3 Geneup生物技术有限公司产品目录-Cas9 V2 2015

合集下载

phi29 DNA Polymerase产品说明书

phi29 DNA Polymerase产品说明书

phi29 DNA Polymerase产品编号 产品名称包装 D7053S phi29 DNA Polymerase 250U D7053M phi29 DNA Polymerase 1kU D7053L phi29 DNA Polymerase 5kU D7053XLphi29 DNA Polymerase20kU产品简介:碧云天生产的phi29 DNA Polymerase ,即phi29 DNA 聚合酶,是一种重组表达纯化的源于嗜热脂肪芽孢杆菌Bacillus subtilis 噬菌体phi29的DNA 聚合酶。

phi29 DNA 聚合酶具有DNA 链置换 (strand displacement) 活性和很强的DNA 连续合成能力(processive synthesis property),可以合成超过70kb 的长度,常用于在体外进行不依赖于热循环的等温DNA 扩增(isothermal DNA amplification ,也常简称为等温扩增)。

phi29 DNA Polymerase 具有很强的链亲和力,单次聚合反应可以实现长度超过70kb 的连续聚合延伸,从而适合用于对全基因组进行稳定扩增。

phi29 DNA Polymerase 虽然可以扩增线状或者环状的双链DNA ,但其底物倾向于是单链DNA 或单链RNA 。

phi29 DNA Polymerase 具有3’→5’外切酶活性,因此可保证扩增反应的高保真性。

用途:phi29 DNA Polymerase 可用于高保真等温PCR 、滚环复制(Rolling Circle Replication ,RCA),多重置换扩增(Multiple Displacement Amplification ,MDA)和单细胞、病原微生物以及宏基因组(metagenome)的全基因组扩增(Whole Genome Amplification ,WGA)、干血斑样本扩增DNA 、单细胞基因组扩增、SNP 基因分型和STR/微卫星分析等。

诺禾致源2014产品手册

诺禾致源2014产品手册
1
CONTENTS
建库测序
06 建库测序服务
基因组测序
08 动植物基因组测序 10 基因组特征评估 11 基因组de novo测序 14 泛基因组测序(pan-genome) 16 动植物重测序 17 变异检测(基于全基因组重测序) 19 变异检测(基于简化基因组测序) 21 单个性状定位 24 遗传图谱(基于全基因组重测序) 26 遗传图谱(基于简化基因组测序) 28 群体进化(基于全基因组重测序) 30 群体进化(基于简化基因组测序)
[2] Zhi X Y, Yao J C, Li H W, et al. Genome-wide identification, domain architectures and phylogenetic analysis provide new insights into the early evolution of shikimate pathway in prokaryotes[J]. Molecular phylogenetics and evolution, 2014, 75: 154-164.
[8] Xu X, Dong G X, Hu X S, et al. The genetic basis of white tigers[J]. Current Biology, 2013, 23(11): 1031-1035. [9] Jiang W, Liu Y, Xia E, et al. Prevalent role of gene features in determining evolutionary fates of whole-genome duplication duplicated genes in flowering plants[J]. Plant physiology, 2013, 161(4): 1844-1861. [10] Zhang G, Cowled C, Shi Z, et al. Comparative analysis of bat genomes provides insight into the evolution of flight and immunity[J]. Science, 2013, 339(6118): 456-460. [11] Fan Y, Huang Z Y, Cao C C, et al. Genome of the Chinese tree shrew[J]. Nature communications, 2013, 4: 1426. [12] Wang M Y, Zhao P M, Cheng H Q, et al. The Cotton transcription factor TCP14 functions in auxin-mediated epidermal cell differentiation and elongation[J]. Plant physiology, 2013, 162(3): 1669-1680. [13] Lu S, Zong C, Fan W, et al. Probing meiotic recombination and aneuploidy of single sperm cells by wholegenome sequencing[J]. Science, 2012, 338(6114): 1627-1630. [14] Guo S, Zhang J, Sun H, et al. The draft genome of watermelon (Citrullus lanatus) and resequencing of 20 diverse accessions[J]. Nature genetics, 2013, 45(1): 51-58. [15] Li S, Li R, Li H, et al. SOAPindel: Efficient identification of indels from short paired reads[J]. Genome research, 2013, 23(1): 195-200. [16] Li M, Wu H, Luo Z, et al. An atlas of DNA methylomes in porcine adipose and muscle tissues[J]. Nature communications, 2012, 3: 850. [17] Fan W, Li R. Test driving genome assemblers[J]. Nature biotechnology, 2012, 30(4): 330. [18] Liu C M, Wong T, Wu E, et al. SOAP3: ultra-fast GPU-based parallel alignment tool for short reads[J]. Bioinformatics, 2012, 28(6): 878-879. [19] Hvilsom C, Qian Y, Bataillon T, et al. Extensive X-linked adaptive evolution in central chimpanzees[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, 109(6): 2054-2059. [20] Zhang G, Fang X, Guo X, et al. The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation[J]. Nature, 2012, 490(7418): 49-54.

3-氧代酰基-[酰基载体蛋白]还原酶

3-氧代酰基-[酰基载体蛋白]还原酶

3-氧代酰基-[酰基载体蛋白]还原酶,英文名称为3-oxoacyl-[acyl carrier protein] reductase,简称为FabG,是一种参与细菌脂肪酸生物合成途径的酶之一。

该酶能够将3-氧代酰基-[酰基载体蛋白]还原为3-羟基酰基-[酰基载体蛋白],是脂肪酸合成途径中一个重要的还原酶。

在细菌中,这个途径是合成膜磷脂和细胞壁等生命必需物质的关键途径之一。

酰基载体蛋白(acyl carrier protein,ACP)是一个小分子质量为9 kDa的蛋白质,它是脂肪酸生物合成途径中的一个重要载体,能够在不同的酶之间传递脂肪酸中间体,参与脂肪酸的合成过程。

