动物肌内脂肪沉积相关候选基因的研究进展

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家禽肌内脂肪含量影响因素及其相关基因的研究进展

家禽肌内脂肪含量影响因素及其相关基因的研究进展

家禽肌内脂肪含量影响因素及其相关基因的研究进展作者:王勤来源:《家禽科学》2019年第08期摘 ;要:肌肉脂肪分为肌间脂肪和肌内脂肪,肌内脂肪影响肉质风味,肌内脂肪含量高,肌肉肉质细嫩,口感较好。

本文综述了家禽肌内脂肪的影响因素及其相关基因的研究进展,以期为优质家禽育种及饲养管理工作提供借鉴和思路。

关键词:家禽;肌内脂肪;影响因素;相关基因中图分类号:S831.2 ; ; 文献标识码:A ; ; 文章编号:1673-1085(2019)08-0053-06随着人们生活水平的提高,对禽肉需求不仅表现为数量上的增加,更倾向于肉品质的提升,在影响肉质风味众多因素中,肌肉脂肪含量对禽肉品质风味影响明显。

研究表明,肌内脂肪(IMF)是肌肉产生挥发性风味物质的前体物,肌肉中肌内脂肪含量可影响肌肉的嫩度和风味,理想标准是肌内脂肪含量为2%~3%,肌内脂肪含量过低,肉质和口感较差,因此,培育出肌内脂肪含量较高的家禽品种是育种者追求的目标。

但由于常规育种方法对肌内脂肪育种进展较慢,故利用分子遗传标记进行辅助选择是提高选择效率和加快遗传进展的有效手段。

近年来,禽类肌内脂肪的研究颇多,本文对家禽肌内脂肪及其相关基因的研究进行了概述,以期为家禽肌内脂肪的研究及遗传育种提供参考。

1 ;肌内脂肪的概述肌肉脂肪分为肌间脂肪和肌内脂肪。

肌内脂肪是沉积在肌肉内的脂肪,由肌内脂肪组织和肌纤维中的脂肪组成,分布于肌束膜、肌外膜及肌内膜,主要成分为磷脂和三酰甘油。

肌内脂肪组织是由沿肌纤维方向排列的脂肪细胞组成,位于肌束间隙。

肌纤维中的脂肪是由肌浆中的三酰甘油液滴、膜脂和胆固醇等组成。

肌内脂肪含量取决于肌肉内脂肪细胞数量和脂肪的合成能力,脂肪细胞数量与家禽体型大小有关,脂肪细胞数量在胚胎期和发育早期已是定值。

含有适量的肌内脂肪的肌肉,细嫩多汁、口感良好,含量过低则肉质干硬乏味,而含量过高则肌肉容易氧化酸败,导致肉品质下降。

研究发现,肌内脂肪含量越高,嫩度越好,一定量的肌内脂肪沉积不仅提高了肌肉感官满意度,还增强了肉质风味,这可能是由于肌内脂肪含量的增加减少了单位面积上肌纤维数量,使得肉的嫩度有所增加[1]。

肉牛肌内脂肪沉积相关基因的研究

肉牛肌内脂肪沉积相关基因的研究

肉牛肌内脂肪沉积相关基因的研究杜新;罗光彬;王泽英;方雪松【摘要】相关基因对肌内脂肪含量的影响,已引起国内外研究人员的广泛关注,尤其是高档肉牛的育种方面。

本文就影响肌内脂肪沉积的几个相关基因的发现、表达部位以及对肉牛肌内脂肪沉积的影响进行了综述和展望。

%It has been drown wide attention of researchers both at home and abroad that the in-fluence of consequence gene on intramuscular fat content, especially on the breeding of high-grade beef. The discovery and expression of those genes and their effect on the beef intramuscular fat deposition were summarized and prospected in this paper.【期刊名称】《现代畜牧兽医》【年(卷),期】2014(000)007【总页数】4页(P50-53)【关键词】肌内脂肪;基因;牛肉风味;牛肉品质【作者】杜新;罗光彬;王泽英;方雪松【作者单位】沈阳农业大学,辽宁沈阳 110866;沈阳农业大学,辽宁沈阳110866;沈阳农业大学,辽宁沈阳 110866;沈阳农业大学,辽宁沈阳 110866【正文语种】中文【中图分类】S823.3+6脂肪和脂肪酸对于牛肉的营养价值和肉品质方面有很大作用。

它们是由肌肉和肝脏生产的,以三酰甘油的形式存在,是主要的能源物质。

除此之外,脂肪的类型和数量影响肉的鲜度和风味。

总之,肌内脂肪(int ramuscular fat,IMF)含量与肉的鲜度相关。

为了提高肌内脂肪含量,本文从控制遗传的基因角度进行研究探讨。

IMF主要以磷脂和甘油三酯形式存在,其中磷脂是影响猪肉挥发风味成分的重要因素。

与猪脂肪沉积相关的几个候选基因研究进展

与猪脂肪沉积相关的几个候选基因研究进展

与猪脂肪沉积相关的几个候选基因研究进展
凌飞;李静
【期刊名称】《广东农业科学》
【年(卷),期】2009(000)012
【摘要】猪IGF2基因、CUP3基因、ADIPOQ基因、SCAP基因、PPARγ基因、POUIFI基因、GHRL基和Ob基因影响猪脂肪沉积.综述了与猪脂肪沉积有关的候选基因的研究进展,以期为鉴定与猪脂肪沉积相关的候选基因、对猪脂肪沉积相关
性状的遗传改良及提高猪肉生产性能提供指导.
【总页数】5页(P146-150)
【作者】凌飞;李静
【作者单位】华南理工大学生物科学与工程学院,广东,广州,510641;华南农业大学
动物科学学院,广东,广州,510642;华南农业大学动物科学学院,广东,广州,510642【正文语种】中文
【中图分类】S828
【相关文献】
1.猪13号染色体上脂肪沉积相关QTL定位与候选基因研究进展 [J], 何小平;彭中镇;刘榜
2.猪肌内脂肪沉积的营养调控及候选基因的研究进展 [J], 张海燕;姜学;尹靖东
3.FABPs作为猪肌内脂肪沉积候选基因的研究进展 [J], 曹红鹤;李宏滨
4.影响猪脂肪沉积主要候选基因的研究进展 [J], 瞿秋红; 黄叶; 蒋钦杨; 黄艳娜
5.基于转录组测序鉴定猪肌内脂肪沉积相关生物学通路及候选基因 [J], 孙菁希;逄世龙;孙敬春;褚瑰燕
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猪肌内脂肪调控研究进展

猪肌内脂肪调控研究进展

118猪业科学  SWINE INDUSTRY SCIENCE 2014年 第8期肉质与加工MEAT QUALITY AND PROCESSING猪肌内脂肪调控研究进展贾向阳1,倪茵蓓2,徐再良3,贺国安4(1.湖南省益阳市赫山区畜牧水产局;2.湖南省益阳市赫山区欧江岔镇动物防疫站;3.湖南省益阳市赫山区笔架山乡动物防疫站;4.湖南省益阳市赫山区会龙山街道动物防疫站,湖南 益阳 413000)目前衡量猪肉品质的指标有肌内脂肪、肌肉蛋白质含量、肉色、滴水损失以及pH 等,其中肌内脂肪直接影响着猪肉的风味、嫩度和多汁性,肌内脂肪含量的最佳范围为2%~3%,但目前的大多数商品猪肌内脂肪含量低于这个值,因此加强肌内脂肪调控的研究显得尤为重要。

研究表明,遗传、性别、日龄、营养水平等对肌内脂肪沉积具有非常重要的影响,尤其是遗传因素和营养水平。

1 猪肌内脂肪含量检测方法猪肌内脂肪含量(IMF)是衡量猪肉品质的重要指标之一,传统的测定方法是以感官评定和化学分析为主,随着各种无损检测技术的不断应用和发展,其快速、准确、无损、可实现在线检测等优点逐渐在猪肌内脂肪含量的测定中被体现,包括计算机视觉技术、近红外光谱技术、高光谱成像技术、活体超声波检测技术。

目前以利用超声波技术预测猪活体肌内脂肪含量为主。

超声波检测是根据超声波在肌肉中传播时的反射、散射、投射和吸收特性,衰减系数和传播速度等对肉品质进行检测,具有方向性好,穿透能力强,无损等特点。

侯明俸等研究表明,利用B 超检测猪胴体左侧第10~11肋骨间背最长肌的IMF 活体测定与屠宰后测定值的相关系数达0.6以上,呈强相关,一元线性回归分析表明,杜长大三元杂交猪和皮杜长蓝四元杂交猪的IMF 活体测定值与屠宰后测定值间存在极显著的线性相关。

马小军等利用超声波图像活体预测北京黑猪背最长肌肌内脂肪含量,测定性状包括体重、10~11肋间眼肌面积、摘 要:总结猪肌内脂肪检测方法的基础上,着重阐述了遗传因素和营养水平对猪肌内脂肪调控的研究进展,以期为利用遗传选育和营养水平调控猪肌内脂肪含量的研究提供参考。

科研进展丨微量元素铜对动物脂肪沉积和代谢的调控作用被发现

科研进展丨微量元素铜对动物脂肪沉积和代谢的调控作用被发现

科研进展丨微量元素铜对动物脂肪沉积和代谢的调控作用被发现近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所基因工程与种质创新科技创新团队揭示了铜转运蛋白ATP7A在调控动物脂肪代谢中的重要作用,发现了铜过载通过增强DNA损伤反应和脂肪水解加速脂肪萎缩的机制。

这一研究为人类脂肪细胞衰老、2型糖尿病和代谢综合征的发病机制的理解和疾病预防提供了新的视角,为畜禽生产中铜的科学合理利用提供了理论参考。

相关研究成果在线发表在《糖尿病学(Diabetologia)》上。

脂肪组织是动物的主要储能和内分泌器官,不仅关系着畜禽的生产效率和肉品质,而且与人类肥胖和代谢性疾病密切相关。

随着人类饮食结构和生活方式的改变,研究发现西方饮食中较低的铜水平与肥胖、糖尿病等代谢疾病的发生有关,但是补铜是否有助于肥胖和代谢紊乱的改善仍不清楚。

在畜牧业生产中,饲料中添加高剂量铜能促进动物生长,提高饲料报酬。

但是高铜对动物脂肪代谢的影响及其分子机理尚不明确。

铜是一种生物体必需的金属微量元素,通过调节细胞氧化还原平衡、能量产生、铁稳态等过程参与机体一系列生命活动中。

由于维持细胞内铜水平的相对稳定,受到铜转运蛋白的精细调控,而ATP7A在细胞铜输出过程起着关键调控作用,可以保护细胞铜的过度积累,该研究通过构建铜离子转运蛋白ATP7A脂肪特异性敲除小鼠,使得该小鼠脂肪组织铜水平比对照组高20倍。

