蛋白抗原表位预测及抗原多肽设计
蛋白抗原表位预测及抗原多肽设计
利用在线软件BepiPred 1.0 Server（http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred/）从蛋白序列直接预测抗原表位
还有其他在线预测网站
/Links.htm
/Tools/index.html 进Antigenic Peptide Prediction 用tools
/Tools/antigenic.pl 把氨基酸序列粘贴进去，就可以直接得出预测结果
抗原多肽选择的基本原则
1、尽可能是在蛋白表面
2、保证该段序列不形成α-helix
3、N,C端的肽段比中间的肽段更好
4、避免蛋白内部重复或接近重复段的序列
5、避免同源性太强的肽段
6、交联可以交联在N，C两端，选择依据就是交联在对产生抗体不太重要的一端
7、序列中不能有太多的Pro,但有一两个Pro有好处，可以使肽链结构相对稳定一些，对产生特异性抗体有益。
抗原多肽设计的基本原则
为了使生产抗体获得最佳效果，仔细地设计抗原多肽是很有必要的，设计应满足一个基本条件：在免疫过程中，该抗原既不会产生过强的免疫反应，同时又能产生出对感兴趣的蛋白有结合能力的抗体。尽管抗原设计是一个很复杂的课题，有诸多需要注意的细节，已超过了我们所能提供的范围，根据我们所积累的经验，有几点关键的基本设计原则可以提供给大家参考：
1、确定抗体的用途（应用）新开展一个研究项目，弄清楚所感兴趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的，特别是如果知道蛋白的结构会对选择抗体易于接触和识别的识别区域有很大的帮助。然而，在没有这样精确的结构信息（多数是这种情况）的情况下，了解研究的用途（应用）会影响多肽设计的策略。例如：如果研究重点是集中在蛋白的不同区域，如C端或N端，或在一种特定状态下的蛋白，如磷酸化等，那么按照所需序列设计的多肽和产生的相应的抗体在应用上应该没有太大的困难，然而，蛋白的构象将影响抗体与其识别区域之间的相互作用。这种情况下可能存在的问题是如果在折叠的蛋白中，该识别区域被藏在蛋白的内部，抗体将无法接触到该区域。（无法产生相互作用）。
2、识别区域的选择原则一般说来最理想的抗原性识别区域应具备亲水、位于蛋白表面和结构上易变形性等特点。因为在大多数的天然（自然）环境中，亲水区域倾向于集中在蛋白表面，而疏水区域常常被包裹在蛋白内部，同样道理，抗体只能与在蛋白表面发现的识别区域相互作用，而当这些识别区域有足够的结构易变形性而转移到抗体可接触的位置时，将会与抗体间有很高的亲和性。
3、连续的与不连续的识别区域连续的区域是指由连续的氨基酸序列（残基）构成的识别区域。大多数抗体是针对连续识别区域的，抗体能与这类区域以很高的亲和力相结合表明这段序列不在蛋白内部。不连续的识别区域是代表有一定折叠的一段多肽序列，或是将两段分离开的多肽连在一起的抗体的识别区域。在某些情况下，针对这样不连续识别区域的抗体也能产生，只是用来免疫的抗原多肽必须具备与该不连续识别区域相似的二级结构，而序列的长度需要符合相关的要求。
4、基本建议为了避免识别区域隐藏在蛋白内部的风险，我们通常建议选择蛋白的N，C两端来产生的相应的抗体。因为在完整的蛋白中，N，C两端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太强，不适合作为抗原。
5、序列的长度通常我们建议抗原多肽的序列长度在8-20个氨基酸残基之间，如果太短，就有多肽太特殊、所产生的抗体与天然蛋白之间的亲和力（结合能力）不够强的风险，同样，如果序列长度超过20，将有可能引入二级结构，所产生的抗体失去特异性的可能，而且肽链越长，通常合成难度增大，不易获得高纯度的产品。
