如何查找基因的序列(全)
查基因cdna序列
查基因cdna序列概述在分子生物学和基因组学研究中，查找基因的cDNA序列是非常重要的一步。
cDNA （complementary DNA）是由利用反转录酶将mRNA转录成的DNA。
通过查找基因的cDNA序列，我们可以获取与该基因相关的信息，包括基因的序列、结构、功能等。
为什么要查找基因cDNA序列查找基因cDNA序列的主要目的是了解基因的功能以及它在生物系统中的作用。
通过查找基因cDNA序列，我们可以找到基因编码的蛋白质序列，进一步推测蛋白质的结构和功能。
此外，还可以利用cDNA序列来做基因表达的分析，了解基因在不同组织和生理状态下的表达模式。
查找基因cDNA序列的方法目前，有多种方法可以用来查找基因的cDNA序列。
下面是常用的几种方法：公共数据库公共数据库如NCBI的GenBank是查找基因cDNA序列的重要资源。
这些数据库中存储了大量的基因序列和相关信息，包括已知的人类基因组、动植物基因组等。
通过在这些数据库中进行搜索，我们可以找到已经注释好的基因的cDNA序列。
基因注释工具基因注释工具如NCBI的BLAST、Ensembl和UCSC等可以通过比对已知的基因组序列来预测基因的cDNA序列。
这些工具可以根据核酸或氨基酸序列进行比对，通过比对结果来推测基因的结构和序列。
实验方法如果需要获取特定基因的cDNA序列，一种方法是通过实验来获取。
常用的实验方法包括逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）和快速扩增cDNA末端（RACE）等。
查找基因cDNA序列的应用查找基因cDNA序列在许多研究领域都有广泛的应用。
下面是几个常见的应用场景：基因功能研究通过查找基因的cDNA序列，可以了解基因的编码蛋白质的结构和功能。
这对于研究基因的生物学功能非常重要，可以帮助揭示基因在生物系统中的作用机制。
基因家族分析通过查找基因的cDNA序列，可以发现存在于不同物种中的相似基因。
这些相似基因组成了基因家族，对于研究基因家族的起源和进化具有重要意义。
NCBI如何查找序列
NCBI如何查找序列NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物技术信息服务的综合性数据库。
该数据库包含了大量的基因序列、蛋白质序列、文献等信息。
要查找序列，可以使用NCBI提供的不同工具和资源，包括基本功能、BLAST（基本局部序列比对工具）和Entrez等。
1.基本功能：NCBI提供了一个称为"Basic Search"的引擎，可以使用关键字、序列ID、序列描述等进行。
只需要在框中输入关键字，系统将返回与该关键字相关的所有序列。
可以通过筛选选项进一步缩小范围，例如组织选择、物种选择、发表年份等。
这对于查找特定的序列非常有用。
2.BLAST（基本局部序列比对工具）：BLAST是NCBI提供的一种用于快速和比对生物序列的工具。
它可以比对给定的序列与NCBI数据库中的序列进行相似性。
用户只需将目标序列输入到框中，选择BLAST数据库和其他设置，小工具将返回与目标序列相似的其他序列和相关信息，包括序列标识符、比对分数、比对位置等。
3. Entrez：Entrez是NCBI提供的一个综合性数据库引擎，可以用于不同类型的生物信息，包括序列、文献、生物样本等。
用户可以在框中输入关键字，并选择要的数据库类型。
对于序列，选择"Nucleotide"、"Protein"或"Gene"数据库类型。
此外，用户还可以使用高级选项进行更精确的。
结果将包括与关键字相关的序列、文献、记录和其他相关信息。
此外，NCBI还提供一些其他工具和资源，可以进一步帮助用户查找和分析序列，如NCBI数据浏览器、Gene数据库、SRA数据库等。
这些工具和资源可以根据具体需求进行使用。
总之，通过NCBI提供的基本功能、BLAST工具和Entrez系统，用户可以方便地查找到自己需要的生物序列。
如何查找基因的序列(带图表)
举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-
linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”， 那么把“16151096”输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当 然包括基因序列等相关信息）。
下面就是点击VEGFA后出现的界面：
再往下看，可以看到Genomic regions, transcripts, and products，这里显示 了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况
就看见了目的基因的mRNA的链接（如NM_001025366.1）和蛋白质的链接 （如NP_PGCQAL + P SL V+LGE+A C N+
MPGG----LEALRALPLLLFLSYACLGPGCQALRVEGGPPSLTVNLGEEARLTC-ENNGR 55
Query: 61 Sbjct: 56
NANVTWWRVLHGNYTWPPEFLGPGEDPNGTLIIQNVNKSHGGIYVCRVQEGNESYQQSCG 120 N N+TWW L N TWPP LGPG+ G L VNK+ G C+V E N ++SCG NPNITWWFSLQSNITWPPVPLGPGQGTTGQLFFPEVNKNTGACTGCQVIE-NNILKRSCG 114
gi|125806|sp|P01658|KV3F_MOUSE IG KAPPA CHAIN V-III REGION ... 33
NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白
NCBI良心教程寻找基因转录本序列及相关编码蛋白NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个全球顶级的生物医学数据库，提供了大量的基因序列和相关的生物信息。
在这个教程里，我们将介绍如何在NCBI中基因转录本序列以及相关编码蛋白。
第一步：访问NCBI网站首先，打开你的浏览器，并输入 "NCBI"，然后点击按钮。
在结果中，选择并点击进入 "NCBI - National Center for Biotechnology Information" 的官方网站。
第二步：选择数据库在NCBI的官方网站中，你可以看到很多不同的数据库。
对于本教程，我们将使用 "GenBank" 数据库来基因转录本序列以及相关编码蛋白。
点击页面左上角的 "Databases" 菜单，然后选择 "Nucleotide" 数据库，它是用于基因序列的数据库。
第三步：基因转录本序列在 "Nucleotide" 页面中，你会看到一个框，可以输入你感兴趣的基因的名称或相关关键词。
在框中输入基因的名称或相关关键词，然后点击按钮。
此时，你将看到与该基因相关的转录本序列的结果列表。
除了查找基因转录本序列，你还可以使用NCBI相关的编码蛋白质序列。
在 "Nucleotide" 页面中，选择 "Protein" 或 "Protein database" 选项卡。
在框中输入与你感兴趣的蛋白质相关的关键词，并点击按钮。
此时，你将看到与该蛋白质相关的转录本或基因的结果列表。
点击结果列表中感兴趣的蛋白质，你将进入蛋白质的详细页面。
在这个页面上，你可以找到该蛋白质的序列以及其他相关信息。
总结：在NCBI中基因转录本序列及相关编码蛋白可以通过以下步骤完成：1.访问NCBI官方网站；2.选择 "GenBank" 数据库；3.你感兴趣的基因的名称或相关关键词；4.点击结果中的转录本，查看序列和其他详细信息；5.如果你想相关编码蛋白质，选择 "Protein" 选项卡，并输入相关关键词；6.点击结果中的蛋白质，查看蛋白质序列和其他相关信息。
查找细胞系中基因序列的方法
查找细胞系中基因序列的方法文章标题：探索细胞系中基因序列的方法与挑战在当今科技发展迅猛的时代，生物学领域的研究也日新月异。
细胞系中基因序列的研究，对于理解生物学、疾病机制以及药物研发都具有重要意义。
然而，要想深入了解细胞系中基因序列，需要探索多种方法和技术，并面对众多挑战。
为了更好地了解细胞系中基因序列的方法和挑战，我们首先需要明确细胞系的概念。
细胞系是指源自同一个母细胞的一系列细胞，它们可以长时间稳定地传代培养，具有相似的形态、遗传特性和生物学行为。
在细胞系的研究中，寻找并验证基因序列是至关重要的一环。
一、细胞系中基因序列的方法1.1 PCR技术PCR(聚合酶链式反应)技术是目前应用最为广泛的一种方法，通过PCR 技术可以扩增和纯化细胞系中单个基因的DNA序列，为后续研究提供了重要的物质基础。
1.2 基因组测序技术随着高通量测序技术的发展，基因组测序技术也逐渐成熟。
研究者可以利用基因组测序技术，对整个细胞系的基因序列进行全面的测序和分析，从而获得更多的信息。
1.3 分子克隆技术分子克隆技术是一种常用的方法，可以将感兴趣的基因序列从细胞系中克隆出来，用于进一步的功能研究和表达。
以上这些方法，都可以帮助研究者在细胞系中寻找和验证基因序列，提供了丰富的实验手段。
二、细胞系中基因序列研究的挑战2.1 样本来源的复杂性细胞系来源的多样性和复杂性，是研究的首要挑战。
不同类型的细胞系可能存在着巨大的遗传变异，这需要研究者在样本来源的选择上格外谨慎。
2.2 基因重组的干扰在细胞系中进行基因序列研究时，可能会遇到基因重组等干扰因素，这些干扰会影响研究结果的准确性。
2.3 数据分析的复杂性对于大规模的基因组测序数据，数据分析将面临复杂多变的挑战。
研究者需要具备深厚的数据处理和分析能力，才能从海量数据中提取有效信息。
三、结语在细胞系中寻找和验证基因序列，需要综合运用多种方法和技术，并面对众多挑战。
对于研究者来说，需要不断更新知识、拓展视野，以更好地应对细胞系基因序列研究中的各种挑战。
如何找基因全序列
利用Pubmed Map viewer查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）遗传分子统计2010-03-24 16:11:24 阅读759 评论0字号：大中小下面以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。
我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。
6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
如何在genbank中查找一基因的序列
如何在genbank中查找一基因的序列1、在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了，下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子，/Sitemap/samplerecord.html，在记录的末尾有各种记录的详细说明，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source等信息源转换成accession号，中文教程太古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真的很别扭，希望对你有帮助。