研究发现,基因敲除小鼠6月龄前生长代谢未受脂肪组织铜过载的影响,而达到12月龄时,敲除小鼠脂肪沉积显著减少,并在16月龄时进一步减少,伴随着内分泌紊乱和胰岛素抵抗等代谢障碍,脂肪组织老化信号增强。

同时,基因敲除小鼠在60%高脂饲料饲喂条件下,7月龄时即出现上述代谢障碍,说明高脂饮食可以加速敲除小鼠年龄诱导的代谢衰退。

机制研究发现,脂肪组织铜过载加剧了高脂饮食和年龄诱导的DNA损伤,增强了cAMP脂肪水解信号,加速了脂肪细胞衰老和萎缩;并且,体外高铜培养的脂肪细胞表现出DNA损伤信号的激活和脂肪水解的增强。

不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA_的筛选与功能预测

不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA_的筛选与功能预测

江苏农业学报(JiangsuJ.ofAgr.Sci.)ꎬ2023ꎬ39(7):1554 ̄1566http://jsnyxb.jaas.ac.cn孟㊀科ꎬ赵㊀薇ꎬ郭晨浩ꎬ等.不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的筛选与功能预测[J].江苏农业学报ꎬ2023ꎬ39(7):1554 ̄1566.doi:10.3969/j.issn.1000 ̄4440.2023.07.012不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的筛选与功能预测孟㊀科1ꎬ2ꎬ㊀赵㊀薇1ꎬ㊀郭晨浩1ꎬ㊀聂㊀伟1ꎬ㊀陶毛孩1ꎬ㊀袁晓春1ꎬ㊀孙昊然1ꎬ㊀冯登侦1(1.宁夏大学农学院ꎬ宁夏银川750021ꎻ2.宁夏中卫市沙坡头区畜牧水产技术推广服务中心ꎬ宁夏中卫755000)收稿日期:2022 ̄07 ̄01基金项目:宁夏回族自治区自然科学基金项目(2020AAC03082)ꎻ宁夏回族自治区农业育种专项(NXNYYZ20150101)作者简介:孟㊀科(1996-)ꎬ男ꎬ宁夏中卫人ꎬ硕士研究生ꎬ主要从事动物遗传育种与分子育种研究ꎮ(E ̄mail)1131988962@qq.com通讯作者:冯登侦ꎬ(E ̄mail)fdzh126@sohu.com㊀㊀摘要:㊀为明确不同品种绵羊(Ovisaries)肌肉组织miRNA的表达情况ꎬ筛选影响绵羊肌内脂肪沉积的关键miR ̄NAꎬ以滩羊㊁杜泊羊和小尾寒羊为研究对象ꎬ测定背最长肌肌内脂肪含量并对其进行转录组测序(RNA ̄Seq)ꎬ筛选绵羊脂肪沉积相关的差异表达miRNAꎮ结果表明ꎬ滩羊肌内脂肪含量显著高于杜泊羊ꎬ极显著高于小尾寒羊ꎻ杜泊羊肌内脂肪含量显著高于小尾寒羊ꎮ转录组测序质量良好ꎮ3个品种绵羊共鉴定到134个已知miRNA和153个预测miRNAꎬ这些miRNA的长度主要介于21~23ntꎬ且首位碱基对U碱基具有明显偏好性ꎮ以Pɤ0 05和|log2FC|>1(FC为差异倍数)为筛选条件ꎬ3个比较组共获得42个差异表达miRNAꎻ杜泊羊与滩羊比较组中筛选出22个差异表达miRNAꎻ小尾寒羊与杜泊羊比较组中筛选出21个差异表达miRNAꎻ小尾寒羊与滩羊比较组中筛选出12个差异表达miRNAꎮ筛选出的42个miRNA靶向到326个靶基因ꎬ显著富集到减数分裂I㊁肌肽 ̄寡糖1ꎬ2 ̄α ̄甘露糖苷酶活性和甘露寡糖甘露糖苷酶活性等303个基因本体(GO)条目ꎬ以及富集到α ̄亚麻酸代谢㊁亚油酸代谢㊁多巴胺能突触㊁胰岛素信号传导途径及N ̄聚糖生物合成等320个京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路ꎮ根据GO和KEGG的功能描述进一步筛选出23个miRNA及其靶向的119个靶基因可能参与脂肪沉积ꎮ进一步构建miRNA靶向调控网络ꎬ最终筛选到oar ̄miR ̄133㊁oar ̄miR ̄485 ̄5p㊁novel_6㊁novel_85和novel_103等绵羊肌内脂肪沉积的关键miRNAꎮ随机选择的8个差异表达miRNA的实时荧光定量PCR结果与转录组测序结果一致ꎬ表明转录组测序结果可靠ꎮ本研究为深入开展绵羊肌内脂肪沉积的分子调控机理㊁高品质绵羊品种的选育提供理论依据ꎮ关键词:㊀绵羊ꎻ肌内脂肪沉积ꎻ转录组ꎻmiRNA中图分类号:㊀S826㊀㊀㊀文献标识码:㊀A㊀㊀㊀文章编号:㊀1000 ̄4440(2023)07 ̄1554 ̄13ScreeningandfunctionalpredictionofmiRNArelatedtointramuscularfatdepositionindifferentsheepbreedsMENGKe1ꎬ2ꎬ㊀ZHAOWei1ꎬ㊀GUOChen ̄hao1ꎬ㊀NIEWei1ꎬ㊀TAOMao ̄hai1ꎬ㊀YUANXiao ̄chun1ꎬ㊀SUNHao ̄ran1ꎬFENGDeng ̄zhen1(1.SchoolofAgricultureꎬNingxiaUniversityꎬYinchuan750021ꎬChinaꎻ2.AnimalHusbandryandFisheryTechnologyExtensionandServiceCenterꎬShap ̄otouDistrictꎬZhongweiCityꎬZhongwei755000ꎬChina)㊀㊀Abstract:㊀InordertoclarifytheexpressionofmiRNAsinmuscletissuesofdifferentbreedsofsheep(Ovisari ̄es)andscreenthekeymiRNAsaffectingintramuscularfatdepositioninsheepꎬTansheepꎬDorpersheepandSmallTailHansheepwereusedasexperimentalmateri ̄als.Theintramuscularfatcontentoflongissimusdorsimusclewasmeasuredandtranscriptomesequencing(RNA ̄Seq)wasperformedtoscreenthedifferentiallyexpressedmiRNAsrelatedtofatdepositioninsheep.4551TheresultsshowedthattheintramuscularfatcontentofTansheepwassignificantlyhigherthanthatofDorpersheepꎬandextremelysignificantlyhigherthanthatofSmallTailHansheepꎬandtheintramuscularfatcontentofDorpersheepwassignificantlyhigherthanthatofSmallTailHansheep.Thequalityoftranscriptomesequencingwasgood.Atotalof134knownmiRNAsand153predictedmiRNAswereidentifiedinthreebreedsofsheep.ThelengthofthesemiRNAsmainlyrangedfrom21ntto23ntꎬandthefirstbasehadobviouspreferenceforUbase.WithPɤ0.05and|log2FC|>1(FCwasthefoldchange)asthescreeningconditionsꎬatotalof42differentiallyexpressedmiRNAswereobtainedfromthethreecomparisongroups.Twenty ̄twodifferentiallyexpressedmiRNAswerescreenedinthecompari ̄songroupofDorpersheepandTansheepꎬ21differentiallyexpressedmiRNAswerescreenedinthecomparisongroupofSmallTailHansheepandDorpersheepꎬand12differentiallyexpressedmiRNAswerescreenedinthecomparisongroupofSmallTailHansheepandTansheep.Thescreened42miRNAstargetedto326targetgenesꎬwhichweresig ̄nificantlyenrichedinto303geneontology(GO)entriessuchasmeiosisIꎬmannosyl ̄oligosaccharide1ꎬ2 ̄α ̄mannosi ̄daseactivityandmannosyl ̄oligosaccharidemannosidaseactivityꎬand320KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)metabolicpathwayssuchasα ̄linolenicacidmetabolismꎬlinoleicacidmetabolismꎬdopaminergicsynapsesꎬinsulinsignalingpathwayandN ̄glycanbiosynthesis.AccordingtothefunctionaldescriptionofGOandKEGGꎬ23miRNAsand119targetgenesmightbeinvolvedinfatdeposition.ThemiRNAtargetedregulatorynetworkwasfurtherconstructedꎬandfinallythekeymiRNAsforfatdepositioninsheepsuchasoar ̄miR ̄133ꎬoar ̄miR ̄485 ̄5pꎬnovel_6ꎬnovel_85andnovel_103werescreened.TheqRT ̄PCRresultsoftheeightrandomlyselecteddifferentiallyexpressedmiRNAswereconsistentwithtranscriptomesequencingresultsꎬindicatingthatthetranscriptomesequencingresultswerereliable.Thisstudyprovidesatheoreticalbasisforfurtherresearchonthemolecularregulationmechanismofin ̄tramuscularfatdepositioninsheepandthebreedingofhigh ̄qualitysheepbreeds.Keywords:㊀sheepꎻintramuscularfatdepositionꎻtranscriptomeꎻmiRNA㊀㊀随着生活质量的提升ꎬ人们对羊肉的需求不仅仅满足于数量ꎬ羊肉的品质更加成为人们关注的焦点ꎮ羊肉的品质主要由肉质性状决定ꎬ而肌内脂肪(IMF)含量是评价肉品质的重要指标ꎮIMF含量的高低影响到羊肉的风味㊁嫩度㊁适口性及多汁性[1 ̄2]ꎮ肌内脂肪的形成以及含量受到遗传㊁环境㊁营养等多种因素的共同影响[3]ꎮ已有研究结果表明肌内脂肪含量具有较高的遗传力ꎻ在相同的环境和营养条件下ꎬ遗传背景成为影响羊肉肌内脂肪的重要因素[4]ꎮ探究不同品种绵羊IMF含量差异及其分子调控机制对绵羊肉质性状改善具有重要意义ꎮMicroRNA(miRNA)作为一类不编码的小分子RNAꎬ主要通过与mRNA的3ᶄUTR区结合来抑制靶基因的表达而发挥作用[5]ꎮ近年来ꎬ国内外许多学者研究报道miRNA在动物脂肪的形成过程中发挥重要的调控作用ꎮ邵静等[6]研究发现ꎬmiR ̄17 ̄3p通过靶向调控KCTD15基因的表达从而影响延边黄牛前体脂肪细胞分化ꎻMa等[7]研究结果表明ꎬmiR ̄26b ̄5p通过靶向调控FGF21基因促进脂肪生成ꎬ参与调控山羊肌内脂肪细胞的分化ꎮChen等[8]研究发现miR ̄376a靶向调控KLF15基因ꎬ参与秦川牛的脂肪细胞增殖分化过程ꎻDeng等[9]发现miR ̄27a通过特异性结合视黄醇X受体α(RXRα)抑制绵羊前脂肪细胞的分化ꎮ随着测序技术不断发展ꎬ应用转录组测序(RNA ̄Seq)技术探究影响IMF沉积的研究也越来越多ꎮCheng等[10]通过RNA ̄Seq技术比较了不同肌内脂肪含量猪背最长肌的miRNA表达情况ꎬ筛选到18个差异miRNA可能参与调控脂肪酸合成和脂质代谢ꎻ喻世刚等[11]通过比较高和低肌内脂肪含量鸡胸中miRNA的表达差异ꎬ筛选到5个miRNA参与到脂肪生成过程ꎻHuang等[12]通过比较中国沼泽水牛肌肉和脂肪组织之间的差异miR ̄NAꎬ筛选到8个miRNA在水牛肌内脂肪沉积过程中发挥重要作用ꎮ上述研究结果表明ꎬ应用RNA ̄Seq技术探究IMF沉积相关miRNA表达谱的研究较为成熟且已取得一定成果ꎮ但目前有关不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的研究较少ꎮ本研究基于杜泊羊㊁滩羊和小尾寒羊3个品种绵羊的肌内脂肪含量差异ꎬ通过RNA ̄Seq技术鉴定并筛选绵羊IMF沉积过程中差异表达的miRNAꎬ探索miRNA调节绵羊肌内脂肪沉积的分子机制ꎮ旨在为探究分子水平调控绵羊肉质性状提供参考ꎬ为高品质绵羊品种的选育提供科学依据ꎮ5551孟㊀科等:不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的筛选与功能预测1㊀材料与方法1.1㊀试验材料从宁夏宇泊科技有限公司石嘴山威震肉羊繁育场选择饲养条件一致的8月龄健康绵羊品种杜泊羊㊁滩羊和小尾寒羊各8只(公母各4只)为试验材料ꎮ对绵羊进行屠宰后ꎬ取第3肋骨到第12肋骨之间的背最长肌组织作为样品ꎬ放置于液氮中冷藏备用ꎮ1.2㊀绵羊肌内脂肪含量的测定采用索氏脂肪抽提法对试验绵羊的肌内脂肪含量进行测定ꎮ具体测定方法是:(1)取适量冷藏样品ꎬ剔除肉样筋膜后ꎬ绞为肉糜ꎬ65ħ烘干ꎬ测定100g样品中水分含量记为Aꎻ(2)取测试样称质量记为W(g)ꎬ用滤纸包好ꎻ(3)在102ħ烘箱中烘干至恒质量ꎬ记为W1(g)ꎻ(4)将滤纸包好的样品放入索氏抽提器的抽提筒内ꎬ倒入2/3体积的乙醚后接上冷凝装置ꎬ在55ħ恒温水浴中抽提6~8hꎮ抽提结束后ꎬ在102ħ烘箱中烘干至恒质量ꎬ记为W2(g)ꎮ每品种3个重复ꎮ肌内脂肪含量(IMFC)计算公式为:IMFC=(W1-W2)/[(100-A)ˑW]ꎮ1.3㊀总RNA提取与质量控制选择上述3个绵羊品种母羊各3只ꎬ采用Trizol法提取样品背最长肌组织的总RNAꎬ利用琼脂糖凝胶电泳㊁Nanodrop分光光度计(Therom公司产品ꎬ美国)和Agilent2100生物分析仪(Agilent公司产品ꎬ美国)检测RNA样品的浓度㊁纯度以及完整性ꎮ1.4㊀cDNA文库的构建与测序RNA样品检测合格后ꎬ使用小RNA样品制备试剂盒(SmallRNASamplePreKit)进行cDNA文库的构建ꎮ构建方法为:首先利用小RNA的3ᶄ和5ᶄ端的特殊结构ꎬ以总RNA为起始样品在小RNA两端加上接头ꎬ进行反转录合成cDNAꎬ随后经过PCR扩增和PAGE胶电泳对目标DNA片段进行分离ꎬ切胶回收后得到cDNA文库ꎮ对构建好的文库进行检验ꎬ检验合格后在Illumina平台进行测序ꎮ1.5㊀miRNA鉴定与表达分析获得原始序列后经过数据质量控制得到有效序列ꎬ对有效序列进行小RNA的种类和长度筛选ꎮ使用Bowtie_0.12.9软件将筛选得到的长度为18~35nt的小RNA对比到绵羊基因组(Oar_rambouillet_v1.0)参考序列上ꎮ将对比到参考序列的数据与miRBase数据库进行比对ꎬ注释分析已知的miRNAꎻ在miR ̄Base数据库未比对到的数据ꎬ通过miREvo_v1.1软件预测新的miRNAꎬ并利用mirdeep2_0_0_5软件进行分析ꎮ对鉴定到的miRNA利用Stringtiev1.3.3软件进行表达量计算ꎬ采用TPM(transcriptpermillion)值作归一化处理ꎮ利用DESeq_1.2.10软件分析样本间miRNA的表达差异ꎬ以Pɤ0 05且|log2FC|ȡ1(FC为差异位数)作为标准筛选表达差异miRNAꎮ1.6㊀差异miRNA靶基因预测及功能注释和富集分析㊀㊀使用miRanda ̄3.3a和RNAhybridv2.0软件预测表达差异miRNA的靶基因ꎬ取交集作为预测结果ꎮmiRanda ̄3.3a软件参数设置为: ̄sc140 ̄en ̄10 ̄scale4 ̄strict ̄outꎻRNAhybridv2.0软件参数设置为: ̄e10 ̄p0.05ꎮ以Pɤ0 05为显著阈值ꎬ分别对表达差异miR ̄NA的靶基因进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析ꎮ1.7㊀候选miRNA与其靶基因的互作网络分析利用Cytoscape3.9.1软件对筛选到的靶基因绘制互作网络图ꎮ1.8㊀测序结果可靠性分析为验证测序数据的准确性ꎬ利用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT ̄PCR)技术ꎬ测定不同绵羊品种8个差异表达miRNA的相对表达量ꎬ与RNA ̄seq测序表达量进行一致性比较ꎮ利用PrimerPremier6.0软件并采用颈环法设计miRNA引物ꎬ以U6作为内参基因(表1)ꎮ荧光染料为TBGreenPremixExTaqTMⅡ(TaKaBaꎬ大连)ꎬ所用的引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成ꎮPCR反应体系为:2ˑTBGreenPremixExTaqII10 0μlꎬ正向引物0 8μlꎬ反向引物0 8μlꎬcDNA模板2 0μlꎬRNase ̄free双蒸水6 4μlꎮqPCR扩增程序为:95ħ预变性2minꎻ95ħ变性5sꎬ58ħ退火30sꎬ39个循环ꎻ95ħ延伸5sꎬ60ħ维持1minꎮ每个样品设置3次重复ꎮ1.9㊀统计分析以2-әәCt方法进行miRNA相对表达量的计算ꎬ利用SPSS26.0软件对3个品种绵羊的肌内脂肪含量和miRNA的表达量进行单因素方差分析ꎮ以P<0 05表示差异显著ꎬP<0 01表示差异极显著ꎮ实时荧光定量结果图片由GraphPadPrismV8.0软件绘制ꎮ6551江苏农业学报㊀2023年第39卷第7期表1㊀实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT ̄PCR)所用引物Table1㊀Listofprimersusedinreal ̄timefluorescencequantitativepolymerasechainreaction(qRT ̄PCR)基因㊀㊀㊀㊀正向引物((5ᶄң3ᶄ)㊀㊀㊀㊀反向引物((5ᶄң3ᶄ)㊀㊀㊀㊀㊀㊀U6ACGGACAGGATTGACAGATTTCGCTCCACCAACTAAGAAoar ̄miR ̄99aAGGTGTTCAACCCGTAGATCCCAGTGCAGGGTCCGAGGToar ̄miR ̄26aAAGCTGAGTTCAAGTAATCCAGGCAGTGCAGGGTCCGAGGToar ̄miR ̄374bCCACGTCGCGATATAATACAACCTGCAGTGCAGGGTCCGAGGToar ̄miR ̄19bACTTCCTCTGTGCAAATCCATGCAGTGCAGGGTCCGAGGTnovel_9AACGATAAACCCGTAGATCCGACAGTGCAGGGTCCGAGGTnovel_202AACAGATGAGACCTCCGGGTCAGTGCAGGGTCCGAGGTnovel_82AGTCATGCGCGCAGAGGTAAACAGTGCAGGGTCCGAGGTnovel_62ACGTATGCACCGATTTCTCCTCAGTGCAGGGTCCGAGGT2㊀结果与分析2.1㊀绵羊肌内脂肪含量差异分析3个绵羊品种肌内脂肪含量如表2所示ꎮ滩羊肌内脂肪含量最高ꎬ达5 42%ꎬ而小尾寒羊肌内脂肪含量最低ꎬ2.10%ꎮ滩羊肌内脂肪含量显著高于杜泊羊ꎬ且极显著高于小尾寒羊ꎻ杜泊羊肌内脂肪含量显著高于小尾寒羊ꎮ2.2㊀RNA ̄seq数据分析本研究建立3个品种绵羊的9个背最长肌组织样品文库ꎬ通过llumina平台进行深度测序后ꎬ获得原始序列共108813537条ꎬ质控后获得有效序列共107166390条ꎮ每个样本的Q20在99%以上ꎬQ30在96%以上ꎬ错误率均为0 01%ꎬ碱基组成稳定均衡(表3)ꎮ上述结果表明测序质量良好ꎬ可用于进一步分析ꎮ表2㊀3个绵羊品种肌内脂肪含量Table2㊀Intramuscularfatcontentofthreesheepbreeds品种肌内脂肪含量(%)滩羊㊀㊀5.42ʃ0.83Aa杜泊羊㊀3.14ʃ0.41ABb小尾寒羊2.10ʃ0.31Bc数据后不同大写字母表示品种间肌内脂肪含量差异极显著(P<0 01)ꎬ不同小写字母表示品种间肌内脂肪含量差异显著(P<0 05)ꎮ表3㊀测序数据质量评估Table3㊀Sequencingdataqualityassessment品种样品原始序列(条)有效序列(条)错误率(%)Q20(%)Q30(%)G+C含量(%)杜泊羊㊀111302204111851700.0199.1596.5148.97210617482103807800.0199.1897.1349.53312058893116024000.0199.2096.8749.17滩羊㊀㊀112449500123124050.0199.3797.5447.67213771179136455120.0199.3997.5546.54313548701134009690.0199.3697.4746.54小尾寒羊113879489137292750.0199.1696.7044.88210408638102546940.0199.3197.2847.26310777451106551850.0199.3597.4247.872.3㊀miRNA的注释与鉴定在18~35nt范围内ꎬ筛选各样品中的有效序列[13]ꎮ筛选到的有效序列长度在22nt的序列所占比例最高ꎬ滩羊和小尾寒羊22nt的read所占比例高于杜泊羊(图1)ꎮ每个样本至少有87%以上的小RNA序列比对到了绵羊基因参考序列上(表4)ꎮ在3种绵羊肌肉组织中共鉴定到134个已知miRNA和153个预测miRNAꎮ对鉴定到的miRNA进行首位碱基偏好性分析发现ꎬ已知miRNA和预测miRNA的首位碱基均对U碱基具有明显偏好性(图2)ꎮ7551孟㊀科等:不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的筛选与功能预测图1㊀3个不同品种绵羊肌肉组织中小RNA长度的分布Fig.1㊀DistributionofsmallRNAlengthinmuscletissuesofthreedifferentsheepbreeds表4㊀筛选出的小RNA与参考基因组比对结果Table4㊀ComparisonofthescreenedsmallRNAswiththereferencegenome品种样品总read数比对到参考序列的read数已知miRNA数目预测miRNA数目杜泊羊㊀110593700(100.00%)9485492(89.54%)10612529124443(100.00%)7996146(87.63%)10111339942299(100.00%)8872071(89.24%)107121滩羊㊀㊀111431856(100.00%)10914193(95.47%)104121213407530(100.00%)12963362(96.69%)102107313129124(100.00%)12599869(95.97%)104119小尾寒羊113077159(100.00%)12593909(96.30%)11110229659222(100.00%)9087930(94.09%)106115310366203(100.00%)9283532(89.56%)100114A:已知miRNAꎻB:预测miRNAꎮ图2㊀miRNA的首位碱基偏向好分析Fig.2㊀PreferenceanalysisofthefirstbaseofmiRNAs2.4㊀差异表达miRNA的筛选与分析对3个绵羊品种miRNA的表达量进行两两比较分析ꎮ杜泊羊与滩羊比较组中筛选出差异表达miR ̄NA22个ꎬ其中上调表达13个ꎬ下调表达9个ꎻ小尾寒8551江苏农业学报㊀2023年第39卷第7期羊与杜泊羊比较组中筛选出21个差异表达miRNAꎬ其中上调表达13个ꎬ下调表达8个ꎻ小尾寒羊与滩羊比较组中筛选出12个差异表达miRNAꎬ其中上调表达9个ꎬ下调表达3个(图3)ꎮ3个比较组中没有共表达的差异表达miRNAꎬ小尾寒羊与滩羊比较组与杜泊羊与滩羊比较组ꎬ小尾寒羊与杜泊羊比较组之间均有4个共表达的差异表达miRNAꎬ杜泊羊与滩羊比较组与小尾寒羊与杜泊羊比较组之间有5个共表达的差异表达miRNAꎮ3个比较组中共筛选出42个差异表达miRNA(图4)ꎮ筛选出的miRNA包括23个已知miRNA和19个新预测的miRNAꎮ筛选出的已知miRNA的差异表达信息如表5所示ꎮA:杜泊羊与滩羊比较组ꎻB:小尾寒羊与杜泊羊比较组ꎻC:小尾寒羊与滩羊比较组ꎮ图3㊀miRNA表达量差异分析Fig.3㊀AnalysisonexpressiondifferencesofmiRNAs图4㊀差异表达miRNA韦恩图Fig.4㊀VenndiagramofdifferentiallyexpressedmiRNAs2.5㊀差异表达miRNA靶基因预测及功能分析筛选出的42个差异表达miRNA预测到326个靶基因ꎬ形成411个靶向关系对ꎮ其中ꎬnovel_85㊁oar ̄miR ̄133和oar ̄miR ̄485 ̄5p预测到的靶基因数量较多ꎮnovel_85预测到99个靶基因ꎬ包括糖原合酶基因(GYS1)㊁组蛋白脱乙酰酶3基因(HDAC3)㊁胰岛素样生长因子II基因(IGF2)等ꎻoar ̄miR ̄133预测到55个靶基因ꎬ包括肌球蛋白IA基因(MYO1A)㊁鸟氨酸脱羧酶1基因(ODC1)㊁磷脂酶A2基因(PLA2)等ꎻoar ̄miR ̄485 ̄5p预测到29个靶基因ꎬ包括甘露糖 ̄6 ̄磷酸异构酶基因(MPI)㊁羟酰基谷胱甘肽水解酶基因(HAGH)㊁跨膜丝氨酸蛋白酶2基因(TMPRSS2)等ꎮ对每组预测到的靶基因进行功能分析ꎮGO功能富集分析发现ꎬ杜泊羊与滩羊比较组显著富集到111个GO条目ꎬ其中生物学过程51个ꎬ细胞组分24个ꎬ分子功能36个ꎻ小尾寒羊与杜泊羊比较组显著富集到97个GO条目ꎬ其中生物学过程51个ꎬ细胞组分11个ꎬ分子功能35个ꎻ小尾寒羊与滩羊比较组显著富集到95个GO条目ꎬ其中生物学过程41个ꎬ细胞组分6个ꎬ分子功能48个ꎮ根据P值大小每组前20的GO条目如图5所示ꎬ显著富集在减数分裂㊁减数分裂前期㊁清道夫受体活性㊁货物受体活性㊁肌肽 ̄寡糖1ꎬ2 ̄α ̄甘露糖苷酶活性和甘露寡糖甘露糖苷酶活性等GO条目ꎮKEGG信号通路富集分析发现ꎬ杜泊羊与滩羊比较组富集到106个通路ꎬ7个通路显著富集ꎻ小尾寒羊与杜泊羊比较组富集到168个通路ꎬ4个通路显著富集ꎻ小尾寒羊与滩羊比较组富集到46个通路ꎬ5个通路显著富集ꎮ根据P值大小每组前20个信号富集通路如图6所示ꎬ显著富集的通路主要有α ̄亚麻酸代谢㊁亚油酸代谢㊁多巴胺能突触㊁胰岛素信号传导途径㊁N ̄聚糖的生物合成和苯丙氨酸㊁酪氨酸和色氨酸的生物合成等代谢通路ꎮ根据GO和KEGG的功能描述筛选出23个差异表达miRNA及其靶向的119个基因可能参与脂肪沉积ꎮ9551孟㊀科等:不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的筛选与功能预测表5㊀三个比较组中差异表达的已知miRNATable5㊀KnownmiRNAsdifferentiallyexpressedinthethreecomparisongroups组别㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀miRNA㊀㊀㊀log2FCP值杜泊羊与滩羊比较组oar ̄miR ̄133-1.16361.7865ˑ10-4oar ̄miR ̄143-1.39068.5525ˑ10-10oar ̄miR ̄26a-1.07081.4187ˑ10-7oar ̄miR ̄27a-1.00286.1011ˑ10-4oar ̄miR ̄29b1.08133.0485ˑ10-3oar ̄miR ̄3621.05408.8039ˑ10-4oar ̄miR ̄380 ̄3p-1.10374.0393ˑ10-3oar ̄miR ̄3956 ̄5p1.00624.2759ˑ10-2oar ̄miR ̄99a-1.00343.6862ˑ10-6小尾寒羊与杜泊羊比较组oar ̄let ̄7b1.12343.9234ˑ10-2oar ̄miR ̄1271.34787.6600ˑ10-5oar ̄miR ̄19b1.79313.5526ˑ10-4oar ̄miR ̄200c-1.66035.2441ˑ10-3oar ̄miR ̄221-1.12844.4051ˑ10-3oar ̄miR ̄362-1.49063.0600ˑ10-9oar ̄miR ̄376a ̄5p1.30492.1649ˑ10-2oar ̄miR ̄380 ̄3p1.19141.4879ˑ10-2oar ̄miR ̄3955 ̄5p1.05963.0391ˑ10-2oar ̄miR ̄411b ̄5p1.22423.5934ˑ10-2oar ̄miR ̄4321.49584.4655ˑ10-3oar ̄miR ̄433 ̄3p1.59976.0031ˑ10-3小尾寒羊与滩羊比较组oar ̄let ̄7b1.06953.9993ˑ10-2oar ̄miR ̄19b2.02298.1500ˑ10-5oar ̄miR ̄26a-1.13091.5400ˑ10-10oar ̄miR ̄374b1.18152.3083ˑ10-4oar ̄miR ̄376c ̄5p1.08774.3929ˑ10-2oar ̄miR ̄381 ̄3p1.16921.7309ˑ10-2oar ̄miR ̄3955 ̄5p1.11011.9510ˑ10-2oar ̄miR ̄485 ̄5p1.12454.2483ˑ10-2oar ̄miR ̄99a-1.21543.5700ˑ10-10FC:差异倍数ꎮ2.6㊀miRNA靶向调控网络筛选出的119个可能参与脂肪沉积的靶基因与23个差异表达miRNA构成129个靶向关系对ꎬ其调控网络如图7所示ꎮ通过调控网络图发现ꎬoar ̄miR ̄133㊁oar ̄miR ̄485 ̄5p㊁novel_6㊁novel_85和novel_103靶向到较多的靶基因且构成了完整的调控网络ꎬ故推测其可能是调控绵羊脂肪沉积的关键miRNAꎮ2.7㊀miRNA表达验证利用qRT ̄PCR得到3个绵羊品种8个差异表达miRNA(oar ̄miRNA ̄99a㊁oar ̄miR ̄26a㊁oar ̄miR ̄374b㊁oar ̄miR ̄19b㊁novel_9㊁novel_202㊁novel_82㊁no ̄vel_62)的相对表达量与RNA ̄seq测序得到的这8个miRNA表达趋势基本保持一致(图8)ꎬ说明测序结果真实可靠ꎮ0651江苏农业学报㊀2023年第39卷第7期图5㊀预测靶基因前20个GO条目Fig.5㊀Top20GOentriesoftargetgenes1651孟㊀科等:不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的筛选与功能预测图6㊀预测靶基因前20个KEGG通路Fig.6㊀Predictionofthefirst20KEGGpathwaysoftargetgenes2651江苏农业学报㊀2023年第39卷第7期V形为靶基因ꎬ椭圆形为miRNAꎬ连线表示两者存在靶向关系ꎮ图7㊀miRNA与靶基因的调控网络图Fig.7㊀RegulatorynetworkdiagramofmiRNAsandtargetgenes3㊀讨论3.1㊀3个品种绵羊肌内脂肪含量差异肉质性状是绵羊关键的经济性状ꎬ也是育种者关注的重要问题ꎮIMF含量的高低影响羊肉的食用价值ꎮ滩羊作为中国特有的裘皮绵羊品种ꎬ其肉质细嫩㊁无膻味ꎻ杜泊羊原产自南非国家ꎬ产肉性能高ꎬ是育肥生产中优质品种ꎻ而小尾寒羊具有繁殖率高的特点ꎬ是一产多羔的代表性品种[14]ꎮ3个品种中ꎬ滩羊的肌内脂肪含量最高ꎬ而小尾寒羊最低ꎮ滩羊和杜泊羊作为优质的肉羊品种ꎬ肌内脂肪含量均高于小尾寒羊ꎮ3.2㊀3个品种绵羊背最长肌miRNA的鉴定及特征㊀㊀微小核糖核酸(miRNA)是由20~24个核苷酸碱基组成的非编码内源性小分子RNA[15]ꎮ本研究从3个品种绵羊背最长肌中共鉴定到134个已知miRNA和153个预测miRNAꎬ其长度主要分布在21~23ntꎬ且长度为22nt的miRNA占比最高ꎬ符合miRNA的长度分布特征ꎮ对鉴定到的miRNA进行首位碱基偏向性分析ꎬ发现首位碱基偏向于U碱基ꎮ这与Liu等[16]在绵羊骨骼肌中鉴定到miRNA的首碱基偏向性和付雪峰等[17]在藏绒山羊皮肤组织中鉴定出的miRNA的首位碱基偏向性一致ꎮmiRNA的首位碱基对U碱基的偏好性可能与miR ̄NA的形成以及其对靶基因的沉默机制有关[18]ꎮ3.3㊀绵羊肌内脂肪含量相关miRNA的筛选本研究在杜泊羊㊁滩羊和小尾寒羊的背最长肌中筛选获得42个差异表达miRNAꎬ包括23个已知的miRNA和19个预测的miRNAꎮ进一步通过表达量差异筛选出23个可能与绵羊背最长肌脂肪沉积相关的miRNAꎮ筛选出的这些已知miRNA已有部分被证实参与调节脂肪沉积和脂质代谢ꎮ例如ꎬmiR ̄433 ̄3p对支链酮酸脱氢酶β(BCKDHB)有负调控作用ꎬ影响绵羊前体脂肪细胞分化从而参与调节绵羊的脂肪代谢[19]ꎻmiR ̄27a通过调节靶基因RXRα的表达来增强绵羊前脂肪细胞增殖并抑制绵羊前脂肪细胞分化ꎬ在调节绵羊肌肉脂肪和皮下脂肪组织之间的差异脂肪积累中起重要作用[9]ꎻmiR ̄143是与脂质代谢密切相关的miRNA之一ꎬ通过调节靶基因的表达来调节奶牛脂肪细胞分化和甘油三酯合成[20]ꎮWang等[21]研究发现miR ̄26a和miR ̄143在成年肉牛肌内脂肪中的表达量显著高于皮下脂肪ꎻ汪海洋等[22]研究发现miR ̄143在西门塔尔牛肌内脂肪组织中表达量高于皮下脂肪ꎮ本研究中ꎬmiR ̄26a作为杜泊羊与滩羊比较组和小尾寒羊与滩羊比较组中筛选出共有的差异表达miRNAꎬ在滩羊肌肉组织中表达量显著高于杜泊羊和小尾寒羊ꎬ且杜泊羊的表达量略高于小尾寒羊ꎻ同样ꎬmiR ̄3651孟㊀科等:不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的筛选与功能预测图8㊀差异表达miRNA表达量验证Fig.8㊀VerificationofdifferentiallyexpressedmiRNAexpression143在杜泊羊与滩羊比较组中被筛选出来ꎬ该miR ̄NA在滩羊肌肉组织中表达量高于杜泊羊ꎮ在3个品种绵羊肌内脂肪含量分析中ꎬ滩羊IMF含量最高而小尾寒羊最低ꎬ上述2个miRNA表达量的研究结果也符合该特征ꎮ同样ꎬlet ̄7b是小尾寒羊与杜泊羊比较组和小尾寒羊与滩羊比较组中筛选出共有的差异表达miRNAꎬ且与miR ̄26a在3个品种绵羊肌肉组织中的表达趋势一致ꎬ即高肌内脂肪含量的组织中let ̄7b表达量亦高ꎮ这个结果与喻世刚等[11]发现的鸡胸肌内脂肪含量与let ̄7b表达量的关系一致ꎮ上述结果也进一步说明本研究筛选出的miR ̄NA作为与绵羊肌内脂肪含量相关的候选miRNA的可靠性ꎮ但这些miRNA对绵羊肌肉脂肪含量的影响机制还需进一步研究ꎮ3.4㊀差异miRNA的靶基因预测及功能分析筛选出的42个差异表达miRNA预测到326个靶基因ꎬ形成411个靶向关系对ꎮ值得注意的是no ̄vel_85预测到99个靶基因ꎬ为差异表达miRNA中靶向到最多候选基因的miRNAꎮ这些候选的靶向基因可以参与脂肪沉积ꎮGYS1基因与糖原代谢相关ꎬ其突变影响到肌糖原的沉积[23]ꎻHDAC3蛋白的复合物使过氧化物酶体增殖物激活受体γ2(Peroxi ̄someproliferator ̄activatedreceptorγ2)基因(PPARG2)转录失活ꎬ从而参与到脂肪生成过程[24]ꎻIGF2基因的突变造成猪肌内脂肪和脂肪酸含量存在差异ꎬ可以参与到脂肪组织中脂肪酸的形成ꎮ上述研究结果表明ꎬnovel_85可能是参与绵羊脂肪沉积及脂肪代谢的关键miRNAꎮ另外也有一些差异表达miRNA靶向的基因与脂肪沉积和脂肪代谢相关的研究ꎮ如oar ̄miR ̄133和oar ̄miR ̄485 ̄5p同时靶向的谷胱甘肽硫转移酶基因(P1GSTP1)可以参与到脂质代谢过程[25]ꎻnovel_103靶向的丙酮酸脱4651江苏农业学报㊀2023年第39卷第7期氢酶激酶4基因(PDK4)ꎬ在中国草原红牛的研究中发现该基因的多态性与其肌内脂肪含量相关[26]ꎻoar ̄miR ̄433 ̄3p靶向的色氨酸3基因(SESN3)参与调节前脂肪细胞脂肪生成[27]ꎮ为了进一步了解筛选出的差异miRNA的功能ꎬ对其预测的靶基因进行功能分析ꎮGO功能富集分析发现ꎬ富集显著的条目包括糖原代谢过程㊁油酸酯水合酶活性㊁三羧酸循环过程㊁低密度脂蛋白颗粒受体结合等与糖代谢及脂质代谢相关的条目ꎮKEGG信号通路富集分析发现ꎬ可以富集到α ̄亚麻酸代谢㊁亚油酸代谢㊁多巴胺能突触㊁胰岛素信号传导途径以及脂肪的消化和吸收通路ꎮ已有研究结果表明ꎬα ̄亚麻酸会影响奶牛乳腺中的脂肪酸代谢[28]ꎬ亚油酸可以增加呼吸链解偶联蛋白1(UCP1)和肉碱 ̄棕榈油转移酶1(CPT1)的表达ꎬ促进脂肪降解[29]ꎬ并且不同共轭亚油酸对小鼠的脂肪沉积具有显著差异[30]ꎮ上述研究结果表明ꎬ筛选出差异表达miRNA的靶基因可能参与脂肪沉积ꎮ根据GO和KEGG的功能描述筛选出可能参与绵羊脂肪沉积的119个靶基因ꎬ并对靶向关系进行调控网络构建ꎮ研究认为ꎬoar ̄miR ̄133㊁oar ̄miR ̄485 ̄5p㊁novel_6㊁novel_85和novel_103可能是参与绵羊肌内脂肪沉积的关键miRNAꎮ但miRNA对靶基因和IMF沉积的影响和调控机制尚需进行进一步阐明ꎮ4㊀结论杜泊羊ꎬ滩羊和小尾寒羊这3个品种绵羊IMF含量存在差异ꎬ滩羊肌内脂肪含量最高而小尾寒羊最低ꎮ筛选出23个已知的和19个未知的差异表达miRNA可能参与绵羊肌内脂肪沉积ꎬoar ̄miR ̄133㊁oar ̄miR ̄485 ̄5p㊁novel_6㊁novel_85和novel_103可能是绵羊肌内脂肪沉积的关键调控miRNAꎮ参考文献:[1]㊀FRANKDꎬWATKINSPꎬBALLAꎬetal.Impactofbrassicaandlucernefinishingfeedsandintramuscularfatonlambeatingqualityandflavor.across ̄culturalstudyusingChineseandnon ̄ChineseAustralianconsumers[J].JAgricFoodChemꎬ2016ꎬ64(36):6856 ̄6868.[2]㊀闫㊀伟ꎬ王玉涛ꎬ张永浩ꎬ等.绵羊肌内前体脂肪细胞CNR1和FABP4基因表达研究[J].中国农业科技导报ꎬ2022ꎬ24(3):95 ̄102.[3]㊀LIANGCꎬQIAOLꎬHANYꎬetal.RegulatoryrolesofSREBF1andSREBF2inlipidmetabolismanddepositionintwoChineserepresentativefat ̄tailedsheepbreeds[J].Animalsꎬ2020ꎬ10(8):1317.[4]㊀MOHSENAꎬHOSEINMSꎬMOHAMMADMSꎬetal.Associa 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猪脂肪性状候选基因的研究进展