6、载体蛋白交联的选择
基本原则：将载体蛋白加在远离抗体识别区域的一端，在序列中没有Cys的情况下在N或C端加上Cys为交联的首选方法。
7、常用分析软件 MacVecfor TM ;DNA star TM;PC-Gene TM
利用DNAStar软件预测热带无爪螨主要致敏原Blo t 5的抗原表位
利用DNAStar软件预测热带无爪螨主要致敏原Blo t 5的抗原表位
王晓哲;肖正泮;韦双双;王大勇;裴业春
【摘 要】利用DNAStar Protean软件对热带无爪螨主要致敏原Blo t 5的二级结构和表面特性进行分析,如理化性质、亲水性、表面可及性、可塑性等,预测Blo t5蛋白的B抗原表位和T抗原表位.实验结果表明,Blo t5蛋白的二级结构以α螺旋为主,存在6个潜在的B抗原表位位点,可能的B抗原表位区域有:18-31,39-48,56-77,86-101,105-112,117-133氨基酸残基或其附近.含有7个潜在的T细胞抗原表位区域:32-37,40-44,57-65,70-79,86-95,100-104,115-120氨基酸残基或其附近.笔者应用Protean软件预测了热带无爪螨主要致敏原Blot 5的抗原表位,为进一步研究Blot 5致敏原的结构与功能,研制针对热带螨的预防性和治疗性疫苗、开发相应的诊断试剂盒奠定了基础.%The secondary structure and surface properties
of Blot 5 allergen from Blomia tropicalis,such as physical and chemical
characters,hydrophilicity,surface probability,flexible regions and
antigenicity,were analyzed by using the DNAStar Protean software to
predict B-cell and T-cell epitopes of Blot.5.The secondary structure of Blot
5 was rich in alpha helix,and the Blo t 5 contained six potential B cell
蛋白质和多肽类药物的免疫原性预测模型综述
治疗性蛋白免疫原性预测的临床前模型
摘要：治疗性蛋白都有潜在的免疫原性。针对这些药物的抗体的形成会减弱药效，导致治疗
费用的大幅增加，及在极少数情况下发生的严重甚至有时威胁生命的副作用。因此，人们付
出了许多努力研发免疫原性最小化的治疗性蛋白。正因如此，早期药物研发过程中候选药物
的免疫原性预测是必不可少的。多种计算机模型、体外模型、体内模型被用于预测药物导致
的免疫原性，通过调整潜在的免疫原性来继续进行预期低免疫原性的候选药物的研发。尽管
这些预测模型被广泛使用，但是他们的实际预测价值各不相同。这种不确定性的重要原因是
治疗性蛋白免疫原性背后的免疫机制理论知识的限制或匮乏、不同预测模型探究不同的免疫
系统组分以及完整的临床验证的缺乏。在本篇综述中，我们讨论目前使用的预测模型，概括
总结各模型的价值和不足。
关键词：免疫原性；预测模型；治疗性蛋白。 前言
治疗性蛋白在治疗多种危及生命的疾病如多发性硬化症、糖尿病、慢性肾衰竭和各种癌
症方面是非常成功的。与小分子药物相比，他们不具有由有害代谢物或拖把效应导致的固有
毒性。其主要的副作用是由过高的药效学作用导致的。由于治疗性蛋白的成功和多功能性，
