NCBI资源介绍及使用手册
ncbi使用指导

ncbi使用指导导言:NCBI(National Center for Biotechnology Information)是美国国家生物技术信息中心,是全球最大的生物信息学数据库。
NCBI提供了丰富的生物学资源,包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。
本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。
一、注册NCBI账号在使用NCBI之前,首先需要注册一个账号。
在NCBI官方网站()的主页上,点击右上角的“Sign In”按钮,并选择“Register for an NCBI account”。
根据提示提供相关信息,完成注册流程。
二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后,点击主页上的“Search”按钮,进入搜索页面。
2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符,如“BRCA1”。
3. 点击“Search”按钮进行搜索。
4. 在搜索结果中,选择您需要的基因序列,点击链接进入该基因的详细信息页面。
5. 在详细信息页面中,您可以获取该基因的序列信息,可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。
三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中,选择“PubMed”为搜索目标。
2. 输入您感兴趣的科学文献关键词,如“cancer treatment”。
3. 点击搜索按钮进行检索。
4. 在搜索结果中,选择您需要的文献,点击链接进入该文献的详细页面。
5. 在详细页面中,您可以阅读文章摘要,并根据需要下载全文或进行其他操作。
四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中,选择“Tools”进行工具选择。
2. 根据您的需求选择相应的工具,如“BLAST”进行序列比对分析。
3. 进入选择的工具页面后,按照提示上传或输入您的序列数据。
4. 设定参数并运行分析。
5. 分析完成后,您可以查看比对结果、序列保守性等信息,并进行进一步的分析和解释。
五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。
ncbi的使用方法

NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册作者:未知来源:中科院上海生命科学研究院生物信息中心时间:2006-12-27NCBI 资源介绍本文目录:NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介NCBI 站点地图NCBI癌症基因组研究NCBI-Coffee BreakNCBI-基因和疾病NCBI-UniGeneCluster of Orthologous Groups of proteins(COG)介绍Gene Expression Omnibus (GEO)介绍LocusLink介绍关于RefSeq:NCBI参考序列NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介介绍理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。
数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。
挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性,发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心(NCBI)的立法。
NCBI是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的,而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
它的使命包括四项任务:建立关于分子生物学,生物化学,和遗传学知识的存储和分析的自动系统实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的,先进方法的研究加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
NCBI资源介绍及使用手册

NCBI资源介绍及使用手册NCBI 资源介绍本文目录:NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介NCBI 站点地图NCBI癌症基因组研究NCBI-Coffee BreakNCBI-基因和疾病NCBI-UniGeneCluster of Orthologous Groups of proteins(COG)介绍Gene Expression Omnibus (GEO)介绍LocusLink介绍关于RefSeq:NCBI参考序列NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介介绍理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。
数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。
挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性,发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心(NCBI)的立法。
NCBI是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的,而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
它的使命包括四项任务:建立关于分子生物学,生物化学,和遗传学知识的存储和分析的自动系统实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的,先进方法的研究加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
NCBI使用教程

