菌种鉴定手段
菌种鉴定标准
菌种鉴定标准菌种鉴定标准是微生物学领域中常用的一种方法，用于确定不同菌种的身份和分类。
通过菌种鉴定标准，微生物学家可以准确地鉴定出某一菌株的分类属于何种微生物，从而能够更好地研究和了解其特性、功能及潜在应用。
菌种鉴定标准根据微生物的形态特征、生长条件、生理指标等一系列特征进行鉴定。
下面将介绍一些常见的菌种鉴定标准及其应用。
1. 形态特征鉴定微生物的形态特征是菌种鉴定的基础。
通过观察微生物在琼脂平板上的菌落特征，如菌落形状、颜色、边缘、透明度等，可以初步判断其属于何种菌属。
此外，菌种的细胞形态、大小、胞壁结构等也是鉴定的重要指标。
形态特征鉴定常用于微生物的初步分类。
2. 生长条件鉴定不同菌种对于生长条件的要求有所差异，通过菌种在不同培养基、温度、pH 等条件下的生长情况可以进一步鉴定其属于何种微生物。
例如，某些菌种只能在特定培养基上生长，或者对于温度和pH的要求非常苛刻。
生长条件鉴定可以提供更加精确的菌种分类信息。
3. 生理特征鉴定菌种的生理特征对于其分类和应用非常重要。
比如，革兰氏染色是一种用于鉴定细菌特征的常用方法，通过细菌的颜色反应来判断其是否属于革兰氏阳性菌还是革兰氏阴性菌。
此外，菌种的代谢途径、产生的酶、耐受性等生理特征也可以被用于鉴定分类。
4. 分子生物学方法鉴定分子生物学技术的发展为菌种鉴定提供了更加准确和快速的手段。
比如，通过对微生物的基因组序列进行分析，可以获得丰富的分类信息。
例如，16S rRNA序列是常用的用于鉴定细菌分类的分子标记，通过分析这一序列的差异，可以准确地鉴定出菌株的分类。
此外，还有一些其他分子方法如PCR、引物序列分析等，也可以用于菌种的鉴定。
菌种鉴定标准的应用菌种鉴定标准的应用非常广泛，下面将介绍一些常见的应用领域。
1. 食品安全菌种鉴定在食品安全领域起着重要的作用。
通过鉴定食品中的微生物污染菌种，可以及时采取相应措施，保障食品的安全性和卫生质量。
菌种鉴定可以帮助判断食品中是否存在病原菌，比如沙门氏菌、大肠杆菌等，以及判断食品是否变质。
菌种鉴定文档
菌种鉴定引言菌种鉴定是一种通过对菌落特征、形态特征、生物学特性等多方面进行观察和分析来确定特定菌种的方法。
菌种鉴定在微生物领域具有重要意义，能够帮助科研人员准确地鉴定和分类微生物，进而开展相关研究。
本文将介绍菌种鉴定的基本步骤和一些常用的鉴定技术。
菌种鉴定的基本步骤菌种鉴定通常包括以下几个基本步骤：1. 样品的处理在进行菌种鉴定之前，首先需要处理好样品。
样品可以是从环境中采集的土壤、水样、食品等，也可以是从临床中采集的体液、组织等。
样品处理包括样品的收集、保存、预处理等环节，保证样品的完整性和可操作性。
2. 菌落特征观察在鉴定菌种时，可以从菌落的形态特征开始观察。
菌落包括颜色、大小、形状等多个方面的特征。
菌落的特征可以通过肉眼观察或使用显微镜进行放大观察，记录下菌落的主要特征。
3. 形态特征观察除了菌落的特征，菌种的形态特征也是鉴定的重要依据之一。
形态特征包括细胞形状、大小、胞壁结构等。
观察和测量这些特征可以通过染色和显微镜观察等方法进行。
4. 生物学特性测试菌种鉴定中，生物学特性也是一个重要环节。
生物学特性包括生长特性、代谢特性、生殖特性等。
通过对菌种生长速度、需要的营养物质、产生的酶等进行测试，可以进一步缩小菌种的范围，提高鉴定的准确性。
5. 分子生物学方法近年来，分子生物学方法在菌种鉴定中起着越来越重要的作用。
分子生物学技术可以通过对菌种的DNA序列进行分析来确定菌种。
常用的方法包括PCR、限制性酶切、DNA测序等。
这些方法可以提高鉴定的速度和准确性。
常用的菌种鉴定技术在菌种鉴定中，有多种技术可以用于确定菌种。
下面介绍几种常用的技术：1. 生理生化鉴定生理生化鉴定是一种通过测试菌种的生理和生化特性来确定菌种的方法。
这包括菌种的代谢特性、生长温度范围、耐盐性等。
常用的测试方法包括氧气需求量测试、酶活性测试、代谢产物分析等。
2. 抗生素敏感性测试抗生素敏感性测试是一种通过测试菌株对抗生素的敏感性来确定菌种的方法。
菌种鉴定方法及手段真菌细菌检测