3-氧代酰基-[酰基载体蛋白]还原酶FabG在细菌中具有广泛的分布,是细菌脂肪酸生物合成途径中的一个重要酶。

该酶在抗生素和抗菌药物的研发中也具有重要的作用,是抗菌剂的重要靶点之一。

碧云天 L31600 pLenti-TLR2-sgRNA 产品说明书

碧云天 L31600 pLenti-TLR2-sgRNA 产品说明书

pLenti-TLR2-sgRNA产品简介:pLenti-TLR2-sgRNA (TLR2基因敲除质粒)是一种在动物细胞中可以同时表达Cas9、目的基因的sgRNA 和puromycin 抗性基因的质粒。

用于在动物细胞中直接基于CRISPR/Cas9技术敲除目的基因,或者通过包装慢病毒后基于CRISPR/Cas9技术敲除目的基因。

本质粒中sgRNA 的有效性已经通过T7EI 法的验证。

本质粒在细菌中为Amp 抗性,全长约13,000bp 。

本质粒的关键图谱信息请参考图1。

本质粒可直接转染细胞用于目的基因的CRISPR/Cas9敲除,以及通过puromycin 筛选稳定细胞株;也可以与pMDLg 、Rev 及VSV-g 共转HEK293T 细胞进行重组慢病毒(lentivirus)的包装,然后再用于感染细胞或组织并进行目的基因的CRISPR/Cas9敲除。

图1. 表达sgRNA 、Cas9和puromycin 抗性的pLenti-sgRNA 质粒关键图谱信息。

本质粒中的sgRNA 基于碧云天研发的CRISPR/Cas9 sgRNA 快速筛选和验证体系获得,sgRNA 的有效性已经通过T7EI 法验证。

本质粒用于实验时,建议同时选购无任何靶向的对照质粒pLenti-Control-sgRNA (L00011)或靶向GFP 的对照质粒pLenti-GFP-sgRNA (L00013)。

碧云天同时提供基于CRISPR/Cas9技术的TLR2基因敲除的质粒(L31600 pLenti-TLR2-sgRNA)、慢病毒(L31601 TLR2 Knockout Lentivirus)、HEK293T 细胞(L31602 TLR2 Knockout HEK293T Cells)、HEK293T 敲除细胞的RIPA 裂解液(L31603 TLR2 Knockout HEK293T RIPA Lysate)、HEK293T 敲除细胞的Trizol 裂解液(L31604 TLR2 Knockout HEK293T Trizol Lysate)等产品,具体请在碧云天网站查询或在本产品网页点击相应产品。

申科sf9 hcp残留检测试剂盒 (一步酶联免疫吸附法)说明书

申科sf9 hcp残留检测试剂盒 (一步酶联免疫吸附法)说明书

SHENTEK®Sf9HCP残留检测试剂盒(一步酶联免疫吸附法)说明书货号:1301310在实验前请完整阅读本说明书,务必重视注意点和常见问题!版本:A/0仅供研究用湖州申科生物技术股份有限公司⏹产品名称通用名:Sf9HCP残留检测试剂盒(一步酶联免疫吸附法)。

⏹包装规格96测试/盒。

⏹预期用途Sf9HCP残留检测试剂盒(一步酶联免疫吸附法)适用于昆虫细胞Sf9来源的宿主蛋白残留定量检测,如基于昆虫细胞-杆状病毒表达系统的生物制品,包括但不限于重组蛋白、疫苗,基因治疗AAV载体等。

该试剂盒仅供研究使用,不可用于临床。

⏹检测原理本试剂盒基于固相酶联免疫吸附法(Enzyme-linked Immunosorbent Assay,ELISA),采用双抗体夹心的方式对样品中残留Sf9HCPs进行定量检测。

该试剂盒内的多克隆抗体是通过裂解sf9细胞所得HCPs作为抗原,免疫绵羊获得血清,进而通过亲合纯化方法得到高质量抗体。

抗体通过目前主流的覆盖率分析法规方法评估其覆盖率水平。

该分析方法通过在预包被抗Sf9HCPs多克隆抗体的酶标板中加入校准品或待测样品、HRP标记的抗Sf9HCPs多克隆抗体进行共孵育;洗涤后,利用加入的TMB底物进行显色反应,最后使用终止液终止酶催化反应。

利用酶标仪在450nm波长下测读吸光度值,其吸光度与校准品和样品中的HCPs浓度成正相关,通过剂量-反应曲线可计算得出样品中Sf9HCPs的浓度。

本试剂盒对实际样品无需进行特殊处理,仅需通过合适的稀释比例进行适用性验证即可直接使用。

本试剂盒检测步骤少,快速,专一性强,性能稳定可靠。

图1检测原理示意图试剂盒组分表1.试剂盒组分组分产品号规格说明Sf9HCP 校准品PNB0112瓶冻干粉。

精确量取500μL复溶液,溶解,静置约5分钟,溶液应该澄清透明,无肉眼可见不溶物。

具体浓度见瓶身标注。

抗Sf9HCP 预包被酶标板PNA0128孔×12条已包被适量的绵羊抗Sf9HCPs多克隆抗体,铝箔袋密封包装,含干燥剂。

CRISPR-Cas9预制稳转株GFP荧光标记肿瘤细胞稳转株Luciferase

CRISPR-Cas9预制稳转株GFP荧光标记肿瘤细胞稳转株Luciferase

选择GeneCopoeia预制稳定细胞系:
CRISPR-Cas9 预制稳转株
稳定插入人源AAVS1或小鼠ROSA26的“Safe Harbor”安全位点,CRISPR-Cas9在表达过程中不影响细胞
的其它正常生物功能。

