BioEdit实验报告
生物实验报告文档3篇
生物实验报告文档3篇Biological experiment report document编订：JinTai College生物实验报告文档3篇小泰温馨提示：实验报告是把实验的目的、方法、过程、结果等记录下来，经过整理，写成的书面汇报。
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本文简要目录如下：【下载该文档后使用Word打开，按住键盘Ctrl键且鼠标单击目录内容即可跳转到对应篇章】1、篇章1：生物实验报告文档2、篇章2：浙江大学生物传感器实验报告文档3、篇章3：大学生物实验论文要领文档篇章1:生物实验报告文档实验生物组织中还原糖、脂肪、蛋白质的鉴定初步掌握鉴定生物组织中还原糖、脂肪、蛋白质的基本方法。
1．还原糖的鉴定原理生物组织中普遍存在的还原糖种类较多，常见的有葡萄糖、果糖、麦芽糖。
它们的分子内都含有还原性基团（游离醛基或游离酮基），因此叫做还原糖。
蔗糖的分子内没有游离的半缩醛羟基，因此叫做非还原性糖，不具有还原性。
本实验中，用斐林试剂只能检验生物组织中还原糖存在与否，而不能鉴定非还原性糖。
斐林试剂由质量浓度为0.1 g／mL的氢氧化钠溶液和质量浓度为0.05 g／mL的硫酸铜溶液配制而成，二者混合后，立即生成淡蓝色的Cu（OH）2沉淀。
Cu（OH）2与加入的葡萄糖在加热的条件下，能够生成砖红色的Cu2O沉淀，而葡萄糖本身则氧化成葡萄糖酸。
其反应式如下：CH2OH—（CHOH）4—CHO＋2Cu（OH）2→CH2OH—（CHOH）4—COOH＋Cu2O↓＋2H2O用斐林试剂鉴定还原糖时，溶液的颜色变化过程为：浅蓝色棕色砖红色（沉淀）。
2．蛋白质的鉴定原理鉴定生物组织中是否含有蛋白质时，常用双缩脲法，使用的是双缩脲试剂。
双缩脲试剂的成分是质量浓度为0.1 g／mL的氢氧化钠溶液（A）和质量浓度为0.01 g／mL（B）的硫酸铜溶液。
分子模型实验报告
分子模型实验报告篇一：分子模拟实验实验报告生物大分子分子模拟实验作业——生物大分子一、实验部分12-3-1获得PDB号为“1HCK”的蛋白（human-cyclin-dependent kinase 2,i,e.,CKD2和ATP的结合晶体结构），并采用不同的模型观察其特点①分别用卡通模型和丝带模型显示生物大分子结构，并用球棍模型、棒状模型显示其中小分子、金属离子等。
参考文献：Analysis of CDK2 Active-SiteHydration: A Method to Design New Inhibitors Zdeneˇk Krˇ?′zPROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 55:258–274 (XX)12.2 分子对接①聚合物对接前效果图②聚合物对接后效果图对接后实际距离和设置的最优值12-3-2在样本文件中，创建冰的晶体结构，分别做温度为260K，273K，298K，373K下的分子动力学模拟（10 ps），观察晶体机构的变化情况，并做定性解释。
①不同温度下冰晶体结构图：原始冰晶体结构图由冰晶体在不同温度下的结构可见，随温度升高，冰晶体的各个水分子之间的距离不断增加，晶体结构趋向于分散无序状。
②不同温度下，冰晶体分子动力学模拟图③不同温度下体系的总能量与势能由曲线形状可见，经过分子动力学模拟之后，体系的能量降低，变得更加稳定。
由计算结果可见，体系的总能量和势能随温度的升高而增大。
因为当温度升高时，分子的热运动加剧，使分子的伸缩、转动、振动势能增加从而使分子总能量增加，而体系的是能增加是因为非键相互作用尤其是分子间氢键相互作用减弱。
二、实验心得与体会本次实验主要进行了生物大分子的模拟。
生物大分子一般包含上千个原子，目前还不能应用量子化学从头计算方法模拟，常用的方法有QM/MM方法，和纯粹的分子动力学模型。
1.关于分子力学要求掌握四点内容：（1）分子力学中，离子间的相互作用势能函数是什么？（2）势函数中存在特定的参数，怎么给参数赋初值？（3）原子类型怎样确定？（4）力场有哪些？各自的适用范围是什么？下面详细解释：（1）V（r）有四项，前三项对应于键伸缩势能、弯曲势能和扭转势能。
生物芯片实验报告
实验名称：基因表达水平检测实验目的：1. 学习和掌握生物芯片技术的基本原理和操作流程。
2. 通过基因芯片技术检测特定基因在不同样本中的表达水平。
3. 分析实验数据，验证实验结果的可靠性。
实验材料：1. 基因芯片：包含待检测基因和对照基因。
2. 样本：待检测的组织或细胞。
3. 标准品：已知表达水平的对照样本。
4. 实验试剂：包括核酸提取试剂、PCR扩增试剂、杂交试剂、洗涤液等。