猪脂肪性状候选基因的研究进展
肪 性状 候 选 基 因的
研究 进 展
刘世强 ,高丽云 ,陈赞谋 ,张细权
( 华南农业大学 动物科学学院 ,广东 广州 504 ) 162
摘 要 : 肉的 巨大需求伴 随着人们 对健康膳 食的 日益重视 , 猪 作为影 响猪脂肪蓄 积的候选 基 因越 来 越受到人 们的关 注 , 对于 猪脂肪性 状候 选基 因的研究将有 助于 改良猪的 肉质性 状。 猪脂 肪性状的候 选基 因通 常 是指 一些 己知 其生物学功 能的序 列的基 因 , 它们参与 性状的发育 过程 。 些基 因可 能是 这 结构 基因 、 节基 因或 是在生 化代谢 途径 中影响性状 表达 的基 因。 文综 述了猪脂肪 性状候选基 因 调 本
的研 究进 展并 对 其有待 进 一步探 讨 的 问题 作 了扼要 的概 括 。
关键词 : ; 猪 脂肪性状 ; 候选 基因
随着 人们生活水平的提高 , 猪肉肉质提出了更高要求。 对

猪 的 肥 胖 基 因 0b
猪的0 基 因是由脂肪特异表达 的基 因, b 它不仅在脂肪组织
脂肪性状 也是动物 肉 质的 主要指标 之一 。 动物 的非脂肪组织
绍。
的S u h r ltig o t en bot 分析表明两种 猪相对瘦肉表型呈现DNA n 的多态性。 我国戴 茹娟等首次克隆 了c NA总长为32 7 D 7 个核苷 酸的 猪o 基因 , b 它编码 1 7 6 个氨基酸的分泌蛋 白。 b o 基因的表
达具 有脂肪组织特异性 。 在同一个体 中, 同部位的脂肪组织 不
的论文 , 阐述 了lpi在动物体内的生理作用包括两方面 : et n 一方 染 色体 。 人类与鼠的H— AB 基 因被定位于1 F P 号染色体上 。 区 该

