甘蔗苯丙氨酸解氨酶基因_PAL_的克隆和表达分析
苯丙氨酸解氨酶_PAL_的研究进展_崔建东

食品工业科技
ScienceandTechnologyofFoodIndustry
综 述
苯丙氨酸解氨酶 (PAL)的研究进展
崔建东 , 李 艳 , 牟德华 (河北科技大学生物科学与工程学院 , 河北石家庄 050018)
苯丙氨酸解 氨酶 (Phenylalanineammonialyase, PAL, EC.4.3.1.5)广泛存在于各种植物和少数微生物 中 , 是植物体内次生代谢的关键酶和限速酶 , 在微生 物中可催化 L-苯丙氨酸脱氨生成肉桂酸和氨 。 纯化 后的 PAL可以用于治疗某些肿瘤 [ 1] , 监控苯丙酮尿 患者血浆中的苯丙氨酸含量 , 治疗苯丙酮尿患者[ 2] , 但其主要用途是催化反式肉桂酸转化合成 L-苯丙氨 酸 (L-phenylalanine, L-phe)。 L-phe是合成阿斯巴 甜 (aspartame, APM)的主要原料 , 随着 APM的全球 热销和反式肉桂酸生产成本的降低 , 利用 PAL转化 反式肉桂酸合成 L-phe的方法成为当前生物化工领 域研究的热点 。本文就 PAL的基本特点及近几年的 研究进展作简要介绍 , 重点介绍微生物 PAL的研究 进展 。
3 微生物 PAL研究
1966年 , Ogata等 [ 9] 在研究芳香族氨基酸的微生 物代谢时发现 , 红酵母属中的某些种能以 L-苯丙氨 酸为唯一碳 、氮源生长 , 并在培养基中积累肉桂酸 。 随后 , 该酶相继在其它微生物中被发现 , 主要有霉菌 与酵母菌 。包括[ 10] :链霉菌属 (Streptomyces)、枝孢霉 属 (Cladosporium)、粘 滑 菇 属 (Hebeloma)、鳞 伞 属 (Pholiola)、 鬼 伞 属 (Coprinus)、 共 头 霉 (Symcephalasilrum)、烟熏离褶伞属 (Lyophyllum)、内 孢霉 属 (Endomuces)、曲 霉属 (Asperhilllus)、地霉 属 (Geotricum)、 从 梗 孢 属 (Monilella)、 小 丛 壳 属 (Glomerella)、卵 孢酵母 属 (Oosporidium)、类酵 母属 (Saccharomycodes)、掷酵母属 (Sporidiobolus)。 目前 , 对微生物 PAL的研究主要集中在菌种选育以及提高 PAL活性和稳定性方面 。
植物香豆素生物合成途径及关键酶基因的研究现状

2022年第12期现代园艺香豆素类化合物是具有芳香气味的天然产物,通过植物酪氨酸衍生出苯丙烷内酯,从细菌次生代谢产物中鉴定出多种香豆素。
目前,在豆科等74科植物中发现香豆素类化合物,自然界发现香豆素具有抗病毒保护心脏等药理作用,影响多种植物的生长发育,具有调节根系微生物群落结构等作用。
根据化合物母核结构分为简单香豆素、异香豆素类等,在自然界中主要分布于菊科、瑞香科等植物中,香豆素类化合物具有光学活性用作荧光增白剂等,合成新型香豆素化合物应用前景广阔,香豆素生物合成主要细节处于探索阶段,本文综述香豆素植物体内相关功能,介绍关键酶基因研究进展,为后续研究提供理论参考。
1香豆素类化合物简介1.1香豆素类型香豆素是重要的有机杂环化合物,其衍生物具有多种生理学性质,如抗凝血作用等,某些香豆素衍生物具有抗HIV活性,有些在临床上作为口服抗凝血药广泛应用。
香豆素分子存在C=C双键及内酯结构,具有优异的光学性能,使其呈现荧光量子收率高等特点,是荧光传感器分子设计中的优秀候选荧光团,在医化生等领域广泛应用。
香豆素具有芬芳气味,可在饮料食品中作为芳香剂[1]。
天然香豆素类化合物主要存在于瑞香科、芸香科等高等植物中。
目前发现天然香豆素类化合物有近千种,可分为简单香豆素,吡喃香豆素等类型。
简单香豆素是在苯环上具有取代基香豆素,苯环上的C-6位电负荷性较高,含氧取代基多出现在C-6位上。
呋喃香豆素类结构中呋喃环是6位异戊烯基于7位羟基环合成,根据呋喃环与母体骈合位置分为线性与角型,常见线型有补骨脂素等[2]。
吡喃香豆素是6位异戊烯形成2,2-二甲基-a-吡喃环结构化合物,常见线型吡喃香豆素有独活中的花椒内酯,角型吡喃香豆素有白花前胡中的邪蒿内酯。
1.2香豆素化合物的功能香豆素是最简单的植物次生代谢物,细胞受损后释放,香豆素化合物具有抗病毒、抗HIV等多种药理作用[3]。
香豆素主要功能包括参与植物生长过程,香豆素可通过抑制水稻脱落酸分解代谢延迟种子萌发,可抑制超氧化合物歧化酶活性,破坏小麦糊粉层氧化还原稳态,可能在基因转录中起诱导因子作用,香豆素对许多杂草种子萌发具有较强抑制作用。
果蔬采后酶促褐变的机制及控制技术研究进展

果蔬采后酶促褐变的机制及控制技术研究进展作者:闵婷谢君郑梦林易阳王丽梅王宏勋来源:《江苏农业科学》2016年第01期摘要:果蔬因其富含维生素、有机酸,无机盐以及植物纤维等营养物质,越来越受消费者青睐。
然而果蔬在采后运输,贮藏和加工过程中极易发生褐变,不仅影响产品的外观、风味、营养,而且还大大降低贮藏加工性能,因此褐变一直是果蔬采后研究的热点。
本文从果蔬褐变的原因、酶促褐变的机制、果蔬褐变控制技术3个方面综述了果蔬采后酶促褐变研究进展。
关键词:果蔬;褐变;研究进展;酶;保鲜;控制技术中图分类号:TS255.3 文献标志码:A 文章编号:1002—1302(2016)01—0273—03许多新鲜果蔬在加工、物流及销售过程中造成的损伤,易使果蔬原有色泽发生改变,这种现象称为褐变。
目前,普遍认为引起果蔬褐变表现在两方面:酶促褐变和非酶促褐变。
酶促褐变是组织中的酚类物质在酶的作用下氧化成醌类,醌类聚合形成褐色物质从而导致组织变色;非酶促褐变是指由各种非酶原因引起的化学反应而造成的果肉或果皮的褐变。
果蔬产品的褐变,不仅影响其外观,而且严重影响其风味和营养价值,已经成为制约果蔬产业发展的“瓶颈”。
1果蔬褐变的原因果蔬褐变从本质上可分为两大类,即非酶促褐变和酶促褐变。
非酶促褐变是由各种非酶原因引起化学反应导致的褐变,包括焦糖化反应、美拉德反应、维生素c氧化分解、多元酚氧化缩合反应等。
酶促褐变是果蔬组织体内的酚类物质在酶的作用下氧化成醌类,醌类再聚合形成褐色物质,从而导致组织变色。
众多研究表明果蔬褐变以酶促褐变为主。
2果蔬酶促褐变的机制酶促褐变机制一直是科学工作者研究的热点,曾先后提出乙醛乙醇毒害学说、氧自由基假说、维生素C保护假说、酚-酚酶区域分布等学说,其中酚-酚酶区域分布学说最具说服力。
在植物组织细胞中,质膜形成天然的保护屏障,能保证膜内外物质交换顺利进行,酚类物质通常分布在组织细胞液泡内,而酚酶主要存在于各种质体或细胞质内。
甘蔗苯丙氨酸解氨酶基因(PAL)的克隆和表达分析

