NCBI_功能详细介绍
NCBI_功能详细介绍
NCBI_功能详细介绍GenBank Overview基本信息什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez 搜索字段的交叉索引。
访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez 和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。
另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。
公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。
遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
（请在提交前用VecScreen去除载体）Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。
可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
怎样使用NCBI
怎样使用NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物医学和基因组学相关信息和工具的资源中心，为全球研究人员提供了公共数据库和计算工具。
NCBI不仅提供了各种数据库（如PubMed、GenBank和BLAST等），还提供了多种工具和程序包，可以帮助用户在完整的基因组中、分析和解释生物信息。
1. PubMedPubMed是NCBI最受欢迎的数据库之一，它提供了全球各领域生物医学和生物科学研究的相关文献。
用户可以在框中输入关键词来相关的医学文献，也可以使用高级功能来筛选文献。
在结果中，用户可以找到文献的摘要、全文和相关信息。
2. GenBankGenBank是NCBI的核心数据库之一，它收集和存储了全球各领域基因组学研究的DNA序列数据。
用户可以通过框中输入基因名、序列ID或其他相关信息来特定的DNA序列数据。
结果会提供序列的相关信息、注释、变异等。
3.BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于在NCBI数据库中相似序列的工具。
BLAST可以用来比对一段DNA或者蛋白质序列与数据库中的其他序列进行比对，用户可以通过输入序列或者上传文件的方式使用BLAST。
BLAST结果会给出匹配的序列、相似度和其他相关信息。
4. Primer-BLASTPrimer-BLAST是一个用于设计引物（primers）的工具，该工具可以帮助用户设计用于PCR扩增特定DNA区域的引物。
用户可以在框中输入目标基因的序列，Primer-BLAST会自动生成一对合适的引物，并提供引物的相关信息和参数。
除了上述常用的NCBI工具和数据库外，NCBI还提供了其他许多强大且有用的工具和资源，如ClinVar（帮助研究人员了解基因变异与遗传疾病的关系）、Entrez（提供了多个数据库的交叉功能）和PubChem（提供化合物信息和化学数据库）等。
NCBI功能详介
NCBI功能详介NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库之一，也是生物医学研究领域最重要的资源之一、NCBI提供了广泛的生物学和医学数据库和工具，以帮助科学家们进行基因组学、蛋白质学、遗传学、药物研发等方面的研究。
NCBI的主要功能包括：1. PubMed：NCBI的PubMed是最大的生物医学文献数据库。
它收录了全球范围内的生物医学文献，并提供了非常强大的功能，以帮助科学家们找到自己感兴趣的论文。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是NCBI 提供的一种重要的生物信息学工具。
它可以用来比对生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列），以找到相似的序列或已知的序列。
BLAST对生物学研究非常重要，可以用于序列比对、功能注释、物种分类等各种应用。
4. Entrez数据库：Entrez是NCBI提供的一种综合性数据库工具，可以用来访问和多个数据库，如PubMed、GenBank、Protein、Nucleotide等。
用户可以使用Entrez来查找和获取各种类型的生物学数据，如文献、序列、蛋白质结构等。
5. PubChem：PubChem是一个提供生物化学信息的数据库，包含大量的有关化合物的实验数据、化学结构、药物作用等信息。
它可以帮助研究人员进行药物发现、化合物筛选和毒性评估等方面的研究。
6. dbSNP：DBSNP（Single Nucleotide Polymorphism Database）是一个用于存储和查询单核苷酸多态性数据的数据库。
它收集了全球范围内各种不同物种的单核苷酸变异信息，包括单核苷酸变异的位点、变异类型、频率等。
7. GEO：GEO（Gene Expression Omnibus）是一个用于存储和共享基因表达数据的数据库。
ncbi名词解释
ncbi名词解释
ncbi是National Bioinformatics Center的缩写,是一个由美国联邦政府资助的国家级数据存储和共享平台,用于存储、处理和分析各种类型的生物信息学数据,如基因序列、蛋白质序列、转录组、代谢组等。
ncbi是一个跨学科的平台,吸引了来自生物学、计算机科学、统计学、物理学和化学等多个领域的科学家和研究人员。
它提供了大量的数据库、工具和API,方便用户进行基因组学、转录组学、蛋白质组学等生物信息学研究。
ncbi的数据库包含了来自全球多个物种的基因组、转录组和蛋白质序列数据,以及大量的生物学文献和物种信息。
它还提供了各种分析工具,如基因注释、聚类分析、基因组关联分析等,帮助研究人员更好地理解基因组和转录组数据。
ncbi的主要功能包括数据存储、数据检索、数据分析和数据共享等。
用户可以在ncbi上创建自己的数据库,存储和检索自己的数据。
ncbi还提供了各种可视化工具,帮助研究人员更好地理解复杂的生物信息学数据。
随着生物信息学的不断发展,ncbi已经成为了一个全球重要的生物信息学
资源平台,为生物学家和研究人员提供了丰富的数据资源和数据分析工具。
NCBI使用方法
NCBI使用方法
是NCBI最常用的功能之一、用户可以使用栏特定的关键词、序列、基因或其他相关信息。
NCBI提供了多种工具，包括PubMed、BLAST、Entrez等。
PubMed是一个生命科学文献库，用户可以使用关键词相关的科学文献。
BLAST是一种常用的序列比对工具，用户可以将自己的序列与NCBI数据库中的序列进行比对分析。
Entrez是一个综合数据库工具，用户可以使用关键词多种数据库。
对于高级用户，NCBI还提供了一些编程接口和工具，如E-utilities 和APIs（Application Programming Interfaces），允许用户通过编程方式访问和获取NCBI数据库中的数据。