IGF2BP2介导的m6A_修饰调控动物脂肪沉积的研究进展

IGF2BP2介导的m6A_修饰调控动物脂肪沉积的研究进展

畜牧兽医学报 2023,54(9):3605-3612A c t a V e t e r i n a r i a e t Z o o t e c h n i c a S i n i c ad o i :10.11843/j.i s s n .0366-6964.2023.09.002开放科学(资源服务)标识码(O S I D ):I G F 2B P 2介导的m 6A 修饰调控动物脂肪沉积的研究进展韩皓哲,帖子航,庞卫军,蔡 瑞*(西北农林科技大学动物科技学院陕西省动物遗传育种与繁殖重点实验室,杨凌712100)摘 要:随着人们生活水平的提高,近年来优质农业动物肉产品深受我国消费者市场青睐,而脂肪沉积是影响肉品质的重要因素㊂因此,阐明脂肪沉积的规律对探究动物优质肉品质形成的分子机理具有重要意义㊂N 6-甲基腺苷修饰(m 6A )是真核生物中含量最丰富的一种R N A 表观遗传修饰,其与R N A 运输㊁表达及降解等多种生物学事件密切相关㊂研究表明人胰岛素样生长因子2m R N A 结合蛋白2(I G F 2B P 2)介导的m 6A 修饰在动物脂肪沉积过程中发挥着关键作用,因此本文将论述m 6A ㊁I G F 2B P 2及其调控动物脂肪沉积的作用及分子机制研究进展,以期未来为家畜肉品质改良提供候选基因和科学依据㊂关键词:m 6A 修饰;I G F 2B P 2;脂肪沉积;动物中图分类号:S 852.23 文献标志码:A 文章编号:0366-6964(2023)09-3605-08收稿日期:2023-03-15基金项目:国家自然科学基金青年项目(32202642);陕西省科学技术协会青年人才托举计划项目(N Y K J 202203);中央高校基本科研业务费(2452021128);国家生猪产业技术体系(C A R S -35-P I G )作者简介:韩皓哲(2002-),男,安徽宿州人,主要从事动物遗传育种研究,E -m a i l :h a n h a o z h e 10985@n w a f u .e d u .c n*通信作者:蔡 瑞,主要从事生猪遗传改良和繁殖技术研究,E -m a i l :c a i r u i 1663@n w a f u .e d u .c nA d v a n c e s o f I G F 2B P 2-M e d i a t e d m 6A M o d i f i c a t i o n o n A n i m a l F a t D e po s i t i o n H A N H a o z h e ,T I E Z i h a n g ,P A N G W e i j u n ,C A I R u i *(K e y L a b o r a t o r y o f A n i m a l G e n e t i c s ,B r e e d i n g a n d R e p r o d u c t i o n o f Sh a a n x i P r o v i n c e ,C o l l e g e o f A n i m a l S c i e n c e a n d T e c h n o l o g y ,N o r t h w e s t A&F U n i v e r s i t y ,Y a n g l i n g 712100,C h i n a )A b s t r a c t :W i t h t h e i m p r o v e m e n t o f p e o p l e s l i v i n g s t a n d a r d s ,h i g h -q u a l i t y m e a t p r o d u c t s o f a gr i -c u l t u r a l a n i m a l h a v e b e e n f a v o r e d b y c o n s u m e r s i n C h i n a f o r t h e p a s t f e w y e a r s .F a t d e po s i t i o n i s a n i m p o r t a n t f a c t o r a f f e c t i n g m e a t q u a l i t y .T h e r e f o r e ,i t i s o f g r e a t s i g n i f i c a n c e t o c l a r i f yt h e m o -l e c u l a r m e c h a n i s m o f h i g h -q u a l i t y m e a t f o r m a t i o n .N 6-m e t h y l a d e n yl a t i o n m o d i f i c a t i o n (m 6A )i s t h e m o s t a b u n d a n t m o d i f i c a t i o n s i n e u k a r y o t i c m R N A ,w h i c h i s r e l a t e d t o t h e t r a n s p o r t ,e x pr e s -s i o n ,d e g r a d a t i o n p r o c e s s o f R N A a n d i s i n v o l v e d i n r e g u l a t i n g a v a r i e t y o f b i o l o gi c a l p r o c e s s e s .S t u d i e s h a v e s h o w n t h a t m 6A m o d i f i c a t i o n s m e d i a t e d b y hu m a n i n s u l i n -l i k e g r o w t h f a c t o r 2m R N A b i n d i n g p r o t e i n 2(I G F 2B P 2)p l a y a k e y r o l e i n a n i m a l f a t d e po s i t i o n .T h i s r e v i e w w i l l f o c u s o n m 6A ,I G F 2B P 2a n d t h e i r r o l e a s w e l l a s m o l e c u l a r m e c h a n i s m i n a n i m a l f a t d e po s i t i o n t o p r o v i d e c a n d i d a t e g e n e s a n d s c i e n t i f i c b a s i s f o r t h e i m p r o v e m e n t o f m e a t q u a l i t yi n t h e f u t u r e .K e y wo r d s :m 6A m o d i f i c a t i o n ;I G F 2B P 2;f a t d e p o s i t i o n ;a n i m a l s *C o r r e s p o n d i n g au t h o r :C A I R u i ,E -m a i l :c a i r u i 1663@n w a f u .e d u .c n畜牧兽医学报54卷我国是一个养殖大国,近年来畜禽肉产品总产量保持稳中有升,基本能够满足消费市场需求㊂然而随着人们生活水平的提高,高端优质肉产品深受消费市场青睐,但目前高端优质肉的市场供应并不能满足消费者的需求㊂脂肪沉积是影响肉品质的重要因素,动物体脂分布在躯体皮下㊁腹腔㊁肌间和肌内等不同部位,其中肌内脂肪含量的高低是影响肉质的关键因素之一,其与风味㊁多汁性和嫩度等密切相关,对肉质性状的形成发挥着重要作用,因此探究脂肪沉积的分子机理对解析动物经济性状形成的规律具有重要意义㊂脂肪沉积受到动物品种㊁营养水平及表观遗传等多方面因素影响㊂近年来研究发现,D N A甲基化和非编码R N A调控等表观遗传修饰在动物脂肪沉积中发挥着关键作用[1-3],表观遗传修饰是调控脂肪沉积的关键因素,而m6A甲基化修饰是真核生物中含量最丰富的一种R N A表观遗传修饰,探究其调控作用与分子机制对脂肪生物学和动物性状改良具有重要作用[4-5]㊂因此,本文将综述有关m6A修饰㊁I G F2B P2及其对动物脂肪沉积影响的研究进展,并展望该领域未来的研究方向与发展趋势㊂1I G F2B P2介导的m6A修饰概述1.1R N A的m6A甲基化修饰过程R N A是实现遗传信息在蛋白质上表达㊁促进遗传信息向表型转化过程的桥梁㊂绝大多数生物体的R N A都可以接受多种化学修饰,其中m6A是真核生物m R N A中最丰富的化学修饰之一[6]㊂m6A是m R N A中腺嘌呤第6位N原子上的甲基化修饰,其修饰位点常存在于m R N A的C D S区和3'U T R区,主要发生在R R A C H序列上,m R N A上可以含有一个或多个m6A修饰位点[7]㊂m6A修饰可以影响m R N A的运输㊁降解㊁翻译以及代谢等,在细胞增殖㊁分化㊁凋亡及免疫等多种生物学过程中发挥重要调控作用[8-10]㊂R N A的m6A修饰涉及3种类型的蛋白质:甲基转移酶(w r i t e r)㊁去甲基酶(e r a s e r)和m6A阅读蛋白(r e a d e r)㊂在细胞核内存在由多个亚基组成的w r i t e r复合体[11-12],此种复合体主要由M E T T L3㊁M E T T L14和W i l m s肿瘤相关蛋白(WT A P)三个必不可少的亚基组成㊂M E T T L3充当重要的催化亚基[13-14],而M E T T L14则提供R N A结合支架,激活并增强M E T T L3的催化活性㊂WT A P与M E T T L3和M E T T L14相互作用,从而调节R N A 的m6A修饰水平㊂w r i t e r复合体的各个亚基相互作用共同执行m6A修饰的写入功能[15]㊂m6A修饰处于动态调控之中,目前已知有两种不同的酶参与m6A去甲基化过程:F T O和A L K B H5[16-17],F T O 是第一个被发现的m6A m R N A去甲基化酶,F T O 被敲除后m6A峰升高[18-19],其调控脂肪相关基因的表达,并影响脂质代谢多个过程[20-21]㊂当m R N A 进入细胞质后会与特定r e a d e r蛋白结合,不同的m6A r e a d e r蛋白有着不同的功能,如具有Y T H结构域Y THD F1和Y THD F3通过协同作用提高m R N A的翻译效率,Y THD C1对于m6A介导的选择性剪接有一定的作用[22]㊂m6A r e a d e r蛋白除了参与脂肪细胞m R N A的稳定㊁翻译和降解等过程外(图1),还参与调控肿瘤发生㊁血细胞生成㊁病毒复制和免疫应答等生物学过程[23-24]㊂图1m6A甲基化修饰的作用机制F i g.1T h e m e c h a n i s m o f m6A m e t h y l a t i o n m o d i f i c a t i o n 60639期韩皓哲等:I G F2B P2介导的m6A修饰调控动物脂肪沉积的研究进展1.2m6A修饰新阅读蛋白I G F2B P2I G F2B P蛋白(包括I G F2B P1/2/3)作为m6A 阅读蛋白的一个新家族,通过识别一致的G G (m6A)C序列靶向数千个m R N A转录本[25]㊂与含有Y T H结构域的蛋白家族促进m R N A衰变的功能相反,I G F2B P s蛋白成员在正常和应激条件下以m6A依赖的方式促进靶m R N A的稳定性和翻译,从而影响基因表达丰度[26]㊂I G F2B P1/2/3可以参与R N A生命周期调控,每个I G F2B P结合蛋白都能结合多种R N A,包括长链非编码R N A(l n-c R N A)和m R N A,以调控它们的剪接㊁运输㊁翻译和稳定性[27]㊂研究表明这三种I G F2B P家族基因在小鼠胚胎中协同表达,开始于胚胎发育第10.5天,峰值为第12.5天㊂I G F2B P1和I G F2B P3的表达在出生后基本消失,而I G F2B P2在出生后广泛表达,因此研究I G F2B P2对于性状表观遗传机制的调控尤为重要[28]㊂I G F2B P2是一种参与调节多种生物过程的R N A结合蛋白,且高度保守,由两个R N A识别基序结构域和4个h n R N P K同源结构域组成[29],其中K同源结构域是I G F2B P2识别m6A的必要结构域,通过与m6A修饰的相互识别可以提高m6A修饰m R N A的稳定性[30]㊂研究表明I G F2B