4.肿瘤的遗传变异和表观遗传调控异常 Genetic and Epigenetic Variations in Cancer_sj_181211
肿瘤遗传知识点总结
肿瘤遗传知识点总结一、肿瘤的遗传基础肿瘤的遗传基础主要包括三个层面的遗传变异：基因型、表观基因型和全基因组。
1. 基因型：即细胞核内基因组的遗传信息。
基因型的遗传变异包括基因突变、基因重排、基因扩增和基因缺失等。
这些遗传变异可能导致染色体异常、蛋白质功能失调、细胞增殖异常等，最终导致肿瘤的发生。
2. 表观基因型：即影响基因表达的遗传修饰。
表观基因型的遗传变异包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA调控等。
这些遗传变异可能导致基因的表达异常，改变细胞的生物学功能，从而促进肿瘤的发生。
3. 全基因组：即细胞内全部基因组的遗传信息。
全基因组的遗传变异包括染色体数目异常、染色体结构异常和整个基因组的遗传异常等。
这些遗传变异可能导致基因组稳定性的失调，促进肿瘤的发生。
以上三个层面的遗传变异共同构成了肿瘤的遗传基础。
理解和揭示这些遗传变异的发生和发展机制，对于预防和治疗肿瘤具有重要意义。
二、遗传突变的发生和发展机制遗传突变是指在细胞分裂和增殖过程中，细胞的遗传信息发生变异，导致基因型、表观基因型和全基因组的遗传异常。
遗传突变的发生和发展机制主要包括以下几个方面。
1. DNA复制错误：DNA的复制是细胞增殖的必要过程，但在复制过程中会产生错误。
这些错误可能导致基因组的遗传变异，促进肿瘤的发生。
2. DNA修复失调：细胞内有多种DNA修复机制，可以帮助细胞修复DNA损伤。
但当这些修复机制出现失调时，会导致DNA的遗传变异，从而促进肿瘤的发生。
3. 病毒、化学物质和辐射的影响：病毒的侵染、化学物质的暴露和辐射的作用，都可能导致细胞的遗传信息发生变异，从而促进肿瘤的发生。
4. 遗传易感性：个体的遗传易感性是影响遗传突变发生和发展的重要因素。
一些基因型和表观基因型的遗传变异，会增加个体对于遗传突变的易感性，从而促进肿瘤的发生。
以上几个方面共同影响了遗传突变的发生和发展。
对于这些机制的深入了解，有助于找到抑制肿瘤遗传突变的方法，从而预防和治疗肿瘤。
肿瘤生物标志物在肿瘤个性化治疗中的意义
肿瘤生物标志物在肿瘤个性化治疗中的意义肿瘤严重危害人类健康，肿瘤生物标志物在个性化治疗过程中可用于肿瘤早期筛查，临床分期与肿瘤诊断，判断预后、治疗监测和疗效判断，也可作为治疗预测及肿瘤治疗的靶点，提高治疗针对性从而提高肿瘤治愈率，减少患者不必要的痛苦。
本研究主要对肿瘤生物标志物的分类、主要检测方法及其在肿瘤个性化治疗和肿瘤靶向性治疗中的作用进行综述。
[Abstract] Targeted cancer therapy has been popular in tumor personalized treatment recent years. Tumor BioMarker can provide direct drug targets and be the target of RNA interference therapy，and we can screen the tumor-specific promoter from them. So they can be used to improve the accuracy and the efficiency of cancer therapy, reduce patients’ unnecessary pain. This review focuses on the significance of tumor biomarker in targeted cancer therapy.[Key words] Tumor Biomarker;Personalizing therapy;RNA interference;Targeted therapy肿瘤是严重危害人类健康的一种常见病，恶性肿瘤的死亡率也一直呈上升趋势。