这些接口和工具可以帮助用户自动化数据提取和分析，更好地满足特定研究需求。
总体而言，NCBI是一个非常强大和全面的生物信息资源。
通过熟悉和利用其提供的各种功能和工具，研究人员可以快速访问和分析生物领域的大量数据，推动科学研究的进展。
同时，NCBI还不断更新和扩展其数据库和工具，以迎合不断发展的生物信息学需求。
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种 比较方法可选择：
• Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 • Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 • Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较，
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
Gene info：17号染色体
NCBI数据库的使用与功能介绍
功能注释：Gene Ontology
该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM-
001168.2 初步的功能分 析：细胞周期 ，caspase酶的 抑制因子等
NCBI的任务：
建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
NCBI数据库的使用与功能介绍
如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
NCBI数据库的使用与功能介绍
NCBI数据库的使用与功能介绍
mRNA序列：
蛋白序列：
NCBI数据库的使用与功能介绍
已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义和作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库使用指导1.基因数据库a.基因序列数据库b.基因表达数据库2.蛋白质数据库a.蛋白质序列数据库b.蛋白质结构数据库3.核酸数据库a.核酸序列数据库b.核酸变异数据库4.文献数据库a.PubMedb.基因组数据库三、NCBI工具使用指导1.BLAST2.Entrez3.RefSeq4.dbSNP四、NCBI的高级功能1.基因变异分析2.基因表达数据分析3.蛋白质结构预测正文：CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的公共数据库，为全球科研人员提供免费的生物信息学资源。
NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸数据库和文献数据库。
在基因数据库方面，NCBI收录了大量基因序列数据，包括基因组、转录组、单细胞测序等。
此外，还提供了基因表达数据库，可以查询基因在不同组织、不同发育阶段、不同生理条件下的表达水平。
在蛋白质数据库方面，NCBI收录了大量的蛋白质序列和结构信息。
蛋白质序列数据库包括TrEMBL、Swiss-Prot等，结构数据库包括PDB（Protein Data Bank）。
在核酸数据库方面，NCBI收录了大量的核酸序列数据，包括基因组、转录组、突变组等。
此外，还提供了核酸变异数据库，包括SNP（单核苷酸多态性）、CNV（拷贝数变异）等变异信息。
在文献数据库方面，NCBI提供了PubMed，这是一个收录了大量生物医学相关文献的数据库。
此外，还有基因组数据库和dbSNP等特殊文献数据库。
为了方便用户使用这些数据库，NCBI提供了一系列工具。
其中，BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于序列比对的算法，可以帮助用户找到相似的序列。
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GenBank Overview基本信息∙什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
∙纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
∙访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。
另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
∙增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。
∙公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
∙公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。
∙遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）∙关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
∙BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
（请在提交前用VecScreen去除载体）∙Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。
可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
（请在提交前用VecScreen去除载体）∙ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE 实验的cDNA序列。
∙GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
∙HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。
（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。
）∙STSs - 序列标签位点。
短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
∙注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。
国际核苷酸序列数据库合作组织∙GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。
GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。
