基于全基因组重测序获得的具LRR结构域基因的抗黄瓜白粉病功能鉴定
基于全基因组重测序获得的具LRR结构域基因的抗黄瓜白粉病
功能鉴定
黄瓜白粉病是黄瓜(CucumissativusL.)生产上的三大主要病害之一,发病时不但降低植株的光合效能,同时影响植株产量和果实品质,发病严重时常常引起30%左右的减产。黄瓜抗白粉病新品种选育及应用是克服白粉病危害的根本技术途径。
基于基因组测序技术和生物信息学的方法探究抗病基因已成为可能。本研究利用高通量Illumina测序技术,对实验室多年筛选获得的一个具有高抗白粉病且能稳定遗传的片段代换系SSL508-28和高感白粉病受体亲本D8进行了全基因组重测序,对比黄瓜9930参考基因组信息,在SSL508-28中发现了 468,616 个单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和 67,259小片段插入缺失位点(insertion/deletion,InDel),在D8 中获得了 537,352 个 SNPs 和 91,698个InDels。
通过对比SSL508-28与D8基因组,共得到了 15,682个SNPs和6,262个InDels,这些SNPs和InDels趋向于集中分布在五号染色体上。基于以上结果,我们对获得的SNPs和InDels进行了功能注释,发现有120个SNPs为非同义(non-synonymous)突变,30个InDels为移码突变(frameshift mutation),这些非同义突变SNPs和移码突变InDels分布在94个基因当中。
为了进一步验证94个突变基因对SSL508-28抗白粉病表型的贡献,我们对这94个基因进行了功能分类,其中有5个基因属于抗病(resistance,R)基因家族中NBS-LRR(Nucleotide binding site-leucine-rich repeats)类,利用 qRT-PCR 对这 5 个NBS-LRR基因在D8和SSL508-28中接种白粉菌前后的表达量进行检测,
结果表明,基因Csa2M435460.1和Csa5M579560.1表达量在SSL508-28接种白粉菌后明显上调且在48小时达到表达高峰,而D8接种白粉菌前后表达量没有明显变化。为了进一步验证候选基因与黄瓜抗白粉病密切相关,我们通过qRT-PCR分析Csa2M435460.1和Csa5M579560.1在黄瓜不同抗感白粉病品种中的表达量,结果显示,Csa2M43546.1和Csa5M579560.1在抗病品种中的表达量高于感病品种,且在供体亲本JIN5-508中两基因的表达量最高。
此外,我们还发现在SSL508-28中基因Csa2M435460.1和Csa5M579560.1的编码区发生的一个非同义突变使半胱氨酸和缬氨酸均突变成苯丙氨酸,因此推测,基因Csa2M435460.1和Csa5M579560.1是黄瓜抗白粉病相关基因且发生在基因Csa2M435460.1和Csa5M579560.1中的非同义突变是导致SSL508-28具有高抗白粉病特性的主要原因之一。
基因组重测序
基因组重测序 背景介绍 全基因组重测序，是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。与已知序列比对，寻找单核苷酸多态性位点（SNP ）、插入缺失位点（InDel ，Insertion/Deletion ）、结构变异位点（SV ，Structure Variation ）位点及拷贝数变化(CNV) 。 可以寻找到大量基因差异，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。涉 及临床医药研究、群体遗传学研究、关联分析、进化分析等众多应用领域。 随着测序成本的大幅度降低以及测序效率的数量级提升， 全基因组重测序已经成为研究人类疾病及动植物分子育种最为快速有效的方法之一。利用illumina Hiseq 2000 平台，将不同插入片段文库和双末端测序相结合，可以高效地挖掘基因序列差异和结构变异等信息， 为客户进行疾病研究、分子育种等提供准确依据。 重测序的两个条件：（1）该物种基因组序列已知；（2）所测序群体之间遗传性差异不大（ >99% 相似度 ） 在已经完成的全基因组测序及其基因功能注释的基础上，采用全基因组鸟枪法（WGS ）对DNA 插入片段进行双末端测序。 技术路线 生物信息学分析
送样要求 1.样品总量：每次样品制备需要大于5ug 的样品。为保证实验质量及延续性，请一次性提供至少20ug的样品。如需多次制备样品，按照制备次数计算样品总量。 2.样品纯度：OD值260/280应在1.8～2.0 之间；无蛋白质、RNA或肉眼可见杂质污染。 3.样品浓度：不低于50 ng/μL。 4.样品质量：基因组完整、无降解，电泳结果基因组DNA主带应在λ‐Hind III digest 最大条带23 Kb以上且主带清晰，无弥散。 5.样品保存：限选择干粉、酒精、TE buffer或超纯水一种，请在样品信息单中注明。 6.样品运输：样品请置于1.5 ml管中，做好标记，使用封口膜封好；基因组DNA如果用乙醇沉淀，可以常温运输；否则建议使用干冰或冰袋运输，并选择较快的运输方式。 提供结果 根据客户需求，提供不同深度的信息分析结果。
25%吡唑醚菌酯悬浮剂对黄瓜白粉病的防效试验word资料5页