NCBI使用教程NCBI(National Center for Biotechnology Information)是一个提供生物信息学相关资源和服务的综合性数据库,为研究者和学生们提供了大量的生物学数据、文献和工具,对于研究生物学和相关领域的人来说是非常有价值的资源。
本文将向您介绍如何使用NCBI进行生物信息学的研究和学习。
在DNA/RNA seq页面,可以和浏览生物序列数据。
可以输入序列数据,通过BLAST程序进行序列比对和比对分析。
可以利用高级功能,如限定序列长度、物种、数据库等。
此外,在这个页面上,还可以进行FASTA格式序列的格式化处理,并获得一些特定的DNA/RNA序列数据。
在Gene页面,可以和浏览基因信息。
可以通过基因名、ID等关键字进行。
每个基因都有自己的页面,显示了其基本信息、结构、功能以及相关文献。
在页面底部还可以找到该基因的序列信息、同源基因和调控因子等信息。
在Protein页面,可以和浏览蛋白质信息。
可以输入蛋白质名、ID等关键字进行。
每个蛋白质也有自己的页面,显示了其基本信息、结构、功能等。
在页面底部还可以找到该蛋白质的序列信息、同源蛋白和结构域等信息。
在Nucleotide页面,可以和浏览核苷酸信息。
可以输入核苷酸序列、基因名等关键字进行。
每个核苷酸也有自己的页面,显示了其基本信息、序列、功能等。
在页面底部还可以找到该核苷酸的同源序列和CDS (Coding Sequence)等信息。
在NCBI的Tools页面,提供了许多有用的工具和资源。
如BLAST、序列比对工具、基因注释工具等。
可以根据自己的需要选择相应的工具来进行生物信息学分析和研究。
此外,NCBI还提供了一些教育和培训资源,如教程、视频和在线培训课程,可以帮助用户更好地使用NCBI的数据库和工具。
综上所述,NCBI是一个非常重要和有价值的生物信息学资源和工具,可以帮助生物学和相关领域的研究者和学生进行科研和学习。
一步一步教你使用NCBI大数据库资源

一步一步教你使用NCBI数据库资源随着ncbi数据库各种资源的涌现,NCBI已经成为科研工作者必不可少的资料查找,数据分析的工具。
那么NCBI数据如何使用,新手入门一步一步教你认识和使用NCBI数据库。
一综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information),即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库,其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外,NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前,NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能,而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接,其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1 NCBI最新进展1.1 PubMed搜索功能的增强去年,NCBI对PubMed进行了几项改进工作,改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中,搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合),并且增加了一个新的窗口,用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且,“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
现在,在PubMed数据库中进行文本搜索的同时还可以立即通过两个“内容传感器(content sensors)”进行分析。
ncbi使用指导

ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI(National Center for Biotechnology Information)是美国国家生物技术信息中心的缩写,是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院(NIH)建立,旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导:一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具,包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站:https:///2.在主页上,你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面,你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如,在基因序列数据库中,你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库(GenBank):提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库(Protein Database):提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库(Genome Database):提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库(PubMed):提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST(Basic Local Alignment Search Tool):用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez:用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break:用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时,请遵守相关的知识产权和版权规定。
一步一步教你使用NCBI数据库资源

一步一步教你使用NCBI数据库资源NCBI(National Center for Biotechnology Information)是一个提供生物医学和基因组学信息的在线数据库资源平台。
它提供了众多的数据库和工具,包括基因序列,蛋白质序列,文献数据库等。
下面将一步一步地介绍如何使用NCBI的数据库资源。
第一步:打开NCBI网站第二步:选择想要访问的数据库或工具NCBI提供了多个数据库和工具,根据自己的需要选择相应的链接。
一些常用的数据库和工具包括:- PubMed:PubMed是由NCBI提供的一个生物医学文献数据库,包含众多的科学论文和文章。
- GenBank:GenBank是一个存储DNA序列的数据库,包含了全球范围内的基因序列数据。
-BLAST:BLAST是一个用于序列比对和相似性序列的工具。
- Gene:Gene是一个存储基因信息的数据库,提供了基因功能、表达和序列等信息。
- Protein:Protein是一个存储蛋白质序列和功能信息的数据库。
- Structure:Structure是一个存储蛋白质三维结构信息的数据库。
-GEO:GEO是一个存储基因表达和调控数据的数据库。
第三步:使用数据库或工具进行查询根据选择的数据库或工具,进入相应的页面后,你可以使用框输入关键词进行查询。
例如,在PubMed中可以输入关键词来相关的科学论文。
在GenBank中,你可以输入基因名或序列来查找相应的DNA序列信息。
第四步:浏览结果并获取需要的信息第五步:导出或保存数据如果你想保存查询结果或将其用于后续分析,NCBI提供了导出和保存的选项。
可以将结果导出为文本文件或保存为特定的格式(如FASTA格式的基因序列)。
第六步:使用其他工具进行进一步分析NCBI还提供了各种分析工具,可以对查询结果进行进一步分析和处理。
例如,可以使用BLAST工具进行序列比对,找到与查询序列相似的序列。
总结:NCBI的数据库资源为生物医学和基因组学研究者提供了丰富的数据和工具。
ncbi使用指导