提供单克隆细胞现货。

Luciferase+GFP 双标签肿瘤细胞稳转株
持续表达高水平荧光素酶及荧光蛋白。

进行活体注射后,短时间即可检测荧光及荧光素报告基因,涵括17种
常用的人源癌细胞系的稳转株现货。

提供混合细胞株。

GFP 荧光标记肿瘤细胞稳转株
持续表达高水平荧光蛋白。

涵括18种常用的人源癌细胞系的稳转株现货。

提供混合细胞株。

细胞结构相关预制稳转株
可持续表达与细胞骨架构成相关的蛋白,可与RFP融合表达。

提供混合细胞株。

TRE 预制稳转株
可持续表达转录应答因子(Transcriptional Response Element )。

提供单克隆细胞现货。

• 出货前,细胞的存活率达到95%以上,活细胞比例高;
• 保证无支原体、细菌、真菌或其它影响细胞生长的毒素、污染;
• 报告基因表达稳定、均匀;
• Cas9预制稳转株利用Safe Harbor整合位点,保持Cas9稳定表达的同时无细胞毒副作用;
• Cas9预制稳转株为单克隆,保证稳定整合,在单一基因背景下持续高水平表达。

基于CRISPR

第38卷第2期2024年3月山东理工大学学报(自然科学版)Journal of Shandong University of Technology(Natural Science Edition)Vol.38No.2Mar.2024收稿日期:20230301基金项目:江苏省高校 青蓝工程 项目(2023);江苏省高职院校青年教师企业实践项目(2021QYSJ063);江苏省精准诊疗药物创制工程研究中心(苏州大学)开放课题(SDGC2239)第一作者:谢钰珍,女,295842442@;通信作者:覃鸿妮,女,qinhn@文章编号:1672-6197(2024)02-0067-06基于CRISPR /Cas9基因编辑技术构建PD -L1-GFP 报告基因HT29细胞株谢钰珍1,覃鸿妮1,2,吴凡1,孙曙光1,孟丽君3(1.苏州工业园区服务外包职业学院生物科技学院,江苏苏州215123;2.江苏省精准诊疗药物创制工程研究中心(苏州大学),江苏苏州215000;3.苏州东岭生物技术有限公司,江苏苏州215123)摘要:利用CRISPR /Cas9基因编辑技术和同源重组技术在PD -L1基因的特定位置敲入绿色荧光蛋白(GFP )序列,构建含有PD -L1-GFP 报告基因的结肠癌细胞(HT29)稳定细胞株㊂根据CRISPR -Cas9靶点设计原则,针对PD -L1基因终止密码子设计两对sgRNA ,退火形成双链后连接至Lenti -V2空载质粒中,转化培养后提取质粒并测序验证㊂对于正确的Lenti -V2-sgRNA 重组质粒,T7E1酶切验证其基因编辑效率㊂根据靶点位置设计左同源臂+GFP +右同源臂序列合成Donor 片段,双酶切后连接至pUC19,重组载体转化扩增后同样进行质粒提取和测序验证㊂将验证成功的Lenti -V2-sgRNA 和pUC19-donor -GFP 共转染HT29细胞,荧光显微镜检测GFP 表达情况,菌落PCR 及基因测序验证GFP 报告基因的靶向插入效果㊂经酶切和测序鉴定,靶向编辑PD -L1的Cas9载体Lenti -V2-gRNA 和含GFP 基因的Donor 质粒pUC19-donor -GFP 构建成功㊂两个重组质粒转染HT29细胞后,显微观察㊁多克隆验证㊁单克隆筛选及鉴定结果显示,GFP 成功转入HT29细胞并进行了表达,经有限稀释法筛选出的单克隆细胞荧光均一,且与对照组相比,阳性细胞克隆的基因组PCR 均检测到特异条带,表明在PD -L1终止密码子前成功插入了GFP 片段,细胞株构建成功㊂通过基因编辑技术成功构建了稳定表达PD -L1-GFP 报告基因的HT29结肠癌细胞株,建立了一个可以直观在细胞上观察PD -L1是否表达以及表达的强弱程度的系统,为后期体内外筛选调控PD -L1的上游新靶点及药物奠定了基础㊂关键词:PD -L1;CRISPR /Cas9;报告基因;GFP 中图分类号:TB532.1;TB553文献标志码:AConstruction of HT29cell line with PD -L1-GFPreport gene by CRISPR /Cas9systemXIE Yuzhen 1,QIN Hongni 1,2,WU Fan 1,SUN Shuguang 1,MENG Lijun 3(1.School of Biotechnology,Suzhou Industrial Park Institute of Services Outsourcing,Suzhou 215123,China;2.Jiangsu Province Engineering Research Center of Precision Diagnostics and Therapeutics Development,Soochow University,Suzhou 215000,China;3.Suzhou Dongling Biotechnology Company Limited,Suzhou 215123,China)Abstract :Using CRISPR /Cas9and homologous recombination technology to tap green fluorescent protein (GFP)sequence at specific position of PD -L1gene,we constructed human colon cancer cell (HT29)㊀stable cell line containing PD-L1-GFP reporter gene.According to the design principle of CRISPR-Cas9target,two pairs of sgRNAs were designed for the stop codon of PD-L1gene.After annealing,the sgRNAs were connected to the Lenti-V2plasmid.The plasmid was extracted and verified by sequencing after amplification of the receptor cells.For the correct Lenti-V2-gRNA recombinant plasmid,the effi-ciency of gene editing was verified by T7E1digestion.According to the