原始土壤样品
2. 饱和淡盐水
3. 10% (v/v) 的平衡磷酸盐溶液
4. 0.85% (w/v) 的千顷盐溶液
5. 2% (w/v) 的体糖酸钠溶液
6. 氯仿
7. 板藻素
8. 无菌玻璃管
实验步骤
1. 将原始土壤样哮放入摇瓶内，加入淡盐水攪拌均匀，进行粗筛提取。
2. 将1ml混合液放入无菌玻璃管，8次补充磷酸盐溶液悬浮液进行细筛提取。
3. 将细筛提取的悬浮液转移到新的无菌容器中，加入盐溶液攪拌均匀。
4. 加入盐溶液之后，用氯仿消毒，然后加入体糖酸钠溶液留取微生物株悬浮液。
5. 使用板藻素进行单菌株筛选，筛选出单菌株。
6. 将筛选出的单菌株进行形态学特征观察和分类鉴定。
结果
本次实验中，经过物理、化学和生物性等技术操作，成功分离出一株微生物株，并对其进行形态学特征观察和分类鉴定，得出结果：该株微生物属于假单胞菌科，耐盐性，呈菌封形态。
结论
本次实验成功分离纯化出一株微生物株，该株微生物属于假单胞菌科，耐盐性，呈菌封形态。
实验(二)土壤中微生物的分离纯化及观察
2.稀释:
0.5ml 0.5ml 0.5ml 0.5ml 0.5ml 0.5ml
原样
10-1
10-2
10-3
10-4
10-5
10-6
0.2ml
0.2ml
0.2ml
3.取样
10-4
10-5
10-6
4.倒平板：倒入融化后冷却至45℃的培养基15～２５ml， 置水平位置迅速旋动平皿，使培养基与菌液混合均匀。
么？
当你的平板上长出的菌落不是均匀分散的而是集中在
一起时，你认为问题出在哪里？
用倾注法和涂布法计数，其平板上长出的菌落有何不
同？为什么要培养较长时间（48h）后观察结果？
倾注法
涂布法
倒平板
a 皿加法
b手持法
细 菌Leabharlann 霉菌放线菌实验内容
一、稀释涂布平板法（全组完成）
牛肉膏蛋白胨琼脂培养基 ：涂布10-3、10-4、10-5三个剃度，每个剃度两 块平板 高氏Ⅰ号培养基：涂布10-2、10-3、10-4三个剃度，每个剃度两块平板 马丁氏（孟加拉红）培养基：涂布10-2、10-3、10-4三个剃度，每个剃度 两块平板
器材
分离源：自采集土壤样品
培养基 牛肉膏蛋白胨琼脂培养基，高氏Ⅰ号 培养基、马丁氏（孟加拉红）培养基 溶液或试剂 盛4.5ml无菌水的试管，盛90ml 无菌水并带有玻璃珠的三角烧瓶。
仪器或其他用具 振荡器，无菌培养皿，无菌 吸管，接种环，电磁炉，培养箱，吸耳球等。
一、稀释涂布平板法（全组完成）
1、编号：取无菌平皿１８个。另取无菌水４支，依次 标明10-2、10－3、10-4、10-5。
0.5ml
各4.5ml 无菌水
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土壤微生物的分离鉴定实验报告09级生科一班（周一下午组）安明玉同组者：陈汶灿、程彬、陈肖然、高琳璐、秦瑶一、实验摘要利用分离纯化微生物的基本操作技术对土壤中的微生物进行分离与纯化，根据菌落形态观察、染色鉴定以及一系列的生理生化试验的结果通过查阅《伯杰氏系统细菌学手册》对照种属特征最终判断所分离纯化的细菌所属的属。
二、实验目的1.学会设计实验方案，分离目的菌，并通过后续实验做出初步鉴定。
掌握倒平板和几种常用的分离纯化微生物的基本操作技术。
2.巩固练习显微镜使用方法。