25%吡唑醚菌酯悬浮剂对黄瓜白粉病的防效试验黄瓜白粉病为由子囊菌亚门专性寄生真菌二孢白粉菌（Erysiphe cichoracearum）和瓜单囊壳菌（Sphaerotheca fuliginea）侵染所致，是保护地黄瓜易发病害之一。黄瓜白粉病在世界各地均有分布，在我国以瓜单囊壳菌危害较为普遍，严重影响黄瓜的产量和品质。目前，该病的防治主要依赖化学农药。吡唑醚菌酯是兼具吡唑结构的甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂，以天然抗生素Strobilurin A为先导化合物，对多种真菌引起的植物病害具有良好活性，并对作物具有促生长作用。在国内，吡唑醚菌酯乳油广泛应用于黄瓜白粉病防治，但未见其悬浮剂在黄瓜白粉病上的应用报道。为此，以黄瓜白粉病为靶标病害，以吡唑醚菌酯乳油为对照，研究吡唑醚菌酯悬浮剂对黄瓜白粉病的防治效果，以期为药剂的进一步推广应用奠定理论基础。 1 材料与方法 1.1 防治对象 供试黄瓜品种为“津优307”。试验地为山东省聊城市东昌府区谭庄冬暖式大棚，该棚历年白粉病发病严重，致病菌为瓜单囊壳菌（Sphaerotheca fuliginea）。 1.2 供试药剂 25%吡唑醚菌酯悬浮剂（SC，浙江中山化工集团股份有限公司提供）；25%吡唑醚菌酯乳油（EC，德国巴斯夫公司生产）。 将上述两种药剂用无菌水配制成666 mg/L的母液后，采用二倍稀释法将25%吡唑醚菌酯SC稀释成333，222，111 mg/L共3个浓度，将25%
吡唑醚菌酯EC稀释成222 mg/L，备用。 1.3 黄瓜白粉病综合防效（田间试验） 1.3.1 试验设计施药于白粉病发病初期且只有叶片发病时进行。25%吡唑醚菌酯SC的终浓度为111 ，222，333 mg/L；25%吡唑醚菌酯EC为阳性对照，终浓度为222 mg/L，以清水为空白对照。每个处理重复3次，共设15个小区，每个小区面积30 m2，小区随机区组排列。 1.3.2 施药时间与方式于2016年4月2日进行第一次施药，4月9日进行第二次施药。采用背负式喷雾机喷洒黄瓜植株叶片正反面，做到湿而不滴，每个小区施药2 L。 1.3.3 调查方法及分级标准调查共计3次。首次施药前调查病情基数，首次施药7 d后进行第二次调查，第三次调查在二次施药7 d后进行。每小区采用五点取样法，每点挂牌固定2株，调查所有叶片的叶片数及各级病叶数。病害分级标准见表1。 根据病害调查结果计算病情指数和防治效果，采用邓肯氏新复极差法（DMRT）进行统计分析。相关计算公式为： 1.4 黄瓜白粉病的保护作用（室内试验） 1.4.1 孢子悬液的配制从黄瓜大棚内采集新鲜病叶，用无菌水冲洗后制成孢子悬液，浓度为10×10倍显微镜下每视野约20～30个分生孢子。 1.4.2 接种方法于25±1 ℃的温室中培养25株长势相同的“津优307”黄瓜苗，10叶期采用喷雾法将试验药液均匀喷洒于叶片，早晚各喷1次，每个处理重复5次。待药液干燥24 h后，采用喷雾法进行孢子悬液接种，叶片正反面均喷，于25±1 ℃人工气候条件下培养，接种后的7 d
黄瓜白粉病(课件)
黄瓜白粉病（课件） 伍均锋 （全国优秀教师、省名师、市管优秀专家） 黄瓜白粉病是黄瓜栽培中常见病害之一。由于近年来，白粉病产生一定抗药性，而且一年四季均可发病，病情发展迅速，给防治带来一定难度。一般年份减产在10%左右，流行年份减产在20%～40%左右。 瓜类白粉病俗称“白毛”，以黄瓜、南瓜、西葫芦和甜瓜受害严重，冬瓜、苦瓜和西瓜次之，丝瓜较抗病。此病一旦发生，扩展蔓延很快，给生产造成巨大损失。 一、分布为害 黄瓜白粉病全国各地的露地、保护地各种瓜类上普遍发生。我曾经对滦南县、乐亭县的部分温室和大棚内进行调查，发病率几乎100%。温室大棚最易发生此病，其次是春播露地黄瓜，而秋黄瓜发病较轻。因白粉病影响叶片的光合作用，对黄瓜生长后期造成很大的产量损失。 二、症状 黄瓜白粉病俗称“白毛病”。 时期：整个生育期都发生，中后期较重，是黄瓜中后期的主要病害之一。 部位：主要危害叶片，其次是叶柄和茎，一般不危害果实。下部叶片比上部叶片多、叶片背面比正面白色粉状霉层多。 症状：发病初期，正面或背面产生近圆形的小粉斑，后逐渐扩大成边缘不明显的连片粉斑（病斑不受叶脉限制），布满叶面，好像撒了层白粉。抹去白粉，可见叶面褪绿，枯黄变脆。 发病严重时，叶面布满白粉，变成灰白色，直至整个叶片枯死，后期病斑上可散生许多黑色小颗粒。 霉斑早期单独分散，后联合成一个大霉斑，甚至可以覆盖全叶，严重影响光合作用，使正常新陈代谢受到干扰，造成早衰，产量受到损失。 白粉病侵染叶柄和嫩茎后，症状与叶片上的相似，惟病斑较小，粉状物也少。 二、病原 该病原菌为真菌属子囊菌亚门、瓜类单丝壳白粉菌，系专性弱寄生菌，只在活寄主上存活，可常年寄生于寄主植物上，成为初侵染源。 三、发病条件 该病菌的发病适温在16~24℃，对空气相对湿度要求不严格，在25~85%均能发病，最适宜发病湿度为75%。高湿条件下发病较重，随着湿度的增加，病情流行快。特别是雨后转晴、田间湿度大时，或高温干旱与高温高湿条件交替出现时会导致病害大流行。 另外，肥水不足、植株生长细弱、栽培过密，通风透光不良、排水不畅的地块易发病。保护地栽培黄瓜因通风不良、栽培密度过高、氮肥施用过多、田块低洼而发病较重。 四、发病规律
人类基因组重测序分析
6 首页 科技服务 医学检测 科学与技术 市场与支持 加入我们 关于我们提供领先的基因组学解决方案 Providing Advanced Genomic Solutions 诺禾致源 人类疾病基因组重测序分析图3 Circos 图 人类基因组重测序分析6项升级 Novo-Zhonghua Genomes 数据库注释 一些位点的突变可能在千人基因组中或在欧美人群中属于低频突变，但是对于中国人群来说却是常见突变。诺禾致源自建中国人数据库 Novo-Zhonghua Genomes，数据库中的所有样本均来自正常中国人群。已有研究表明，与国际通用的多人种数据库相比，使用单一人种数据库进行疾病研究，可以有效减少假阳性现象。 