NCBI序列数据库概述(2017.3.16)
NCBI各数据库简介
NCBI各数据库简介本篇文献转自以下网址：/experiment/fenzi/237847.html随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的工具了。
那么各位小伙伴们，你能说出NCBI有多少数据库吗？有哪些实用的工具吗？不知道的就进来看看吧！美国国立生物技术信息中心(National Center for BiotechnologyInformation)，即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前，NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、MyNCBI、PubMed、PubMed Central、EntrezGene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、ElectronicPCR等共计36种功能。
而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1NCBI数据库更新进展1.1 PubMed搜索功能的增强NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
NCBI数据库和软件
美国国立医学图书馆(NLM)于1988年11月4日建立国家生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information,简称NCBI)。
该中心的主要任务为：为储存和分析分子生物学、生物化学、遗传学知识创建自动化系统；从事研究基于计算机的信息处理过程的高级方法，用于分析生物学上重要的分子和化合物的结构与功能；促进生物学研究人员和医护人员应用数据库和软件；努力协作以获取世界范围内的生物技术信息。
NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检索系统。
该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE 有关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地结合在一起。
PubMed一个关于生物医药科学的检索系统，包括引用、摘要和杂志的索引术语。
它包括直接由出版商提供给NCBI 的文献引用以及链接到在出版商网址上的全文的URLs。
PubMed 包括MEDLINE 和PREMEDLINE的完整内容。
它还包括一些被MEDLINE认为超出范围的文章和杂志，（这些文章或杂志）由于内容或在某一时期不在索引范围内。
因此PubMed 是比MEDLINE的更大的集合。
Books同书籍出版商合作NCBI为网络改编了教科书，并把他们链接到PubMed-生物医药书目数据库。
这是为了给PubMed提供背景信息，这样使用者可以探究在PubMed搜索结果中不熟悉的概念。
目前收录的书有： Molecular Biology of the Cell, 3rd ed. Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J.D., 1994, Garland Publishing.Nucleotide该数据库由国际核苷酸序列数据库成员美国国立卫生研究院GenBank、日本DNA数据库(DDBJ)和英国Hinxton Hall的欧洲分子生物学实验室数据库(EMBL)三部分数据组成。
NCBI简介
NCBI简介简介⼤型数据库分成若⼲⼦库，有许多好处。
⾸先，可以把数据库查询限定在某⼀特定部分，以便加快查询速度。
其次，基因组计划快速测序得到的⼤量序列尚未加以注释，将它们单独分类，有利于数据库查询和搜索时“有的放⽮”。
GenBank将这些数据按⾼通量基因组序列（High Throughput Genomic Sequences，HTG）、表达序列标记（Expressed SequenceTags，EST）、序列标记位点（Sequence Tagged Sites，STS）和基因组概览序列（Genome Survey Sequences，GSS）单独分类。