NCBI使用指导1. 什么是NCBINCBI(National Center for Biotechnology Information)是美国国家生物技术信息中心,是一个提供生物信息学相关服务的综合性数据库和资源平台。
NCBI的目标是收集、存储和分析全球生命科学研究数据,并为科学家和研究人员提供免费的访问和使用。
2. 注册和登录要使用NCBI提供的服务,首先需要注册一个账号。
在NCBI的官方网站上找到注册页面,填写相应的信息并创建账号。
注册成功后,可以使用注册邮箱和密码登录。
3. 常用功能介绍3.1 数据库搜索NCBI提供了多个数据库,包括PubMed、GenBank、BLAST等。
在首页可以看到这些数据库的链接。
通过点击相应的链接,可以进入对应数据库进行搜索。
3.1.1 PubMedPubMed是一个包含生命科学和医学文献的数据库。
在PubMed上可以搜索相关文献,并获取摘要或全文。
使用方法: - 在搜索框中输入关键词,点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击文章标题可以查看详细信息。
- 可以通过邮箱将文章发送给自己或他人。
3.1.2 GenBankGenBank是一个包含DNA序列和相关注释信息的数据库。
研究人员可以在GenBank中搜索并下载DNA序列。
使用方法: - 在搜索框中输入关键词,点击搜索按钮。
- 在搜索结果页面中可以按照时间、相关度等进行排序。
- 点击序列编号可以查看详细信息。
- 可以将序列下载到本地。
3.1.3 BLASTBLAST是一种用于比对DNA、RNA或蛋白质序列的工具,可以找到与输入序列相似的序列。
使用方法: - 在搜索框中输入待比对的序列。
- 选择相应的数据库和参数设置。
- 点击搜索按钮,等待比对结果。
3.2 数据上传与下载NCBI允许用户上传自己的数据,并提供了相应的工具和接口。
同时,用户也可以从NCBI下载他人共享的数据。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
NCBI资源介绍及使用手册NCBI资源介绍本文目录:NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介NCBI站点地图NCBI癌症基因组研究NCBI-Coffee BreakNCBI-基因和疾病NCBI-UniGeneCluster of Orthologous Groups of proteins(COG)介绍Gene Expression Omnibus (GEO)介绍LocusLink介绍关于RefSeq:NCBI参考序列NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介介绍理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。
数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。
挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性,发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心(NCBI)的立法。
NCBI是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的,而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
它的使命包括四项任务:建立关于分子生物学,生物化学,和遗传学知识的存储和分析的自动系统实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的,先进方法的研究加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的:基本研究NCBI有一个多学科的研究小组包括计算机科学家,分子生物学家,数学家,生物化学家,实验物理学家,和结构生物学家,集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。
这些研究者不仅仅在基础科学上做出重要贡献,而且往往成为应用研究活动产生新方法的源泉。
他们一起用数学和计算的方法研究在分子水平上的基本的生物医学问题。
这些问题包括基因的组织,序列的分析,和结构的预测。
目前研究计划的一些代表是:检测和分析基因组织,重复序列形式,蛋白domain和结构单元,建立人类基因组的基因图谱,HIV感染的动力学数学模型,数据库搜索中的序列错误影响的分析,开发新的数据库搜索和多重序列对齐算法,建立非冗余序列数据库,序列相似性的统计显著性评估的数学模型,和文本检索的矢量模型。
另外,NCBI研究者还坚持推动与NIH内部其他研究所及许多科学院和政府的研究实验室的合作。
数据库和软件在1992年10月,NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。
NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库(EMBL和DDBJ)交换数据建立起数据库。
同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。
GenBank是NIH遗传序列数据库,一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。
GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。
这三个组织每天交换数据。
GenBank以指数形式增长,核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。
最近,GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。
孟德尔人类遗传(OMIM),三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB),唯一人类基因序列集合(UniGene),人类基因组基因图谱,分类学浏览器,同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划(CGAP)。
Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列,定位,分类,和结构数据的搜索和检索系统。
Entrez 同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。
Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。
这些数据库包括核酸序列,蛋白序列,大分子结构,全基因组,和通过PubMed检索的MEDLINE。
Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列,结构,和参考文献的能力。
