生化课堂测验答案整理

1.作为甲基供体的氨基酸有：2.形成二硫键的氨基酸有：3.非极性氨基酸的疏水性最强的是：4.芳香族氨基酸的特点：5.能形成氢键的氨基酸有：6.柔性最强的氨基酸是：7.活性中心中常出现的氨基酸是：8.所有的氨基酸都有旋光性吗，哪个没有：9.Pro氨基酸的特点：alpha-氨基成环，在蛋白质空间结构中有重要作用。

1.等电点PI、isoelectric point：当外液ph等于某一ph值时，氨基酸所带正电荷与负电荷相等，氨基酸不带电，此时的ph值为该氨基酸的等电点。

氨基酸在等电点状态下溶解度最小ph比pi小时，氨基酸向正极移动。

2.兼性离子zwitterion或偶极离子dipolar ion：R基不含可解离基团的氨基酸溶于中性的水中，占优势的分子形式是兼性离子。

3.肽键peptide bond：由一分子氨基酸的羧基和另一分子氨基酸的氨基脱水缩合而成的结构。

4.二硫键disulfide bond：两个巯基氧化形成二硫键，通常在两个半胱氨酸之间形成它在蛋白质的三维结构的形成上有着重要作用。

5.Edman降解Edman degradation：降解试剂pitc和肽链反应并标记除去一个n端残基，而肽链上的其余肽键不被水解。

新暴露出的n端残基可继续反应。

循环进行而测出氨基酸序列。

6.质谱法mass spectrometry MS：通过测定高精度的分子质量和样品分子裂解产生的碎片质量，来获取有价值的结构信息7.氨基酸分类：非极性R基：G,A,P,V,L,I,M.极性R基：S,T,C,N,Q.芳香族R基：F,Y,W.带正电：K,R,H.带负电：D,E.8.蛋白质测序的常用方法和原理：分解成肽链后，可用：直接测序分析N端残基：DNS-CL标记N端，发出黄绿色荧光；sanger标记N端残基；edman标记N端残基。

酶解法：用蛋白酶将蛋白质裂解为多个肽段。

化学法：用溴化氰切割肽键。

质谱法：见上。

（构型configuration-12、构象15、四大相互作用-18。

蛋白质的水解40、茚三酮反应-51、色谱-55、离子交换层析-58、一二三级结构-67。

）蛋白质的结构1.域domain或结构域structural domain：多肽链在二级结构或超二级结构的基础上形成三级结构的局部折叠区，它是相对独立的紧密球状实体。

2.二面角dihedral angle：两个肽平面相交的角（肽平面指肽键具有双键性质不能旋转而与其周围一起六个原子构成的平面）3.膜体motif或超二级结构super-secondary structure或折叠模式fold：两个或多个相邻的二级结构单元和它们的连接部件组合在一起，相互作用，在蛋白质中充当三级结构的元件。

4.肽平面Peptide plane：肽键具有双键性质不能旋转而与其周围一起六个原子构成的刚性平面。

5.蛋白质折叠protein folding：蛋白质通过一定方式折叠从肽链形成三维结构的过程。

6.拉式构象图Ramachandran diagram：根据蛋白质中非共价键合原子间的最小接触距离，确定了哪些二面角（phi、psi）所确定的两个相邻肽单位的构象是允许的，哪些是不允许的，并且以phi为横坐标，以psi为纵坐标在坐标图上标出，该坐标图称拉氏构象图（简化版：以二面角的phi和psi为横纵坐标，将其所确定的而且被实际所允许的构象在坐标图上标出的坐标图。

）7.盐析Salting out：蛋白质在高浓度盐中溶解度降低而从溶液中析出的现象，它是可逆的。

8.分子伴侣Chaperon或molecular chaperone：分子伴侣通过抑制新生肽链的不恰当的聚集和与其他蛋白质的不合理的结合，协助多肽链的结合。

9.亲和层析affinity chromatography：通过蛋白质分子对其配体分子具有特异性识别能力而建立起来的纯化方法。

10.凝胶过滤层析gel filtration chromatography：根据蛋白质的大小进行分离的层析方法。

分子大的蛋白质不能进入层析柱中的多孔网状结构，而小分子的蛋白质可以，使得分子量不同的蛋白质所走过的路程不同，而达到了分离蛋白质的目的。

11.Alpha-helix和beta-sheet的特点：alpha-helix：phi为-57，psi为-48，几乎都是右手螺旋；每3.6个氨基酸上升一圈，一圈高度为0.54；侧链基团向外；相邻螺圈之间形成氢键，氢键几乎与轴平行。