其成为发展最快的一类药物，并占据了三分之一的药物市场。
免疫原性是治疗性蛋白的主要关注点之一。几乎所有的治疗性蛋白都能诱导产生抗药抗
体，其能干扰药物疗效，改变药动学和药效学或者诱发严重的有时危及生命的副作用。治疗
性蛋白免疫原性的潜在风险在2002年左右受到公众注意，当时使用治疗时报道形成与内源
性促红细胞生成素有交叉反应的患者数目增加。结果红细胞的生成受到抑制，输血对患者存
活至关重要。除了患者安全的明显风险外，免疫原性也导致了经济负担。
为了最小化由抗药抗体的形成导致的副作用，在药物开发过程中治疗性蛋白免疫原性评
估是关键的。通过在早期阶段鉴别免疫原性，并随后改变这些特性，使对患者的免疫原性最
小化。现已有许多努力在计算机模拟、体外或体内模型得到发展来预测治疗性蛋白的免疫原
t细胞识别的抗原表位
t细胞识别的抗原表位
T细胞表位细胞识别是免疫检验必不可少的一项，检验人员都应该了解的，医学教育网整理了相关内容，希望能够帮到大家。
T细胞表位供T细胞识别诱导产生细胞介导免疫，而B细胞不能识别的表位。T细胞的抗原受体露出膜外部分较少，不能象抗体分子那样结合游离的抗原，只能识别由抗原递呈细胞递呈的与MHC结合的表位。所以被T细胞识别的抗原必须事先经过一定的处理，从蛋白质降解为多肽，再与MHC分子结合。医/学教育网搜集整理因为构象表位在蛋白质降解时会遭到破坏，无法被T细胞识别，所以T细胞表位主要是顺序表位，也不一定位于分子表面。象抗体分子一样，T细胞也可以由共同抗原引起交叉反应，但总不如与原诱导抗原的结合那么有效。
T细胞表位可以诱导细胞免疫应答，作为细胞毒性T细胞攻击的靶子，同时对诱导抗体应答也是必需的；因为B细胞的活化需要活化T细胞的辅助，而T细胞活化必须由T细胞表位来启动。由此看来，每个抗原分子必须至少有一个T细胞表位，才能使抗原具有免疫原性。只具有B细胞表位的分子可以作为抗体的靶子，但本身不能诱导抗体应答。只有少数分子可能例外。
猪传染性胃肠炎病毒S蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测
猪传染性胃肠炎病毒S蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测
高传庆;王可;黄庆华;韩虹
【摘 要】以TGEV(猪传染性胃肠炎病毒)基因组序列为基础,运用Gamier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测其S蛋白的二级结构,运用Kyte-Doolittle方法对S蛋白的亲水性进行分析,并分别运用Jameson-wolf方法和Kmlrd方法预测了其抗原指数和表面可及性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测了其B细胞抗原表位.结果显示,а螺旋数量少且分散,p折叠占据面积较大,柔性区域主要集中在N端第22～30、45～76、100～172、239～301、348～419、451～519、541～633、645～720、746～796、822～887、921～986、1052～1201、1239～1384、1434～1445区段.S蛋白可能的B细胞抗原位点是N端第20～32、44～54、69～78、97～106、635～655、781～803、949～994、1307～1 328、1 346～1 362、1 432～1 448区段,这些区段内部或附近都有柔性区域存在,可作为S蛋白的抗原优势表位.
【期刊名称】《山东农业科学》
【年(卷),期】2010(000)012
【总页数】5页(P6-10)