图2 真核生物基因的结构[6] 复杂疾病变异分类标准 DamLevel Variant Calling Variant Annotation Benign Likely Benign VUS Likely Pathogenic Custom knowledge Clinical Data Pathogenic Family Testing Published + in house data Population frequency Predictions: PolyPhen, SIFT, etc Amino acid conservation Published Disease Information Variant classification Candidate Variants Novo-Zhonghua Genomes 数据库注释 复杂疾病突变位点有害性分类 非编码区（Non-coding region）分析 疾病基因组 CNV/SV 分析 基于基因（Gene-based）的 Burden Analysis （复杂疾病散发样本） 可视化的数据结果展示 基于健康中国人群的千人测序数据，测序深度 > 30× 参考 ACMG 等，推出针对复杂疾病变异位点有害性的分类标准 应用 ENCODE 数据库最新内容，并结合国际通用数据库、自建数 复杂疾病突变位点有害性分类 基于美国医学遗传学会 ACMG[2]与 Duzkale H[3]提出的变异分类标准，诺禾致源疾病基因组信息分析团队推出了一套针对复杂疾病变异位点有害性的分类标准 DamLevel（如下图所示）。DamLevel 将变异位点的有害性分为5个层级：Pathogenic、Likely Pathogenic、VUS(Variant of uncertain significance)、Likely Begnin、Begnin，更好地鉴定个体遗传变异与疾病的相关性。 非编码区（Non-coding region）分析 基因组非编码区变异可以引发多种疾病，包括心脏类疾病、糖尿病、癌症、肥胖症等[4,5]，但目前对非编码区突变的筛选和功能描述仍具挑战性。诺禾致源非编码区分析，应用 ENCODE 数据库最新内容对非编码区突变进行注释，通过国际通用数据库和自建的 Novo-Zhonghua Genomes 数据库进行频率筛选以及保守性过滤，精确定位非编码区中低频且保守的突变，筛选到与疾病相关的非编码区突变。 疾病基因组 CNV/SV 分析 CNV/SV 与基因表达、表型、人类疾病发生发展都有着非常密切的关系[7,8]，诺禾致源疾病基因组信息分析团队研发了一整套 CNV/SV 筛选方法，包括有害性 CNV/SV 筛选和 de novo CNV/SV 分析（基于成三或成四家系）等。利用 DGV、DECIPHER、CNVD 等数据库对变异检出结果进行标记，从结果中进一步过滤掉良性 CNV/SV，经过一系列筛选后，准确鉴定个体 CNV/SV 遗传变异与疾病的相关性。 图4 CNV 分布图 表1 本次产品升级亮点 图5 Burden 分析结果的热图展示 1 2 3 4 5 Novo-Zhonghua Genomes 数据库注释 Novo-Zhonghua Genomes 数据库是诺禾致源自建针对 中国正常人群的数据库，助 力中国人群基因组信息解析。 复杂疾病突变位点 有害性分类 诺禾致源推出的复杂疾病变 异位点有害性的分类标准 （DamLevel），准确标识复杂 疾病的致病性突变位点。 非编码区 （Non-coding region）分析 应用 ENCODE 数据库最新内 容对非编码区进行注释、筛 选，精确定位非编码区中低 频且保守的突变。 疾病基因组 CNV/SV 分析 完整的有害性 CNV/SV 筛选 和 de novo CNV/SV 分析， 准确鉴定个体 CNV/SV 遗传 变异与疾病的相关性。 基于基因 （Gene-based）的 Burden Analysis 针对复杂疾病的研究，通过 检测疾病状态与基因变异的 相关性，寻找特定疾病（或 性状）的易感基因。 可视化的 数据结果展示 灵活易用的测序数据结果展 示，使大量复杂数据的分析 变得轻松而高效，提高数据 可读性。 ? log 10 ( P ? value ) Mutations of Genes Prioritized by Burden Analysis CIR1 PIGP CTSE PRB2 CYP HDAC1 GRK6 PIGK MYL6B EHD2 0810 246 Mutations 4 3 2 1 基于基因（Gene-based）的 Burden Analysis 关联分析是研究复杂疾病的1个重要方法，其通过检测疾病状态与基因变异的相关性，寻找特定疾病（或性状）的易感基因。通常是在具有不同表型的2组个体（一般为患病者和正常对照者）中，基于遗传位点（或基因、单体型）的频率分布差异，间接反映该遗传位点（或基因）可能与疾病（或性状）存在关联性。 Burden Analysis（Gene-based）基于复杂疾病的 case 和 control 散发样本，通过 Fisher's exact test 以及 SKAT 统计方法分析得到候选基因，针对候选基因可以进行富集分析（KEGG 富集分析和 GO 富集分析）与蛋白网络互作分析。 可视化的结果展示 诺禾致源疾病基因组信息分析团队，会为客户提供不断更新的变异注释、项目特异性分析和灵活易用的“变异-基因-疾病”可视化结果，让科学研究更轻松。 图6 疾病与基因关联性展示图 产品名称升级亮点 引领行 业新 标杆 参考文献 [1] Nagasaki M, Yasuda J, Katsuoka F, et al. Rare variant discovery by deep whole-genome sequencing of 1,070 Japanese individuals.[J]. Nature Communications, 2015, 6. 阅读原文 >> [2] Richards S, Aziz N, Bale S, et al Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology[J]. Genetics in Medicine, 2015. 