由于肿瘤的异质性及患者个体差异，如果简单采取同一方法就容易产生治疗不当或治疗过度的问题，因此针对每一个患者的不同情况，采用“个性化”治疗就显得十分必要。
表观遗传学在肿瘤发生和进展中的作用
表观遗传学在肿瘤发生和进展中的作用表观遗传学（epigenetics）是一门研究基因表达和细胞命运调控的学科，它通过研究遗传物质之外细胞内部和外部环境对基因表达的调控机制，揭示了基因的表达是如何受到环境因素的影响。
近年来，随着先进技术的发展，我们对于表观遗传学在肿瘤发生和进展中的作用有了更深入的理解。
肿瘤是一类恶性疾病，其发生和进展的机制非常复杂，涉及许多遗传和表观遗传因素。
传统上，研究人员主要关注肿瘤发生和发展的遗传突变，如基因突变、染色体异常等。
然而，近年来的研究表明，表观遗传调控也在肿瘤的发生和进展中发挥着重要作用。
表观遗传调控主要涉及DNA甲基化和组蛋白修饰两种机制。
DNA甲基化是指在DNA分子中加入甲基基团，通过甲基化酶对基因组DNA进行甲基化修饰。
DNA甲基化在细胞命运决定、基因沉默、基因转录调控等方面发挥着重要作用。
在肿瘤中，DNA甲基化异常是常见现象。
许多肿瘤相关的基因和DNA修复机制的基因在肿瘤中发生异常的DNA甲基化，从而导致基因的异常表达，甚至基因沉默，进而促进肿瘤的发生和进展。
组蛋白修饰是另一种重要的表观遗传调控机制。
组蛋白是细胞核中最主要的蛋白质组分，可以通过翻译调节基因的转录活性。
组蛋白修饰包括甲基化、乙酰化、泛素化等，其中乙酰化修饰是最为常见的一种形式。
组蛋白乙酰化修饰能够促进染色质结构的松弛，改变 DNA的可及性，从而影响基因的转录活性。
在肿瘤中，许多组蛋白修饰酶的异常表达或功能缺陷与肿瘤的发生和进展密切相关。
例如，组蛋白乙酰转移酶P300的缺失会导致肿瘤抑制基因的沉默，从而促进肿瘤的发生。
此外，表观遗传修饰与肿瘤干细胞的特性也密切相关。
肿瘤干细胞是肿瘤中的一小部分细胞群体，具有自我更新和多向分化的能力。
它们在肿瘤的发生、重复和治疗抵抗中起着关键作用。
表观遗传调控能够改变肿瘤干细胞的命运调控途径和细胞命运标记物的表达，从而影响肿瘤干细胞的自我更新和分化能力。
研究发现，许多组蛋白修饰因子和 DNA 甲基化酶在调控肿瘤干细胞命运中发挥着重要作用。
肿瘤表观遗传学
组蛋白修饰在肿瘤中的研究主要包括：探究 组蛋白修饰在肿瘤中的特征和规律，探究组 蛋白修饰与肿瘤发生、发展、转移和耐药等 过程的关系，以及寻找可作为肿瘤诊断和疗
效评估的组蛋白修饰标志物。
03
肿瘤表观遗传学与肿瘤发 生发展的关系
表观遗传学变化与肿瘤细胞增殖
表观遗传学变化是指基因表达的改变，而非基因序列 的改变。这些变化可以通过甲基化、乙酰化、磷酸化 等修饰方式影响基因的表达，进而影响细胞的功能。 在肿瘤发生发展过程中，表观遗传学变化可以调控肿 瘤细胞的增殖过程。例如，某些基因的甲基化状态改 变可以影响其表达水平，进而影响细胞增殖的速度和 程度。
VS
基因组印记在肿瘤中的研究主要包括： 探究基因组印记与肿瘤发生、发展、 转移和耐药等过程的关系，以及寻找 可作为肿瘤诊断和疗效评估的印记标 志物。
非编码RNA
非编码RNA是指不编码蛋白质的RNA分子，包括miRNA、lncRNA等。非编码RNA在表观遗传学中扮演重要角色，参与基因 表达的调控，并与肿瘤的发生和发展密切相关。
04
肿瘤表观遗传学的治疗策 略与药物研发
表观遗传学治疗策略
靶向DNA甲基化
通过抑制DNA甲基转移酶或激活 去甲基化酶，调节基因表达，抑 制肿瘤生长。
靶向组蛋白修饰
通过抑制组蛋白乙酰化酶或组蛋 白甲基化酶，改变染色质构象， 抑制肿瘤细胞增殖。