target location,Donor fragment was synthesized from left homologous arm+GFP+right homologous arm sequence,which was ligated to pUC19after double enzyme digestion.Plasmid extraction and sequencing were also performed after re-combinant vector transformation and amplification.HT29cells were co-transfected with Lenti-V2-gRNA and pUC19-donor-GFP,and the expression of GFP protein was detected by fluorescence microscopy. Finally,the targeted insertion effect of GFP reporter gene was verified by colony PCR and gene sequen-cing.The Cas9vector Lenti-V2-gRNA and Donor plasmid pUC19-donor-GFP containing PD-L1were successfully constructed by enzyme digestion and sequencing.After the two recombinant plasmids were transfected into HT29cells,the results of microscopic observation,polyclonal verification,monoclonal screening and identification showed that GFP was successfully transferred into HT29cells and expressed, and the monoclonal cells screened by limited dilution method had uniform fluorescence.Moreover,com-pared with the control group,specific bands were detected in the genomic PCR of the clones of positive cells,indicating that the GFP fragment was successfully inserted before the PD-L1stop codon,and the cell line was successfully constructed.HT29colon cancer cell line with stable expression of PD-L1-GFP reporter gene was successfully constructed by gene editing technology,and a system was established to di-rectly observe whether PD-L1is expressed and the degree of expression,which laid a foundation for sub-sequent in vitro and in vivo screening of upstream new targets and drugs regulating PD-L1. Keywords:PD-L1;CRISPR/Cas9;reporter gene;GFP㊀㊀PD1(programmed death-1,程序性死亡受体-1)为PDCD1基因编码的Ⅰ型跨膜糖蛋白,主要表达于活化的免疫细胞表面,如T细胞㊁B细胞㊁NK细胞以及单核细胞等㊂PD1是维持自身耐受性的重要因子,在生理条件下可通过TCR识别抗原,调节外周组织中T细胞的功能,从而应对和清除外源病菌及内源异常细胞㊂PD-L1(程序性死亡配体-1)也称CD274,是PD1的配体之一,是由CD274基因编码的一种细胞表面糖蛋白,多过度表达于肿瘤细胞表面[1]㊂作为重要的负性免疫调节因子,当T细胞表面PD1受体与肿瘤细胞表面表达的PD-L1配体结合后,可向细胞内传递调控信号,抑制T细胞活化与增殖,从而帮助肿瘤细胞逃脱宿主的免疫监视,因此,抑制PD1/PD-L1通路或者通过特异性靶点抑制PD-L1蛋白的表达,可有效增强肿瘤治疗效果㊂近年来的临床研究结果显示,由PD1/PD-L1通路介导下的免疫抑制在非小细胞肺癌㊁胃癌㊁乳腺癌㊁大肠癌等多种恶性肿瘤的发生发展中均具有重要作用,PD-L1在以上各种癌组织的表达明显升高,且PD-L1的阳性表达与肿瘤大小㊁转移情况㊁分化程度及远期生存率存在密切关系[2-3];此外,从诱导肿瘤细胞表面高表达PD-L1的相关因素来看,目前已报道的肿瘤细胞中调控PD-L1表达的相关信号通路主要有Akt3信号通路和MAPK信号通路㊁IFN-γ信号通路和AR信号通路[4],而且这些通路的某些抑制剂已被证明可调节PD-L1㊂例如:TGFβR-1抑制剂LY364947可明显降低TGFβR-1诱导的PD-L1mRNA和蛋白表达[5];突变转录因子FOXP3在PD-L1启动子区的结合位点后,胰腺癌细胞PD-L1的表达明显受到抑制[6];但关于结肠癌肿瘤细胞PD-L1表达的具体调控机制仍需进一步研究㊂CRISPR/Cas9系统是一种新型基因编辑技术,通过sgRNA介导核酸酶Cas9对基因组特定位点进行识别㊁切割,从而实现基因编辑,操作相对简便,基因编辑效率高㊂本文利用CRISPR/Cas9技术,在PD-L1基因终止密码子之前插入绿色荧光蛋白GFP基因,通过构建稳定表达PD-L1-GFP报告基因的结肠癌细胞株HT29,旨在建立一个可直观观察细胞上PD-L1是否表达以及表达强弱的系统,为进一步研究结肠癌细胞中PD-L1表达的可能调控机制提供帮助,为后期体内外筛选调控PD-L1的上游新靶点及药物奠定基础㊂86山东理工大学学报(自然科学版)2024年㊀1㊀材料与方法1.1㊀材料HT29细胞和293T细胞(苏州东岭生物技术有限公司保存),Lenti CRISPR V2质粒载体和pUC19载体(苏州东岭生物技术有限公司),胶回收试剂盒(Thermo),Stbl3感受态大肠杆菌(TransGen