菌种鉴定⽅法及⼿段真菌细菌检测菌种鉴定⽅法及⼿段真菌检测/细菌检测菌种鉴定⼀般就只要提取基因组DNA，然后PCR扩增16srDNA⽚段，上GeneBank 或者Eztaxon对⽐即可。
⼀般序列相似度在97%以上就可以认为是同种细菌。
常规鉴定常规鉴定内容有形态特征和理化特性。
形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源利⽤能⼒、各种代谢反应、酶反应和⾎清学反应等。
⾃动鉴定BIOLOG鉴定系统以微⽣物对不同碳源的利⽤情况为基础，检测微⽣物的特征指纹图谱，建⽴与微⽣物种类相对应的数据库。
通过软件将待测微⽣物与数据库参⽐，得出鉴定结果。
该系统已获美国FDA认可，已逐步应⽤于⾷品和饮品企业、环保、海洋⽣物/⽔产品、制药、农业微⽣物、⽣物治理、化妆品、临床等领域的微⽣物鉴定试验中。
拥有国内最全的BIOLOG数据库，涉及⾰兰⽒阴性菌、⾰兰⽒阳性菌、厌氧菌、酵母、丝状真菌在内近2000种微⽣物。
分⼦⽣物学鉴定应⽤分⼦⽣物学⽅法从遗传进化⾓度阐明微⽣物种群之间的分类学关系，是微⽣物分类学研究普遍采⽤的鉴定⽅法。
科标⽣物检测中⼼拥有微⽣物菌种分类鉴定的分⼦⽣物学实验室，配有PCR仪、⾼速冷冻离⼼机、电泳仪、HPLC、凝胶成像系统、紫外控温分析系统等先进仪器设备，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析软件。
可采⽤核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及丝状真菌的18S rDNA/ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科学的鉴定结果。
API细菌鉴定API鉴定系统涵盖15个鉴定系列，约有1000种⽣化反应，已可鉴定超过600种的细菌。
鉴定过程中，可根据细菌所属类群选择适当的⽣理⽣化鉴定系列，通过软件将待测细菌与数据库参⽐，得出鉴定结果。
可应⽤API50CH系列、API20E系列、API Staph系列对乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）和相关细菌、芽孢杆菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、微球菌属（Micrococcus sp.）和库克菌属（Locuria sp.）进⾏鉴定。
菌种鉴定方法
1. 菌落形态观察观察菌落的大小、形状、隆起度、边缘、表面性状、颜色与透明度、质地和干湿度。
2. 革兰氏染色按照革兰氏染色方法进行制片、初染、媒染、脱色、复染、干燥、镜检；干燥后，用油镜观察。
3. 鞭毛染色挑取18~30 h新鲜平板培养物制备菌悬液，制片，室温自然干燥。
滴加硝酸银染色A液覆盖3~5 min，用蒸馏水充分洗去A液，再滴加B液染色约1 min，当涂面出现明显褐色时，立即用蒸馏水冲洗。
自然干燥后用油镜观察。
菌体呈深褐色，鞭毛显褐色。
4. 糖类分解试验将被检菌接种于糖发酵培养基中，37℃培养2－3天。
如果培养基变黄，说明产酸；如变黄的同时，还有气泡，说明既产酸又产气。
培养基仍呈蓝色，说明未产酸。
选取木糖、葡萄糖、半乳糖和蔗糖。
5. 吲哚（靛基质）试验将待检菌种接种于邓享氏蛋白质的胨溶液中，37℃培养1－2天。
于培养液中加入戊醇或二甲苯2－3ml，摇匀，静置片刻后，沿管壁加入试剂2ml，如出现红色沉淀，表示为阳性。
6. 淀粉水解试验将LB琼脂加热融化，使冷到50℃，加入淀粉溶液，混匀后，倾注平板。
将细菌划线接种于平板上，37℃培养24小时，生长后取出，在菌落处滴加革兰氏碘液少许，培养基呈深蓝色，能水许解淀粉的细菌菌落周围有透明环。
9. V－P试验将被检菌接种于试验培养基中（葡萄糖、K2 HPO4、蛋白胨各5g，溶于1 000ml 水中，分装于试管中，0.075MPa灭菌10分钟），培养2－7天后，于培养物中加入1ml 10％的NaOH，混匀，再加入3－4滴2%氯化铁溶液。
数小时后，培养基表面的下层出现红色者，为阳性。