2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会：最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列，如果Gene数据库里没有收录，那就只有在Nucleotide数据库里找了，但是还是建议采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下：Accession prefix Molecule type CommentAC_ Genomic Complete genomic molecule, alternate assemblyNC_ Genomic Complete genomic molecule, reference assemblyNG_ Genomic Incomplete genomic regionNT_ Genomic Contig or scaffold, clone-based or WGSaNW_ Genomic Contig or scaffold, primarily WGSaNS_ Genomic Environmental sequenceNZ_b Genomic Unfinished WGSNM_ mRNANR_ RNAXM_c mRNA Predicted modelXR_c RNA Predicted modelAP_ Protein Annotated on AC_ alternate assemblyNP_ ProteinYP_c ProteinXP_c Protein Predicted modelZP_c Protein Predicted model, annotated on NZ_ genomic recordsa Whole Genome Shotgun sequence data.b An ordered collection of WGS for a genome.c Computed.其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子；其他未尽事宜大家补充！3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列？你输入这个细菌的名字直接查，一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列~~~进入ncbi的首页，database选nucleotide，输入你的关键词,如果库里收录里就会有的4、如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例（1）根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开 ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。
已知引物序列查基因序列
已知引物序列查基因序列引言在生物学研究中，了解基因序列是非常重要的。
基因序列是指组成生物体遗传信息的DNA或RNA的排列顺序。
通过了解基因序列，我们可以深入了解生物体的遗传特征、功能和进化关系等。
在实验室中，我们常常需要查找某个特定基因的序列。
这时候，已知引物序列可以帮助我们快速准确地找到目标基因。
本文将介绍已知引物序列如何查找基因序列的方法和步骤，并提供一些相关资源和工具供参考。
查找基因序列的方法和步骤1. 获取引物信息首先，我们需要获取已知引物的信息。
引物是一段能够与目标基因特异性结合的DNA或RNA片段。
通常，引物由两个部分组成：前向引物和反向引物。
前向引物是与目标基因链上一个特定位置相对应的DNA或RNA片段，而反向引物是与目标基因链上另一个特定位置相对应的DNA或RNA片段。
获取引物信息可以通过多种途径，包括文献检索、数据库查询等。
在选择引物时，需要考虑以下几个方面：•引物长度：通常，引物长度在18到30个碱基对之间。
•引物特异性：引物应该与目标基因序列特异性结合，避免与其他基因序列产生非特异性杂交。
•引物的GC含量：引物的GC含量应在40%到60%之间。
2. 数据库查询一旦获得引物信息，我们可以使用各种数据库进行基因序列的查询。
以下是一些常用的数据库：•NCBI（National Center for Biotechnology Information）：提供了多种生物信息学工具和数据库，包括GenBank、RefSeq等。
•Ensembl：提供了多种生物信息学工具和数据库，包括基因组浏览器、基因注释等。
•UCSC Genome Browser：提供了多种生物信息学工具和数据库，包括基因组浏览器、比较基因组等。
这些数据库都提供了在线查询功能，可以根据引物序列进行搜索并获取目标基因的序列信息。
3. 引物设计和验证在获得目标基因序列后，我们需要设计和验证引物的特异性和效果。
以下是一些常见的方法：•BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）分析：使用BLAST工具将已知引物序列与目标基因序列进行比对，评估其特异性和效果。
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如何查找基因序列？（转载）
(2010-08-01 11:47:41)
如何查找基因序列？
——在Genbank中寻找目的基因的实例
——献给受类似问题困扰的广大酷友，以及给我动力和信心发表原创帖的基因酷的朋友们。
酷友感言：网络的世界很精彩，网络的查询很无奈。