尽管这些数据尚未加以注释，它们依然是GenBank的重要组成部分。
可通过Entrez数据库查询系统对GenBank进⾏查询。
这个系统将核酸、蛋⽩质序列和基因图谱、蛋⽩质结构数据库整合在⼀起。
此外，通过该系统的⽂献摘要数据库MEDLINE，可获取有关序列的进⼀步信息。
在万维⽹上，进⼊NCBI的主页，可以⽤BLAST程序对GenBank数据库进⾏未知序列的同源性搜索（详见第六章）。
完整的GenBank数据库包括序列⽂件，索引⽂件以及其它有关⽂件。
索引⽂件是根据数据库中作者、参考⽂献等⼦段建⽴的，⽤于数据库查询。
GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译⽽得到的蛋⽩质序列数据库，其数据格式为FastA。
GenBank 曾以CD-ROM光盘的形式分发，价格⽐较便宜。
随着数据库容量的增长，⼀套最新版的GenBank需要12张光盘存放，不仅⽣产成本很⾼，也不便于使⽤。
现在，光盘分发的⽅式已经停⽌，可以通过⽹络下载GenBank数据库。
GenBank中最常⽤的是序列⽂件。
序列⽂件的基本单位是序列条⽬，包括核⽢酸碱基排列顺序和注释两部分。
⽬前，许多⽣物信息资源中⼼通过计算机⽹络提供该数据库⽂件。
下⾯，我们介绍序列⽂件的结构。
序列⽂件由单个的序列条⽬组成。
序列条⽬由字段组成，每个字段由关键字起始，后⾯为该字段的具体说明。
ncbi 基因序列
ncbi基因序列引言NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，致力于生物医学和遗传学研究。
其数据库中包含了大量的基因序列数据，为生命科学研究提供了重要的资源。
本文将全面、详细、完整地探讨NCBI基因序列，包括其数据库结构、数据内容以及应用等方面。
NCBI基因序列数据库结构NCBI基因序列数据库主要由以下几个部分组成：1. GenBankGenBank是NCBI最重要的数据库之一，存储了大量的基因序列数据。
它包含了来自不同生物物种的DNA、RNA以及蛋白质序列的信息。
GenBank中的数据被分为多个不同的类别，例如转录本（transcript）和基因（gene）等。
用户可以通过GenBank来查询、浏览和下载基因序列信息。
2. RefSeqRefSeq是NCBI维护的一个基因序列数据库，与GenBank不同的是，它主要包含了一些已知的、已经经过验证的基因序列。
RefSeq数据库提供了高质量的基因注释信息，可以帮助研究者更好地理解基因的结构和功能。
3. SRASRA（Sequence Read Archive）是NCBI的一个存储测序数据的数据库。
它包含了来自不同生物物种的DNA和RNA测序数据，包括原始的测序片段（reads）以及组装好的序列。
SRA数据库为研究者提供了丰富的数据资源，可以用于各种生物信息学和基因组学分析。
NCBI基因序列数据内容NCBI基因序列数据库中的数据内容非常丰富。
除了基因序列本身外，还包括了基因的注释信息、功能预测、调控元件等。
下面列举了部分常见的数据内容：1. 基因序列基因序列是NCBI基因序列数据库中最基本的数据内容之一。
它包含了DNA、RNA或蛋白质的碱基序列信息。
基因序列可以通过基因的唯一标识符进行查询，研究者可以通过分析基因序列来了解基因的结构和功能。
2. 基因注释基因注释是对基因序列进行解读和注释的过程，旨在揭示基因的结构和功能。
ncbi 序列 gene= 基因名称
序号1. 背景介绍NCBI，全称为National Center for Biotechnology Information，是美国国家生物技术信息中心，是一个致力于生物医学和遗传学研究的综合性数据库和资源评台。
NCBI的序列数据库中包含了大量的基因序列信息，科研人员可以通过这个数据库获取各种生物信息，进行科学研究和相关应用。
2. NCBI序列数据库的重要性NCBI序列数据库是目前全球最大、最全面的生物信息数据库之一，其包含了来自于各种不同生物体的基因组序列、注释信息、蛋白质序列等，这些信息为生物学、医学和农业等领域的科研工作者提供了极大的便利。
研究人员可以通过NCBI数据库来寻找自己感兴趣的基因序列，进行基因功能预测、重建系统进化树、进行药物研发等工作。
3. 如何使用NCBI序列数据库要使用NCBI序列数据库，首先需要进入NCBI的冠方全球信息站，然后在数据库搜索栏中输入所需的基因名称。