3.明确培养基的配制原理，复习配制培养基及消毒灭菌的一般原理和操作步骤。
4.复习掌握细菌稀释分离和划线分离技术，平板倾注法和斜面接种技术，了解培养细菌的培养条件和培养时间，复习平板菌落计数法。
5.复习掌握细菌的简单染色、鞭毛染色、革兰氏染色的基本原理和操作方法。
6.学习并掌握过氧化氢酶测定、细胞色素氧化酶测定和糖发酵与氧化试验的实验原理及其操作方法。
三、实验原理1.对土壤中微生物的分离筛选及鉴定从混杂的微生物群体中获得只含有某一种或某一株微生物的过程成为微生物的分离与纯化，常用的方法有简易的细胞挑取法和平板分离法。
本实验采用平板分离法，该方法操作简单，普遍用于微生物的分离与纯化，其原理包括以下两个方面：(1)在适合于待分离微生物的生长条件（如营养、酸碱度、温度与氧等）下培养微生物，或加入某种抑制剂形成只利于待分离微生物的生长，而抑制其他微生物生长的环境，从而淘汰一些不需要的微生物；(2)微生物在固体培养基上生长形成的单个菌落可以是由一个细胞繁殖而成的集合体，因此可通过挑取单菌落而获得纯培养，获得单菌落的方法可通过稀释涂布平板或平板划线等方法完成。
但是从微生物群体中经分离生长在平板上的单个菌落并不一定保证是纯培养。
因此，纯培养的确定除观察其菌落的特征外，还要结合显微镜检测个体形态特征后才能确定。
有的微生物的纯培养要经过一系列分离与纯化过程和多种特征鉴定才能得到。
土壤是微生物生活的大本营，它所含有的微生物无论是数量还是种类都是极其丰富的。
土壤是微生物多样性的重要场所，是发掘微生物资源的重要基地，可以从中分离纯化得到许多有价值的微生物菌株。
2. 显微镜的使用及细胞的简单染色和革兰氏染色现代普通光学显微镜利用目镜和物镜两组透镜系统来放大成像，故又常称为复试显微镜。
在显微镜的光学系统中，物镜的性能最为关键，对微生物学研究最为重要，直接影响显微镜的分辨率。
与其他物镜相比，油镜的使用方法比较特殊，需要在载玻片和镜头之间滴加香柏油。
这样做有两个原因。
一是能够增加照明亮度，如果光线只是经过空气进入物镜，会因为工作焦距很短，有些光线发生折射或全反射，进入物镜的光线少而使视野亮度不够；而滴加香柏油后，因为香柏油与玻璃的折射率相仿（玻璃，n=1.5，香柏油，n=1.52），可以保证视野亮度。
二是增加显微镜的分辨率。
利用单一染料对菌体进行染色称为简单染色。
通常用碱性染料进行简单染色，原因在于微生物细胞在碱性、中性、弱酸性溶液中通常带负电荷，而染料电离后染色部分带正电荷，很容易与细胞结合壁着色；当细胞处于酸性条件下（如细胞分解糖类产物）所带正电荷增加时，可采用酸性染料染色。
革兰氏染色，革兰氏染色法是复（特殊）染色法中一种最重要的鉴别性染色法之一。
该染色法是先将细菌用结晶紫染色，再加媒染剂碘液媒染以增加染料和细菌细胞的亲和力，使它和结晶紫在菌体细胞壁部位形成分子量较大的紫碘复合物，而后用脱色剂酒精或丙酮脱色，最后再用复染剂番红复杂。
如果细菌经脱色剂酒精或丙酮处理后不被脱色而保存初染颜色即紫色，即为“革兰氏阳性菌”；若初染被脱色而染上复染剂番红颜色即淡红色，则为“革兰氏阴性菌”。
革兰氏阳性菌的肽聚糖层厚而致密，经过媒染和染色后颜色不易被洗掉，而呈现紫色；而阴性菌肽聚糖层仅1-2层，层薄而疏，与染色剂结合不紧密，颜色容易被洗掉而被番红复复染成红色。