苯丙氨酸解氨酶基因 ( S c P A L ) ,是典型的 P AL家族成员,推测其参与了甘蔗抗黑穗病过程,且在甘蔗抗寒、抗旱
和抗盐胁迫过程也起 到某种 作用 。
关键词 :甘蔗 ;苯 丙氨酸解氨酶;基 因克 隆;表达分析
Cl o n i n g a n d E x p r e s s i o n An a l y s i s o f Su g a r c a n e
r e a l _ t i m e P C R分析表 明 P A L为组成型表达 ,在根 中的表达量最高 ,是叶 中表达量的 6 6 倍 。其在低温 ( 4 ℃) 、聚 乙二醇 ( P E G) 、N a C 1 和H 2 0 四种外源胁迫下均诱 导表 达,但表 达模 式不同。【 结论 】从 甘蔗 品种 R O C 2 2中克 隆获得
甘蔗苯丙氨酸解氨酶 基 因 ( )的克隆和表 达分析
宋修鹏 ,黄 杏 ,莫凤连 ,田丹丹 。 ,杨丽涛 ,李杨瑞 ,陈保善
( 广西 大 学农学 院/ 亚热带 农业 生物 资源 保护 与利 用 国家重 点实 验室 ,南 宁 5 3 0 0 0 4 : 中 国农业 科学 院甘 蔗研 究 中心 / 农 业部 广西 甘蔗 生物 技术 与 遗传 改 良重点 实验 室/ 广西农 业科 学院 甘蔗 研究 所/ 广 西甘 蔗遗 传 改 良重 点实 验室 , 南宁 5 3 0 0 0 7 ; 广 西 农业科 学 院生物 技 术研 究所 ,南 宁 5 3 0 0 0 7 )
N a n n i n g5 3 0 0 0 4 ; S u g a r c a n e R e s e a r c hC e n t e r , C h i n e s e A c a d e m yo f A g r i c u l t u r a l S c i e n c e s  ̄ K e yL a b o r a t o r yo f S u g a r c a n e B i o t e c h n o l o g y
棉花PAL_基因家族的全基因组鉴定及其在逆境胁迫下的表达分析

山西农业科学 2023,51(9):961-973Journal of Shanxi Agricultural Sciences棉花PAL 基因家族的全基因组鉴定及其在逆境胁迫下的表达分析王梓钰,古丽斯坦·赛米,刘隋赟昊,黄耿青,张经博,郭彦君(新疆师范大学 生命科学学院/新疆特殊环境物种保护与调控生物学实验室,新疆 乌鲁木齐 830054)摘要:苯丙氨酸解氨酶(Phenylalanine ammonia lyase ,PAL )是苯丙烷代谢的关键酶和限速酶,在植物的生长发育、抗病虫害和抗逆等方面发挥着重要作用。
研究在全基因组水平上对棉花PAL 基因家族进行了鉴定和分析,以了解棉花中PAL 的功能,为后续深入研究棉花PAL 功能提供一定参考。
结果表明,在陆地棉(Gossypium hir⁃sutum )、海岛棉(Gossypium barbadense )、草棉(Gossypium herbaceum )和雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii )中分别鉴定出15、13、7、8个PAL 基因。
进化分析结果显示,棉花PAL 基因家族可分为3个亚组。
保守基序和基因结构分析显示,亲缘关系近的PAL 基因之间的保守基序组成和基因结构也十分相似。
启动子分析显示,GhPAL 基因的启动子上存在多个与非生物和生物胁迫应答以及激素信号转导相关的顺式作用元件。
组织表达模式分析表明,GhPAL 基因主要在根、茎、花丝和胚珠中高表达。
转录组和qPCR 分析显示,部分GhPAL 基因的表达量在PEG 、盐、高温、低温和碱胁迫下显著提高,其中一些GhPAL 基因能够对多种非生物胁迫作出响应。
生物胁迫转录组数据显示,GhPAL1/GhPAL5/GhPAL13的表达在大丽轮枝菌处理条件下发生显著上调。
GhPAL 基因在逆境胁迫下的表达分析结果说明,PAL 基因可能在棉花应答逆境胁迫的过程中发挥一定的功能。
苯丙氨酸解氨酶(PAL)提取液

苯丙氨酸解氨酶(PAL)提取液简介:苯丙氨酸解氨酶(L-phenylalanine ammonia-lyase ,PAL)是催化直接脱掉L-苯丙氨酸上的氨而生成反式桂皮酸的酶。
该酶多存在于高等植物、酵母、菌类可溶性部分物质,是1961年J.Koukol 在大麦中发现的,推测其分子量约为30万,这是一个可把苯丙氨酸用于酚类化合物合成的酶。
在组织中的活性可随外界因素而发生显著变化,用光照、病伤害、植物激素处理等会使活性显著增加。
在多数情况下,在组织中活性增加时,酶发生失活作用,这时组织中具有活性酶的量很快就会减少,据认为这种失活是与类蛋白质物质作用有关。
Leagene 苯丙氨酸解氨酶(PAL)提取液主要用于裂解植物组织,提取样品中的苯丙氨酸解氨酶。
该试剂仅用于科研领域,不宜用于临床诊断或其他用途。
组成:自备材料:1、蒸馏水2、离心管或试管3、匀浆器或研钵4、低温离心机操作步骤(仅供参考):1、取植物组织清洗干净,切碎。
2、加入苯丙氨酸解氨酶(PAL)提取液,冰浴情况下充分捣碎或研磨。
3、离心,留取上清液。
4、冻存,用于苯丙氨酸解氨酶的检测或其他用途。
计算:组织或植物粗酶液获得率(ml)=上清液体积(ml)/组织或植物质量×100%注意事项:编号名称CS0366Storage 苯丙氨酸解氨酶(PAL)提取液500ml 4℃避光使用说明书1份1、待测样品中不能含有磷酸酶抑制剂,同时需避免反复冻融。
2、所测样本的值高于标准曲线的上限,应用苯丙氨酸解氨酶(PAL)提取液稀释样品后重新测定。
3、为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。
有效期:12个月有效。
相关:编号名称CC0007磷酸缓冲盐溶液(10×PBS,无钙镁)CS0001ACK红细胞裂解液(ACK Lysis Buffer)DC0032Masson三色染色液DF0135多聚甲醛溶液(4%PFA)NR0001DEPC处理水(0.1%)PS0013RIPA裂解液(强)TC1167尿素(Urea)检测试剂盒(脲酶波氏比色法)。
拟南芥苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因的研究进展