Biotech),DMEM培养基和D10培养基(HYclone), T4连接酶(Takara公司),DNA聚合酶(NEB)㊂1.2㊀方法1.2.1㊀sgRNA引物的设计与合成根据NCBI查询的PD-L1基因序列,使用CRISP在线设计工具(/E-CRISP/),根据靶点设计原则,在PD-L1基因终止密码子处设计sgRNA,并在序列正义链与反义链的5 端添加Esp3I(BsmBI)酶切位点,合成的具体序列如下:sgRNA-1:GAGGAGACGTAATCCAGCAT gRNA-1-F:CACCGAGGAGACGTAATCCAGCA gRNA-1-R:AAACATGCTGGATTACGTCTCCTC sgRNA-2:GTCTCCTCCAAATGTGTATC gRNA-2-F:CACCGTCTCCTCCAAATGTGTATC gRNA-2-R:AAACGATACACATTTGGAGGAGA为检测突变是否成功,设置了一对检测引物,扩增产物为包含sgRNA靶点的基因组DNA片段,检测引物具体序列如下:Test-F:TGGGGGACAAGCCATCCCAA Test-R:ATGATTTGCTTGGAGGCTCC1.2.2㊀LentiV2-gRNA重组质粒的构建及鉴定根据所设计序列合成单链sgRNA,经梯度降温PCR退火形成双链sgRNA㊂退火结束后,将得到的双链gRNA连接到已用Esp3I酶切回收后的线性Lenti-V2空载质粒中,连接产物转化Stbl3感受态细胞,37ħ培养过夜后挑取阳性单克隆进行测序验证,测序引物:LKO1-5(GACTATCATATGCTTAC-CGT)㊂针对序列正确的单克隆,提取其对应菌液中的质粒DNA,即可得到正确的Lenti-V2-sgRNA重组质粒㊂1.2.3㊀pUC19-Donor-GFP重组质粒的构建及鉴定设计左同源臂+GFP+右同源臂序列,序列两端添加酶切位点XbaI/BamHI,送公司合成Donor片段,将合成的Donor片段㊁pUC19分别用XhaI和BamHI双酶切后连接㊂取10μL连接产物转化至50μL Stbl3感受态大肠杆菌中,37ħ培养1h 后,均匀涂在含有Amp的LB平板上,过夜培养㊂次日挑取6个克隆于4mL含有Amp的LB培养基中, 37ħ培养16h㊂16h后取1mL菌液抽提质粒,并对质粒进行菌落PCR,判断选取的单克隆中是否含有目的片段㊂将验证正确的质粒送至测序,测序引物:M13-R(CAGGAAACAGCTATGACC),测序正确后冻存菌种㊂1.2.4㊀细胞培养和细胞转染从-80ħ冰箱中取出冻存的HT29细胞,复苏结束后留2mol/L的细胞量在10cm培养皿中培养,隔天进行传代培养㊂培养至第4天时将HT29转移至24孔板中的2孔(一孔转染,一孔阴性对照),每孔0.5ˑ106细胞㊂转染前1~2h更换新鲜培养基(0.9mL/孔),按Lenti-V2-sgRNA(0.6μg)㊁Donor-GFP(0.4μg)㊁1mg/mL PEI(3μL)㊁DMEM(97μL)配制转染体系,室温孵育30min后,将混合液加入到1孔中,另一个孔无须加入,轻轻摇匀后放入培养箱培养(37ħ,5%CO2)㊂1.2.5㊀多克隆效果验证提取转染后的HT29细胞基因组DNA,利用在PD-L1基因组以及GFP上分别设计的上下游引物,对其进行PCR鉴定,以检测其中是否含有在PD-L1位点成功插入GFP片段的目的细胞㊂引物序列: PD-L1-F(TTCAAATTTATCATTTATCA),GFP-R (CCGGACACGCTGAACTTGTG),PCR体系:模板DNA10ng㊁PD-L1-F和GFP-R各1μL,2X PrimeSTAR HS DNA Polymerase MIX10μL,总体积20μL㊂PCR扩增程序:98ħ预变性20s,98ħ变性10s,55ħ退火5s,72ħ延伸35s,共30个循环,68ħ彻底延伸2min㊂扩增的PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳分析㊂1.2.6㊀单克隆细胞筛选转染72h后,观察细胞生长状况并计数,采用有限稀释法,用D10(10%的FBS+DMEM)按每200μL一个细胞稀释到96孔板中,培养24h 后,显微镜观察荧光及细胞状态,并做好标记㊂继续培养,当上一步标记的单克隆细胞密度达到80%后,消化并收集细胞,用基因组DNA抽提试剂盒提取基因组,作为检测引物(TestF㊁R)的扩增模板,最后将扩增产物送至公司测序,以检测PD-L1-GFP 报告基因是否插入成功㊂96第2期㊀㊀㊀㊀㊀谢钰珍,等:基于CRISPR/Cas9基因编辑技术构建PD-L1-GFP报告基因HT29细胞株2㊀结果与分析2.1㊀Lenti -V2-gRNA 重组质粒构建结果重组质粒基因测序结果显示,在酶切位点之间插入的片段位置㊁方向以及序列与预期一致(图1),含有本实验所需要的两条sgRNA 序列,证明LentiV2-gRNA 重组质粒构建成功㊂2.2㊀两条sgRNA 切割效果验证结果为了验证所设计的两条sgRNA 的切割效果,将两种Lenti -V2-gRNA 重组质粒转入293T 细胞后提取基因组DNA,并对其进行T7E1酶切鉴定,结果显示1和2两种sgRNA 都能切下相应大小的条带(图2),证明Lenti -V2-sgR1和Lenti -V2-sgR2都具有切割效果,本实验随机使用其中1条,采用sgRNA2,即Lenti -V2-sgR2㊂图1㊀Lentiv2-gRNA重组质粒测序结果图2㊀T7E1酶切图2.3㊀pUC19-Donor -GFP 重组质粒构建结果以挑选的6个单克隆为模板,经菌落PCR 均能扩增出目的片段(图3),说明菌落中含有目标质粒㊂将阳性质粒进一步送至金唯智测序,从图4可以看出,第一行的序列为测序结果,第二行的序列是所需的模板序列,序列比对完全正确,pUC19-Donor -GFP 质粒构建成功㊂2.4㊀Lenti -V2-sgR2和pUC19-donor -GFP 细胞转染结果㊀㊀将Lenti -V2-sgR2和pUC19-donor -GFP 转染至HT29细胞,72h 后荧光显微镜下观察细胞状态㊂由图5可知,培养72h后可观察到少量细胞表达绿注:1-6为随机挑取的6个单克隆,M 为DNA marker㊂图3㊀pUC19-Donor -GFP 重组质粒转化质粒菌落PCR 结果色荧光,证明GFP 成功转入HT29并进行了表达㊂2.5㊀PD -L1-GFP 报告基因工程细胞株阳性单克隆筛选结果2.5.1㊀多克隆效果验证结果图6为多克隆PCR 鉴定结果,可以发现实验组在200bp 位置有目的条带,而对照组没有,证明GFP 插入到指定位点㊂2.5.2㊀单克隆细胞筛选结果为将上述验证的插入正确GFP 