P2影响糖尿病[31-32]㊁肥胖症和脂肪肝等多种疾病[33-34],且关于癌症的研究较多[35-37]㊂在肌肉生物学领域,有研究表明l n c M y o D可以直接与I G F2B P2结合,负调控I G F2B P2介导的骨骼肌增殖基因N-R a s和c-M y c的翻译,表明I G F2B P2可以阻止肌细胞增殖以促进成肌分化[38],但对于I G F2B P2是否会依赖m6A或与其它l n c R N A s及功能基因m R N A互作来调控脂肪沉积目前尚不清楚,有必要进行进一步研究㊂2m6A修饰对R N A的影响2.1m6A修饰影响R N A前体的剪接过程真核生物在转录过程中形成的R N A并不能直接翻译成蛋白,须经过一个剪接过程,剪接过程涉及对m R N A中内含子的识别㊁精准切除以及被切除后的外显子m R N A连接产生成熟m R N A,此过程中需要剪接因子参与㊂研究发现,WT A P作为m6A w r i t e r复合体成员之一,可以发挥剪接因子的作用[39],敲除WT A P或M E T T L3将会产生不同的m R N A亚型㊂在m6A去甲基化酶F T O敲除的前体脂肪细胞中,m6A修饰水平发生改变,导致剪接调控蛋白S R S F2对m6A m R N A进行可变剪接,产生不同的剪接产物,对脂肪沉积产生不同的影响[40]㊂因此,m6A修饰会影响m R N A的剪接过程㊂2.2m6A修饰调控R N A的出核R N A经剪接后进入到细胞质,出核的过程受到m6A修饰的调控㊂研究表明细胞中存在一种T A P-P15复合体[41],而A S F/S F2的磷酸化水平决定这种复合体与m R N A的结合能力,当m6A去甲基化酶A L K B H5缺失时,m6A修饰水平增强使A S F/ S F2去磷酸化程度上升,导致T A P-P15复合体与m R N A的结合能力上升,m R N A的核输出能力增强[42]㊂D E A D-b o x(D D X)解旋酶对R N A的识别和新陈代谢至关重要㊂D D X46通过其特有的螺旋结构域招募A L K B H5使与之结合的信号分子R N A 去甲基化,导致其R N A不能出核[43]㊂因此,m6A 修饰可以调控m R N A的出核过程㊂2.3m6A修饰调控R N A的稳定性和降解遗传信息通过表达蛋白实现其生物学功能, m R N A是用于翻译蛋白质的直接模板㊂大多数m6A修饰富集于外显子区和终止密码子区域[44-45]㊂在前体m R N A被剪接后形成成熟m R N A的过程中,m6A修饰被保留下来存在于成熟m R N A中㊂在调控m R N A稳定性方面,I G F2B P采用一种m6A依赖性方式来提高目标m R N A的稳定性[23]㊂HU R作为另外一种R N A结合蛋白,在各种组织中普遍表达[46],其包含核质穿梭序列(H N S),H N S的转录后修饰控制HU R在细胞核和细胞质之间的移位㊂HU R的功能依赖于动态的亚细胞定位,一旦HU R从细胞核穿梭到细胞质,导致HU R增加了目标R N A的稳定性和翻译[47-49]㊂当m6A与含有Y T H结构域的Y THD F2结合后会导致m6A修饰的m R N A降解[50-51]㊂此外,有研究发现敲低胚胎干细胞中M E T T L3或M E T T L14后,其靶m R N A 的稳定性降低[52-53]㊂因此,m6A修饰会影响m6A m R N A的稳定性与降解㊂3I G F2B P2介导的m6A修饰调控动物脂肪沉积3.1调控白色脂肪沉积白色脂肪是脂肪沉积的主要场所,其广泛分布在动物机体皮下组织和内脏周围,其中皮下脂肪含有较高的饱和脂肪酸,其摄入量过高会导致胆固醇㊁7063畜牧兽医学报54卷甘油三酯以及低密度脂蛋白升高,增加患各种心血管疾病的风险[54];而肌内脂肪含量与肉品质以及胰岛素敏感性等紧密相关[55]㊂因此,研究白色脂肪沉积不仅对于动物肉质的改善有重要作用,且对人类健康也具有一定意义㊂在白色脂肪的成脂过程中, m6A表观遗传修饰发挥着不可或缺的作用㊂l n-c R A P2的表达具有很高的组织特异性,其能诱导白色脂肪细胞的分化,l n c R A P2主要存在于细胞质中,不与核糖体和R N A直接结合,但可以与R N A 结合蛋白I G F2B P2结合形成复合体,影响R N A稳定性或降解(图2)㊂通过分析白色脂肪细胞中I G F2B P2靶向的m R N A s,发现其选择性地与编码成脂调节因子和能量消耗相关的m R N A s结合,如瘦素㊁脂联素及白介素等[56-58],表明这些成脂调控因子转录本上可能存在m6A修饰位点㊂此外,研究发现l n c R N A H i l n c与I G F2B P2相互作用调节P P A R途径介导的肝脂质沉积[59](图2)㊂全身敲除I G F2B P2抵抗高脂诱导的肥胖和脂肪肝发生,而在肝组织特异性过表达I G F2B P2会导致肝的脂肪变性[60]㊂肝细胞特异性I G F2B P2敲除小鼠导致P P A Rα㊁P P A Rγ和C P T1A等基因的表达水平的显著下调,使体内的甘油三酯的运转速率加快,抑制肝脂肪沉积㊂因此,I G F2B P2通过m6A依赖的方式识别成脂或脂代谢因子以调控靶m R N A的稳定性影响脂肪沉积[61-63]㊂A.I G F2B P2与l n c R N A l n c R A P2结合通过招募E x o s c6和D d x47调控脂代谢基因表达;B.I G F2B P2与l n c R N A H i l n c 互作通过P P A Rγ调控肝脂质积累A.I G F2B P2r e g u l a t e s l i p i d m e t a b o l i s m b y b i n d i n g t o l n c R N A l n c R A P2a n d r e c r u i t i n g E x o s c6a n d D d x47;B.T h e i n t e r a c-t i o n b e t w e e n I G F2B P2a n d l n c R N A H i l n c r e g u l a t e s h e p a t i c l i p i d a c c u m u l a t i o n t h r o u g h P P A Rγ图2I G F2B P2与l n c R N A互作调控脂质代谢的作用机制F i g.2T h e m e c h a n i s m o f i n t e r a c t i o n b e t w e e n IG F2B P2a n d l n c R N A r e g u l a t i n g l i p i d m e t a b o l i s m在猪脂肪沉积方面,发现I G F2B P2等R N A结合蛋白与选择性剪接事件区域内的核心剪接体相互作用,进行前体m R N A剪接,并对脂质代谢造成影响[64-65]㊂此外,研究表明I G F2B P2蛋白与I G F2具有较强的亲和力[66],可调控I G F2的生理作用,而I G F2基因可作为猪脂肪沉积的关键基因[67]㊂以上研究表明I G F2B P2可能对猪脂肪沉积发挥重要调控作用㊂在羊脂肪沉积方面的研究发现I G F2B P2在未成年山羊的肌肉和脾组织表达量最高,肾㊁卵巢㊁胃和大脑次之,肺㊁心和肝表达量相对较低;而在成年山羊中,I G F2B P2表达量最高的组织是脂肪,输卵管㊁卵巢㊁心和肺次之,肾㊁肌肉㊁脾和肝表达量相对较低,推测I G F2B P2在山羊个体不同发育时期发挥着重要的作用,特别是在脂肪沉积过程中[68]㊂3.2调控棕色脂肪产热棕色脂肪组织是动物体内呈棕色样的脂肪组织,其脂肪细胞体积较小,胞质中有多个较小的脂滴,并有较多的线粒体[69]㊂棕色脂肪的功能是促进适应性产热㊁A T P产生和底物氧化的解偶联,通过非颤抖产热的方式来维持体温变化㊂因此,棕色脂肪细胞能够通过氧化其自身储存的脂质,从而产生热量并增加代谢率[70]㊂U C P1是一个很重要的解偶联基因,激活该基因可显著抑制饮食诱导的肥胖㊂研究发现I G F2B P2对U C P1基因具有转录抑制作用,在小鼠上敲除I G F2B P2导致棕色脂肪的U C P180639期韩皓哲等:I G F2B P2介导的m6A修饰调控动物脂肪沉积的研究进展蛋白丰度增加,造成棕色脂肪产热能力增强,并对饮食诱导的肥胖和脂肪肝具有更强的抵抗力,以及更高的葡萄糖耐受性㊁胰岛素敏感性和更好的御寒能力[71]㊂因此,I G F2B P2介导的m6A修饰与棕色脂肪产热息息相关㊂4总结与展望综上所述,I G F2B P2主要通过m6A依赖的方式影响脂肪沉积靶基因的稳定性,影响其R N A的丰度,进而调控动物脂肪沉积,但I G F2B P2介导的m6A修饰调控动物脂肪沉积的分子机制仍需进一步深入探究㊂因此,后续研究可借助多组学测序技术以及新的分子生物学方法挖掘I G F2B P2结合的m6A修饰下游靶基因,明确I G F2B P2介导的m6A 修饰调控动物脂肪沉积的表观遗传机制,为畜禽遗传改良提供关键基因,并加快畜禽性状遗传改良进程,从而改善畜禽肉类品质,增加经济效益,满足国民对优质肉产品的需求㊂参考文献(R e f e r e n c e s):[1] S U N Y M,C H E N X C,Q I N J,e t a l.C o m p a r a t i v ea n a l y s i s o f l o n g n o n c o d i n g R N A s e x p r e s s e d d u r i n gi n t r a m u s c u l a r a d i p o c y t e s a d i p o g e n e s i s i n f a t-t y p e a n dl e a n-t y p e p i g s[J].J A g r i c F o o d C h e m,2018,66(45):12122-12130.[2] X U Z Y,Y O U W J,C H E N W T,e t a l.S i n g l e-c e l lR N A s e q u e n c i n g a n d l i p i d o m i c s r e v e a l c e l l a n d l i p i dd y n a m i c s o f f a t i n f i l t r a t i o n i n s 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动物肌内脂肪沉积相关候选基因的研究进展王怡平;徐晨晨;罗海玲【摘要】Intramuscular fat ( IMF) content is an important factor in the evaluation of meat quality,which plays important roles in flavor, tenderness and texture of meat sensory quality, however, the regulation of intramus?cular fat deposition is mainly affected by three metabolic pathways, namely, fat uptake, synthesis and decom?position. This paper reviewed the related candidate genes of intramuscular fat deposition, preliminarily revea?ling the influence mechanism of fat metabolism, so as to provide a theoretical basis for further study of the reg?ulation of intramuscular fat deposition.%肌内脂肪(IMF)含量是评价肉品质的重要因素,对风味、嫩度、纹理等肉类感官品质起着重要作用,而IMF的沉积主要受脂肪摄取、合成、分解3条代谢途径的调控.本文综述了影响IMF沉积的相关候选基因,初步揭示了影响脂肪代谢的机理,旨在为今后调控IMF沉积的相关研究提供理论依据.【期刊名称】《动物营养学报》【年(卷),期】2017(029)005【总页数】6页(P1475-1480)【关键词】肌内脂肪;脂肪代谢;候选基因【作者】王怡平;徐晨晨;罗海玲【作者单位】中国农业大学动物科技学院,动物营养学国家重点实验室,北京100193;中国农业大学动物科技学院,动物营养学国家重点实验室,北京 100193;中国农业大学动物科技学院,动物营养学国家重点实验室,北京 100193【正文语种】中文【中图分类】S852.2肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量及其脂肪酸组成在肉品质中有着重要作用,影响肉的感官特性(风味、多汁性和嫩度)和营养价值[1]。