阅读原文 >> [3] Duzkale H, Shen J, McLaughlin H, et al. A systematic approach to assessing the clinical significance of genetic variants[J]. Clinical genetics, 2013, 84(5): 453-463. 阅读原文 >> [4] Yoshinari M, Akihiko M, Dongquan S, et al. A functional polymorphism in the 5' UTR of GDF5 is associated with susceptibility to osteoarthritis.[J]. Nature Genetics, 2007, 39(4):529-33. 阅读原文 >> [5] Kjong-Van L, Ting C. Exploring functional variant discovery in non-coding regions with SInBaD.[J]. Nucleic Acids Research, 2012, 41 (1):e7-e7. 阅读原文 >> [6] https://https://www.360docs.net/doc/8212514810.html,/wiki/Regulatory_sequence 阅读原文 >> [7] Sudmant P H, Rausch T, Gardner E J, et al. An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes.[J]. Nature, 2015, 526 (7571):75-81. 阅读原文 >> [8] Birney E, Soranzo N. Human genomics: The end of the start for population sequencing.[J]. Nature, 2015, 526(7571):52-3. 阅读原文 >> 免费升级7-9月 新签合同 免费升级数据分析
黄瓜白粉病防治方法
黄瓜白粉病防治方法 黄瓜白粉病，是在黄瓜中栽培普遍存在的一种病害，常常会出现在温室或是大棚中，给防治过程带来了一定的困扰。黄瓜白粉病防治方法有哪些？对于黄瓜白粉病用哪些方法才能有效呢？ 黄瓜白粉病症状 白粉病菌主要侵染叶片、茎和叶柄，一般不危害瓜条。发病初期，叶片正反面出现近圆形白色星状小粉斑（即病原菌菌丝和分生孢子），以叶面居多，后向周围蔓延连结成片，严重时白粉布满整个叶片。后期白色粉斑因菌丝老熟变为灰白色，产生许多小黑点，即病原菌的闭囊壳。叶片逐渐变灰白色至灰黄色，质地变脆。植株从幼苗期即可受害，但以中后期发病为多。 黄瓜白粉病防治方法 1.选用抗病品种 不同品种对白粉病抗性存在差异，要在生产实践中因地制宜地选择使用抗病和耐病品种。如鲁黄瓜4号、鲁黄瓜10号、济南密刺、津研4号、津春3号、津杂1号、津杂2号、夏丰1号等。 2.温室大棚消毒 温室大棚定植前10天左右，造墒后覆膜盖棚，密闭，使棚室温度尽可能升高至45°C以上进行消毒。温度越高、时间持续越长，效果越好。也可每亩温室大棚用2~3千克硫磺粉掺锯末5~6千克点燃熏蒸，
还可每亩用45%百菌清烟剂1千克熏蒸，熏蒸时，温室大棚需密闭。 3、栽培防治 每亩施充分腐熟的优质圈肥5000~7500千克，磷钾肥25~30千克作基肥有条件的地方也可施一些鸡粪、大粪干、草木灰等。结瓜期分3~4次追施速效氮肥和追施叶面肥。温室大棚栽培黄瓜还要进行二氧化碳施肥，防止植株早衰，以提高植株抗病能力；栽培方式应采用高畦栽培和地膜覆盖，保护根系；及时绑蔓或吊秧，中耕除草，摘除枯黄病叶和底叶，带出田外或温室大棚外集中处理；适当控制浇水，露地黄瓜应及时中耕，搞好雨后排水，减少田间相对湿度。温室大棚要尽可能增加光照、加强通风。 4.生物防治 白粉病发病初期，喷洒2%农抗120水剂200倍液或2%农抗BO-10水剂200倍液，4~5天喷一次，连喷2~3次。 5、物理防治 发病初期开始喷洒27%高脂膜乳剂80~100倍液，5~6天喷1次，连喷3~4次，以在叶面形成保护膜，防止病原菌侵入。 6、化学药剂防治 发病初期，可选用40%福星乳油8000倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、40%多-硫悬浮剂500~600倍液、40%甲基硫菌灵-硫磺悬浮剂800倍液、50%硫磺悬浮剂250~300倍液、30%DT悬浮剂400~500倍液、50%甲基托布津可湿性粉剂800~1000倍液喷雾防治，7~10天
全基因组重测序数据分析
全基因组重测序数据分析 1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变，结构变异-SNV，包括重排 突变（deletioin, duplication 以及copy number variation）以及SNP的座位；针对重排突变和SNP的功能性进行综合分析；我们将分析基因功能（包括miRNA），重组率（Recombination）情况，杂合性缺失（LOH）以及进化选择与mutation之间的关系；以及这些关系将怎样使 得在disease（cancer）genome中的mutation产生对应的易感机制和功能。我们将在基因组 学以及比较基因组学，群体遗传学综合层面上深入探索疾病基因组和癌症基因组。 实验设计与样本 （1）Case-Control 对照组设计； （2）家庭成员组设计：父母-子女组（4人、3人组或多人）； 初级数据分析 1．数据量产出：总碱基数量、Total Mapping Reads、Uniquely Mapping Reads统计，测序深度分析。 2．一致性序列组装：与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体基因组的一致序列。3．SNP检测及在基因组中的分布：提取全基因组中所有多态性位点，结合质量值、测序深度、重复性等因素作进一步的过滤筛选，最终得到可信度高的SNP数据集。并根据参考基 因组信息对检测到的变异进行注释。 4．InDel检测及在基因组的分布: 在进行mapping的过程中，进行容gap的比对并检测可信的short InDel。在检测过程中，gap的长度为1~5个碱基。对于每个InDel的检测，至少需 要3个Paired-End序列的支持。 5．Structure Variation检测及在基因组中的分布: 能够检测到的结构变异类型主要有：插入、缺失、复制、倒位、易位等。根据测序个体序列与参考基因组序列比对分析结果，检测全基因组水平的结构变异并对检测到的变异进行注释。