序列位点的细胞挑选出来,将多克隆细胞进行单克隆筛选,图7为荧光显微镜观察结果,可以看到细胞形成了单克隆并且具有均一的荧光,可以进行后续的验证㊂7山东理工大学学报(自然科学版)2024年㊀图4㊀pUC19-Donor重组质粒测序结果(a)细胞图(b)荧光图图5㊀HT29细胞荧光蛋白表达为验证上述挑选的单克隆中所需的序列存在,对其基因组PCR 之后送至金唯智测序,图8显示与正常HT29细胞基因组相比,敲入的实验组所挑的单克隆在终止密码子前插入了GFP 片段,证明细胞系构建成功㊂3㊀讨论PD1表达于活化的免疫细胞表面,如B淋巴细图6㊀多克隆验证琼脂糖凝胶电泳图图7㊀单克隆细胞荧光状态图胞㊁CD4+T 细胞等㊂PD -L1作为PD1的配体之一,在癌组织上可见异常高表达,如肾癌㊁肝癌㊁肺癌㊁乳腺癌及卵巢癌等;但在肿瘤邻近的正常组织中低水平表达,提示它参与肿瘤发生发展,并在削弱抗肿瘤免疫反应中发挥重要作用㊂PD1/PD -L1是负性共刺激分子,当肿瘤细胞表面的PD -L1与免疫细胞表面的PD1结合时,可抑制免疫细胞的增殖与活性甚至诱导其凋亡,使癌细胞成功逃脱免疫杀伤㊂近年来,PD -L1及其受体PD1信号通路一直是肿瘤免疫领域的热门研究对象,针对阻断PD1/PD -L1通路的单克隆抗体已然成为了肿瘤免疫治疗的明星产品,目前FDA 已经批准了五种PD -L1抑制剂㊂作为非特异性免疫治疗产品,PD -L1抑制剂的抗癌效应具有广谱性,且在不同癌症疾病中显示出了很好的治疗[7-11],但由于治疗过程中的原发性和获得性耐药,相当大比例的患者无法从中受益㊂相较于单药疗法,近年来越来越多的研究正向着PD1/PD -L1耐药机制研究以及联合用药靶点的筛选上转移[12]㊂在一些研究报道中,针对不同类型免疫检查点的联合疗法已被证明对几种肿瘤有效㊂例如:采用抗PD -1抑制剂抗体㊁抗CD137激动剂抗体和疫苗治疗的三联疗法可以显著增强胰腺导管腺癌的治疗效果[13-14];联合anti -PD -L1和anti -TIGIT 在临床上对转移性NSCLC 患者非常有效[15];增强ITCH 活17第2期㊀㊀㊀㊀㊀谢钰珍,等:基于CRISPR /Cas9基因编辑技术构建PD -L1-GFP 报告基因HT29细胞株性可促进PD -L1泛素化降解从而降低肿瘤细胞PD -L1表达,化合物AK087与MAPK 抑制剂联用可明显增强MAPK 靶向治疗黑色素瘤的效果[16]等㊂但对于其他大部分肿瘤来说,不同疗法治疗过程中肿瘤表面PD -L1的表达量变化情况及产生治疗抗性的关键机制,仍需进一步研究㊂注:斜体为GFP 片段,下划线为PDL1终止密码子,WT 为正常HT29测序序列,Knock -in clone 为实验组测序序列㊂图8 对照组和实验组序列对比图㊀㊀为了探究结肠癌细胞表面PD -L1表达的更多可能调控机制,本研究利用CRISPR /Cas9系统和同源重组的原理,通过两次转染将GFP 荧光基团成功插入到PD -L1基因终止密码子之前,成功构建了PD -L1-GFP 报告基因HT29细胞株,通过荧光信号直观观察细胞上PD -L1是否表达以及表达的强弱程度,为进一步研究结肠癌细胞中PD -L1表达的可能调控机制提供了材料,并为后期体内外筛选调控PD -L1的上游新靶点及药物奠定了基础㊂参考文献:[1]谢丽叶,付杰军,卢奕,等.PD1/PD -L1激活促进癌症发生㊁发展和转移的研究进展[J].肿瘤防治研究,2017,44(6):423-427.[2]车章洪.PD -1/PD -L1通路在肿瘤的发生发展过程中对T 细胞的活化作用研究进展[J].中国新药杂志,2017,26(16):1913-1917.[3]方宇,王海娟,李征洋,等.PD -L1和A2aR 在大肠癌中的表达及意义[J].河北医药,2021,43(3):345-348,352.[4]丰江舟,杨梦梦,朱彬彬,等.人PD -L1基因启动子克隆及其荧光素酶报告基因载体的构建[J].皖南医学院学报,2016,35(6):524-526.[5]柯佳,李卓伟,李超,等.TGF -β1对结肠癌SW620细胞及其PD -L1表达的影响[C]//中国解剖学会.中国解剖学会2019年年会论文文摘汇编.昆明:解剖学杂志编辑部,2019:182.[6]王秀超.胰腺癌肿瘤细胞PD -L1表达调控机制及联合干预实验研究[D].天津:天津医科大学,2017.[7]李青丽,唐瑶,李富丽,等.抗PD -L1抗体抑制小鼠非小细胞肺癌移植瘤的生长及其机制[J].肿瘤,2020,40(8):531-540.[8]孙晨,镡云辉,耿波,等.PD -1/PD -L1抑制剂在肾癌中的研究进展[J].国际外科学杂志,2020,47(9):639-643.[9]张丽娜,杨艳芳,姜战胜.PD -1/PD -L1抑制剂治疗三阴性乳腺癌的研究进展[J].中国肿瘤生物治疗杂志,2021,28(8):844-849.[10]李一鑫,路丹.PD -1/PD -L1抑制剂治疗晚期卵巢癌的研究进展[J].现代肿瘤医学,2021,29(15):2741-2744.[11]陈茜,周建英,黎扬斯.抗PD -1/PD -L1治疗在晚期难治性肺鳞癌中的疗效和安全性[J].循证医学,2015,15(4):213-216.[12]YUAN Y,ADAM A,ZHAO C,et al.Recent advancements in themechanisms underlying resistance to PD -1/PD -L1blockade immu-notherapy[J].Cancers(BaseⅠ),2021,13(4):663.[13]韩丽炘,黄玉,温娟娟.PD -1/PD -L1抑制剂联合化疗对比免疫单药治疗晚期NSCLC 疗效及安全性的Meta 分析[J].山西大同大学学报(自然科学版),2022,38(4):84-90.[14]汝继轩,吴川林,张占田,等.PD -1/PD -L1免疫检查点抑制剂治疗胰腺癌研究进展[J].中华胰腺病杂志,2021,21(2):143-147.[15]陈丽丽.EGFR 联合PD -L1在可切除或临界可切除胰腺癌中的预后评价作用[C]//第二届中国临床分子诊断大会.第二届中国临床分子诊断大会论文集.成都:出版者不详,2019:73.[16]YANG Z T,WANG Y,LIU S X,et al.Enhancing PD -L1degra-dation by ITCH during MAPK inhibitor therapy suppresses acquiredresistance[J].Cancer Discovery,2022,12(8):1942-1959.(编辑:姚佳良)27山东理工大学学报(自然科学版)2024年㊀。