靶向非编码RNA
通过调控miRNA、lncRNA等非 编码RNA的表达，调节基因表达， 抑制肿瘤进展。
非编码RNA在肿瘤中的研究主要包括：探究非编码RNA在肿瘤中的表达特征和规律，探究非编码RNA与肿瘤发生、发展、转 移和耐药等过程的关系，以及寻找可作为肿瘤诊断、预后和疗效评估的非编码RNA标志物。
病理与免疫组化复习重点
A：闭卷内容：1、CSC（肿瘤干细胞）与正常干细胞的共性是什么？答：①、相对静止—休眠。
②、抗药性。
③、抗凋亡。
④、具有更高的促血管生产能力。
⑤、表达某些趋化因子受体（XCR4），有利于细胞归巢。
2、肿瘤标志的概念、分类？答：肿瘤标志物是指由肿瘤细胞由肿瘤组织和细胞产生的与肿瘤的形成、发生相关的物质，这些物质存在于肿瘤细胞的胞核、胞质、胞膜上或体液中，进入到血液或其他体液或组织中，或是宿主对体内新生物反应而产生并进入到血液或体液或组织中而含量明显高于正常参考值的一类生物活性物质。
不存在于正常成人组织而见于胚胎组织,或在肿瘤组织中含量超过正常含量。
肿瘤标志物分类：（1）肿瘤抗原（2）糖类抗原（3）酶和同工酶（4）激素和异位激素（5）蛋白类角蛋白(Keratin上皮来源肿瘤)（6）肿瘤相关病毒（7）癌基因、抑癌基因及其产物3、几种重要的肿瘤标志物有哪些？答：（1）甲胎蛋白（AFP）（2）癌胚抗原（CEA）（3）血清β2微球蛋白（β2 -MG）（4）血清铁蛋白（SF）（5）前列腺酸性磷酸酶（PAP）和前列腺特异抗原（PSA）（6）人绒毛膜促性腺激素（HCG）（7）神经特异性烯醇化酶（NSE）（8）细胞角蛋白相关TM （9）鳞状上皮癌相关抗原（SCCA）（10）胃蛋白酶原Ⅰ、Ⅱ（PGI、II）（11）糖类抗原(CA)（12）生长激素（HGH）（13）其他组织多肽抗原（TPA）、组织多肽特异性抗原（TPS）、膀胱癌抗原（UBC）4、肿瘤标志物检测方法有哪些？答：（1）、血清学水平。
（除传统的放射免疫分析（RIA）和酶联免疫分析（ELISA）外，目前在国内主要有三类全自动免疫化学分析系统（化学发光免疫分析系统；荧光免疫分析系统和电化学发光免疫分析系统）广泛的应用于临床，对血清肿瘤标记物检测具有快速、准确、半定量。
可检测AFP、CEA、CA19-9、CA72-4、CA125、CA15-3、NSE、Cyfra21-1、PSA、f- PSA等。
肿瘤的发生与发展机制
肿瘤的发生与发展机制一、肿瘤的发生机制肿瘤是一种由于体内细胞发生异常而失去正常生长调控机制的疾病。
它可以通过多种方式发生，包括遗传突变、表观遗传改变、DNA修复能力损害等。
在肿瘤的发展过程中，细胞逃脱了正常细胞凋亡和增殖机制的调控，从而导致不受约束的细胞分裂和扩散。
1. 遗传突变与癌症遗传突变是指基因组DNA序列的永久性改变，它可能导致基因功能的丧失或增强。
遗传突变在肿瘤发生和发展中起着重要作用。
例如，某些人群携带特定的突变体，在遭受特定环境因素刺激后更容易罹患某种类型的癌症。
这些突变可能会累积并导致正常细胞转化为恶性肿瘤细胞。
2. 表观遗传改变与癌症除了DNA序列上的突变外，表观遗传改变也是肿瘤发生的重要机制。
表观遗传改变是指影响基因表达而不涉及DNA序列改变的细胞遗传学变化，如DNA甲基化和组蛋白修饰。
这些修饰可以通过改变染色质结构和功能来调节基因表达，并对肿瘤形成起着关键作用。
3. DNA修复能力损害与癌症DNA修复系统是保持基因组完整性的重要机制，它能够纠正DNA中的错误或损伤。
当DNA修复系统发生损伤或缺陷时，细胞将面临累积的突变风险，从而增加癌症发生的可能性。
例如，BRCA1、BRCA2等基因在DNA双链断裂修复中发挥重要作用，其突变会显著增加乳腺和卵巢癌发生的风险。
二、肿瘤的发展机制肿瘤的发展是一个多步骤、多基因参与的过程。