杂志文献通过PubMed 获得,PubMed是一个网络搜索界面,可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问,包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序,还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。
BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。
NCBI提供的附加的软件工具有:开放阅读框寻觅器(ORF Finder),电子PCR,和序列提交工具,Sequin和BankIt。
所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。
NCBI还有E-mail服务器,提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。
教育和训练NCBI通过赞助会议,研讨会,和系列演讲来培养在应用于分子生物学和遗传学的计算机领域的科学交流。
一个科学访问学者项目已经成立,来培养同外部科学家的合作。
作为NIH内部的部分研究项目,也提供博士后工作位置。
NCBI站点地图---关于Database的一般介绍GenBank Overview基本信息什么是GenBank?GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。
纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。
另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
增长统计 - 参见公布通知的2.2.6(每个分类的统计),2.2.7(每个物种的统计),2.2.8(GenBank 增长)小节。
公布通知,最新 - 最近和即将有的变化,GenBank的分类,数据增长统计,GenBank的引用。
公布通知,旧 - 同上相同,是过去公布的统计。
遗传密码 - 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
(向)GenBank提交(数据)关于提交序列数据,收到accession number,和对纪录作更新的一般信息。
BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
(请在提交前用VecScreen去除载体)Sequin - 提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。
可以独立使用,或者用基于TCP/IP的“network aware”模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
(请在提交前用VecScreen去除载体)ESTs - 表达序列标签,短的、单次(测序)阅读的c DNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE实验的c DNA序列。
GSSs - 基因组调查序列,短的、单次(测序)阅读的c DNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC 末端,及其他。
HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列,未完成的(阶段0,1,2)和完成的(阶段3)序列。
(注意:完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。
)STSs - 序列标签位点。
短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。
注:SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中(dbSNP)。
国际核苷酸序列数据库合作组织GenBank,DDBJ,EMBL - 合作计划的概述,并链接到相应的主页。
GenBank,DDBJ(DNA Data Bank of Japan),and EMBL (European Molecular Biology Laboratory)数据库共享的数据是每天都交换的,因此他们是相等的。
数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样,但是accession number,序列数据和注解都是一模一样的。
即,你可以用accession number U12345在GenBank,DDBJ或EMBL 中查找相应纪录,得到的结果是完全一样的序列数据,参考内容等等。
DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上,使得数据共享成为可能,包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录,以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
FTP GenBank and Daily Updates GenBank普通文件格式—参见GenBank记录样本和在GenBank 公布通知中的详细描述,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
ASN.1格式—摘要句法记号1,国际标准组织(ISO)数据表示格式,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
FASTA格式—定义行号后只跟随序列数据(示例),参见描述数据库的readme文件,包括nt.Z (每天更新的非冗余BLAST核酸数据库,包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列,但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列),nr.Z(每日更新的非冗余蛋白质),est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
分子数据库概览核酸序列Entrez核酸—用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录(在GenBank + PDB中)。
更多的关于Entrez的信息见下。
如果要检索大量数据,也可使用Batch Entrez(批量Entrez)。
RefSeq — NCBI数据库的参考序列。
校正的,非冗余集合,包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白,在将来,整个的染色体。
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。