安捷伦产品目录


15
Real-Time PCR
16
Mx3000P QPCR System
17
Brilliant III Ultra-Fast SYBR Green QPCR and QRT-PCR Reagents
18
Brilliant III Ultra-Fast QPCR and QRT-PCR Reagents
Agilent / STRATAGENE
Agilent website: /genomics
Welgene | Agilent Stratagene
威健股份有限公司 | Stratagene 總代理
Table of Content
Table of Contents
/ XL1-Red Competent Cells SoloPack Gold Supercompetent Cells
/ TK Competent Cells Specialty Cells
/ Classic Cells / Fine Chemicals For Competent Cells
適用於 UNG 去汙染或 bisulphite
sequencing
適用於 TA Cloning
最高敏感性
取代傳統 Taq 的好選擇
-
2
威健股份有限公司 | Stratagene 總代理
PCR Enzyme & Instrument
Agilent SureCycler 8800
市場上領先的 cycling 速度和 sample 體積 10 ~ 100 μL 簡易快速可以選擇 96 well 和 384 well 操作盤 優秀的溫控設備讓各個 well 都能保持溫度的穩定 七吋的高解析度觸控螢幕讓操作上更為簡便 可以透過網路遠端操控儀器及監控儀器 Agilent 專業的技術支援可以幫助您應對各種 PCR 的問題

艾德KRAS试剂盒说明书

【产品名称】通用名称:人类KRAS基因7种突变检测试剂盒(荧光PCR法)英文名称:Human KRAS Gene 7 Mutations Fluorescence Polymerase ChainReaction (PCR) Diagnostic Kit【包装规格】12测试/盒【预期用途】KRAS基因是人体肿瘤中常见的致癌基因。

该基因的突变常见于多种恶性肿瘤,在肺癌患者中的突变率为15~30%,在结直肠癌患者中的突变率为20~50%。

导致KRAS处于激活状态的突变主要位于第12和13密码子上。

KRAS基因突变一般会使肺癌患者对EGFR酪氨酸激酶抑制剂产生耐药,使结直肠癌患者对抗EGFR抗体类药物产生耐药。

但是,2010年10月的最新研究发现第13密码子上的Gly13Asp(G13D)突变亦对抗EGFR抗体类药物有治疗反应性(参见:De Roock. W. JAMA. 2010;304(16):1812-1820)。

因此,KRAS基因突变检测能提高肿瘤临床治疗的针对性,降低治疗费用,节省宝贵的治疗时间。

大部分肿瘤的突变都是体细胞突变,突变细胞往往与野生型细胞混杂在一起,因此所提取的DNA常带有大量野生型DNA,所以对体细胞突变检测需要较高的特异性,而目前广泛使用的直接测序法检测能力有限,不能完全满足临床需要。

本试剂盒用于检测人类KRAS基因的12和13密码子上7种热点体细胞突变(见表1),试剂盒以DNA为检测样本,提供突变状态的定性评估。

辅助临床医生筛选出可受益于肿瘤靶向药物的大肠癌等癌症患者。

该产品用于组织中提取DNA的KRAS基因7种突变的检测,为临床医生对大肠癌或肺癌患者选择肿瘤靶向药物治疗提供参考。

表1 人类KRAS基因的12和13密码子上7种热点体细胞突变突变名称氨基酸变化碱基变化Cosmic ID 公司命名Gly12Asp 甘氨酸到天门冬氨酸GGT>GAT 521 12-2-A Gly12Ala 甘氨酸到丙氨酸GGT>GCT 522 12-2-C Gly12Val 甘氨酸到缬氨酸GGT>GTT 520 12-2-T Gly12Ser 甘氨酸到丝氨酸GGT>AGT 517 12-1-A Gly12Arg 甘氨酸到精氨酸GGT>CGT 518 12-1-C Gly12Cys 甘氨酸到胱氨酸GGT>TGT 516 12-1-T Gly13Asp甘氨酸到天门冬氨酸GGC>GAC 53213-2-A【检测原理】本试剂盒基于实时PCR平台结合了特异引物和双环探针两种技术,检测DNA样品中含有的突变基因。

法医DNA鉴定常用试剂盒

法医DNA鉴定常用试剂盒Applied Biosystems公司(美国):1、Identifiler PCR扩增试剂盒英文名称:AmpF/STR® Identifiler® PCR Amplification Kit产品概述AmpF STR Identifiler PCR扩增试剂盒可以在单次PCR反应中同时扩增15个STR基因座和Amelogenin性别基因。

Identifiler试剂盒中进行复合扩增的四核苷酸位点包括CODIS所必需的13个核心STR位点,即CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX、和vWA。

获得的数据可以满足ENFSI(欧洲法医学网)与Interpol(国际刑警组织)的要求。

另外两个四核苷酸位点(D2S1338与D19S433)与先前同FSS(英国法庭科学服务机构)联合开发的SGM Plus 扩增试剂盒相一致。

相比之前所有的AmpF STR试剂盒,包含了上述STR位点的Identifiler试剂盒是功能最强大的一个试剂盒。

6-FAM dye: CSF1PO, D7S820, D8S1179, D21S11VIC dye: D2S1338, D3S1358, D13S317, D16S539, TH01NED dye: D18S51, D19S433, TPOX, vWAPET dye: Amelogenin, D5S818, FGA特点:单管同时扩增16个位点,包括15个STR个体识别位点以及一个性别鉴定位点Amelogenin实验流程简单,一个反应管,一次进样,一个泳道分析采用与其他试剂盒完全相同的引物序列,不同试剂盒的结果具有可比性五色荧光技术,在维持扩增产物大小不变的条件下,有效提高了单个泳道分辨的片段数最大扩增产物小于350碱基,扩增容易,峰高均一提供完整的解决方案,由试剂、仪器、软件、技术支持等构成完整的体系2、Yfiler PCR扩增试剂盒英文名称:AmpF/STR® Yfiler® PCR Amplification Kit产品概述AmpF STR Yfiler PCR扩增试剂盒是一种能在单个PCR反应中复合扩增Y染色体上的17个STR 基因座的STR分析试剂盒。