拟南芥苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因的研究进展孙海燕;全雪丽;付爽;吴松权【摘要】苯丙氨酸解氨酶(PAL)是催化苯丙烷代谢途径第1步反应的限速酶,广泛地参与植物生长发育过程中的各种生理活动.本文概述了拟南芥PAL基因的分子生物学和生理学研究进展,主要包括PAL基因的结构、表达特性、调控机制及其参与的植物生理学的意义,为进一步阐明PAL基因的功能提供参考依据.【期刊名称】《延边大学农学学报》【年(卷),期】2016(038)001【总页数】5页(P88-92)【关键词】拟南芥;苯丙氨酸解氨酶;表达;生理作用【作者】孙海燕;全雪丽;付爽;吴松权【作者单位】延边大学农学院,吉林延吉133002;延边大学农学院,吉林延吉133002;延边大学农学院,吉林延吉133002;延边大学农学院,吉林延吉133002【正文语种】中文【中图分类】Q943苯丙烷代谢途径是陆生植物生长和发育所必需的,是植物长期适应自然环境的结果[1-2]。
苯丙氨酸解氨酶(EC 4.3.1 5, PAL)催化L-苯丙氨酸(L-Phe)的非氧化脱氨基作用,生成肉桂酸,是生物合成苯丙烷类天然产物的第1步[3-4],也是第1个被鉴定的植物“防御基因”[5]。
也是苯丙烷类代谢途径中研究最多的酶[6]。
肉桂酸是植物生长、发育和环境适应所必需的各种苯丙烷类物质的合成起始物[7]。
苯丙烷类化合物是植物中大量酚类化合物的前体,包括木质素、黄酮类、异黄酮类、香豆素、芪类和水杨酸等,它们在维持植物结构、抵御紫外线、形成花青素和植保素、保持花粉活力、信号转导与交流等方面发挥着重要作用 [1,5,8]。
自1961年Koukol和Conn首次描述PAL以来,苯丙氨酸解氨酶得到了广泛的研究[9],它是控制苯丙烷途径生物合成去向的关键酶和限速酶[7,10]。
拟南芥是一种十字花科植物,广泛用于植物遗传学、发育生物学和分子生物学的研究,已成为一种典型的模式植物,该植物具有个体小、生长周期快、形态特征简单、生命力强、基因组小、遗传操作简单等优点[11-12]。
粉蕉PAL_家族基因的鉴定及其在逆境胁迫下的表达分析

江苏农业学报(JiangsuJ.ofAgr.Sci.)ꎬ2023ꎬ39(6):1286 ̄1293http://jsnyxb.jaas.ac.cn曾㊀坚ꎬ王舒婷ꎬ周洁薇ꎬ等.粉蕉PAL家族基因的鉴定及其在逆境胁迫下的表达分析[J].江苏农业学报ꎬ2023ꎬ39(6):1286 ̄1293.doi:10.3969/j.issn.1000 ̄4440.2023.06.003粉蕉PAL家族基因的鉴定及其在逆境胁迫下的表达分析曾㊀坚1ꎬ㊀王舒婷1ꎬ㊀周洁薇1ꎬ㊀胡㊀伟2ꎬ3ꎬ㊀曾力旺2ꎬ3(1.韶关学院广东省粤北食药资源利用与保护重点实验室/韶关学院英东生物与农业学院ꎬ广东韶关512005ꎻ2.中国热带农业科学院热带生物技术研究所ꎬ海南海口571101ꎻ3.中国热带农业科学院科技信息研究所ꎬ海南海口571101)收稿日期:2022 ̄12 ̄10基金项目:广东省基础与应用基础研究基金项目(2023A1515010336㊁2021A1515011236)ꎻ广东省普通高校重点领域专项(2022ZDZX4047)ꎻ韶关学院重点项目(SZ2022KJ05)ꎻ国家自然科学基金项目(31901537)ꎻ韶关学院博士启动项目(99000615)ꎻ国家级大学生创新创业训练计划项目(202310576009)作者简介:曾㊀坚(1987-)ꎬ男ꎬ湖南岳阳人ꎬ博士ꎬ副教授ꎬ研究方向为植物基因功能研究ꎮ(E ̄mail)zengjian@sgu.edu.cn通讯作者:曾力旺ꎬ(E ̄mail)zengliwang@163.com㊀㊀摘要:㊀苯丙氨酸解氨酶(PAL)在植物生长发育和对生物/非生物胁迫的响应中起着重要作用ꎬ因此有必要对香蕉中的PAL家族基因进行详细的研究ꎮ本研究从粉蕉基因组中鉴定出8个MaPAL基因ꎬ分别命名为MaPAL1~MaPAL8ꎬ在系统发育树中MaPAL6基因单独被分成一支ꎮ根据基因系统进化关系㊁蛋白质结构域和基因结构的分析ꎬ8个MaPAL基因属于PAL家族基因ꎮ转录组分析结果表明ꎬMaPAL基因参与了粉蕉的发育㊁成熟以及对生物/非生物胁迫的响应ꎮMaPAL4基因在所有果实发育和成熟阶段都表现出高表达ꎮMaPAL1和MaPAL7基因可能对非生物胁迫有响应ꎬMaPAL2和MaPAL8基因的表达在香蕉枯萎病菌4号生理小种(Foc4)侵染时被明显抑制ꎬ可能响应Foc4的侵染ꎮ和巴西蕉相比ꎬMaPAL基因在粉蕉中被低温和渗透胁迫诱导的程度要高ꎮ本研究结果为进一步研究香蕉PAL家族基因的功能提供了基础ꎬ也为香蕉遗传改良提供了潜在基因资源ꎮ关键词:㊀粉蕉ꎻPAL家族基因ꎻ非生物胁迫ꎻ生物胁迫中图分类号:㊀S668.1㊀㊀㊀文献标识码:㊀A㊀㊀㊀文章编号:㊀1000 ̄4440(2023)06 ̄1286 ̄08IdentificationofPALfamilygenesinPisangAwakandtheirexpressiona ̄nalysisunderstressconditionsZENGJian1ꎬ㊀WANGShu ̄ting1ꎬ㊀ZHOUJie ̄wei1ꎬ㊀HUWei2ꎬ3ꎬ㊀ZENGLi ̄wang2ꎬ3(1.GuangdongProvincialKeyLaboratoryofUtilizationandConservationofFoodandMedicinalResourcesinNorthernRegionꎬShaoguanUniversity/HenryFokCollegeofBiologyandAgricultureꎬShaoguanUniversityꎬShaoguan512005ꎬChinaꎻ2.InstituteofTropicalBioscienceandBiotechnologyꎬChineseA ̄cademyofTropicalAgriculturalSciencesꎬHaikou571101ꎬChinaꎻ3.InstituteofScientificandTechnicalInformationꎬChineseAcademyofTropicalAgricul ̄turalSciencesꎬHaikou571101ꎬChina)㊀㊀Abstract:㊀Phenylalanineammonia ̄lyase(PAL)playsanimportantroleinplantgrowthꎬdevelopmentandresponsetobiotic/abi ̄oticstresses.ThereforeꎬitisnecessarytoinvestigatePALfamilygenesinbanana.InthisstudyꎬeightMaPALgeneswereidentifiedfromthePisangAwakgenomeꎬwhichwerenamedasMaPAL1-MaPAL8.TheMaPAL6genewasindividuallydividedintoonebranch.Thephy ̄logeneticrelationshipꎬproteindomainandgenestructureanalysisshowedthateightMaPALgenesbelongedtoPALfamilygenes.Tran ̄scriptomicanalysisshowedthatMaPALgenewasinvolvedinthedevelopmentꎬmaturationandresponsetobiotic/abioticstresses.TheMaPAL4washighlyexpressedatfruitdevelopmentandmatu ̄rationstages.MaPAL1andMaPAL7mightrespondtoabioticstress.TheexpressionofMaPAL2andMaPAL8wassignificantlyinhibitedduringtheinfectionofFoc4ꎬwhichmayrespondtotheinfectionofFoc4.ComparedwithBrazilianbananaꎬMaPALgeneswerehighlyinducedbylowtemperatureandosmoticstressinPi ̄sangAwak.Theseresultsprovideabasisforfurtherstudyonthe6821functionofPALfamilygenesandpotentialgeneticresourcesforbananageneticimprovement.Keywords:㊀PisangAwakꎻPALfamilygenesꎻabioticstressꎻbioticstress㊀㊀苯丙氨酸解氨酶(PAL)是苯丙烷代谢途径中的关键酶ꎬPAL广泛存在于各种植物中[1]ꎬ能够将保守的L ̄苯丙氨酸转化为反式肉桂酸ꎮ在植物中ꎬ苯丙烷代谢途径是重要的次生代谢途径ꎬ它会影响植物中多种次级代谢产物合成ꎬ如类黄酮㊁木质素㊁花青素等ꎬ因此会参与植物的生长发育过程和响应多种非生物环境胁迫[2 ̄3]ꎮ此外ꎬPAL还是重要激素水杨酸合成途径的限速酶ꎬ因此ꎬPAL在植物的生物胁迫过程中也发挥着重要作用[4]ꎮ在植物中ꎬPAL通常是由小基因家族编码ꎬ最早从大麦中分离出了具有苯丙氨酸解氨酶活性的PAL[5]ꎮ目前已经在不同物种中鉴定到PAL家族基因ꎬ例如拟南芥[6]㊁水稻[7]㊁苹果[8]等ꎮPAL家族基因影响着植物的不同生长发育过程ꎬ如拟南芥中的PAL2和PAL4在种子中表达较高ꎬ而PAL1㊁PAL2和PAL4在茎中表达较高[1]ꎮ在苹果中ꎬPAL在果实发育的早期和成熟期高表达[8]ꎬ表明其可能影响着果实的发育过程和最终果实的品质ꎬ这和PAL影响类黄酮和花青素等次生代谢产物的合成和含量密切相关[3]ꎮPAL和木质素的合成密切相关ꎬ木质素对提高植株抵御干旱和病原菌侵染等逆境胁迫能力具有重要作用ꎬ在拟南芥中PAL能促进木质素的合成来增加细胞壁的厚度[6]ꎻ在小麦中ꎬTaPAL基因在根中的高表达可能提高了植株响应干旱胁迫的能力[9]ꎻ在感染不同病原菌后的玉米㊁小麦和水稻中ꎬPAL的表达水平都显著提高[10 ̄12]ꎮ因此ꎬPAL基因家族在植物的生长发育和逆境胁迫响应中都发挥不同的作用ꎮ香蕉(Musassp.)是热带地区广泛种植的水果ꎬ也是数百万人的重要粮食ꎮ大多数可食用栽培香蕉起源于种内或种间杂交的Musaacuminata和Musabalbisiana[13]ꎮ香蕉在生长过程中会遭受到香蕉枯萎病㊁低温㊁干旱等不同逆境的影响ꎬ对香蕉的产量和最终果实品质产生重要影响[14 ̄15]ꎮ而次级代谢产物影响着香蕉果实品质和抵抗不同逆境胁迫的能力ꎬ因此ꎬ研究香蕉中PAL家族基因种类和不同逆境处理下的表达情况具有重要意义ꎮ本研究拟从香蕉基因组中鉴定得到PAL家族基因ꎬ并研究它们的进化关系㊁基因结构和编码的蛋白质结构域ꎬ同时对其在不同器官㊁果实发育和成熟的不同阶段以及非生物/生物胁迫响应中的表达模式进行分析ꎬ以期为香蕉遗传改良提供基因资源ꎮ1㊀材料与方法1.1㊀材料和处理方法粉蕉(Musa.ABBgroupꎬPisangAwaksubgroup)是一种具有良好风味的优良香蕉品种ꎬ对逆境具有很好的适应性ꎮ将粉蕉苗种植在无菌土壤塑料盆中ꎬ在生长室中培养ꎬ培养条件为温度28ħꎬ相对湿度70%ꎬ光照周期16h/8hꎬ光合光子通量密度200μmol/(m2 s)ꎮ为了分析不同组织中PAL家族基因的表达ꎬ从5叶期幼苗中采集根和叶样本ꎻ为了分析果实发育过程中PAL家族基因的表达ꎬ采集开花后0d㊁20d和80d的果实ꎬ同时收集采收后3d和6d的果实ꎮ用300mmol/LNaCl或200mmol/L甘露醇连续灌溉香蕉幼苗(5叶期)7dꎬ分别作为盐胁迫处理和渗透胁迫处理ꎮ将5叶期香蕉幼苗置于4ħ生长室22h作为低温胁迫处理ꎮ采集处理后叶片样本(每个处理5g)进行非生物处理的PAL家族基因表达分析ꎮ将香蕉幼苗根部(5叶期)浸泡在每1ml含有1ˑ106个香蕉枯萎病菌4号生理小种(Foc4)分生孢子的孢子悬液中2hꎮ将香蕉幼苗根部(5叶期)浸入无菌蒸馏水中2h作为对照ꎮ所有接种植株移栽到无菌土壤塑料盆中ꎬ在生长室中培养ꎬ培养条件为:温度28ħꎬ相对湿度70%ꎬ光照周期16h/8hꎬ光合光子通量密度200μmol/(m2 s)ꎮ培养2d后ꎬ采集根系样品进行PAL家族基因表达分析ꎮ每个样本包含2个生物重复样本ꎮ1.2㊀香蕉PAL家族基因的鉴定及系统发育分析利用从PF00221中下载的HMMs模型ꎬ从香蕉A基因中搜索得到MaPAL基因序列ꎬ然后利用得到的MaPAL基因序列构建新的HMMs模型ꎬ利用新HMMs模型从基因组中搜索鉴定MaPAL基因ꎮ使用保守结构域数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/)和PFAM数据库(http://pfam.sanger.ac.uk/)来验证鉴定得到的MaPAL家族基因ꎮ利用下载得到的AtPAL和OsPAL基因编码的氨基酸序列ꎬ以MEGA ̄X中的MUSCLE方法进行序列比对ꎬ使用Neighbor ̄joining法构建系统发育树ꎬBootstrap值设置为1000ꎮ采用7821曾㊀坚等:粉蕉PAL家族基因的鉴定及其在逆境胁迫下的表达分析WolfPsort网站(https://wolfpsort.hgc.jp/)进行亚细胞定位预测ꎮ1.3㊀香蕉PAL家族基因结构及编码蛋白质特性㊀㊀通过ExPASy数据库(http://expasy.org/)对相对分子质量和等电点等理化性质进行预测ꎮ利用MEME软件和InterProScan数据库对蛋白结构域序列进行鉴定ꎮ采用GSDS数据库(http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)对基因结构进行分析ꎮ1.4㊀转录组分析RNA测序中的RNA提取㊁文库制备和测序等工作由美吉生物技术有限公司(中国上海)完成ꎮ进行RNA ̄seq分析样本的收集过程参考之前的研究[16]ꎮ每个样本包含2个生物重复序列ꎮ测序平台为IlluminaGAII(IlluminaꎬSanDiegoꎬCAꎬUSA)ꎮFASTX(http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/)和FastQC(https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/)用于删除接头序列和低质量序列ꎮ通过TophatV.2.0.10将粉蕉样本cleanread与香蕉基因组进行比对[17]ꎬ使用Cufflinks进行转录组组装[18]ꎮ基因的表达值使用FPKM值表示ꎮ使用DEGseq工具鉴定差异表达基因ꎮ2㊀结果2.1㊀MaPAL家族基因的鉴定根据MaPAL基因编码的蛋白质保守结构域构建HMM模型ꎬ总共从香蕉A基因组中鉴定到8个Ma ̄PAL基因ꎬ分别命名为MaPAL1~MaPAL8(表1)ꎮ香蕉MaPAL家族基因中MaPAL6编码的氨基酸序列最长ꎬ为782个氨基酸残基ꎬMaPAL7编码的氨基酸序列最短ꎬ为700个氨基酸残基ꎮMaPAL1~MaPAL8编码的蛋白质相对分子质量为7.596ˑ104~8.595ˑ104ꎬ等电点为5.76~6 23ꎬMaPAL2基因编码的蛋白质等电点最低ꎬMaPAL3基因编码的蛋白质等电点最高ꎮ亚细胞定位预测结果显示ꎬMaPAL1~MaPAL8编码的蛋白质都定位于细胞质内ꎮ为了研究香蕉MaPAL家族基因的进化关系ꎬ分别下载了拟南芥和水稻中的AtPAL和OsPAL家族基因编码的氨基酸序列(表1)ꎬ采用NJ法构建了系统发育树ꎮ结果如图1所示ꎬ所有PAL基因可以分成两类ꎬ除MaPAL6基因外ꎬ所有香蕉PAL基因和拟南芥及水稻的PAL基因聚在一起ꎬ而Ma ̄PAL6基因则单独成一支ꎬ说明MaPAL6基因和水稻㊁拟南芥PAL基因之间的同源性低ꎮ表1㊀MaPAL家族基因信息Table1㊀InformationofMaPALfamilygenes基因基因编号编码的蛋白质特性氨基酸数目相对分子质量等电点亚细胞定位MaPAL1Ma01_t04420.17127.711222ˑ1045.87细胞质MaPAL2Ma02_t00760.17117.682463ˑ1045.76细胞质MaPAL3Ma05_t03720.17097.688967ˑ1046.23细胞质MaPAL4Ma05_t20900.17117.693693ˑ1046.00细胞质MaPAL5Ma08_t14940.17097.691471ˑ1045.86细胞质MaPAL6Ma09_t15390.17828.595122ˑ1045.95细胞质MaPAL7Ma11_t14940.17007.596368ˑ1045.77细胞质MaPAL8Ma11_t21180.17137.703489ˑ1045.94细胞质OsPAL1LOC_Os02g41630.27027.549833ˑ1046.47细胞质OsPAL2LOC_Os02g41650.37197.775814ˑ1046.43细胞质OsPAL3LOC_Os02g41670.17147.658145ˑ1046.09细胞质OsPAL4LOC_Os02g41680.17147.698090ˑ1046.22细胞质OsPAL5LOC_Os04g43760.17087.603882ˑ1046.37细胞质OsPAL6LOC_Os04g43800.17157.693774ˑ1046.28细胞质OsPAL7LOC_Os05g35290.17177.669857ˑ1045.94细胞质OsPAL8LOC_Os11g48110.17017.550840ˑ1046.38细胞质OsPAL9LOC_Os12g33610.16817.360117ˑ1046.14细胞质AtPAL1AT2G37040.17257.872510ˑ1046.25细胞质AtPAL2AT3G53260.17177.785930ˑ1046.42细胞质AtPAL3AT5G04230.26987.667280ˑ1046.47细胞质AtPAL4AT3G10340.17077.691890ˑ1046.22细胞质8821江苏农业学报㊀2023年第39卷第6期2.2㊀MaPAL家族基因结构及编码蛋白质结构域分析㊀㊀为了研究香蕉MaPAL家族基因可能的功能和其结构差异ꎬ利用MEME数据库从MaPAL家族基因编码的蛋白质中鉴定到10个保守基序ꎬ并利用InterPro数据库对10个保守基序分别进行鉴定ꎬ结果(表2)显示ꎬMotif1~Motif10都含有结构域IPR001106ꎬ该结构域功能为芳香族氨基酸裂解酶ꎮ所有的MaPAL家族基因编码的蛋白质都呈现出类似的基序组成(图2)ꎬMaPAL6缺少Motif10ꎮ进一步对MaPAL家族基因的结构进行分析ꎬMaPAL6只有1个内含子ꎬ而其他7个基因包含2个内含子(图3)ꎮ蛋白质结构域和基因结构的分析结果表明ꎬ同一类有类似的基因结构ꎬ这也和系统发育树中Ma ̄PAL6基因单独成一类的结果一致ꎮ图1㊀香蕉㊁拟南芥和水稻的PAL家族基因系统进化树Fig.1㊀PhylogenetictreeofPALfamilygenesinPisangAwakꎬArabidopsisthalianaandrice表2㊀保守基序Motif1~Motif10的注释Table2㊀TheannotationofconserveddomainsMotif1-Motif10保守基序序列注释Motif1HEQDPLQKPKQDRYALRTSPQWLGPQIEVIRSSTKSIEREINSVNDNPLIIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)ꎻIPR008948(类L ̄天冬氨酸)Motif2PSNLSGGRNPSLDYGFKGAEIAMAAYCSELQFLANPVTNHVQSAEQHNQDIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)ꎻIPR008948(类L ̄天冬氨酸)Motif3LSAVFCEVMQGKPEFTDHLTHKLKHHPGQIEAAAIMEHILDGSSYMKMAIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)ꎻIPR008948(类L ̄天冬氨酸)Motif4DVSRNKALHGGNFQGTPIGVSMDNTRLALAAIGKLMFAQFSELVNDFYNNIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)ꎻIPR008948(类L ̄天冬氨酸)Motif5RINTLLQGYSGIRFEILEAMASLLNSGITPCLPLRGTITASGDLVPLSYIIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)ꎻIPR008948(类L ̄天冬氨酸)Motif6SSZWVMDSMTKGTDSYGVTTGFGATSHRRTKZGGALQKELIRFLNAGIFGIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)ꎻIPR008948(类L ̄天冬氨酸)Motif7FCEKDLITVVDREHVFSYIDDPCSSTYALMPKLRMVLVEHALNNGEKEKDIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)ꎻIPR008948(类L ̄天冬氨酸)Motif8VNSLGLISSRKTAEAVDILKLMSATYLVALCQAIDLRHLEENLKNAVKNTIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)ꎻIPR008948(类L ̄天冬氨酸)Motif9CRSYPLYRFVREELGTAYLTGEKVRSPGEEFDKVFAAINKGLLIDPLLECIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)ꎻIPR008948(类L ̄天冬氨酸)Motif10DPLNWAAAAEALTGSHLDEVKRMVEEFRQPLVRLEGATLKISQVIPR001106(芳香族氨基酸裂解酶)图2㊀MaPAL家族基因编码蛋白质的保守基序分布Fig.2㊀ConserveddomaindistributionofproteinsencodedbyMaPALfamilygenes2.3㊀粉蕉不同组织MaPAL家族基因的表达对MaPAL家族基因在粉蕉不同组织的表达情况进行分析ꎮ结果(图4)表明ꎬ除MaPAL5外ꎬ其他7个MaPAL基因在根中都高表达(FPKM>5)ꎻ在叶片中ꎬMaPAL1㊁MaPAL4㊁MaPAL6㊁MaPAL7这4个基因高表达ꎬ在果实中则只有MaPAL4高表达ꎮMa ̄PAL家族基因中只有MaPAL4基因在根㊁叶和果实中高表达ꎬ在根中高表达的MaPAL家族基因最多ꎮ9821曾㊀坚等:粉蕉PAL家族基因的鉴定及其在逆境胁迫下的表达分析图3㊀MaPAL家族基因的结构分析Fig.3㊀StructuralanalysisofMaPALfamilygenes图4㊀粉蕉不同组织MaPAL家族基因的表达分析Fig.4㊀ExpressionanalysisofMaPALfamilygenesinvarioustissuesofPisangAwak2.4㊀粉蕉果实不同发育阶段MaPAL家族基因的表达㊀㊀为研究MaPAL家族基因在果实发育阶段的功能ꎬ对该家族基因在粉蕉果实不同发育阶段中的表达情况进行了分析ꎮ如图5所示ꎬ在果实发育早期(花后0d和20d)ꎬ只有MaPAL3和MaPAL4基因呈现出高表达(FPKM>5)ꎻ在果实发育后期(花后80d㊁采收后3d㊁收获后6d)ꎬMaPAL4㊁MaPAL6㊁MaPAL8基因高表达ꎮMaPAL2和MaPAL5基因在果实发育后期没有表达ꎬ可能不参与该过程ꎻ而Ma ̄PAL4基因在果实发育的所有阶段都呈现出高表达ꎬ推测该基因可能在果实发育过程中发挥了作用ꎮ2.5㊀不同逆境下MaPAL家族基因的表达为研究MaPAL家族基因的功能ꎬ本研究分析了在不同逆境条件下该家族基因的表达情况ꎮ根据转录组数据ꎬ除了MaPAL5基因外ꎬ其他MaPAL家族基因在逆境下都有响应表达(图6)ꎮ在低温胁迫下ꎬ3个基因(MaPAL1㊁MaPAL4㊁MaPAL7)表现出上调ꎬMaPAL2基因表现出下调ꎻ在渗透胁迫下ꎬ4个基图5㊀粉蕉果实发育和成熟阶段的MaPAL基因表达分析Fig.5㊀ExpressionanalysisofMaPALgenesinthedevelopmentandmaturationstagesofPisangAwak因(MaPAL1㊁MaPAL3㊁MaPAL4㊁MaPAL7)表现出上调ꎬ没有基因呈现出下调ꎻ在盐胁迫下ꎬ2个基因(MaPAL1和MaPAL7)表现出上调ꎬ没有基因呈现出下调ꎻ在Foc4侵染下ꎬ2个基因(MaPAL2和MaPAL8)表现出下调ꎬ没有基因呈现出上调ꎮ在这些响应的MaPAL家族基因中ꎬMaPAL1和MaPAL7基因在3种非生物胁迫下都表现出上调ꎬMaPAL4基因在低温和渗透胁迫下都表现出上调ꎬ表明这3个MaPAL基因在粉蕉的非生物胁迫响应中发挥了作用ꎮ在低温和渗透胁迫下ꎬ粉蕉中的MaPAL基因相比巴西蕉明显受到更显著的诱导[19]ꎬ表明此时MaPAL基因在粉蕉中受诱导的程度更高ꎮ3㊀讨论香蕉是一种重要的热带和亚热带水果和粮食作物ꎬ在全球130多个国家都有栽培[20 ̄24]ꎮ与其他作物相比ꎬ香蕉的研究进展较慢[25]ꎮ次生代谢物在植物的生长发育和生物/非生物胁迫的响应中起着重0921江苏农业学报㊀2023年第39卷第6期Foc4:香蕉枯萎病菌4号生理小种ꎮ图6㊀不同逆境下粉蕉和巴西蕉中MaPAL基因表达分析Fig.6㊀ExpressionanalysisofMaPALgenesinPisangAwakandBrazibananaunderdifferentstresses要作用[26]ꎮ而PAL是苯丙烷代谢途径的限速酶ꎬ也影响着木质素㊁类黄酮㊁花青素等多种重要次级代谢物的合成[2 ̄3]ꎮ本研究从香蕉基因组中鉴定出8个PAL基因ꎬ根据系统发育关系将香蕉MaPAL家族基因分为两大类ꎮMaPAL基因结构及其编码蛋白质的保守结构域也证明了这些基因属于PAL家族基因ꎮMaPAL家族基因编码的氨基酸序列中都含有Motif5ꎬMotif5中包含高度保守的亚甲基咪唑酮结构(Ala ̄Gly ̄SerꎬMIO)ꎮ在遗传进化关系上ꎬMaPAL6基因被单独分为一个亚类ꎬ这个结果也和其他研究结果[27]相一致ꎮ蛋白质保守结构域和基因结构的分析也验证了香蕉MaPAL家族基因的鉴定和分组ꎮ在拟南芥和水稻中的PAL基因数量分别是4个和9个[28]ꎬ在香蕉中的数量是8个ꎬ这表明PAL蛋白属于小基因家族基因编码的蛋白质ꎮ香蕉果实的品质很大程度上取决于它的发育和成熟过程[13]ꎮ次级代谢物的生产和含量对果实的成熟和品质具有重要影响ꎬPAL对花青素和类黄酮等物质的生物合成起着关键作用ꎬPAL在苹果和葡萄中都和果实的发育密切相关[8]ꎮ在本研究中ꎬ不同MaPAL基因在不同的果实发育阶段表现出不同的表达模式ꎬ如MaPAL3和MaPAL4基因只在果实发育早期表现出高表达ꎬ而MaPAL4基因则在果实发育的所有阶段都呈现出高表达ꎬ表明这些基因在果实发育和成熟过程中可能起着重要作用ꎮ在巴西蕉中ꎬMaPAL4基因也在果实发育的所有阶段都呈现出高表达ꎬ但几乎所有MaPAL基因(除MaPAL1外)在花后0~20d都表现出高表达[19]ꎬ这表明不同香蕉品种中的MaPAL基因在果实发育阶段可能具有不同的功能ꎮ香蕉对枯萎病菌㊁盐㊁干旱或寒冷等胁迫因素敏感ꎬ容易造成产量的减少和果实品质的降低[14 ̄15]ꎮ类黄酮和花青素等物质能够清除活性氧ꎬ提高植物的抗氧化能力ꎬ而PAL基因和类黄酮和花青素等物质的合成相关ꎮ因此植物在遭受逆境威胁时ꎬPAL基因的表达往往发生变化ꎮ如黄瓜和番茄中的PAL基因在非生物逆境胁迫时被诱导ꎬ表达水平提高[29 ̄30]ꎮ本研究也发现MaPAL基因表达受到非生物胁迫诱导或抑制ꎬ其中MaPAL1和MaPAL72个基因在低温㊁渗透㊁盐胁迫中都被显著诱导ꎬ表明Ma ̄PAL基因可能在香蕉对非生物胁迫的响应中起着重要的作用ꎮ但不同香蕉品种中的PAL基因对非生物胁迫的响应可能存在差异ꎮ例如ꎬ杨会晓等[19]发现巴西蕉中PAL基因的表达也会受到非生物逆境胁迫的诱导ꎮ比较了粉蕉和巴西蕉中受非生物胁迫诱导的PAL基因情况后发现ꎬ两个品种中受到显著诱导的PAL基因数目基本相同ꎬ然而在粉蕉中ꎬ受到低温和渗透胁迫诱导的PAL基因的表达水平要高于巴西蕉ꎮ有研究结果表明ꎬ粉蕉在非生物逆境胁迫下的耐受性比巴西蕉更强[25]ꎮ这些结果表明粉蕉中的PAL基因显著受非生物逆境胁迫诱导可能与其较强的非生物胁迫抗性有关ꎮ香蕉的抗病性也是一个非常重要的农艺性状ꎬ特别是香蕉枯萎病严重影响着香蕉的产量和品质ꎮ在拟南芥中ꎬpal突1921曾㊀坚等:粉蕉PAL家族基因的鉴定及其在逆境胁迫下的表达分析变体表现出对香蕉枯萎病易感[31]ꎮ粉蕉作为重要的香蕉品种也易受到枯萎病的影响[16]ꎮ在本研究中ꎬMaPAL2和MaPAL8基因的表达显著受到Foc4侵染的抑制ꎬ表明这2个基因可能参与了响应Foc4侵染过程ꎮ有研究结果表明ꎬ酚类物质参与了植物对病菌侵染的抵抗过程ꎬ可以通过抑制PAL基因的表达来减少次生代谢物的产生ꎬ提高植物抵抗病菌侵染的能力[32]ꎬ这也说明MaPAL基因可能在香蕉抗枯萎病中也发挥着作用ꎮ4㊀结论本研究从香蕉基因组中鉴定到8个PAL基因ꎬ并对它们的系统进化关系㊁基因结构㊁编码的蛋白质结构域进行了分析ꎮ表达分析结果显示ꎬMaPAL基因参与香蕉的发育㊁成熟和对生物/非生物胁迫的响应ꎮ本研究结果表明ꎬMaPAL4基因在所有果实发育和成熟阶段都表现出高表达ꎮMaPAL1和Ma ̄PAL7基因可能对非生物胁迫响应ꎬMaPAL2和Ma ̄PAL8基因在Foc4侵染时表达被明显抑制ꎬ可能响应Foc4病菌的侵染ꎮ和巴西蕉相比ꎬMaPAL基因在粉蕉中被低温和渗透胁迫诱导的水平更高ꎮ参考文献:[1]㊀FRASERCMꎬCHAPPLEC.ThephenylpropanoidpathwayinAr ̄abidopsis[J].TheArabidopsisBookꎬ2011(9):e0152. 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中国农业科学 2013,46(14):2856-2868 Scientia Agricultura Sinicadoi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2013.14.002甘蔗苯丙氨酸解氨酶基因(PAL)的克隆和表达分析宋修鹏 ,黄 杏 ,莫凤连 ,田丹丹 ,杨丽涛1 2 1 3 1,2,李杨瑞1,2,陈保善1(1 广西大学农学院/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,南宁 530004;2 中国农业科学院甘蔗研究中心/农业部广西甘蔗生物技术与 遗传改良重点实验室/广西农业科学院甘蔗研究所/广西甘蔗遗传改良重点实验室,南宁 530007;3 广西农业科学院生物技术研究所,南宁 530007)摘要: 【目的】克隆甘蔗的苯丙氨酸解氨酶基因(PAL) ,分析其序列特征及其在不同组织和 5 种胁迫条件下 的表达情况,为此基因在甘蔗抗逆育种中的应用提供理论支撑。
【方法】利用串联飞行时间质谱仪对差异表达蛋白 质进行质谱鉴定分析,通过 RT-PCR 和 RACE 技术从甘蔗品种新台糖 22 号(ROC22)中克隆 PAL,以生物信息学方 法对其序列进行预测分析,利用 real-time PCR 分析 PAL 在不同组织和不同胁迫条件下的表达特性。
【结果】克隆 获得甘蔗 PAL,命名为 ScPAL,GenBank 登录号为 KC172559。
该 cDNA 全长 2 590 bp,含有 1 个 2 115 bp 的完整 开放阅读框(ORF) ,编码 704 个氨基酸。
序列分析表明,其包含典型的 PAL 酶活性中心序列(GTITASGDLVPLSYIA) , 与其它植物的 PAL 蛋白有很高的相似性。
系统进化树分析显示,甘蔗 ScPAL 与高粱的 PAL 蛋白亲缘关系较近。
real-time PCR 分析表明 PAL 为组成型表达,在根中的表达量最高,是叶中表达量的 66 倍。
其在低温(4℃) 、聚 乙二醇(PEG) 、NaCl 和 H2O2 四种外源胁迫下均诱导表达,但表达模式不同。
【结论】从甘蔗品种 ROC22 中克隆获得 苯丙氨酸解氨酶基因(ScPAL) ,是典型的 PAL 家族成员,推测其参与了甘蔗抗黑穗病过程,且在甘蔗抗寒、抗旱 和抗盐胁迫过程也起到某种作用。
关键词:甘蔗;苯丙氨酸解氨酶;基因克隆;表达分析Cloning and Expression Analysis of Sugarcane Phenylalanin Ammonia-lyase (PAL) GeneSONG Xiu-peng1, HUANG Xing2, MO Feng-lian1, TIAN Dan-dan3, YANG Li-tao1,2, LI Yang-rui1,2, CHEN Bao-shan1(1College of Agriculture, Guangxi University/State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-Bioresources, Nanning 530004; 2Sugarcane Research Center, Chinese Academy of Agricultural Sciences/Key Laboratory of Sugarcane Biotechnology and Genetic Improvement (Guangxi), Ministry of Agriculture/Sugarcane Research Institute, Guangxi Academy of