10.甲基红（M.R）试验接种细菌，于37℃培养2－7天后，于培养物中加入几滴甲基红酒精溶液（0.1g 甲基经溶于300ml 95%乙醇中，加蒸馏水至500 ml），如呈红色，表示阳性。
11. 柠檬酸盐利用试验将被检菌接种到Simmons固体柠檬酸盐培养基上，37℃下培养2－4天，能利用柠檬酸盐的细菌表现为有细菌生长，培养基变为蓝色，不能利用柠檬酸盐的细菌不生长，培养基不变色。
鉴定细菌的方法是
鉴定细菌的方法是
有许多方法可以鉴定细菌，下面列举了几种常见的方法：
1. 形态学观察：通过显微镜观察细菌的形状、大小、结构等特征，例如革兰氏染色法可以帮助区分细菌的细胞壁结构。
2. 生理生化特性：通过观察细菌在特定条件下的代谢活性、酶活性、产生的代谢产物等来鉴定细菌种类。
例如碳源利用试验、酸碱生成试验和氧耗试验等。
3. 分子生物学方法：利用PCR（聚合酶链式反应）和DNA测序技术，通过检测细菌的特定基因序列来鉴定细菌种类，例如16S rRNA基因测序。
4. 免疫学方法：利用抗体与细菌抗原的特异性结合来确定细菌的种属或血清型。
例如免疫荧光染色和酶联免疫吸附试验等。
5. 质谱法：利用质谱仪来分析细菌代谢产物或特定蛋白质的质量-电荷比，从而鉴定细菌种类。
需要指出的是，不同的鉴定方法在操作上有所差异，选择适合的鉴定方法要根据实验室设备和技术条件、需鉴定的细菌种类等因素综合考虑。
环境微生物菌种鉴定
环境微生物菌种鉴定微生物是地球上数量最多的生物，它们在我们的生活和环境中无处不在。
为了更好地利用和保护这些微生物资源，我们需要对它们进行鉴定和分类。
本文将介绍环境微生物菌种鉴定的基本方法和应用领域。
一、微生物菌种鉴定的基本方法1、形态学鉴定形态学鉴定是根据微生物的形态、大小、颜色、生长速度等特征对其进行分类和鉴定的一种方法。
通过观察菌落的形状、大小、质地、颜色、边缘特征等，可以初步判断微生物的种类。
2、生理生化鉴定生理生化鉴定是通过测试微生物对各种底物的发酵反应和代谢产物的性质，判断其生理生化特性，从而对其进行分类和鉴定的一种方法。
常见的生理生化试验包括糖发酵试验、柠檬酸盐试验、吲哚试验等。
3、分子生物学鉴定分子生物学鉴定是基于微生物基因组序列差异对其进行分类和鉴定的方法。
该方法通过提取微生物基因组DNA，进行PCR扩增，然后进行序列比对，判断微生物的种类和亲缘关系。
二、环境微生物菌种鉴定的应用领域1、环境保护环境微生物菌种鉴定在环境保护方面具有广泛的应用。
例如，在污水处理中，通过鉴定微生物的种类和数量，可以优化污水处理工艺，提高处理效率。
在土壤污染治理中，通过鉴定能够降解特定污染物的微生物种类，可以针对性地设计生物治理方案。
2、生物多样性研究环境微生物菌种鉴定在生物多样性研究中具有重要意义。
通过对不同生态环境中的微生物进行鉴定，可以揭示不同地区和不同气候条件下的生物多样性特征，为保护生物多样性和生态平衡提供科学依据。
3、生物技术应用环境微生物菌种鉴定在生物技术领域具有广泛的应用。
例如，在生物制药中，通过鉴定微生物的种类和代谢产物，可以发现新的药物资源和开发新的药物。
在农业微生物肥料开发中，通过鉴定微生物的种类和生理生化特性，可以研制出具有特定功能的微生物肥料。
三、总结环境微生物菌种鉴定是微生物资源保护和利用的重要手段。
通过形态学、生理生化和分子生物学等方法对微生物进行分类和鉴定，可以更好地了解和利用这些资源。
菌种质量的鉴别方法
菌种质量优劣直接关系到栽培效益的高低与成败，因此掌握菌种质量标准，学会鉴别菌种质量对广大栽培户来说十分重要。一、蘑菇。菌丝灰白、微带蓝色、细绒状、贴生菌丝上下分布均匀，无扇形变异，没有黄白色菌皮，具有特有的菇香。培养料中菌丝呈细浅状或束状，菌丝呈淡黄色，萎缩或看不到菌丝，内容物呈糊状为水分过多或菌种老化;基质上部菌丝干缩、下部菌丝生长尚好，为培养基过干、培养温度过高所致，瓶上部菌被过厚是老化或生产性能差的菌种;瓶内出现白色、浅黄色结块或有绿色、黄色、黑色或桔红色等各种霉菌菌落和害虫者，均予以淘汰。二、香菇。菌丝洁白呈棉毛状，生长均匀具特有香味，无厚菌被，易形成原基，抗病虫害者为优良菌种。瓶内菌丝稀疏，可见木屑颗粒，为培养时间不足或基质氮源少，瓶内菌丝脱落、萎缩，蓖被变褐为菌种过老应尽快使用。三、平菇。菌丝浓密、洁白、粗壮呈棉毛状，有爬壁现象。