高通量基因组测序中 测序深度,覆盖度
高通量基因组测序中，什么是测序深度和覆盖度？ 1G=1024M 测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。(测序深度=总数据量20M/基因组大小2M=10X) 覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组测序，覆盖度是98%，那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。 1、全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因 序的个体，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)，插入缺失位点(InDel，Insertion/Deletion)、结构变异位点(SV， 技术路线 提取基因组DNA，利用Covaris进行随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段(0.2~5Kb)，加上接头, 进行cluster制备(Solexa)或E-PCR (SOLiD)，最后利用Paired-End(Solexa)或者Mate-Pair(SOLiD)的方法对插入片段进行重测序。图1-1，以SOLiD为例，说明整个实验方案。
也称目标外显子组捕获，是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA 捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的编码序列的高效策略，外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基因的SNP、Indel 等具有较大的优势。 外显子(expressed region)是真核生物基因的一部分，它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列，又称表达序列。既存在于最初的转录产物中，也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。在人类基因中大约有180,000外显子，占人类基因组的1%，约30MB。
黄瓜白粉病的危害与防治方法
黄瓜白粉病的危害与防治方法 黄瓜白粉病在全国各地几乎都有发生，黄瓜得了白粉病以叶片受害最重，其次是叶柄和茎，一般不危害果实。温室大棚内一旦发病，发展迅速，严重时可造成叶片干枯甚至提早拉秧，对黄瓜产量影响很大。今天小编就给你介绍下黄瓜白粉病的防治方法： 黄瓜白粉病危害症状： 白粉病的典型症状是，发病部位布满白粉，后期还可能散生黄褐色到黑色小粒点，即病菌的装束闭囊壳。此病主要危害叶片，病情严重时可遍及叶柄、茎蔓等，果实受害少。发病初期，叶片正面或背面产生白色近圆形的星状小粉斑，严重时，布满整个叶片。发病后期，白粉逐渐灰白色，叶片干枯。叶柄和茎上病斑与叶片相似，只是白粉量少。发病部位的白粉是病菌的无性阶段。发病后期，在不良的环境下，衰老叶片的白粉层里或表面上产生成堆的黄褐色至黑色小粒点。 黄瓜白粉病防治方法： （1）选用抗病品种，加强管理：不同黄瓜品种对白粉病的抗病性有差异，应因地制宜地选用抗病品种。一般抗霜霉病的品种也兼抗白粉病。加强田间，既有利于防治霜霉病，也有利于白粉病。棚室内的主要是注意通风透光，降低湿度，保持适宜的温度；加强肥水，施足
底肥，增施磷、钾肥，及时追肥，生长期避免偏施氮肥，防止植株徒长和脱肥早衰，棚室浇水宜在晴天上午进行，做到阴天不浇水，晴天多通风。 （2）棚室消毒：定植前2~3天，每100立方米棚室用硫黄粉250克与500克锯末混匀，分别装入小塑料袋或盛在小花盆里，分放室内几处，于傍晚密闭棚室，用暗火点燃熏1夜。熏蒸时，棚室内的温度最好能保持在20℃左右。黄瓜生长期慎用硫黄熏蒸，以防止发生药害。此外，可以使用45%百菌清烟剂，每667平方米250克，分别放在棚4~5室内处，于傍晚点燃熏蒸。 （3）药剂防治：在发病前或发病初期，采用27%高脂膜乳剂80~100倍液喷布叶片，在叶面上形成1层薄膜，阻止病菌侵入，不可造成缺氧条件使白粉菌死亡。一般隔6~7天喷1次，连续喷2~3次。发病初期，也可选用15%粉锈宁可湿性粉剂1500倍液，20%三唑酮乳油1500~2000倍液，30%特富灵可湿性粉剂1500~2000倍液，40%多硫
常见黄瓜病害全套整合
【作物病害】常见黄瓜病害大全 2016-10-05 雨蔬农业：用技术武装现代农民！ 黄瓜霜霉病： 发病症状：叶片被害初期出现水渍状的斑点，病斑逐渐扩大，呈多角形淡褐色斑块，湿度大时叶背面或叶面长出灰黑色霉层。后期严重时，病斑破裂或连片。防治方法： 1.生态防治：上午棚温控制在25-28℃，相对湿度降至70％，下午温度降至18-25℃，相对湿度降至60％-70％，夜间温度上半夜控制在15-18℃，下半夜最好控制在12-13℃；