数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。
即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。
∙DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
FTP GenBank and Daily Updates∙GenBank普通文件格式—参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
∙ASN.1格式—摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
∙FASTA格式—定义行号后只跟随序列数据（示例），参见描述数据库的readme文件，包括nt.Z （每天更新的非冗余BLAST核酸数据库，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白质），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
分子数据库概览核酸序列∙Entrez核酸—用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。
更多的关于Entrez的信息见下。
如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
∙RefSeq — NCBI数据库的参考序列。
校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
∙dbEST —表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
∙dbGSS —基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
∙dbSTS —序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
∙dbSNP —单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。
完整的基因组∙参见下面Genome和Maps部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。
∙UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。
序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载。
o人类UniGeneo小鼠UniGeneo大鼠UniGeneo斑马鱼UniGene∙BLAST —将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似的序列。
（更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分）蛋白序列∙Entrez蛋白—用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。
更多的关于Entrez的信息见下。
如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
∙RefSeq —NCBI数据库的参考序列。
Curated, 非冗余集合包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
∙FTPGenPept —下载“genpept.fsa.Z”文件，这个文件包含了从GenBank/EMBL/DDBJ记录中翻译过来的FASTA格式的氨基酸序列，这些记录都有一到两个CDS特性的描述。
完整基因组∙参见下面Genome和Maps部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。
∙Entrez基因组—提供了一个编码区的概要和各种物种的分类表（TaxTable）。
编码区概要列出了在基因组中所有的的蛋白，并提供链接到FASTA文件和BLAST。
分类表总结了蛋白BLAST 分析的结果，建议他们的可能功能，并用颜色编码的图来显示物种同其它物种之间的关系（参见下面'Genomes和Maps,'部分Entrez基因组的一般描述）∙FTP基因组蛋白—从ftp站点的genbank/genomes目录下下载各种物种的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。
参见readme文件。
蛋白表也可以在Entrez基因组中看到。
∙PROW — Web上的蛋白资源，关于大约200种人类的CD细胞表面分子的简短官方向导。
互相检索，为每个CD抗原提供大约20中标准信息的分类（生化功能，配体，等等）∙BLAST —将你的序列同蛋白库中的的序列比较，检索相似的序列。
（更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分）结构∙结构主页—关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
∙MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
MMDB是来源于Brookhaven蛋白数据库（PDB）三维结构的一部分，排除了那些理论模型。
MMDB重新组织和验证了这些信息，从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。
数据的说明书包括生物多聚体的空间结构，这个分子在化学上是如何组织的，以及联系两者的一套指针。
利用将化学，序列，和结构信息整合在一起，MMDB计划成为基于结构的同源模型化和蛋白结构预测的资源服务。
MMDB的记录以ASN.1格式存储，可以用Cn3D, Rasmol, 或Kinemage来显示。
另外，数据库中类似的结构已经被用VAST确认，新的结构可以用VASTsearch 来同数据库进行比较。
∙Cn3D —“See in 3-D”，一个用于NCBI数据库的结构和序列相似显示工具，它允许观察3-D结构和序列—结构或结构—结构同源比较。
Cn3D用起来就象你浏览器上的一个帮助工具。
∙VAST —矢量同源比较搜索工具—一个在NCBI开发的计算算法，用于确定相似的蛋白三维结构。
每一个结构的“结构邻居”都是预先计算好的，而且可以通过MMDB的结构概要页面的链接访问。
这些邻居可以用来确认那些不能被序列比较识别的远的同源性。
∙VAST 搜索—结构—结构相似搜索服务。
比较一个新解出的蛋白结构和在MMDB/PDB数据库中的结构的三维坐标。
VAST搜索计算一系列可能会被交互浏览的结构邻居，用分子图形来观察重叠和同源相似。
分类学∙NCBI的分类数据库主页—关于分类计划的一般信息，包括分类资源和同NCBI分类学家合作的外部管理者的列表。