5. 仪器设备：PCR仪、杂交仪、荧光显微镜、凝胶成像系统等。
实验步骤：1. 样本处理：- 提取待检测样本的总RNA。
- 使用DNase I去除DNA污染。
- 通过RNeasy Mini Kit进行纯化。
2. cDNA合成：- 使用Oligo(dT) primers进行第一链合成。
- 使用Reverse Transcriptase进行第二链合成。
3. PCR扩增：- 使用PCR试剂进行目的基因的扩增。
- 通过琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物。
4. 标记：- 将扩增产物与荧光标记的寡核苷酸探针杂交。
5. 杂交与洗涤：- 将杂交后的芯片放入杂交仪中进行杂交。
- 使用洗涤液进行洗涤。
6. 扫描与分析：- 使用荧光显微镜或凝胶成像系统扫描芯片。
- 使用软件分析杂交信号，计算基因表达水平。
实验结果：通过实验，成功地将待检测基因的cDNA与荧光标记的探针杂交，并在芯片上得到了清晰的信号。
通过比较待检测样本与标准品的结果，可以判断待检测基因在不同样本中的表达水平。
数据分析：1. 对比待检测样本与标准品的信号强度，计算基因表达水平的相对值。
2. 分析不同样本之间基因表达水平的差异。
3. 对比实验结果与已知文献报道的结果，验证实验结果的可靠性。
结论：本次实验成功利用生物芯片技术检测了待检测基因在不同样本中的表达水平。
实验结果表明，生物芯片技术在基因表达水平检测方面具有高效、准确、高通量的特点，为基因功能研究和疾病诊断提供了有力工具。
实验讨论：1. 实验过程中可能存在的误差来源，如RNA提取、PCR扩增、杂交等步骤的误差。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告**：__ **____ __ _ 学号：___ *********_ ___ 宋晓峰 _指导老师：__ 宋晓峰南京航空航天大学2013年4月实验一实验一 生物信息数据库的检索生物信息数据库的检索生物信息数据库的检索一．实验目的：一．实验目的：1.1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
2.2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
3.3.以以PubMed 为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
二．实验内容：二．实验内容：（1）国际与国内的生物信息中心）国际与国内的生物信息中心国际NCBI NCBI、、EBI EBI、、ExPASy ExPASy，，EMBL EMBL、、SIB SIB、、TIGR 以及国内CBI CBI、、BioSino 网站的熟悉及内容的了解。
解。
核酸序列数据库：核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJ genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI 网址：网址：//EBI 网址：网址：//EMBL 网址：网址：/embl /embl蛋白质序列数据库：蛋白质序列数据库：Swiss Prot Swiss Prot 、、ExPASy 网址：网址：//Uniprot 网址：网址：//蛋白质结构数据库：蛋白质结构数据库：PDB 网址：网址：/pdb//pdb/（2）数据库内容、结构与注释的浏览）数据库内容、结构与注释的浏览分别读取The spike protein of SARS-Corona Virus 在NCBI 中的核酸序列、SWISS-PROT 蛋白质序列以及PDB 蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。
湖南大学生物信息学实验报告-W9
实验3 核酸序列分析1基本信息：姓名：程瑶学号：201378020205班级：医学1301 实验日期：2016-04-262实验目的和要求：1）掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤；2）掌握如何获取某个基因的序列，结构和功能信息；3）掌握使用BioEdit软件进行核酸序列的基本分析3实验仪器、设备与材料：计算机（联网）4实验原理：基因是具有遗传效应的DNA片段，其结构包括调控区域与编码区。
前者又包括转录调控和翻译调控，后者包括外显子与内含子。