正常细胞逐渐积累了一系列突变，从而失去了对分裂、凋亡、血管生成和免疫反应等过程的调控。
1. 细胞周期调控失衡肿瘤细胞往往存在细胞周期调控失衡的问题。
例如，癌细胞可能会进入无限增殖状态或逃脱正常细胞周期停滞检查点，从而形成快速生长的肿瘤。
2. 不受约束的增殖和分化正常细胞在一定条件下进行有序的增殖和分化。
但是，在肿瘤发展过程中，这种有序调控被破坏，细胞逃脱了对增殖和分化的约束。
结果导致肿瘤细胞无限制地增殖并失去其特定功能。
3. 血管生成促进肿瘤需要大量营养物质和氧气来支持不断增长的细胞群体。
表观遗传学&基因与基因组学
第十三章 表观遗传学第一节 概 述基因的表达相同的基因型不同的表型：一．表观遗传学(epigenetic)DNA的序列不发生变化、基因表达改变、并且这种改变可稳定遗传。
二．表观遗传学研究的内容：1.基因选择性转录、表达的调控。
2.基因转录后调控。
(表观遗传通常被定义为DNA的序列不发生变化但是基因表达却发生了可遗传的改变，也就是说基因型未变化而表型却发生了改变，这种变化是细胞内除了遗传信息以外的其他可遗传物质的改变，并且这种改变在发育和细胞增殖的过程中能稳定的传递下去。
表观遗传学研究内容具体来说主要包括DNA甲基化表观遗传、染色质表观遗传、表观遗传基因表达调控、表观遗传基因沉默、细菌的限制性基因修饰等。
从更加广泛的意义上来说，DNA甲基化、组蛋白甲基化和乙酰化、基因沉默、基因组印记、染色质重塑、RNA剪接、RNA编辑、RNA干扰、x染色体失活等等都可以归入表观遗传学的范畴，而其中任何一个过程的异常都将影响基因结构以及基因表达，导致某些复杂综合症、多因素疾病或癌症。
) 三．表观遗传修饰从多个水平上调控基因表达：1.RNA水平：非编码RNA可通过某些机制实现对基因转录以及转录后的调控，例如microRNA、RNA干扰等2.蛋白质水平：通过对蛋白质的修饰或改变其构象实现对基因表达的调控，例如组蛋白修饰3.染色质水平：通过染色质位置、结构的变化实现对基因表达的调控，例如染色质重塑以上几个水平之间相互关联，任何一方面的异常都将影响染色质结构和基因表达。
四．表观遗传学的研究意义：1.表观遗传学补充了“中心法则”所忽略的两个问题，即哪些因素决定了基因的正常转录和翻译以及核酸并不是存储遗传信息的唯一载体。
2.表观遗传信息可以通过控制基因的表达时间、空间和方式来调控各种生理反应。
所以许多用DNA序列不能解释的现象都能够找到答案。
3.与DNA序列的改变不同，许多表观遗传的改变是可逆的，这使表观遗传疾病的治愈成为可能。
病理学练习题——肿瘤
肿瘤一、名词解释1. 副肿瘤综合征（paraneoplastic syndrome）:由于肿瘤的产物（包括异位激素产生）或异常免疫反应（包括交叉免疫、自身免疫和免疫复合物沉着等）或其他不明原因，可引起内分泌、神经、消化、造血、骨关节、肾脏及皮肤等系统发生病变，出现相应的临床表现。
这些表现不是由原发肿瘤或转移灶直接引起的，而是通过产生某些物质间接引起的。
2. 交界性肿瘤（borderline tumor）：组织学形态和生物学行为介于良性、恶性之间的某些肿瘤，称为交界性肿瘤。
3. 肿瘤演进（progression）：转化细胞变成为肿瘤需要一个发展过程。
在转化过程中瘤细胞不断分裂，倍增时间缩短，恶性程度增加和发生扩散。
这个生物学现象称为肿瘤演进。
4. 肿瘤的异质性(heterogeneity)：指单克隆来源的肿瘤细胞在生长过程中形成在侵袭力、生长速度、对激素的反应、对抗癌药的敏感性方面有所不同的亚克隆的过程，称为异质化；这具有不同生物学特性的瘤细胞群体称为肿瘤异质性。
5．异型性：肿瘤与正常组织在形态和功能上有相似之处，也有不相似之处即差异，这种差异称为异型性。
6．肿瘤实质和间质：肿瘤实质是肿瘤细胞的总称，是肿瘤的主要成分。