如菌丝稀疏或呈束状，为培养基过湿;菌丝生长缓慢或不向下生长，为培养基过干;瓶袋内出现大量原基，为菌龄过老;菌丝脱壁、萎缩，基部有黄色积液，为老龄菌种，表面或瓶壁出现霉菌斑、拮抗线、湿斑都是污染菌种。四、木耳。菌丝洁白，粗壮有力，生长较快，整齐均匀，为性状良好菌种;培养一段时间后，瓶壁出现菊花状胶质原基，褐色或黑褐色，为正常现象。若菌丝稀疏，可见培养基颗粒，同香菇菌种的原因类似，在菌丝满瓶之前出现原基，说明生理成熟过度，或转管次数多;基部有淡黄色积液为过老菌种;菌丝只限于某一角落生长，不再蔓延者与培养料湿度有关。五、银耳。银耳菌丝与香灰菌丝比例适当，在培养基上形成白毛团或胶质的耳基，瓶内香灰丝生长健壮、均匀，并能产生黑斑，后期在耳基下呈束状分布，无其它杂斑，银耳菌丝吃料深，在耳基下分布较厚，白毛团旺盛，耳基大，则为优良菌种。如白毛团较小，易胶质化，说明菌种已老化;香灰菌稀疏，不深入基质，子实体呈胶团或胶刺状，不开片，为培养基过湿;表面菌丝隐褪，耳基发红，并有红褐色积液与螨类污染有关;培养基表面有一层很薄菌膜，下部仍有银耳原基，说明菌种不纯。六、金针菇。菌丝洁白、粗壮或外观呈细粉状;生活力强，后期在培养基上呈丛状出现小子实体，为优良菌种。若菌丝不能向下深入生长。且有一明显界限与培养基太湿有关;菌丝稀疏，可能为培养基氮源含量不足或菌种生活下降有关;若瓶壁出现子实体，菌柄伸出说明培养基干缩菌丝老化;若瓶内呈粘液状，为细菌污染。七、猴头。菌丝洁白、粗壮、生长快，上下分布均匀，在培养基表面易形成子实体，肥大、肉厚，为优良菌种。培养基木屑变为淡黄色，菌丝生长不旺，与有机氮不足或培养时间较短有关;菌丝未发过半原基出现，与连续转管有关;菌丝稀疏;纤细、分布不均匀，易感染杂菌，是生活力衰退的表现，培养基收缩，瓶底积满黄色粘液，为老化菌种。
菌种鉴定手段
菌种鉴定手段（1）常规鉴定常规鉴定内容有形态特征和生理生化特征。
形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应等。
（2）BIOLOG碳源自动分析鉴定BIOLOG鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础，检测微生物的特征指纹图谱，建立与微生物种类相对应的数据库。
通过软件将待测微生物与数据库参比，得出鉴定结果。
该系统已获美国FDA认可，已逐步应用于食品和饮品企业、环保、海洋生物/水产品、制药、农业微生物、生物治理、化妆品、临床等领域的微生物鉴定试验中。
BIOLOG是一种微生物菌种快速鉴定系统，涉及革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌、厌氧菌、酵母、丝状真菌在内近2000种微生物。
（3）分子生物学鉴定应用分子生物学方法从遗传进化角度阐明微生物种群之间的分类学关系，是目前微生物分类学研究普遍采用的鉴定方法。
CICC拥有微生物菌种分类鉴定的分子生物学实验室，配有PCR仪、高速冷冻离心机、电泳仪、HPLC、凝胶成像系统、紫外控温分析系统等先进仪器设备，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析软件。
目前CICC可采用核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及丝状真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科学的鉴定结果。
（4）API细菌数值鉴定系统API鉴定系统涵盖15个鉴定系列，约有1000种生化反应，目前已可鉴定超过600种的细菌。
鉴定过程中，可根据细菌所属类群选择适当的生理生化鉴定系列，通过软件将待测细菌与数据库参比，得出鉴定结果。
CICC目前可应用API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列对乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）和相关细菌、芽孢杆菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、微球菌属（Micrococcus sp.）和库克菌属（Locuria sp.）进行鉴定。