5实验步骤：1 进入NCBI官方网站/，在Search处选择Gene数据库，在输入框输入”homo sapiens leptin”，查找人leptin的基因（提示：ID：3952），点击进入该基因；2 了解该页面包括哪些方面的信息；特别关注以下信息：基因名字，物种，功能描述，在基因组的位置，基因结构等A：3 在“Genomic regions, transcripts, and products"部分，点击GenBank进入对于该基因的编码结构的描述，查看其以下信息：1）该基因编码的mRNA有多少？各个mRNA之间是否有差异？A：2个。
a : 1-105 ; 10790-10961 ; 13206-16427 ;product="leptin, transcript variant X1"(瘦素，转录变异体X1)b:77-105 ; 10790-10961 ; 13203-16428 ;product="leptin"(瘦素)2）该基因的CDS有多少？CDS之间是否有差异？A：2个。
a: 10818-10961 ; 13203-13562 ;product="leptin precursor"(瘦素前体)；c: 10818-10961 ; 13206-13562 ;product="leptin isoform X1"(瘦素蛋白 X1)3）下载所有的mRNA与CDS的FASTA格式的序列A：略4）下载该基因的FASTA格式的序列A：略4 分别比较leptin的mRNA序列与其外显子序列，mRNA序列与基因序列，以及外显子与基因序列。
生物基因的实验报告(3篇)
第1篇一、实验名称生物基因的提取与鉴定二、实验目的1. 学习生物基因提取的方法和原理。
2. 掌握DNA提取、纯化及检测的基本操作。
3. 鉴定提取的DNA是否为纯DNA。
三、实验原理生物基因提取的原理是利用细胞破碎、蛋白质变性、DNA与蛋白质分离等方法，从生物细胞中提取出DNA。
实验中常用的提取方法有酚-氯仿法、柱层析法等。
DNA鉴定通常采用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法。
四、实验材料1. 植物材料：新鲜植物叶片（如水稻、玉米等）。
2. 试剂：酚-氯仿、NaCl溶液、Tris-HCl缓冲液、琼脂糖、DNA标准品、DNA酶、DNA荧光染料等。
3. 仪器：离心机、电泳仪、紫外分光光度计、显微镜等。
五、实验方法1. 植物材料的处理：将新鲜植物叶片洗净，剪成小块，加入适量液氮研磨成粉末。
2. DNA提取：（1）将研磨好的植物粉末加入酚-氯仿溶液，充分振荡，静置分层。
（2）取上清液，加入等体积的NaCl溶液，混匀后加入等体积的冷无水乙醇，充分混匀。
（3）室温静置30分钟，离心取沉淀。
（4）将沉淀溶于适量Tris-HCl缓冲液，得到粗提DNA。
3. DNA纯化：（1）将粗提DNA加入柱层析柱，用适量Tris-HCl缓冲液洗脱。
（2）收集洗脱液，加入适量无水乙醇，静置沉淀。
（3）离心取沉淀，溶于适量Tris-HCl缓冲液，得到纯化DNA。
4. DNA鉴定：（1）取适量纯化DNA，用紫外分光光度计测定其浓度。
（2）将纯化DNA与DNA标准品在同一琼脂糖凝胶电泳槽中电泳，观察DNA条带。
（3）对电泳后的凝胶进行紫外透射，观察DNA条带。
六、实验结果1. DNA浓度：通过紫外分光光度计测定，纯化DNA浓度为20ng/μl。
2. 琼脂糖凝胶电泳：纯化DNA在琼脂糖凝胶电泳中呈现清晰的条带，与DNA标准品对照，条带大小相符。
七、实验讨论1. 在实验过程中，注意避免DNA污染，如使用无DNA酶的试剂、操作过程严格无菌等。
2. 提取的DNA浓度受植物材料、提取方法等因素影响，可通过优化实验条件提高DNA浓度。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告班级：：学号：日期：实验一核酸和蛋白质序列数据的使用实验目的了解常用的序列数据库，掌握基本的序列数据信息的查询方法。
教学基本要求了解和熟悉NCBI 核酸和蛋白质序列数据库，可以使用BLAST进行序列搜索，解读BLAST 搜索结果，可以利用PHI-BLAST 等工具进行蛋白质序列的结构域搜索，解读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。
实验容提要在序列数据库中查找某条基因序列（BRCA1），通过相关一系列数据库的搜索、比对与结果解释，回答以下问题：1. 该基因的基本功能？2. 编码的蛋白质序列是怎样的？3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域 (NCBI CD-search)？4. 该蛋白质的功能是怎样的？5. 该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结构是什么样子的？给出示意图。