  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。

2. pLVc-505 (pLVc/U6.sgRNA-Bla-P2A-EGFP)
载体特点: � 使用人 U6 启动子表达 sgRNA 序列; � 用 BsmB1 酶切载体,与 crRNA 插入片段连接; � 含有 EGFP 标记基因,可以实时跟踪转染效率; � 含有杀稻瘟菌素(Blasticidin)抗性筛选基因,可筛选稳定表达细胞系; � 既可用瞬时转染,也可包装成慢病毒后感染细胞; � 设计 crRNA 插入片段的引物结构为 上游引物: 5`-ACCG NNNN NNNNN NNNNN NNNNN-3’ 下游引物: 3`- NNNN NNNNN NNNNN NNNNN CAAA-5’ (三)sgRNA/Cas9 共表达载体 1. 常规质粒载体 (pCas9 V1.0)
Geneup 生物技术有限公司产品目录
第三类 CRISPR/Cas9 系列
一、CRISPR/Cas9 技术简介 CRISPR/Cas9(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats )是 来自细菌及古细菌的一套特异性免疫系统。 在该系统中, crRNA (CRISPR-derived RNA)与 tracrRNA(trans-activating RNA)结合形成的复合物能特异性识别靶基 因序列,并引导 Cas9 核酸内切酶在靶定位点剪切双链 DNA,从而达到对目的基 因组 DNA 进行特异性编辑。自 2013 年 1 月首次报道利用 CRISPR/Cas9 系统可 以对哺乳动物细胞进行基因组改造以来, CRISPR/Cas9 系统高效的基因组编辑功 能已被应用于多种模式生物,包括人、小鼠、大鼠、斑马鱼、秀丽隐杆线虫、 植 物 及 细 菌 。 研 究 表 明 , 与 锌 指 核 酸 酶 ( ZFNs ) 和 转 录 激 活 样 效 应 核 酸 酶 (Transcription activator-like effector nucleases, TALEN)相比较,CRISPR-Cas 系 统介导的基因组靶向实验在细胞或动物中具有相似甚至更高的效率。
载体特点:
� � 使用人 U6 启动子表达 sgRNA 序列; 用 Bbs1 酶切载体,与 crRNA 插入片段连接。
2. 基于 EBNA1 和 oriP 的载体 (pEP-KO) 基于 EBNA1 和 oriP 元件的非整合型附着体载体(Episomal vector)导入真 核细胞后,则以游离体方式转运入核,载体上携带的目的基因能够获得较高水平 表达,并随着细胞分裂保持较长时间,但最终会将逐渐去除。
� 既可用瞬时转染,也可包装成慢病毒后感染细胞; � 与第四代慢病毒包装质粒匹配,可制备高滴度慢病毒颗粒。 载体图谱:
为什么要选择诱导型 Cas9 表达体系? 利用 Cas9 技术可以进行高通量筛选,现有的做法是在 Cas9 稳转细胞系上进行操作。 研 究表明,Cas9 的持续表达对细胞会产生一定的毒性,因此我们开发了诱导型 Cas9 过表达慢 病毒载体,可以方便地构建稳转细胞系。当对细胞转染过表达 sgRNA 的载体或者体外合成 的 sgRNA 时, 加 Dox 便可诱导 Cas9 表达并启动对靶 DNA 的编辑, 一旦剪切筛选任务结束, 更换为不含 Dox 的培养液,便可有效避免由于 Cas9 持续表达对细胞造成的各种毒副作用。
图 1:CRISPR/Cas9 技术编辑基因原理示意图
二、利用 CRISPR/Cas9 技术进行基因敲除的优点 1. 可实现多个靶基因位点及多个基因的同时敲除; 2. RNA 导向的基因组 DNA 识别,无需考虑 DNA 甲基化; 3. 无种属限制,适用于各种细胞系的靶向敲除; 4. 系统灵活简单,敲除效率更高。 三、Geneup 公司研发的 Cas9 相关产品及服务 (一)诱导型 Cas9/Cas9n 过表达慢病毒载体 (pLVi-503,pLVi-504) 载体特点: � 使用改良的四环素反应元件 (TRE3G) 和反义四环素转录激活子 (TETON3G) 并反向克隆到同一慢病毒载体,显著提高了诱导效果,并降低了本底,在非 诱导条件下几乎检测不到“泄漏”的人源化 Cas9 蛋白; � 加入药物 Dox 时,TETON3G 与其结合后发生构象改变并结合到 TRE3G 位 点,从而促使 miniCMV 启动子控制下的 Cas9 或者 Cas9n 的表达; � 含有嘌呤霉素(puromycin)抗性筛选基因,可筛选稳定表达细胞系;
载体特点:
� � � 使用人 U6 启动子表达 sgRNA 序列; 含有嘌呤霉素(puromycin)抗性筛选 基因,可筛选转染后的细胞; 用 Sap1 酶切载体, 与 crRNA 片段连接。
服务内容 1. 靶向目标序列 sgRNA 载体构建 2. 诱导型 Cas9/Cas9n 稳转细胞系的构建 服务价格
(二)sgRNA 过表达慢病毒载体 1. pLVc-502 (pLVc/U6.sgRNA-copGFP-Puro)
载体特点: � 使用人 U6 启动子表达 sgRNA 序列; � 用 BsmB1 酶切载体,与 crRNA 插入片段连接; � 含有 copGFP 标记基因,可以实时跟踪转染效率; � 含有嘌呤霉素(puromycin)抗性筛选基因,可筛选稳定表达细胞系; � 既可用于瞬时转染,也可包装成慢病毒后感染细胞; � 设计 crRNA 插入片段的引物结构为 上游引物: 5`-ACCG NNNN NNNNN NNNNN NNNNN-3’ 下游引物: 3`- NNNN NNNNN NNNNN NNNNN CAAA-5’
服务项目 内容 sgRNA 克隆服务 每个靶基因设计 3 条 sgRN
相关文档
最新文档