2.烟雾法：用45％烟渊烟剂熏烟。喷雾法：发现中心病株后可选用58％露速净500倍液、72%妥冻500倍液、50%保乐1500倍液、50％洽益发500倍液、60％可鲁巴500倍液、70%多保净800倍液、69％辉常赞600倍液、3 3.5%净果精700倍液，隔7-10天用药1次。
黄瓜靶斑病病： 发病症状：主要为害黄瓜叶片，呈大小不一的枯斑，小斑为多角形受叶脉限制；大斑直径有1.5-2厘米，近圆形且凹陷，有略白靶心，湿度大时病斑靶心外围形成一个黑色霉菌组成的菌圈，在叶片正反两面均可出现。病斑迅速连片致叶片干枯，造成提早拉秧。 防治方法：1.通风排湿，及时摘除老叶病叶；2.盛瓜期加强水肥管理，提高植株抗病性；3.发病前用好意+健植宝防病；发病初期用露速净+溴硝醇+海生素、拢总好+春雷霉素+健植宝、净果精+春雷霉素、加米农+氨基寡糖素等配方喷洒整株，隔5天用药一次，连用2-3次，防治效果显著。
黄瓜白粉病： 发病症状：发病初期叶面或叶背及茎上产生白色近圆形小粉斑，以叶面居多，后向四周扩展成边缘不明显的连片白粉，严重时整叶布满白粉。 防治方法：1.用30%君斗士1500倍液、“粉飞1+1”1000倍液、世泽1500倍液、33.5%净果精800倍液、40%氟硅唑1500倍液喷洒防治。2.用45%的百菌清烟剂熏棚，每亩用药250克。
群体进化-基于全基因组重测序
DNA样品总量: ≥3 μg 适用范围 样品要求 文库类型测序策略与深度 分析内容项目周期 群体进化（基于全基因组重测序） 标准分析时间为120天，个性化分析需根据项目实际情况进行评估 HiSeq PE150推荐测序深度≥5X/个体350 bp小片段DNA文库 1. 已有参考基因组序列的物种中不同亚群（自然群体） 2. 各亚群间划分明显，同一亚群内的个体有一定代表性 3. 每个亚群选取10个样本左右（推荐动物≥10个，植物≥15个） 4. 总体不少于30个样本与参考基因组比对群体SNP检测、注释及统计系统进化树构建群体遗传结构分析 群体主成分分析连锁不平衡分析选择消除分析候选基因GO和KEGG富集构建单体型图谱种群历史和有效群体大小 技术参数 针对已有参考基因组的物种，对其各亚种进行全基因组重测序获得基因组信息，通过与参考基因组比对，得到大量高准确性的SNP、InDel、SV等变异信息，讨论群体的遗传结构、遗传平衡和影响遗传平衡的因素，从而从分子层面揭示该物种的进化机制、环境适应性等系列问题。该技术能精准地得到全基因组内所有遗传信息，最大程度地挖掘出群体内遗传变异。诺禾具有丰富的群体遗传学项目经验，研究成果发表于Nature Genetics（Li, M, et al. 2013& Zhou, XM, et al. 2014）等。参考文献 [1] Li M, Tian S, Jin L, et al . Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars [J]. Nature genetics, 2013, 45(12): 1431-1438. [2] Zhan S, Zhang W, Niitepo ～ld K, et al . The genetics of monarch butterfly migration and warning colouration [J]. Nature, 2014.案例解析 ［案例一］ 家猪和藏猪的群体进化分析[1] 2013年，诺禾致源科技服务团队与四川农业大学研究者合作发表 该成果。本研究对6个代表性藏猪群体、5个四川盆地特有猪种， 共48个样本进行全基因组重测序，并结合55个欧亚野猪及家猪的 基因组数据进行群体遗传学分析。在藏猪中鉴定出低氧适应、能 量代谢等共268个适应高原环境的快速进化基因，揭示了藏猪高 原适应性的遗传机制。与自然选择相比，人工选择可更有效地塑 造驯养动物基因组；欧亚猪种存在明显的遗传背景差异，欧亚地 理隔离造成的遗传结构差异甚至超过了野生和驯化的差异。［案例二］ 帝王蝶长距离迁飞遗传机制被解密[2] 北美地区的帝王蝶具有迁飞习性，而分布于热带地区的帝王蝶及 其近缘种不具有迁飞特性。该研究从涵盖当今世界上主要的帝王 蝶分布区域中，选取了包括迁飞型和非迁飞型的22个地理种群、 5个近缘种的101只班蝶属蝴蝶进行了全基因组重测序和群体遗传 学分析。结果表明，现存的帝王蝶起源于北美地区，且祖先属于 迁飞型，打破了先前认为包括鸟类等在内的迁飞物种均是热带起 源的普遍认知。其次，利用群体遗传学分析对全基因组进行精细 扫描发现，与飞行相关的肌肉发育进化是帝王蝶实现长距离迁飞 的主要适应性选择。 图1 藏猪及其它猪种的群体遗传结构 图2 帝王蝶样本分布及系统进化树
5种杀菌剂对温室黄瓜白粉病的防治试验
新疆农业科学2011,48(2):366-368 Xinjiang Agricultural Sciences 5种杀菌剂对温室黄瓜白粉病的防治试验 郝敬吉吉1,张士海2,沙依热#吾汗3,齐为民4, 赵维利3,程梅花3,徐冬梅3,范咏梅1 (1.新疆农业科学院植物保护研究所,乌鲁木齐830091;2.塔城地区气象局,新疆塔城834700; 3.塔城市设施农业管理中心,新疆塔城834700;4塔城地区农业技术推广学校,新疆塔城834700) 摘要:=目的>黄瓜白粉病(Erysiphe cichoracearum、S p haerotheca fuliginea)是塔城地区温室黄瓜生长中后期的主要病害之一。筛选出对温室黄瓜白粉病防治效果较好的杀菌剂,对该病进行有效控制。=方法>选择成标、翠贝(醚菌酯)、阿米西达、多菌灵和百菌清药剂,采取喷雾法对黄瓜白粉病进行防治试验。=结果>施药2次防治黄瓜白粉病较为有效,防治效果60%以上。=结论>80%成标和50%翠贝能有效防治黄瓜白粉病,并有较强的保护作用。 