【关键词】猪传染性胃肠炎病毒;S蛋白;二级结构;B细胞抗原表位
【作 者】高传庆;王可;黄庆华;韩虹 【作者单位】滨州市畜牧兽医局,山东,滨州,256600;山东省农业科学院畜牧兽医研究所,山东,济南,250100;山东省农业科学院畜牧兽医研究所,山东,济南,250100;山东省农业科学院畜牧兽医研究所,山东,济南,250100
【正文语种】中 文
【中图分类】Q518.1
猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus of swine,TGEV)属于冠状病毒科冠状病毒属,是引起猪传染性胃肠炎的主要病原[1],可导致 7～10日龄以内仔猪呕吐、严重腹泻和高死亡率(通常 100%),给养猪业带来巨大经济损失。
t细胞抗原表位
t细胞抗原表位
T细胞抗原表位
T细胞抗原表位是指能够与T细胞受体结合并激活T细胞的特定抗原区域。T细胞是免疫系统中的一类重要细胞，主要负责识别和消灭体内异常细胞，如病毒感染的细胞和癌细胞等。而T细胞受体则是T细胞表面的一种蛋白质，它能够识别和结合抗原，并将其信息传递给T细胞内部，从而引发免疫反应。
T细胞抗原表位通常由多肽序列组成，这些多肽序列能够被抗原提呈细胞（APC）或肿瘤细胞等细胞所呈递，并被T细胞受体识别和结合。T细胞抗原表位的识别和结合是一种高度特异性的过程，不同的T细胞受体只能与不同的抗原表位结合，而同一抗原表位也只能被特定的T细胞受体所识别和结合。
T细胞抗原表位的重要性在于它们能够引发特异性的免疫反应。当T细胞抗原表位与T细胞受体结合后，T细胞就会被激活，并开始释放细胞因子和化学介质等物质，从而引发免疫反应。这种免疫反应可以导致异常细胞的死亡或清除，从而保护机体免受感染和肿瘤等威胁。
T细胞抗原表位的研究也具有重要意义。通过对T细胞抗原表位的研究，可以更好地理解免疫系统的工作原理和机制，为疾病的预防和治疗提供新的思路和方法。目前，许多研究正在针对T细胞抗原表位进行，以期望开发出更加安全和有效的疫苗和治疗方法，从而更好地保护人类健康。
T细胞抗原表位是一种重要的免疫学概念，它与T细胞受体的结合和激活密切相关，是引发特异性免疫反应的关键。对T细胞抗原表位的研究有助于更好地理解免疫系统的工作原理和机制，为疾病的预防和治疗提供新的思路和方法。
蛋白质抗原表位研究进展
２００７年第３５卷第１期Ｐｒｏｇ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂ—ｉｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｆｅｂ．２００７，Ｖｏ１．３５ Ｎｏ．１
蛋白质抗原表位研究进展
李海侠综述；毛旭虎’审校
（第三军医大学临床微生物及免疫学教研室重庆市生物制药工程技术研究中心，重庆４０００３８）
摘要：本文综述了蛋白质抗原表位的种类及特性，回顾了近几年来实验确定和理论预测Ｂ细胞蛋白质抗原表位
的常用方法，介绍了表位作图和表位疫苗的研究现状。
关键词：抗原表位；噬菌体随机肽库；表位预测；表位作图；表位疫苗
中图分类号：Ｒ ３９２’１１ 文献标识码：Ａ 文章编号：１００５－５６７３（２００７）０１－００５４－０５
免疫细胞通常难以借助其表面受体识别整个蛋
白质抗原分子，而仅识别抗原肽分子上的一个特定
部分即表位（Ｅｐｉｔｏｐｅ），又称为抗原决定簇（Ａｎｔｉｇｅｎ・
ｉｃ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔ）。因而表位代表了抗原分子上的一
个免疫活性区，负责与抗体分子或免疫细胞表面的
抗原受体结合，严格说来，抗体的特异性是针对表位