革兰氏染色法一般包括初染、媒染、脱色、复染等四个步骤，但在具体操作方法上有多种做法。
3.菌株鉴定的生理生化实验（1）糖发酵与氧化试验在细菌的分类鉴定中，糖类发酵与氧化测定是一项重要依据。
特别是对细菌的鉴定尤为重要。
常用的发酵与氧化的糖类包括单糖，双糖，多糖三类：如葡萄糖，蔗糖，淀粉等。
醇类包括五元醇，六元醇;如到金盏花醇，甘露醇等；糖苷类主要包括有水杨苷等。
绝大多数细菌都能利用糖类作为能源和碳源，但由于不同的菌类存在酶类差异，已而对糖类发酵与氧化的能力就有所不同。
有的能利用这种而不能利用那种，有的正好相反；有的在糖类发酵与氧化代谢中能分解糖类，产酸产气，有的则只能产酸不能产气。
酸产生与否，以及时发酵类型产酸还是氧化类型产酸，可以由预先加在培养基中的指示剂（溴百里酚蓝水溶液）呈现出来。
这样把接好菌种的培养基放在厌氧或好样的条件下培养，培养基由绿色变为黄色为产酸，是否产气是通过观察培养基中是否产生气泡或培养基断裂来测定，如产生断裂或有气泡证明由气体存在。
（2）过氧化氢酶测定乳酸菌和许多厌氧菌与其他细菌区分的主要依据是测定有无过氧化氢酶。
过氧化氢酶又称接触酶，它能把过氧化氢分解为水和氧气，氧分子变做气泡跑出来，则为过氧化氢酶阳性。
乳酸菌和许多厌氧菌在过氧化氢试验中呈阴性。
（3）细胞色素氧化酶测定细胞色素氧化酶是氧化酶中的一种，有时人们习惯的把细胞色素氧化酶称为氧化酶，所以在细菌分类鉴定中所说的氧化酶就是指细胞色素氧化酶。
细胞色素氧化酶在右分子氧和细胞色素C存在时，可氧化二甲基对本撑二胺(氨基二甲基苯胺)，使之呈现玫瑰红到暗红色，在此基础上，还能和a-苯酚结合生成吲哚酚蓝，而出现蓝色。
四、实验试剂与器材1.器材培养皿、载玻片、盖玻片、普通光学显微镜、量筒、滴管、吸水纸、烧杯、三角瓶、电炉、玻璃棒、接种环、镊子、恒温培养箱、高温灭菌锅、电子天平、滤纸、pH试纸等。
牛肉膏、NaCl、琼脂、蛋白胨、葡萄糖、K2HPO3、溴百里酚蓝、甘油（丙三醇）、结晶紫染液、番红染液、碘液、95％乙醇、5％孔雀绿染液、0.5％番红水染液、3％过氧化氢水溶液、1％盐酸二甲基对苯撑二胺溶液、蒸馏水等。
3.土样公教楼前绿化带内约5cm深处。
五、实验步骤1. 配置培养基配置牛肉膏蛋白胨培养基和马铃薯培养基各300mL，包好15个培养皿，6支试管，玻璃铲及移液管，与配好的培养基一起121℃灭菌30分钟。
灭菌后将培养基倒入培养皿中（无菌操作），牛肉膏蛋白胨培养基倒9个平板，马铃薯培养基倒6个平板。
2.制备土壤稀释液采集土壤样品，称取土壤10g，放入90mL无菌水的三角瓶中，振荡，并用玻璃珠打碎，静置30min，配成土壤悬液。
3.配制稀释液用移液管从三角瓶中吸取1ml（此操作要求无菌操作），加入另一盛有9ml无菌水的离心管中，混合均匀，以此类推分别制成0.1、0.01、0.001、0.0001和0.00001不同稀释度的土壤溶液。
4.涂布培养倒平板，待平板冷却凝固后，无菌操作，移取0.2ml稀释液至平板培养基上，并充分混匀铺平。
其中，牛肉膏蛋白胨培养基（细菌）所接梯度为0（即原液），0.01，0.00001；马铃薯培养基（霉菌）所接梯度为0，0.001。
每种各接3板，做好标记。
倒置于37℃下恒温培养24~48 h。
（马铃薯培养基置于28℃培养3天）。