在搜索结果中，科研人员可以看到与所输入基因名相关的实验信息、文献信息以及基因序列等。
NCBI数据库还提供了一系列的工具和软件，用于辅助科研人员进行序列比对、分析序列的功能信息等。
4. 重要应用NCBI序列数据库的应用非常广泛，比如在医学研究领域，科研人员可以利用该数据库来寻找人类疾病相关的基因序列，进行疾病的基因检测和病因研究。
在农业领域，研究人员可以利用数据库中的植物基因序列信息，进行作物的基因改良和新品种培育。
利用基因序列信息，还可以进行物种鉴定、资源开发等相关工作。
5. 数据库更新与维护NCBI序列数据库是一个非常庞大的数据库，其中包含了海量的生物信息，因此数据库的更新和维护工作也很重要。
NCBI的维护人员会不断地收集、整理和更新最新的生物信息，确保数据库中的信息是最新、最全面的。
数据库的安全性和稳定性的保障也是维护人员所关注的重点之一。
6. 结语NCBI序列数据库是一个极其重要的生物信息资源库，其对于生物学、医学、农业等领域的科研工作起到了至关重要的作用。
NCBI_功能详细介绍
NCBI_功能详细介绍NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是美国国立卫生研究院（NIH）的一个部门，旨在为科学家、研究者和医生提供生物信息学数据库和工具，以促进生物医学研究和医疗实践的发展。
NCBI提供了一系列的数据库和工具，涵盖了基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的多个领域，为用户提供了许多功能和资源。
以下是NCBI提供的一些主要功能：1. PubMed：PubMed是一个免费的生物医学文献数据库，收录了来自全球各地的医学和生物医学研究的学术文章和论文摘要。
它是全球最大的生物医学文献数据库之一，每年更新数量庞大的文献。
研究人员、医生和学生可以使用PubMed来查找相关的研究论文，以支持他们的研究和临床实践。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个用于比对和分析生物序列的工具。
它可以对输入的DNA或蛋白质序列与数据库中的序列进行比对，以寻找相似的序列片段或相应的功能注释。
BLAST被广泛用于基因组学、生物技术和分子生物学的研究中。
4. Entrez：Entrez是一个综合性引擎和浏览器，用于访问NCBI提供的不同数据库中的信息。
用户可以使用Entrez工具来查找特定的文章、序列、结构、基因、文献、蛋白质、基因组、生物样本等信息，并浏览相关的文献和数据。
6. dbSNP：dbSNP是一个单核苷酸多态性数据库，记录了人类和其他物种的基因组中的单核苷酸变异信息。
它是一个重要的资源，用于研究人员研究遗传变异与疾病风险和治疗反应之间的关系，以及个体间的遗传差异。
总之，NCBI提供了许多重要的生物信息学数据库和工具，为科学家、研究者和医生提供了进行生物医学研究和临床实践所需的关键资源。
它在基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的研究中起到了非常重要的作用，并对生物医学领域的发展做出了巨大贡献。
美国国立生物技术信息中心NCBI的数据库资源
美国国立生物技术信息中心（NCBI）的数据库资源生命学院生物技术专业2002级周帅学号021402142[摘要]除了提供GenBank核酸序列数据库以外，美国国家生物技术信息中心还提供对于GenBank中数据的分析，检索资源，另外还通过其提供一系列的有价值的生物数据及信息。
NCBI 数据的检索资源包括Entrez, PubMed, LocusLink 以及Taxonomy浏览器。
数据分析资源包括BLAST，电子PCR，开放阅读框寻觅器，序列提交工具，唯一人类基因序列集合，基因同源物数据库,单核苷酸多态性数据库(dbSNP)，人类基因组测序，人类基因组基因图谱，分类学浏览器，人-鼠同源基因图谱, 异常癌症基因组计划(CCAP)，Entrez 基因组,垂直同源基因簇(COGs)数据库，反转录病毒基因分类工具，癌症基因组剖析计划(CGAP)，基因表达连续分析图谱(SAGEmap)，综合性基因表达(GEO)，在线孟德尔人类遗传(OMIM)，三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB)以及保守序列数据库(CDD)。