肿瘤间质一般由结缔组织和血管组成，有时还可在淋巴管。
7．原位癌：局限于上皮内的癌，尚未突破基膜而向下浸润生长者。
二、选择题【A型题】1．癌与肉瘤的最主要区别是A．瘤细胞的分布方式不同B．发生的年龄不同C．肿瘤内血管多少不同D．转移的途径不同E．组织来源不同2.下列说法正确的是：A．肿瘤通常为多发B．肿瘤通常大小较一致C．肿瘤只有在显微镜下才可诊断D．肿瘤的大小与肿瘤的性质和发生部位等有关E．黑色素瘤通常不发生转移3.下列肿瘤组成相同的是：A. 绒毛膜癌与乳腺浸润性导管癌B. 绒毛膜癌与基底细胞癌C. 绒毛膜癌与白血病D. 淋巴瘤与Ewing氏瘤E. 粒细胞性白血病与脂肪肉瘤4．下列哪项不是决定肿瘤生长快慢的因素：A.肿瘤生长分数B.肿瘤倍增时间C.肿瘤生成与丢失D.肿瘤血管形成E.肿瘤组织来源5. 关于转移的说法正确的是：A. 肺癌易转移到骨B. 甲状腺癌易转移到肺C. 乳腺癌易转移到脾D. 肾癌易转移到肝E. 前列腺癌易转移至骨6. 我国常见的10大恶性肿瘤按死亡率排列位于第三位的是：A. 肺癌B. 胃癌C. 肝癌D. 乳腺癌E. 鼻咽癌7. 肿瘤性增生与非肿瘤性增生的根本区别是：A. 有核分裂象B. 有纤维母细胞，炎症细胞浸润C. 有肿块形成D. 细胞不同程度失去了分化能力E. 生长迅速8. 良性肿瘤的异型性主要是：A. 细胞形态与组织结构均没有异型性B. 细胞形态异型性为主C. 组织结构异型性为主D. 细胞形态与组织结构均有异形性E. 以上都不是9. 下列说法正确的是：A. 张力原纤维提示平滑肌来源肿瘤B. 肌微丝提示鳞状细胞来源肿瘤C. 波形蛋白为间叶组织标志D. 细胞角蛋白为间叶组织来源肿瘤标志E. 以上都不是10. 血道转移的确切根据是A. 血液中发现了瘤细胞B. 在远隔器官形成了与原发瘤同样类型的肿瘤C. 瘤细胞栓塞于远隔器官D. 瘤细胞进入了静脉E. 瘤细胞进入了动脉11. 关于良恶性肿瘤说法正确的是：A. 良性肿瘤患者可出现恶病质B. 恶性肿瘤主要浸润破坏组织，一般没有压迫和阻塞症状C. 良性肿瘤因浸润而产生压迫和阻塞症状D. 恶性肿瘤也可有压迫和阻塞等良性肿瘤的症状E. 以上都不是12. 交界性肿瘤是A. 混合性肿瘤B. 介乎于肿瘤与非肿瘤之间的肿块组织C. 癌前病变D. 性质介于良、恶性之间的肿瘤E. 分化好的恶性瘤13. 肿瘤的异质化是指：A. 一种肿瘤转变为另一种性质的肿瘤B. 肿瘤细胞生长过程中形成新的亚克隆过程C. 肿瘤变得越来越恶性过程D. 恶性肿瘤变的良性化过程E. 以上都不对14. 哪一种酶与肿瘤转移无关A. 尿激酶型纤溶酶原激活物B. MMPC. 组织蛋白酶D. 粘蛋白酶E. 以上都不是15. 分泌MMP的细胞除了A. 纤维母细胞B. 中性粒细胞C. 淋巴细胞D. 巨噬细胞E. 滋养层细胞16．恶性肿瘤易坏死的原因不包括：A. 肿瘤细胞生长速度快B. 肿瘤血流异常C. 与某些细胞因子有关D. 肿瘤本身容易凋亡E. 肿瘤组织间流体静压较高17. 关于肿瘤血管生成因子的特点：A. 来源于肿瘤细胞，不同肿瘤血管生成因子不同B. 存在于细胞间C. 由于结构复杂，还不能用人工方法合成血管生成因子D. 机理是促进血管外皮细胞的分裂和刺激毛细血管的生长E. 一般作用于体内毛细血管和小静脉。
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SMARCA4 CCDS12253.1 PALB2 CCDS32406.1
IVS10+2C>T Splice Site
6
Gene
Transcript Accession ID
Nucleotide (genomic)-hg17
Nucleotide (cDNA)
Amino acid Mutation Type (protein)
Genetic info: template; coding info.