Beta-sheet：多肽主链锯齿状折叠；侧链基团交替分布在面的两侧；相邻肽链之间形成氢键，与长轴垂直。

（有反平行式和平行式）12.测定蛋白质三维结构的方法有：X-ray衍射；NMR核磁共振；single particle cryo-EM单粒子冷冻电镜。

维系三维结构依靠的作用力是：氢键，氨基酸S，N；范德华力，gly；疏水相互作用，leu；离子相互作用，arg；二硫键，cys。

酶动力学1.反应速度reaction velocity：用单位时间内底物浓度的减少量或产物浓度的增加量来表示。

2.转换数turnover number：Kcat，是酶最大催化活力的量度。

定义为：当酶被底物饱和时，每秒钟每个酶分子或每个活性部位将底物转化为产物的分子数。

3.过渡态理论transition state theory：化学反应不仅需要经过碰撞而且必须经过一个短暂的过渡态才能形成产物。

分子形成过渡态时，活化能降低而容易形成产物。

P2144.辅因子cofactor：蛋白质和金属离子结合形成缀合蛋白质的酶类。

5.底物substrate：被酶催化的反应物。

6.全酶holoenzyme：脱辅酶和辅因子结合后形成的复合物。

7.竞争性抑制competitive inhibition：抑制剂和底物竞争结合酶的结合部位，从而影响底物与酶的正常结合。

8.酶的专一性enzyme specificity：指酶对作用的反应物和催化的反应有严格的选择性。

9.核酶ribozyme：拥有催化功能的RNA。

10.Michaels-menten模型Michaels-menten model：酶与底物结合复合物再生成产物。

形成其中不考虑第二步的逆反应，且第二步的反应速率远小于第一步的逆反应速率——即快速平衡。

P24611.稳态模型推导米氏方程：见p248。

Km是当酶反应速率达到最大酶反应速率的一半时所对应的底物浓度。

它只与酶的性质有关，反映了酶的亲和力。

Kcat也叫做转换数，是酶最大催化活力的量度，见第二题。

12.抑制作用分为：竞争性抑制（E+S=ES, Vmax不变Km增大），反竞争性抑制(ES+I=ESI, Vmax减少Km不变)和非竞争性抑制(ES+I=ESI,EI+S=ESI, Vmax和Km都减少)。

P260第七章和第十一章——酶的催化机制与调控、核酸的结构与功能1.活性中心active site：酶分子中结合底物并起催化作用的少数氨基酸残基，包括底物结合部位、催化部位。

2.共价催化covalent catalysis又称亲核催化nucleophilic catalysis或亲电子催化electrophiliccatalysis：酶作为亲核基团或亲电基团，与底物形成一个反应活性很高的共价中间物，使反应活化能降低，从而提高反应速度的过程，称为共价催化。

（简化版：催化剂与底物交换电子形成共价化合物而降低活化能，从而使得反应加速。

）3.别构调节allosteric regulation：酶的非催化部位与某些化合物可逆地非共价结合后发生构象的改变，进而改变酶的活性状态。

4.共价调节Covalent regulation：通过其他酶对其多肽链上的某些基团进行可逆的共价修饰，使处于活性与非活性的互变状态，从而调节酶活性。

5.同工酶isozyme：指催化相同化学反应，但其蛋白质分子在结构、理化性质等各方面都不同的一组酶，它们由不同的基因编码。

6.脱氧核糖核酸Dexoyribonucleic acid：带有遗传信息的核苷酸序列，是染色体的组成成分，指导生命活动的进行。

7.转录Transcription：转录是基因表达的第一阶段。

它是以一条DNA链为模板经RNA聚合酶催化形成mRNA的过程。

8.嘌呤Purine：画图。

9.5-甲基胞嘧啶5-methylcytosine：画图。

10.核苷酸nucleotide：核酸的组成成分。

画图。

11.酶拥有高效催化能力的原因是：有邻近效应和定向效应；会发生底物形变和诱导契合；有多种催化作用以及协同效应，如酸碱催化，共价催化和金属离子催化；活性部位微环境的影响。

（第一，邻近效应：酶与底物形成中间复合物后使酶的催化基团与底物之间以及底物之间相互靠近，提高了反应基团的有效浓度。

定向效应：由于酶的构象作用，底物的反应基团之间、酶与底物的反应基团之间正确取向的效应。

第二，酶-底复合物形成时，酶分子构象发生变化，底物分子也常常受到酶的作用而发生变化，甚至使底物分子发生扭曲变形，从而使底物分子某些键的键能减弱，有助于过度态的中间产物形成,从而降低了反应的活化能。

P288）12.DNA两种配对的特点和分子基础：Watson-crick：DNA由两条反平行的多核苷酸链组成，形成右手双股螺旋；碱基位于内侧，磷酸和脱氧核糖通过磷酸二酯键相连，碱基与轴垂直，糖环和轴平行；碱基互补AT，CG，碱基与碱基通过氢键相连；螺旋直径2nm，十个核苷酸绕一圈，3.4ai。

DNA双螺旋结构通过碱基的氢键和堆积力维持稳定。

Hoogsteen：第三股碱基与watson-crick碱基对中的嘌呤碱形成hoogsteen配对。

有TAT和C+GC两种方式，C质子化。

1.半保留复制Semi conservative replication：DNA 在进行复制的时候链间氢键断裂，双链解旋分开，每条链作为模板在其上合成互补链，经过一系列酶（DNA聚合酶、解旋酶、链接酶等）的作用生成两个新的DNA分子。

子代DNA分子其中的一条链来自亲代DNA，另一条链是新合成的，这种方式称半保留复制。

2.磷酸二酯酶phosphodiesterase：指分解磷酸二酯键的酶。

3.增色效应Hyperchromic effect：变性后DNA对260nm紫外光的吸收率（A260）比变性前明显增加，这种现象称为增色效应。

复性后又降低，叫做减色效应（Hypor***）。

4.熔解温度Melting temperature：通常将DNA的变性达到50%时的温度称为DNA的熔解温度。

5.退火annealing：将热变性的DNA缓慢冷却时，可以复性（一般低于Tm20—25℃），（变性DNA在适当的条件下，两条彼此分开的单链可以重新缔合成为双螺旋结构，这一过程称为复性。