BLAST程序通过增加一些的应用程序实现搜索某些特殊数据的最优化方式。
所有的资源可以通过NCBI的首页得到：。
引言作为美国国家卫生研究院（NIH）的国立医学图书馆（NLM）的一个分支，美国国家生物技术信息中心（NCBI）成立于1988，其目标是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
除了提供由各个科研院所直接提供的GenBank 核酸序列数据库以外，NCBI还提供对于GenBank中数据检索系统和计算工具以帮助分析GenBank的数据以及其他的NCBI提供的可利用的生物信息数据。
NCBI首页()所提供的可用数据涵盖了部分基因的代表性短序列、完整的基因组、蛋白质结构以及一些遗传疾病的临床描述。
NCBI提供了一系列的计算工具以帮助分析各种类型的数据。
总体来说，NCBI的整套数据库资源分为7大类：数据库检索系统,相似序列检索程序,基因序列分析数据库,染色体序列数据库,基因组分析数据库,基因表达与显型分析数据库,以及蛋白质结构和建模数据库。
NCBI序列数据库概述(2017.3.16)
6.BioProject
• 随着NCBI中归档的数据集的量和复杂性的快速增 加，对收集和组织相关元数据的需求也在快速增 加。尽管以前已经为一些归档数据库收集了元数 据，但是在Nபைடு நூலகம்BI没有集中的方式收集这些信息， 并跨数据库使用它们。最近建立了BioProject数据 库以促进提交到NCBI、EBI和DDBJ数据库的项目数 据的组织和分类。它捕获有关研究项目的描述性 信息，导致到归档数据库的大量提交，将跨多个 归档的相关数据整合在一起，并充当了一个中心 入口，通过该入口告知用户数据的可用性。
3.Genome
• NCBI收录了超过1000种已经完成测序的生 物体全部基因组序列和定位数据，及正在 进行测序的物种阶段性发布的基因组信息。 • Genome涉及的物种涉及所有的生物领域： 细菌、古细菌、真核生物，以及许多病毒、 噬菌体、类病毒、质粒和含遗传物质的细 胞器。
4.蛋白质数据库
• NCBI Protein数据库收录来源于GenPept、 RefSeq、Swiss-Prot、PIR、PRF及PDB等蛋白 质数据资源的蛋白质序列和注释数据； • Protein Cluster数据库提供存在一定联系的 蛋白质集合信息，并与蛋白质注释、结构、 结构域、家族相关数据库之间交互访问； • Structure数据路是由蛋白质三维结构数据库 PDB衍生而来的大分子模建数据库，提供蛋 白质三维结构信息及相关的可视化和结构 化比对工具
NCBI序列数据库
时间：2017.3.16
一、NCBI概述
• 1988年11月美国国家健康研究所（NIH）、 国家医学图书馆（NLM）发起成立； • 1992年，NCBI建立GenBank核酸序列数据库， 将美国专利商标局存储的专利序列并入 GenBank管理并与EMBL、DDBJ实现数据资 源的交换与共享； • GenBank、EMBL、DDBJ并称世界三大生物 序列信息数据库。
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RefSeq (reference sequence)：GenBank中的 数据是由用户提交数据构成，具有较高的 冗余度和差错率，为更好的实现特征序列 的查询，NCBI在GenBank数据基础上针对每 个基因不同的数据类型提取一个可靠地注 释条目作为参考条目，组成RefSeq。
2.Gene
• Gene:基因数据库收录全部已测序物种的基 因注释信息，包括基因的名称、染色体定 位、基因序列和编码产物（mRNA、蛋白质） 情况基因功能和相关文献信息等； • 与GenBank、OMIM、遗传多态数据库等 NCBI子库及KEGG、Gene Ontology等外源性 数据库进行交叉引用； • 基因数据库是目前最权威的基因注解数据 库。
三、NCBI提供的重要支持工具
• BLAST:BLAST是由NCBI开发的序列相似性搜 索程序，检索速度快，有助于识别基因和 基因特征； • Primer-BLAST:可用于多方面生物医学研究过 程的核酸引物设计； • NCBI提供的其他软件工具还包括：开放阅 读框搜索、电子PCR和序列提交工具Sequin 和BankIt等。