关键词:黄瓜白粉病;药剂筛选 中图分类号:S482.2;S436.421.1+2文献标识码:A文章编号:1001-4330(2011)02-0366-03 S tudies on5Kind of Fungicides for Cucumber Powdery Mildew Chemical Control in Greenhouse of Tacheng City HAO Jing-zhe1,ZHANG Shi-hai2,Shayire#wuhan3,QI Wei-min4,Z HAO Wei-li3, C HE NG Mei-hua3,XU Dong-mei3,FAN Yong-mei1 (11Institute o f plant protection,Xinjiang Academy o f Agricultural Sciences,U rumqi830091,China;2.Bureau o f Meteorology in Tacheng,Tacheng Xinjiang834700,China;3.Mangement center o f installation agricultural in Tacheng,Tacheng Xinjiang834700,China;4.The extension school o f agricultural techniques in Tacheng,Tacheng Xinjiang834700,China) Abstract:=Objective>Through survey and c ontrol effect test in field.=Method>Sunlight greenhouse cucumber powdery milde w occurrence and the greenhouse internal phase are close to the humidity relations in The Tacheng area.=Result>Chemical control cucumber powdery mildew comparatively quickly.=C onslusion>80%chengbiao and50%cuibei have a stronger protection and the treatment function than the triazolone and they are ideal substitution medicaments. Key words:Cucumber powdery mildew;Medicament;screening 0引言 =研究意义>黄瓜白粉病Erysiphe cicho racearum、Sphaerotheca f uliginea是黄瓜上的重要真菌病害之一,通常在黄瓜生长中后期植株长势衰弱时发病较重,对设施黄瓜生产造成严重危害[1]。=前人研究进展>蔡竹固等[2]提出防治黄瓜白粉病的方法有:选用抗病品种;采用地膜覆盖,科学灌水,施足腐熟有机肥,增施磷肥、钾肥,增强植株抗病能力和药剂防治。马青等[3]研究认为速保利(烯唑醇)防治黄瓜苗期白粉病效果优异,兼有保护和治疗作用,比常用药剂粉锈宁防效高,用量少。苗期施用1~ 6.25L g/mL的药液,防效达90%以上。在黄瓜苗期开始施用或未发病前施用多功能制剂,能有效预防白粉病的发生,具有很好的防治效应。郝林华等[4]研究认为多霸2号的100~200倍液对黄瓜白粉病的防效与清水对照和常用药剂粉锈宁相比防效都达到显著或极显著水平,可控制病害发生[4~7]。=本研究切入点>目前生产上主要采用三唑酮等防治黄瓜自粉病,虽然仍然具有一定的防治效果,但由于长期使用,易产生抗药 收稿日期:2010-12-22 基金项目:新疆维吾尔自治区成果转化项目/设施农业产业化(二期#塔城项目区)0(200954123-4) 作者简介:郝敬吉吉(1970-),男,新疆乌鲁木齐人,助理研究员,研究方向为园艺作物病虫害,(E-mail)urmqhjz@https://www.360docs.net/doc/8212514810.html, 通讯作者:范咏梅(1968-),女,新疆伊宁人,研究员,研究方向为园艺作物病虫害,(E-mail)yongmeifan@https://www.360docs.net/doc/8212514810.html,
几种杀菌剂防控大棚黄瓜白粉病药效试验
云南农业科技Yunnan Nongye Keji 2019年第1期 增产101.38kg/hm 2，产量排名第1；喷施病毒A （处理V4）的凤豆六号平均产量为5350.85kg/hm 2，与对照 （处理V5）相比减产12.50kg/hm 2， 产量排名第3；喷施甾烯醇（处理V1）的凤豆六号平均产量为5300.86 kg/hm 2， 与对照（处理V5）相比减产62.49kg/hm 2，产量排名第4；喷施香菇多糖（处理V2）的凤豆六号平均产量为5092.55kg/hm 2，与对照相比减产270.81kg/ hm 2， 产量排名第5。方差分析表明（表3），不同药剂喷施后，凤豆六号的产量差异不显著，3次病情调查显示，凤豆六号对病 毒病表现为抗或高抗，无论是喷施清水还是其他4种药剂，对产量的影响差异不显著。所以，不再做进一步的多重比较分析。 3讨论 从试验实施结果可知，喷施甾烯醇、香菇多糖、毒氟磷、病毒A 4种生物防治药剂后，与清水对照相比较，喷施毒氟磷后产量表现增产，其余3种药剂处理产量均表现减产，5种处理凤豆六号的产量存在差异，但方差分析表明，产量差异不显著。综合病毒病的防治效果和产量表现，4种生物防治药剂中，毒氟磷对于病毒病有一定防效。但仅做1年试验不能完全说明毒氟磷对病毒病的防治效果，需要再进一步进行试验研究。 参考文献： [1]陈新，袁星星，崔晓艳，等.蚕豆病害研究进展[J].江西农业学报，2011，23（8）：108-112. [2]包世英.蚕豆生产技术[M].北京：北京教育出版社，2016. 