Agricultural Sciences / Guangxi Key Laboratory of Sugarcane Genetic Improvement, Nanning 530007; 3Biotechnology Research Institute, Guangxi Academy of Agriculture Sciences, Nanning 530007)Abstract: 【Objective】The aim of this study was to clone full-length cDNA of sugarcane phenylalanin ammonia-lyase (PAL) gene (ScPAL), a key enzyme gene related to phenylpropanoid metabolism in sugarcane, investigate its sequence characteristics, analyze its expressions in different organs and under five different stress conditions, thus providing a theoretical support for using this gene in sugarcane stress tolerance breeding. 【Method】 The differentially expressed protein was identified by MALDI TOF/TOF and analyzed using Applied Biosystems GPS Explorer software with Mascot analysis against the NCBI and Uniprot database using a combined peptide mass fingerprint and MS/MS search, then the full sequence of ScPAL was cloned from sugarcane variety ROC22 using RT-PCR and RACE techniques. The bioinformatics method was used to analyze the putative amino acid收稿日期:2013-03-05;接受日期:2013-05-15 基金项目:国家“863”计划课题(2013AA102604) 、国家国际合作项目(2013DFA31600)、广西科学研究与技术开发计划项目(桂科产 1123008-1, 桂科攻 1222009) 、自治区主席科技资金项目(11166-02) 联系方式:宋修鹏,E-mail:xiupengsong@。
通信作者杨丽涛,E-mail:liyr@14 期宋修鹏等:甘蔗苯丙氨酸解氨酶基因(PAL)的克隆和表达分析2857sequence, and real-time PCR method was used to analyze the expression of ScPAL in different tissues and under different stresses. 【Result】 The full-length cDNA of ScPAL (GenBank accession number: KC172559) in sugarcane was cloned. The sequence consists of 2590 bp with an intact open reading frame of 2115 bp, encoding a polypeptide of 704 amino acids. Sequence analysis showed that it contains the typical PAL enzyme active site sequence (GTITASGDLVPLSYIA). Homology analysis showed that the deduced ScPAL protein was highly homologous to other PAL proteins from different species. Phylogenetic tree analysis indicated that ScPAL was very closely related to PAL of sorghum. Real-time PCR results showed that the ScPAL expressed in root, stalk and leaf, respectively, and its expression was different among three organs. The mRNA of ScPAL in root was the highest among three organs and was about sixty-six times higher than that in leaf. Furthermore, ScPAL transcription level was induced under the treatment of low temperature, PEG, NaCl and H2O2 stresses, but the expression patterns were different. 【Conclusion】 The gene ScPAL which was firstly cloned and characterized from sugarcane (ROC22) is a member of PAL family typically. The results of study indicated that it participated in sugarcane resistance to smut, also played a role in the sugarcane resistance to chilling, drought and salt stress processes. Key words: sugarcane; PAL; gene cloning; expression analysis0[1]引言【研究意义】甘蔗是中国主要的糖料和能源作黑穗病的甘蔗品种产生高的 PAL 活性且不积累自由 羟基肉桂酸。
龚得明等[28]研究不同抗性甘蔗品种受黑 穗病侵染后蔗芽中苯丙烷类代谢变化, 发现抗性品种 PAL 上升幅度和持续时间明显高于感病品种。