Байду номын сангаас
二、NCBI中的重要子库
NCBI收录的生物数据依据不同的类别、层次、 存储质量和应用特征等划分为众多相对独立， 而又交叉引用的子库 1.GenBank与RefSeq 2.Gene 3.Genome 4.蛋白质数据库 5.遗传多态数据库 6.BioProject 7.其他
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1.GenBank与RefSeq
GenBank是NIH遗传序列数据库，集成了所有 公开可获得的已注释DNA序列。根据其不同的 研究属性，分属于Nucleotide、GSS、EST三个 子库 • Nucleotide:收录绝大多数常规的核酸序列； • GSS（Genome Survey Sequence）：收录测序起 始段用来进行序列或基因示踪、重复序列或基 因数量预判等的各种短读长序列； • EST（Expressed Sequence Tag）：收录cDNA及 cDNA特征序列信息。
5.遗传多态数据库
• NCBI中的dbSNP、dbVar、dbGaP和ClinVar四个 子库涉及DNA多态或变异信息。 • dbSNP：收录了所有物种中发现的短序列多态 的突变信息； • dbVar:主要收录较大规模的基因组变异，包括 大片段的插入、缺失、异位、倒置和拷贝数多 态等信息资源； • dbGaP:收录大量以遗传多态为分子标记物的基 因型和表型关联性研究数据； • ClinVar：收录临床中发现或报道的有证据支持 的与人类疾病或健康状态有关的变异位点，并 与多个疾病和卫生系统数据库进行交互引用。
7.其他
• GEO（Gene Expression Omnibus）接受和管理各研究机 构提交的基因芯片或测序技术获得的不同生理、病理状 态个体或细胞系基因（包括非编码基因）表达数据。 • Epigenomics：是一个表观基因组数据查询和浏览相结合 的数据库。提供DNA甲基化、组蛋白修饰等表观遗传学 数据集下载、基因序列、表观遗传状态的定位比较和可 视化等。 • Unigene:针对每一个基因建立一个独立的数据系统，分 别将不同来源的基因序列、蛋白质相似性、基因表达、 染色体定位、cDNA序列、mRNA序列、EST序列等进行罗 列和比较，旨在为研究者提供全面、丰富的信息资源， 更好地对基因的功能和注释信息的可靠性进行梳理。
3.Genome
• NCBI收录了超过1000种已经完成测序的生 物体全部基因组序列和定位数据，及正在 进行测序的物种阶段性发布的基因组信息。 • Genome涉及的物种涉及所有的生物领域： 细菌、古细菌、真核生物，以及许多病毒、 噬菌体、类病毒、质粒和含遗传物质的细 胞器。
4.蛋白质数据库
• NCBI Protein数据库收录来源于GenPept、 RefSeq、Swiss-Prot、PIR、PRF及PDB等蛋白 质数据资源的蛋白质序列和注释数据； • Protein Cluster数据库提供存在一定联系的 蛋白质集合信息，并与蛋白质注释、结构、 结构域、家族相关数据库之间交互访问； • Structure数据路是由蛋白质三维结构数据库 PDB衍生而来的大分子模建数据库，提供蛋 白质三维结构信息及相关的可视化和结构 化比对工具
NCBI序列数据库
时间：2017.3.16
一、NCBI概述
• 1988年11月美国国家健康研究所（NIH）、 国家医学图书馆（NLM）发起成立； • 1992年，NCBI建立GenBank核酸序列数据库， 将美国专利商标局存储的专利序列并入 GenBank管理并与EMBL、DDBJ实现数据资 源的交换与共享； • GenBank、EMBL、DDBJ并称世界三大生物 序列信息数据库。
6.BioProject
• 随着NCBI中归档的数据集的量和复杂性的快速增 加，对收集和组织相关元数据的需求也在快速增 加。尽管以前已经为一些归档数据库收集了元数 据，但是在NCBI没有集中的方式收集这些信息， 并跨数据库使用它们。最近建立了BioProject数据 库以促进提交到NCBI、EBI和DDBJ数据库的项目数 据的组织和分类。它捕获有关研究项目的描述性 信息，导致到归档数据库的大量提交，将跨多个 归档的相关数据整合在一起，并充当了一个中心 入口，通过该入口告知用户数据的可用性。