为了我们的科学研究事业，为了我们能够顺利毕业，我们的广大酷友们在网络的海洋里遨游…遨游…咋就找不到彼岸呢？今天要设计这个基因的PCR引物，明天又要查那个基因的信息，那么大一张网，唉想起来就郁闷……鉴此，我们推出了利用Genbank查找基因序列的帖子，希望对大家有所帮助，并请大家多多指教！当然，如果您已经是此中高手，那就权当我是班门弄斧了，呵呵。
1. 根据文献
搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。
举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of
Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi 16151096)”，那么把“16151096”输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。
在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的 AY047586就可以看到基因的相关信息了...（呵呵，是不是有点太......easy 了）
这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个地去看看，这里我就不多说了。
点击 AY047586后出现的界面如下：如果你只想获得序列（例如去设计PCR引物的时候），那就可以选择FASTA，这样就得到了FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的干扰。
（缩略图，点击图片链接看原图）这就是FASTA格式的序列：
（缩略图，点击图片链接看原图）2. 根据已经获得的基因的相关信息进行查找（待续......）
鼓励一下吧，累坏了正如路漫漫所说，如果只是知道基因的名字，怎么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的VEGF基因，那么怎么在Genbank中找到它呢？还是一步一步来...打开/
在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基
因名称“VEGF”，点击GO...
搜索结果出来了，let me see... 啊，怎么这么多？689条，哪一条是我想要的基因呢？
（作者注：这也许是大多数人对Genbank的第一印象，即东西太多了，不知道是哪个。
）
别急，咱们慢慢来，我就要亮出去伪存真的秘密武器了，呵呵点击箭头所指的Limits
Limits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限制，这样能大大精简查询结果。
我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围。
我们要找什么基因来着？想起来了，是人的VEGF基因，那就开始选择：先选Gene name(基因名称)；然后再选择Limit by Taxonomy（生物分类限定）中的Homo sapiens（人类），然后再点击“GO”哇，只有一个结果，是不是搞定了？（呵呵，好有面子哦[]）
直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。
需要指出的是，在Genbank中，基因有很多别名（Aliases），和Genbank 中记录的名称有可能不一致，大家要睁大眼睛哦。
比如在这里，VEGFA 是Genbank中记录的基因名称，而它还有很多别名，比如MGC70609, VEGF（这就是我们要找的基因名称）, VEGF-A, VPF；还有，在这里可以看到该基因在染色体上的位置...点击VEGFA后出现界面
再往下看，可以看到Genomic regions, transcripts, and products，这里显示了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况：
就看见了目的基因的mRNA的链接（如NM_001025366.1）和蛋白质的链接（如NP_001020537.2 ）
这里得说两句，有的基因也许只有一个编码序列，但有的基因有很多的mRNA剪接体，但都是归在一个基因名称下面。
比如，在VEGF基因下面有7个序列，分别是vascular endothelial growth factor A isoform a, isoform c, isoform d, isoform e, isoform f , isoform g, isoform b precursor ，但是哪个是自己想找的基因呢？这就需要根据你自己查阅的文献以及在这些基因序列后面的解释来确定了。
如果我想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击
NM_001025366.1，得到如下界面：
怎么，是不是很熟悉，下面的东西就不用我罗嗦了吧（砖头来了，我闪～～）总结一下
说来其实很简单，就是利用Genbank的检索功能。
也许大家的检索文献能力很强，但是面对Genbank这个庞然大物有却些打怵，加之初涉基因，相关知识不足，所以很多时候都是费力无穷却无功而返。
还是那句话，战略上藐视，实践中重视。
多花些时间了解Genbank，不要上来就狂查一通。
先把检索功能学习学习会更容易达到目的，磨刀不误砍柴工嘛，呵呵。
啥，就剩一句了？那好，谁把上网费给俺报了....
最后，如果你觉得这个帖子有点用处，帮忙顶一下，谢谢支持！非常优秀的一篇帖子，通过百度和站内搜索得出的结果却很有些令人困惑的地方，呵呵。