实验结果及结论1. 该基因的基本功能？This gene encodes a nuclear phosphoprotein that plays a role in maintaining genomic stability, and it also acts as a tumor suppressor. The encoded protein combines with other tumor suppressors, DNA damagesensors, and signal transducers to form a large multi-subunit protein complex known as the BRCA1-associated genome surveillance complex (BASC). This gene product associates with RNA polymerase II, and through the C-terminal domain, also interacts with histone deacetylase complexes. This protein thus plays a role in transcription, DNA repair of double-stranded breaks, and recombination. Mutations in this gene are responsible for approximately 40% of inherited breast cancers and more than 80% of inherited breast and ovarian cancers. Alternative splicing plays a role in modulating the subcellular localization and physiological function of this gene. Many alternatively spliced transcript variants, some of which are disease-associated mutations, have been described for this gene, but the full-length natures of only some of these variants has been described. A related pseudogene, which is also located on chromosome 17, has been identified. [provided by RefSeq, May 2009]2. 编码的蛋白质序列是怎样的？[Homo sapiens]1 mdlsalrvee vqnvinamqk ilecpiclel ikepvstkcd hifckfcmlk llnqkkgpsq61 cplcknditk rslqestrfs qlveellkii cafqldtgle yansynfakk ennspehlkd121 evsiiqsmgy rnrakrllqs epenpslqet slsvqlsnlg tvrtlrtkqr iqpqktsvyi181 elgsdssedt vnkatycsvg dqellqitpq gtrdeislds akkaacefse tdvtntehhq241 psnndlntte kraaerhpek yqgssvsnlh vepcgtntha sslqhenssl lltkdrmnve301 kaefcnkskq pglarsqhnr wagsketcnd rrtpstekkv dlnadplcer kewnkqklpc361 senprdtedv pwitlnssiq kvnewfsrsd ellgsddshd gesesnakva dvldvlnevd421 eysgssekid llasdpheal ickservhsk svesniedki fgktyrkkas lpnlshvten481 liigafvtep qiiqerpltn klkrkrrpts glhpedfikk adlavqktpe minqgtnqte541 qngqvmnitn sghenktkgd siqneknpnp ieslekesaf ktkaepisss isnmelelni601 hnskapkknr lrrksstrhi halelvvsrn lsppnctelq idscssseei kkkkynqmpv661 