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菌种鉴定手段
（1）常规鉴定
常规鉴定内容有形态特征和生理生化特征。
形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应等。
（2）BIOLOG碳源自动分析鉴定
BIOLOG鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础，检测微生物的特征指纹图谱，建立与微生物种类相对应的数据库。
通过软件将待测微生物与数据库参比，得出鉴定结果。
该系统已获美国FDA认可，已逐步应用于食品和饮品企业、环保、海洋生物/水产品、制药、农业微生物、生物治理、化妆品、临床等领域的微生物鉴定试验中。
BIOLOG是一种微生物菌种快速鉴定系统，涉及革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌、厌氧菌、酵母、丝状真菌在内近2000种微生物。
（3）分子生物学鉴定
应用分子生物学方法从遗传进化角度阐明微生物种群之间的分类学关系，是目前微生物分类学研究普遍采用的鉴定方法。
CICC拥有微生物菌种分类鉴定的分子生物学实验室，配有PCR仪、高速冷冻离心机、电泳仪、HPLC、凝胶成像系统、紫外控温分析系统等先进仪器设备，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析软件。
目前CICC可采用核酸序列分析法分析细菌16S rDNA/16S-23S rDNA区间序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及丝状真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科学的鉴定结果。
（4）API细菌数值鉴定系统
API鉴定系统涵盖15个鉴定系列，约有1000种生化反应，目前已可鉴定超过600种的细菌。
鉴定过程中，可根据细菌所属类群选择适当的生理生化鉴定系列，通过软件将待测细菌与数据库参比，得出鉴定结果。
CICC目前可应用API 50CH系列、API 20 E系列、API Staph系列对乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）和相关细菌、芽孢杆菌（Bacillus sp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、微球菌属（Micrococcus sp.）和库克菌属（Locuria sp.）进行鉴定。
（5）功能性分析及功能基因
CICC不断致力于工业微生物资源的功能及其功能基因研究，目前通过木聚糖酶、纤维素酶、葡萄糖异构酶、β-甘露聚糖酶等功能基因的克隆进行菌种产酶的功能性分析。
应用gyrA、atpD及pheS等看家基因于微生物菌种鉴定，在某些种、亚种、株间有较好的分辨效果。
（6）RAPD、SSCP技术
随着微生物菌种应用的进一步发展，在食品安全管理、生物产品出口认证、知识产权保护等行业需求日益增加，微生物菌种株水平的鉴别技术成为一个迫切需要解决的问题。
CICC采用随机扩增多态性DNA（Randomly amplified polymorphism DNA，RAPD）技术和单链构象多态性(Single Strand Conformation Polymorphism，SSCP）技术对微生物菌株进行鉴别。
如采用RAPD技术能够对同一菌种原始菌株与诱变菌株进行鉴别，对诱变菌株知识产权保护具有重要意义；采用SSCP技
术进行工业酒精酵母菌株的鉴别，此技术结合菌株发酵特性，在酒类生产的质量控制方面起到积极作用。
（7）TLC薄层层析
CICC将TLC薄层层析技术应用于微生物菌种鉴定，进行细菌、放线菌细胞壁化学组分分析（氨基酸、糖），作为划分属特征的重要鉴定技术手段，起到了良好的辅助作用。