而不是针对完整的抗原分子的…。一个蛋白质抗
原，它不但含有Ｂ细胞、 细胞、ＣＴＬ细胞、ＮＫ细胞
等与免疫识别密切相关的表位结构，同时还含有一
些对于保护性免疫不利的结构。如：毒性或抑制性
表位、优势非中和性表位、病理及自身抗原交叉反应
性表位等。人们还认识到同一分子的众多表位中，
各表位对抗原性的贡献不同，有优势表位和非优势
表位之分。此外，表位间的相对位置、构象特征、表
位侧翼顺序等也与表位功能的表达密切相关。而表
位的功能表达还取决于ＭＨＣ限制位（Ａｇｒｅｔｏｐｅ）、组
织位（Ｈｉｓｔｏｔｏｐｅ）等相关结构。许多研究发现，天然
蛋白质在引发免疫反应时，不能满足清除病原体的
需要。究其原因，一是因为隐匿的保护性表位功能
未能表达，因而所引发的保护性免疫不够强大。二
是所引发的免疫反应发生了免疫偏移（Ｄｅｖｉａｔｉｏｎ），
抗原表位的名词解释
抗原表位的名词解释
抗原表位（Epitope）是指存在于抗原分子表面上的特定区域，可以与抗体、T细胞受体或MHC分子结合并引发免疫应答。抗原表位的研究对于了解免疫系统的运作机制以及疫苗和药物研发具有重要意义。
一、抗原表位的类型和特征
抗原表位可以分为线性表位和立体表位两种类型。
1. 线性表位：也称为顺序表位，是由抗原连续的氨基酸序列组成。线性表位通常呈现在抗原分子的表面，易被抗体或T细胞受体所识别。线性表位的结构相对简单，可以直接通过药物或疫苗设计来干预免疫应答。
2. 立体表位：也称为构象表位，是由抗原分子在特定构象下形成的三维结构区域。立体表位常存在于蛋白质和多肽类抗原中，通常由抗原的折叠和空间结构决定。立体表位的复杂性使得其研究相对困难，但对于理解免疫识别和药物研发至关重要。
二、抗原表位的免疫识别机制
抗原表位通过与抗体、T细胞受体或MHC分子结合来引发免疫应答。
1. 抗体识别：抗体是由B淋巴细胞产生的免疫球蛋白，其结构中的可变区域可以与抗原表位结合。抗体与抗原表位的结合形成抗原抗体复合物，进而触发免疫应答。抗体可以通过多种方式与抗原表位结合，如亲和力、特异性和亲和力成熟等。
2. T细胞识别：T细胞由T淋巴细胞受体（TCR）进行抗原识别。T细胞受体通过与抗原表位和MHC分子结合，完成对抗原的识别。这种识别方式主要适用于具有抗原递呈功能的抗原呈递细胞，如树突状细胞和巨噬细胞。T细胞识别抗原表位的过程是免疫应答的关键环节之一。
三、抗原表位的应用 抗原表位的研究不仅对于免疫学基础研究有着重要意义，还在疫苗和药物研发中发挥着关键作用。
1. 疫苗设计：通过了解抗原表位的特点和免疫识别机制，可以有针对性地选择和设计特定的抗原表位作为疫苗免疫原。疫苗中的抗原表位能够激活免疫系统，诱导抗体产生，从而提供免疫保护。
2. 药物研发：抗原表位研究可为药物研发提供重要线索。通过识别和研究抗原表位，可以寻找到抗原分子与抗体或受体结合的关键位点，为药物设计和筛选提供靶点。
优势抗原表位预测软件总结(一)
优势抗原表位预测软件总结(一)
优势抗原表位预测软件总结
前言
• 本文旨在总结针对优势抗原表位预测的软件，帮助读者了解不同软件的特点和优势。
• 优势抗原表位预测软件在疫苗和免疫治疗的开发中起着重要的作用。
• 正确选择合适的软件能够提高疫苗设计的效率和成功率。
正文
软件A：AntigenPredict
• 优势：基于机器学习算法，能够准确预测抗原表位，并提供概率评分。
• 适用性：主要用于预测线性表位，对于规模较大的蛋白质序列准确率较高。
• 使用便捷：提供用户友好的图形界面，参数设置灵活方便，输出结果整理清晰。
软件B：EpiTOP
• 优势：采用综合算法，结合多种方法进行预测，预测准确度高。 • 适用性：适用于预测线性和非线性表位，对于多肽序列的预测效果优秀。