表3 产量方差分析 变异来源自由度平方和均方F 值P 值重复间20.40420.2021 1.980.2002总变异 14 1.548 品种间40.32720.08180.801 0.5571 误差80.81660.1021 白粉病是弥渡县大棚黄瓜生产上的主要病害，该病抗药性强，发生蔓延快，对黄瓜生产造成重大损失，严重影响大棚蔬菜生产。为筛选出防治黄瓜白粉病的 高效、安全的替代药剂，提高防病效果，为菜农大面积防治黄瓜白粉病科学用药提供参考，特开展此次药效试验，现将试验结果总结如下。 1 材料与方法 1.1 试验材料 供试药剂为25%凯润EC[巴斯夫植物保护（江苏） 摘 要：试验结果表明，43%氟菌·肟菌酯SC 2000倍液药后对黄瓜白粉病相对防效为81.26%~ 85.72%，防治速效性及持效性均较好，防效显著，对大棚黄瓜生产安全无药害，建议在黄瓜发病初 期及发病盛期用药防治效果较好，可作为防治黄瓜白粉病的首选药剂；3%多抗霉素WP 100倍液药后对黄瓜白粉病相对防效为51.93%~75.99%，与其它药剂处理比较也有很好的防控效果，对黄瓜安全无药害，可在黄瓜白粉病防治用药时推荐替代使用。 关键词：杀菌剂；大棚黄瓜；白粉病 陈 钫，郑丽萍，王彩萍，江丽超 （弥渡县植保植检站，云南弥渡675600） 几种杀菌剂防控大棚黄瓜白粉病药效试验 收稿日期：2018-05-28 作者简介：陈钫（1970-），男，云南弥渡人，农艺师，主要从事植保工作。 表2 不同药剂处理凤豆六号产量 处理V1 V5（CK ）小区产量（kg/13.3m 2）平均产量 （kg/hm 2）排名 重复Ⅰ重复Ⅱ重复Ⅲ平均6.285 6.435 6.365 6.36175300.8645.895 7.080 6.335 6.4367 5363.35 2 V2 6.045 6.060 6.230 6.1117 5092.55 5 V3 6.750 6.825 6.100 6.5583 5464.73 1 V4 6.105 6.615 6.545 6.4217 5350.85 3
黄瓜白粉病防治方法
黄瓜白粉病防治方法 黄瓜白粉病是黄瓜栽培中常见病害之一。由于近年来，白粉病产生一定抗药性，而且一年四季均可发病，给防治带来一定难度。一般年份减产在10%左右，流行年份减产在20%-40%左右。 一、分布为害 黄瓜白粉病全国各地均有发生。北方温室和大棚内最易发生此病，其次是春播露地黄瓜，而秋黄瓜发病较轻。因白粉病影响叶片的光合作用，对黄瓜生长后期造成很大的产量损失。 二、症状 黄瓜白粉病俗称“白毛病”，以叶片受害最重，其次是叶柄和茎，一般不危害果实。发病初期，叶片正面黄瓜白粉病危害的叶片或背面产生白色近圆形的小粉斑，逐渐扩大成边缘不明显的大片白粉区，布满叶面，好像撒了层白粉。抹去白粉，可见叶面褪绿，枯黄变脆。发病严重时，叶面布满白粉，变成灰白色，直至整个叶片枯死。白粉病侵染叶柄和嫩茎后，症状与叶片上的相似，惟病斑较小，粉状物也少。在叶片上开始产生黄色小点，而后扩大发展成圆形或椭圆形病斑，表面生有白色粉状霉层。一般情况下部叶片比上部叶片多，叶片背面比正面多。霉斑早期单独分散，后联合成一个大霉斑，甚至可以覆盖
全叶，严重影响光合作用，使正常新陈代谢受到干扰，造成早衰，产量受到损失。[1] 三、发病条件 该病原菌为真菌属半知菌亚门单丝壳白粉菌，为专性寄生病，可常年寄生于寄主植物上，成为初侵染源。该病菌的发病适温在20—25℃，对空气相对湿度要求不严格，在25%左右的空气相对湿度条件下，病害也可发生及流行。[2] 四、发病规律 北方地区病菌以闭囊壳随病残体在地上或花房月季花或保护地瓜类作物上越冬，南方地区以菌丝体或分生孢子在寄主上越冬越夏。翌年条件适宜时，分生孢子萌发借助气流或雨水传播到寄主叶片上，5天后形成白色菌丝状病斑，7天成熟，形成分生孢子飞散传播，进行再侵染。辽宁地区黄瓜白粉病发生盛期主要4月上中旬和6月下旬危害保护地黄瓜， 9月下旬至11月上中旬亦有发生危害。保护地栽培黄瓜因通风不良、栽培密度过高、氮肥施用过多、田块低洼而发病较重。 五、防治方法 1、选用抗病品种，选择通风良好，土质疏松、肥沃，排灌方便的地块种植。要适当配合使用磷钾肥，防止脱肥早衰，增强植株抗病
黄瓜病虫害防治图谱大全
?黄瓜白粉病 黄瓜白粉病，俗称白毛，系常发性病害，是黄瓜中后期的主要病害之一，由于黄瓜白粉病在温湿度适宜的条件下，病情发展速度很快，若防治不及时或防治措施不当，往往造成黄瓜叶片光合作用功能下降，黄瓜早衰，对产量影响很大。 症状黄瓜叶片、叶柄、茎均可染病但多见于叶片。叶片染病，叶正面出现白色圆斑，渐扩大成边缘不明显的大圆斑，严重时布满整个叶片。病斑布白灰，长满白色菌丝，并有很多小黑点。 病原属子囊菌亚门，瓜类单丝壳白粉菌。系专性弱寄生菌，只在活寄主上存活。分生孢子梗圆柱形，分生孢子长圆
形，无色，单胞。闭囊壳褐色，球形，壳内有1倒梨形子囊，内有8个椭圆形的子囊孢子。分生孢子产生的适宜温度为15～30℃，相对湿度75%以上。 发病特点病菌随病残体在土中越冬，或在保护地黄瓜上、温室花卉上继续为害越冬，并成为翌年的初侵染源。分生孢子借气流、雨水传播。在16～24℃的适宜温度和75%相对温度下，有利白粉病的发生和流行。饱和湿度即叶面有水珠的情况下，该菌会吸水破裂而死。高温、高湿又无结露或管理不当，黄瓜生长衰败，则白粉病严重发生。 防治方法 1、选用抗病品种。 2、加强栽培及肥水管理。增施磷钾肥，以提高植株的抗病力。注意棚室通风、透光、降湿。 3、药剂防治。可选用的保护剂有各种硫制剂，如50%硫悬浮剂500倍，40%达科宁悬浮剂600倍，75%百菌清600倍，80%山德生可湿性粉剂600倍，80%大生M—45可湿性粉剂600倍。 可用的内吸性杀菌剂有50%多菌灵可湿性粉剂600~800倍，40%福星乳油6000~8000倍，10%世高水分散性颗粒剂2000~3000倍，20%福?晴可湿性粉剂1000~1200倍，好力克43%悬浮剂3000--4000倍液、25%晴菌唑乳油 5000~6000倍，50%托布津可湿性粉剂1000倍，62%仙生