（8）全细胞脂肪酸分析鉴定系统
采用Sherlock全自动细菌鉴定系统，通过对不同菌株的脂肪酸图谱进行分析，并与标准数据库进行比对，来鉴定细菌及酵母。
该技术是细菌或酵母种水平鉴定的有效手段之一。
（9）（G＋C）mol％及DNA/DNA杂交
CICC通过采用DU800核酸蛋白分析仪测定Tm值，从而得到微生物菌株的（G ＋C）mol％，并与模式菌株进行DNA/DNA同源性分析，该鉴定技术手段是多相鉴定的重要组成部分。
（10）实时荧光定量PCR
实时荧光定量PCR仪是特异性靶基因检测与定量的一体化系统，其将PCR热循环、荧光检测和各种应用分析软件结合在一起，可以动态观察PCR每一循环各反应管中PCR扩增产物逐渐增加的情况。
根据荧光强度确定PCR产物的定量法主要有荧光染料（SYBR Green I）法和荧光探针（Taqman probes）法。
与常规PCR相比，它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度更高等特点。
实时荧光定量PCR技术目前已得到广泛应用，包括基于相对定量分析的
基因表达分析，以标准曲线为基础的菌株绝对定量分析，定性的PCR扩增后核酸序列的SNP基因型分析，以及以阳性内对照为基础的阳性/阴性结果判定等。
（11）微生物菌群分析（DGGE）
DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)，即变性梯度凝胶电泳，是根据DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化，从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。
DGGE已广泛用于分析自然环境中细菌、蓝细菌、古菌、微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多样性。
这一技术能够提供群落中优势种类信息并同时分析多个样品，具有可重复和操作简单等特点，适合于调查种群的时空变化，并且可通过对条带的序列分析或与特异性探针杂交分析鉴定群落组成。
（12）微生物菌群分析（克隆文库构建）
当微生物菌群中含有不可培养或难培养菌种，且其丰度较低时，要全面解析菌群结构及多样性，只采用传统的平板分离或PCR-DGGE分析难以达到理想结果，这时可以结合构建16S rDNA 克隆文库的方法。
细菌16S rDNA扩增产物经0.8％的琼脂糖凝胶电泳，EB染色，在UV下显现，从胶上切取DNA条带，经纯化后，链接到pGEM®-T Easy 载体，并转化入大肠杆菌（Escherichia coli）。
待长出白色菌落后，挑选白色菌落进行菌落PCR-DGGE（16S rDNA V3）辅助筛选，得到特定菌群中的所有克隆菌，再经质粒提取，基因测序后，便可得到特定微生物菌群信息。
（13）细菌呼吸醌组分测定
细菌细胞膜上的呼吸醌有甲基萘醌（menaquinone，MK）和泛醌（ubiquinone，辅酶Q）。
对革兰氏阳性的放线菌而言，通常只含有甲基萘醌。
常用来分析呼吸
醌的方法有薄板层析法和高压液相色谱法等。
醌分子中的多烯侧链长度及氢饱和度对于细菌具有重要的分类学意义。
（14）细菌磷酸类脂分析
磷酸类脂（phospholipioides）属极性脂（polar lipid），与蛋白质、糖等构成细胞膜，对于物质运输、代谢及维持正常的渗透压都有重要作用。
不同属菌的磷酸类脂组分是不同的，它是鉴别属的重要特征之一，是化学分类项目中不可缺少的分类指征。
磷脂种类很多，对于放线菌而言，具有分类学意义的磷酸类脂有5种：磷脂酰乙醇胺（phosphatidyl ethanolamine，PE）、磷脂酰胆碱（phosphatidyl choline，PC）、磷脂酰甲基乙醇胺（phosphatidylmethyl ethanolamine，PME）、磷脂酰甘油（phosphatidy glycerol，PG）及GluNU （含葡萄糖胺未知结构的磷脂，phospholipid of unknown structure containing glucosamine）。