rhsrnlqlme gkepatgakk snkpneqtsk rhdsdtfpel kltnapgsft kcsntselke721 fvnpslpree keekletvkv snnaedpkdl mlsgervlqt ersvesssis lvpgtdygtq781 esisllevst lgkaktepnk cvsqcaafen pkglihgcsk dnrndtegfk yplghevnhs 841 retsiemees eldaqylqnt fkvskrqsfa pfsnpgnaee ecatfsahsg slkkqspkvt 901 feceqkeenq gknesnikpv qtvnitagfp vvgqkdkpvd nakcsikggs rfclssqfrg 961 netglitpnk hgllqnpyri pplfpiksfv ktkckknlle enfeehsmsp eremgnenip 1021 stvstisrnn irenvfkeas ssninevgss tnevgssine igssdeniqa elgrnrgpkl 1081 namlrlgvlq pevykqslpg snckhpeikk qeyeevvqtv ntdfspylis dnleqpmgss 1141 hasqvcsetp ddllddgeik edtsfaendi kessavfsks vqkgelsrsp spfththlaq 1201 gyrrgakkle sseenlssed eelpcfqhll fgkvnnipsq strhstvate clsknteenl 1261 lslknslndc snqvilakas qehhlseetk csaslfssqc seledltant ntqdpfligs 1321 skqmrhqses qgvglsdkel vsddeergtg leennqeeqs mdsnlgeaas gcesetsvse 1381 dcsglssqsd ilttqqrdtm qhnliklqqe maeleavleq hgsqpsnsyp siisdssale 1441 dlrnpeqsts ekavltsqks seypisqnpe glsadkfevs adsstsknke pgversspsk 1501 cpslddrwym hscsgslqnr nypsqeelik vvdveeqqle esgphdltet sylprqdleg 1561 tpylesgisl fsddpesdps edrapesarv gnipsstsal kvpqlkvaes aqspaaahtt 1621 dtagynamee svsrekpelt astervnkrm smvvsgltpe efmlvykfar khhitltnli 1681 teetthvvmk tdaefvcert lkyflgiagg kwvvsyfwvt qsikerkmln ehdfevrgdv 1741 vngrnhqgpk raresqdrki frgleiccyg pftnmptdql ewmvqlcgas vvkelssftl 1801 gtgvhpivvv qpdawtedng fhaigqmcea pvvtrewvld svalyqcqel dtylipqiph 1861 shy3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域 (NCBI CD-search)？有保守的供能结构域。
BioEdit及MEGA分析序列同源性简介
利用系统进化分析软件对序列进行同源性分析1.0目的1.1为了保持国际上各个耐药性实验室的高检验水准，进行分子进化分析是有很重要作用的。
它不仅可以保证流行病学目的顺利实现，而且有利于发现检测阶段可能产生的潜在的交叉污染。
1.2利用此软件进行分析所得的信息对于进行艾滋病毒在人群中传播的流行病学研究具有十分重要的意义。
1.3通过对实验室之前分析的数据与当前数据进行比较，可以发现在此前实验过程中由于标本处理不当所导致的潜在的实验室污染。
1.4对于确保得到高质量的实验结果并及时发现可能出现在实验室里的问题具有重要意义。
2.0仪器设备2.1计算机一台。
2.2Windows 95以上的操作系统。
2.3BioEdit 以及MEGA 4 分析软件。
2.3.1均为免费软件，可以从互联网上下载，在计算机上进行安装。
3.0操作过程3.1局限及要求3.1.1经过序列编辑软件拼接处理后的txt文件或fasta文件均可，例如ChromasPro软件。
3.1.2可以在MEGA上分析的分子序列或距离矩阵数据。