IMF对肉类感官品质的积极作用在猪肉[2]、羊肉[3]和牛肉[4]中已得到证实,在亚洲和北美洲,许多发达国家也将可见脂肪形成的大理石纹视为评价牛肉质量的标准。

IMF的含量不仅取决于前体脂肪细胞转化成成熟的IMF细胞的数量,还取决于IMF细胞内脂滴和肌细胞内脂滴的沉积[1]。

脂滴的沉积是脂肪合成代谢超过其分解代谢的结果,而IMF的沉积能力受到脂肪酸的转运、脂肪合成代谢和分解代谢3个方面的调控。

IMF的形成受到相关基因在时间和空间特异性表达的调控,环境和营养等因素主要也是通过调节基因表达来调控脂肪的沉积,这些基因包括调控脂肪酸摄取、脂肪酸合成、脂质分解的相关基因。

研究表明,调控脂肪酸转运的主要是脂肪酸结合蛋白(fatty acid-binding protein,FABP)和脂肪酸易位酶(fatty acid translocase,FAT或CD36);调控脂肪酸合成的有6-磷酸葡萄糖脱氢酶(glucose-6-phosphate dehydrogenase,G6PDH)、二酰基甘油酰基转移酶1(diacylglycerol acyltransferase 1,DGAT1)、脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FAS)、乙酰CoA 羧化酶(acetyl CoA carboxylase,ACC)、硬脂酰辅酶A去饱和酶(stearoyl-coenzyme A desaturase,SCD)等,与脂质分解相关的基因主要是激素敏感脂酶(hormone-sensitive triglayceride lipase,HSL)、脂蛋白酯酶(lipoprteinlipase,LPL)等。

本文总结了国内外的相关研究,将对以上候选基因进行简要的概述。

IMF主要存在于肌膜中,包括肌束膜、肌外膜和肌内膜,主要由甘油三酯和磷脂构成[5],因此调节脂肪酸进入IMF细胞对合成IMF提供必要的底物是十分重要的。

目前研究证明,FABP和CD36这2个候选基因在脂肪摄取过程中起着重要的作用。

1.1 FABP作为脂质结合蛋白超家族成员的FABP具有组织特异性。

目前为止,已发现9种不同的FABP,所有FABP家族成员的主要作用是调控脂肪酸的摄取和胞内运输[6]。

大量研究指出FABP基因不仅影响IMF的沉积,同时也影响脂肪酸组成。

He等[7]团队首先完成了鸭肝型脂肪酸结合蛋白(L-FABP)基因的克隆和测序,然后检测了231只鸭L-FABP基因外显子区域的DNA多态性,以寻找IMF可能的遗传标记,发现L-FABP促进了鸭胸肉中IMF和脂肪酸C16∶0、C18∶3的沉积。

Kurian等[8]研究发现,L-FABP对软脂酸盐、油酸盐及花生四烯酸盐的亲和力最高。

由此我们推测,细胞膜上的L-FABP与C16∶0、C18∶3脂肪酸结合能力最强,促进其转运至胞内。

Lee[9]通过对伯克希尔猪心型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因多态性与IMF含量、脂肪酸组成关系的研究发现,HH和aa基因型能显著提高IMF含量。

Cho等[10]指出H-FABP基因多态性在育种计划中可作为IMF含量和胴体背膘厚的遗传标记,而对脂肪酸组成的影响,HH和Hh基因型均有较高的饱和脂肪酸含量,但任何H-FABP基因的限制性片段长度多态性基因型都无法改变n-6和n-3多不饱和脂肪酸的比例。

已有研究证明,FABP对饱和脂肪酸积聚的促进作用,主要是因为其与脂肪酸的结合亲和力因脂肪酸类型不同而不同,与饱和脂肪酸的亲和力大于多不饱和脂肪酸[8]。

近年来研究表明,FABP基因也与反刍动物IMF的沉积密切相关。

Hocquette等[11]通过研究青年夏洛来公牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因表达量和IMF含量的关系证明,A-FABP基因表达量是反映IMF沉积能力的良好指标。

Guo等[12]研究发现,羊的CIDEA、甲状腺激素反应基因(THRSP)、乙酰辅酶A合成酶1(ACSM1)、二酰基甘油酰基转移酶2(diacylglycerol acyltransferase 2,DGAT2)和H-FABP基因是在所有与IMF沉积相关基因中排名最高的候选基因。

现有结果已经表明,对于FABP基因与IMF含量关系的研究目前已经涵盖到各类动物,而FABP作为转运脂肪酸的载体对IMF形成起到的积极作用,可能是由于其促进了血浆脂肪酸跨膜转运到甘油三酯或磷脂的合成位点。

1.2 CD36CD36是一种跨膜糖蛋白,这种受体可以与氧化低密度脂蛋白和长链脂肪酸等多个配体相互作用,与脂质代谢密切相关。

但CD36对IMF沉积的影响研究较少,主要集中在牛上,且不同月龄的牛,CD36基因的表达量也有所差异。

Yang等[13]发现,AMP依赖的蛋白激酶(AMPK)可以通过调节CD36的分布来调节IMF的合成,主要是5-氨基-4-甲酰胺咪唑核糖核苷酸(AICAR)激活了AMPK,增加了CD36的质膜转运,从而减少细胞表面CD36基因的表达量,最终导致IMF含量的减少。

Jeong等[14]发现,阉牛背最长肌的IMF含量与CD36的基因表达量呈现强正相关关系。

但Dalrymple等[15]通过对皮埃蒙特×赫里福德牛和和牛×赫里福德杂交牛的研究发现,3~30月龄时IMF中CD36基因的表达量变化甚微,而在25~30月龄时其表达量增加了2倍。

作者推测,这种差异的出现很可能是由不同品种或者不同的杂交组合引起的。

IMF的合成途径涉及到脂肪酸链的合成、延长或者去饱和,甘油三酯的合成等步骤,这其中包括促进还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADPH)生成的G6PDH、ACC、FAS、DGAT1、SCD对IMF沉积的调控。

2.1 G6PDHG6PDH主要负责催化6-磷酸葡萄糖脱氢形成6-磷酸葡糖酸,整个反应有利于NADPH的生成,而后者用于脂肪酸等还原性物质的合成反应。

Bonnet等[16]认为,在肉牛中G6PDH的活性与IMF组织沉积和大理石纹形成密切相关。

此外,有些研究报道,IMF沉积是通过改变G6PDH的活性来进行的。

Yang等[17]研究发现,饲粮中添加烟酸促使阉牛背最长肌IMF沉积增加,这可能是因为用于脂肪酸从头合成的NADPH合成酶如G6PDH和异柠檬酸脱氢酶(ICDH)的活性增高。

而Zhao等[18]研究报道,黄豆苷元导致杂交阉牛的IMF沉积,但是G6PDH活性并未变化;Choi等[19]的试验中也得出类似的结论。

G6PDH活性与IMF沉积的关系目前存在争议,因此,G6PDH活性与IMF沉积的关系还有待于进一步研究。

2.2 ACC和FASACC负责催化乙酰辅酶A生成丙二酰辅酶A,它有ACCα和ACCβ 2种形式,ACCα主要存在于大多数脂肪组织中,ACCβ分布在心脏、肌肉组织中[20]。

而FAS是合成动物内源性脂肪酸的关键酶,主要分布于高脂肪代谢和对激素敏感的组织中,催化乙酰辅酶A和丙二酸单酰辅酶A用以长链脂肪酸的合成。

De Jager 等[21]研究发现阉牛ACC和FAS的基因表达量与IMF含量呈正相关;Ward等[22]在安格斯牛上也发现,IMF含量与催化饱和脂肪酸合成的酶(ACCα和FAS)基因表达量呈正相关。

以上研究只是提出了基因与IMF含量的一个相关性,未来可以研究影响IMF的各个候选基因进行对比以找到影响IMF含量的一个或几个主效基因。

此外,不同部位的FAS基因的表达量也存在差异。

Cui等[23]研究发现,北京油鸡和爱拔益加肉鸡肌肉中FAS基因表达量与肝脏脂肪含量高度正相关,但与胸肌和腿肌的IMF含量并未有显著相关,这表明在家禽身上,FAS主要在肝脏的脂肪沉积上发挥效应而不是胸部和腿部。

2.3 DGAT1DAGT1是催化二酰甘油合成三酰甘油的限速酶,在将甘油三酯储存于脂肪细胞中发挥了重要作用。

近年来,大量关于DGAT1基因的研究是从其不同基因型对IMF的影响展开。

Anton等[24]在匈牙利的安格斯牛的研究中发现,与其他基因型相比,公牛的DGAT1 AA/AA基因型具有更高的IMF含量。

Wu等[25]研究发现,DGAT1-(10433和10434) GC/GC以及SCD1-878 CC和SCD1-762 TT基因型是牛肉IMF含量更高的主要原因,可以成为IMF特征的遗传标记,同时还推测拥有DGAT1-GC/GC基因型的纯合子牛具更高的IMF含量,但这一推断需要在更多的纯合子牛上加以验证。

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