• 使用便捷：提供详细的文档和教程，使用简便，对新手友好。
软件C：Immune Epitope Database（IEDB）工具
• 优势：集成了多种预测工具，包括线性和非线性表位预测，能够进行全面的抗原表位预测。
• 适用性：广泛适用于不同种类的抗原，覆盖多个物种的表位预测需求。
• 使用便捷：提供在线界面和API服务，支持用户自定义设置，操作简单。
软件D：NetMHC
• 优势：专注于预测MHC类I分子结合的特异性表位，预测准确率高。
• 适用性：适用于预测MHC限制性的表位，如病毒抗原等。
• 使用便捷：提供命令行和图形界面，支持大规模数据处理。
结尾
• 上述总结的软件仅是众多优势抗原表位预测软件中的几个代表，读者可以根据具体需求选择适合自己的软件。 • 优势抗原表位预测软件的不断发展将有望为疫苗和免疫治疗的研究提供更多支持和便利。
• 建议读者在使用软件前详细了解其原理和功能，结合自己的实际需求进行选择和操作。
肺炎链球菌自溶酶蛋白抗原表位的预测、克隆及重组表达
２００７，２３（５） 中国人兽共患病学报 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｚｏｏｎｏｓｅｓ ４５３
文章编号：１００２—２６９４【２００７）０５—０４５３—０６
肺炎链球菌自溶酶蛋白抗原表位的预测、
克隆及重组表达＊
鲜 墨 ，张莉滟 ，童 荔。，甘慧泉 ，吕志跃 ，何思杰 ，郑焕钦 ，吴忠道
摘 要：目的 用生物信息学的方法预测肺炎链球菌自溶酶蛋白（ＬｙｔＡ）可能的抗原表位，合成带有ｌｉｎｋｅｒ（Ｇｌｙ，Ｓｅｒ１）ａ序
列的融合基因片断（１。ｌ。），并在原核系统表达。方法 利用多种生物信息学软件，在二级结构预测抗原表位分值的基础上结
合单参数分析结果，预测并设计ＬｙｔＡ可能的重组抗原表位（Ｌ。Ｌｚ）。扩增该表位基因ｌ・ｌｚ，利用分子克隆技术构建重组质粒。
经测序鉴定后，转入宿主菌ＪＭ１０９中原核表达Ｌ。Ｌ２多肽片断与载体标签蛋白还原性谷胱苷肽（ＧＳＴ）的融合蛋白ＧＳＴ－Ｌ・Ｌｚ。
结果 预测表明序列２～２８（ＥＩＮＶＳＫＬＲＴＤＬＰＱＶＧＶＱＰＹＲＱＶＨＡＨＳＴ）、序列９８～儿２（ＦＭＴＤＹＲＬＹＩＥＬＬＲＮＬ）分别为可
能的Ｂ细胞和Ｔ细胞抗原表位。用ＰＣＲ技术合成了ｌ。ｌｚ片段，构建重组质粒ｐＧＥＸ一４Ｔ—ｌ—ｌ・ｌ２，成功转化大肠杆菌ＪＭ１０９。结
论 经测序验证成功构建了重组质粒ｐＧＥＸ—Ｌ。Ｌ２，并转化大肠杆菌ＪＭ１０９，ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析显示该重组质粒在原核系统中得
到了表达，为后继多肽疫苗研究奠定了基础。
关键词：肺炎链球菌；ＬｙｔＡ；表位预测；重组表达
中图分类号：Ｒ３７８．１ 文献标识码：Ａ
Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ，ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ａｎｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ａｎｔｉｇｅｎｉｃ ｓｐｉｔｏｐｅｓ
ｉｎ ａｕｔｏｌｙｓｉｎ ＬｙｔＡ ｏｆ Ｓｔｒｅ ｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ
ＸＩＡＮ Ｍｏ，ＺＨＡＮＧ Ｌｉ—ｙａｎ，ＴＯＮＧ Ｌｉ，ＧＡＮ Ｈｕｉ—ｑｕａｎ，ＬＵ Ｚｈｉ—ｙｕｅ，ＨＥ Ｓｉ－ｊｉｅ，
B细胞表位预测