3.1.3Mega 4软件只能将长度相等的序列转换为MEGA输出文件，因此，任何多序列文件必须通过BioEdit软件进行对齐修剪，然后才能进入通过Mega软件转换成*.meg格式进行分析。
3.1.4该数据集的大小受限于计算机上可用的物理（RAM）和虚拟内存。
3.1.5分析的序列必须包括两个或两个以上长度相同的序列，所有序列分析之前必须用MEGA软件对齐。
3.1.6核苷酸和氨基酸序列应该用英文字母连续书写，不区分大小写。
一些特殊的特殊符号，例如表示对齐缺口，碱基缺失等的符号也可以包含在序列中。
3.1.7空格和制表符经常用于数据文件中，因此会被MEGA忽略。
ASCII字符，如（.）（- ）（？），一般都作为特殊符号来表示序列中的不同碱基，分别表示第一个序列，对齐缺口及碱基缺失。
3.1.8BioEdit 软件进行序列比对3.1.9双击BioEdit图标打开BioEdit 序列对比编辑器窗口。
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生物信息学引论实验课报告（3）
一、实验目的与要求
1、熟悉使用BioEdit软件基于核酸序列比对分析的真核基因结构分析；
2、熟悉使用BioEdit软件进行核酸序列的点突变定位；
二、实验内容
（一）使用BioEdit软件进行序列分析（选取一种数据）；
（二）
1. 人瘦素(leptin) 基因编码区点突变408 A→C的定位：打开BioEdit软件→将人瘦素(leptin) mRNA的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击Sequence栏→选择Nucleic Acid→点击Find next O RF→从起始密码ATG的第一个碱基开始查找该基因编码区408（464，NM_000230）位碱基（A）；
2. 人瘦素(leptin) 基因编码区点突变408 A→C的限制酶切点分析：再点击Sequence栏→选择Nucleic Acid→点击Restriction M ap→点击Generate Map按钮→找到该基因编码区408（464，NM_000230）位碱基后可见该位置有限制酶Hind III 的切点（AAGCTT）；（提示：如发生408 A→C突变，则该酶切点消失）；
3. 人瘦素(leptin) 基因编码区点突变408 A→C分析的引物设计：调用Internet浏览器并在其地址栏输入primer3网址（/cgi-bin/primer/primer3.cgi）→用复制/粘贴方式将人瘦素(leptin) mRNA（NM_000230）的FASTA格式序列输入分析框→在targets框填入464，1→选择Product Size (~300 bp)和Primer Tm (~58.0) →点击Pick Primesr按钮→从显示的五队引物中选择合适的引物；
4. 人瘦素(leptin) mRNA定量的引物设计：方法同“3. 人瘦素(leptin) 基因编码区点突变408 A→C分析的引物设计”，但在targets框将突变点位置改为外显子交会点位置，另外Product Size 一般选择~150 bp。
三、实验报告
给出上述实验内容及每一步操作结果。
1、解答步骤：
将人瘦素(leptin) mRNA的FASTA格式序列输入分析框
→点击左侧序列说明框中的序列说明
→点击Sequence栏→选择Nucleic Acid→点击Find next O RF→从起始密码ATG的第一个碱基开始查找该基因编码区408（464，NM_000230）位碱基（A）；
2. 人瘦素(leptin) 基因编码区点突变408 A→C的限制酶切点分析：再点击Sequence栏→选择Nucleic Acid→点击Restriction M ap→点击Generate Map按钮→找到该基因编码区408（464，NM_000230）位碱基后可见该位置有限制酶Hind III 的切点（AAGCTT）；（提示：如发生408 A→C突变，则该酶切点消失）；
没发生408 A→C突变，该酶切点没消失
3. 人瘦素(leptin) 基因编码区点突变408 A→C分析的引物设计：调用Internet浏览器并在其地址栏输入primer3网址（/cgi-bin/primer/primer3.cgi）→用复制/粘贴方式将人瘦素(leptin) mRNA（NM_000230）的FASTA格式序列输入分析框→在targets框填入464，1→选择Product Size (~300 bp)和Primer Tm (~58.0) →点击Pick Primesr按
钮→从显示的五队引物中选择合适的引物；打开网页进行引物设计
输入瘦素序列
填好数据所得的五个引物
下拉菜单寻找目引物
最终选择的引物
四、教师评语。