观察各个稀释条件下的菌落数（最大稀释度下，保证菌落数不超过30，否则应继续稀释。
）计算出每克土壤中细菌的数量:1g土壤中的细菌数量=每皿菌落平均数×稀释倍数×1/取样体积数×95.划线分离土壤稀释溶液微生物的培养基平板进行观察，记录区分明显的细菌特征。
细菌培养基上挑取选5个菌落，标记，记录并进行菌落描述，然后将选取的5种细菌在新的培养基中划线培养（每种细菌培养3个培养皿），标号，37°C温箱培养。
6.简单染色，观察记录现象，如果细菌不纯，继续平板划线分离直到得到纯菌种。
挑取纯菌种接种于斜面培养基上保存。
7.半固体穿刺实验，观察菌的运动性。
8.芽孢染色，观察记录现象。
9.革兰氏染色，观察记录现象。
10.生理生化实验（1）淀粉水解实验（2）糖发酵试验11.通过查伯杰手册确定菌属。
六、实验结果1.细菌分离鉴定结果（1）菌落计数项目平均稀释倍数1g土壤中细菌数123计数14162016.710-515.03×106（2）菌落描述编号大小颜色形状干/湿表面边缘透明程度13.0mm乳白色圆形湿不隆起，不光滑不整齐不透明24.0mm乳白色圆形湿不隆起整齐不透明32.5mm白色圆形湿不隆起整齐不透明46.5mm淡黄色圆形湿略微隆起，表面光滑不整齐稍透明54.5mm乳白色圆形湿不隆起，不光滑不整齐不透明其中4号菌体周围有似粘液的物质包围，且不易挑起。
2.染色结果染色类型编号12345简单染色直杆状，呈短链直杆状短杆状，呈短链直杆状直杆状，链状排列芽孢颜色形成芽孢，位于菌体中部不产生芽孢不产生芽孢不产生芽孢形成芽孢，稍偏离菌体中部革兰氏染色阳性阳性阴性阴性阳性3. 半固体穿刺实验编号12345是否运动运动不运动不运动运动运动4.生理生化反应结果（1）淀粉水解实验编号12345现象出现透明圈出现透明圈出现透明圈不出现透明圈出现透明圈结论阳性阳性阳性阴性阳性通过淀粉水解试验可以确定1、5属于芽孢杆菌属，但不同种。
（2）油脂水解实验编号12345结果变红变红不变红不变红变红结论阳性阳性阴性阴性阳性（3）糖发酵试验A表示葡萄糖发酵B 表示乳糖发酵编号12345ABABABABAB是否产酸+--+-+-+-是否产气----------结论：5种菌均可发酵葡萄糖，且产酸不产气；都不能发酵乳糖。
5.通过查阅伯杰手册，得到的鉴定结果：1号菌：细胞杆状，呈短链，革兰氏反应阳性，有芽孢，运动，淀粉水解测定为阳性，油脂水解测定为阳性，代谢为发酵型，产酸不产气。
查伯杰氏手册估计为芽孢杆菌属（Bacillus sp.）。
2号菌：细胞杆状，革兰氏反应阳性，不产生芽孢，不运动，淀粉水解测定为阳性，油脂水解测定为阳性，代谢为发酵型，产酸不产气。
查伯杰氏手册为乳杆菌属（Lactobacillus. sp.）。
3号菌：细胞杆状，呈短链，革兰氏反应阴性，不产生芽孢，不运动，淀粉水解测定为阳性，油脂水解测定为阴性，代谢为发酵型，产酸不产气。
查伯杰氏手册为不动杆菌属（Acinetobacter sp.）。
4号菌：细胞杆状，革兰氏反应阴性，不产生芽孢，运动，淀粉水解测定为阴性，油脂水解测定为阴性，代谢为发酵型，产酸不产气。
查伯杰氏手册为拜叶林克氏菌属（Beijerinckia sp.）。
5号菌：细胞杆状，链状排列，革兰氏反应阳性，有芽孢，运动，淀粉水解测定为阳性，油脂水解测定为阳性，代谢为发酵型，产酸不产气。