1、 B细胞表位预测对于多种免疫学研究是必不可少的。针对不同的蛋白,应选择不同的方法。一般来说，蛋白质的C端具有较好的亲水性、表面可及性和柔性，所以是很好的抗原决定簇区域.本课题选用的蛋白质C-末端序列标签都是唯一的、或是其家族中的几个成员所共有的。在人蛋白质中，约81%的蛋白质其C末端的5个氨基酸残基的小肽是该蛋白质所特有的,制备针对蛋白质C末端小肽的抗体,常常能得到特异性识别该全蛋白的抗体。另外，蛋白的二级结构是B细胞表位计算机预测的重要参数之一,β转角为凸出结构，多出现在蛋白质抗原表面，有利于与抗体结合，较可能成为抗原表位。而α螺旋和β折叠结构规则不易变形，较难结合抗体,一般不作为抗原表位.含有5个以上的氨基酸残基的转角又常称为环(loop)。以往的研究表明，蛋白表面的loop区可能为功能性抗体的识别位点，特异性好,可及性强。本课题选用的HPO、G-CSF、HSA空间结构已明确，所以直接选择loop区或无规卷曲作为B细胞表位。举例：人Pif1基因编码至少两种蛋白亚型,分子量分别为74kDa和80kDa，与酵母具有高度的同源性，α型和β型Pif1只有C末端不同［20]，其余部分完全相同，并且二者的C末端在蛋白数据库中都是唯一的,选择α型和β型的C末端作为B细胞表位，既满足特异性的需要，也能区分亚型。GPAA1是一种跨膜蛋白，原核表达非常困难,形成包涵体，且包涵体难以溶解和复性.对这一类型的蛋白，非常适合选择其特有的B细胞表位免疫动物，来最终制备识别全蛋白质的抗体.ABCpred是基于人工神经网络模型的线性B细胞表位预测工具,该系统检验了源于Bcipep数据库的700个非冗余B细胞表位和源于Swiss-Prot数据库的700个长度为10～20个氨基酸的随机选择多肽，准确率近66％。Bepipred结合隐马尔科夫模型和亲水性参数评分预测线性B细胞表位，AROC评分达到0.671。将两种预测方法得到的预测结果进行比较，其共有的预测表位是真正B细胞表位的几率更大，如果能进一步结合蛋白质二级结构预测结果，就可以选出可信度更高的B细胞表位.如何选择有效的B细胞表位是能否实现无完整蛋白质抗原条件下抗体制备的关键。2、对于B细胞表位的选择，对于已有空间结构信息的蛋白质抗原，直接选择蛋白分子表面的loop区或无规卷曲区域的小肽序列作为候选B细胞表位；对于缺乏空间结构信息的蛋白质抗原，需要根据蛋白质抗原的特点具体分析。若蛋白质抗原C末端的序列亲水性好，可以选择C末端的6~10个氨基酸的序列作为候选B细胞表位，并且最好该序列为该蛋白质所特有；也可采用B细胞表位预测程序进行分析，选择不同程序预测的共有B细胞表位；对于同源性很高的家族蛋白,根据序列比对结果选择差异较大的区域，并且所选序列应该符合B细胞表位的特征.基于以上原则，本实验选择了10个蛋白的14个表位，并对其中的12个表位进行了验证.3、对于B细胞表位的选择，（1）对于空间结构已知的蛋白质，直接选择蛋白分子表面的loop区或无规卷曲区域的小肽序列。（2)对于空间结构未知的蛋白质，可采用以下策略进行选择：A：若蛋白质C末端序列的亲水性好，可以选择C末端的6～10氨基酸的序列作为候选B细胞表位，最好该序列为该蛋白质所特有.可采用SIB BLASTNetwork Service(http：//www.expasy。ch/tools/blast/）的BLAST软件进行比对,数据库选择homo sapiens；B：采用B细胞表位预测程序ABCpred和BepiPred等进行表位预测,选择不同程序预测的共有B细胞表位；C：对于同源性很高的蛋白质，首先根据序列比对结果选择差异较大的区段，并且所选序列应该符合B细胞表位的特征.4、二级结构预测 分别应用EX—PASY服务器（http： //www。 expasy。