Epigenetic info: when、where、how to use genetic info.
3
Pediatric Research, 2007, : 38R-42R
Cell 2013 153, 38-55DOI: (10.1016/j.cell.2013.03.008)
o
12
Age (61 year-old male) Cigarette smoking Family history (family history of pancreatic cancer) Chronic pancreatitis (heavy drinking) Diabetes mellitus
4
Case:
61 year-old male, with family history of pancreatic cancer Abdominal pain, unexplained weight loss CT scan pT3N1M0 infiltrating ductal adenocarcinoma of the pancreas Management:
SMARCA4 CCDS12253.1 PALB2 CCDS32406.1
IVS10+2C>T Splice Site
Driver Gene
A gene whose mutation or aberrant expression is subject to selection during tumorigenesis.
根据突变最初发生的细胞分类
1.生殖细胞突变 2.体细胞突变 根据突变对氨基酸序列的影响分类 1. 同义突变 2. 错义突变 3. 无义突变 4. 移码突变
14
根据突变导致的生物学效应分类 1.基因突变具有致死性 2.部分功能丧失 3.隐性突变 4.有益突变 根据突变发生的分子机制分类 1.点突变：碱基替换；缺失或插入 2.动态突变 3. 移动基因、外源DNA序列插入 引起的突变
c.3469C>T
p.R1157W
Missense
Splice Site
IVS10+2C>T Splice Site
Driver Gene
10
Genetic variations
Gene Mutation（基因突变） Chromosomal Aberration
（染色体畸变）
Genomic Instability
KRAS CDKN2A SMAD4 TGFBR2 MLL3
CCDS8702.1 CCDS6510.1 CCDS11950.1 CCDS2648.1 CCDS5931.1
g.chr12:25289551G>A g.chr9:21961120C>T (homozygous) g.chr18:46829124dupA (homozygous) g.chr3:30688926dupG (homozygous) g.chr7:151279445G>A g.chr19:11002492C>T g. Chr16: 23603471C>T
2
Genetics & Epigenetics
Genetics: genes, genetic variation, and heredity in living organisms. Epigenetics: stably heritable phenotype resulting from changes in a chromosome without alterations in the DNA sequence. (Reversible)
15
16
A point mutation is a change in a single nucleotide. There are three types of point mutations:
Transition 转换 ATCATTCACT Substitution 置换 ATTATTCACT Transversion 颠换 ATCTTTCACT ATCATTCACT
In multicellular organism, two broad categories of mutations: somatic mutations & germ line mutations. Somatic mutations 体细胞突变 occur in somatic cells and only affect the individual in which the mutation arises. Germ line mutations 生殖细胞突变 alter gametes and passed to the next generation.
c.35G>A c.238C>T c.320dupA c.1247dupG
p.G12D p.R80X fs fs
Missense Nonsense INDEL INDEL Splice Site Missense Splice Site
IVS55+1G>A Splice Site c.3469C>T p.R1157W
Transcript Accession ID
Nucleotide (genomic)-hg17
Nucleotide (cDNA)
Amino acid Mutation Type (protein)
KRAS
CCDS8702.1
CDKN2A CCDS6510.1 SMAD4 CCDS11950.1 TGFBR2 MLL3 CCDS2648.1 CCDS5931.1
KRAS
CCDS8702.1
CDKN2A CCDS6510.1 SMAD4 CCDS11950.1 TGFBR2 MLL3 CCDS2648.1 CCDS5931.1
g.chr12:25289551G>A g.chr9:21961120C>T (homozygous) g.chr18:46829124dupA (homozygous) g.chr3:30688926dupG (homozygous) g.chr7:151279445G>A g.chr19:11002492C>T g. Chr16: 23603471C>T
“Passenger Mutations” (>99%)
The mutations that have no effect on the neoplastic process.
8
Science 29 Mar 2013:Vol. 339, Issue 6127, pp. 1546-1558 9
Gene
7
Driver Gene
A gene whose mutation or aberrant expression is subject to selection during tumorigenesis.
“Driver Mutations”
The mutations that confer a selective growth advantage to the tumor cell.
o o
They may be harmful, beneficial or neutral. Mutations are raw material of evolution. No variation means no evolution and mutations are the ultimate source of variation. Spontaneous mutation 自发突变, induced mutation 诱发突变 (mutagen 诱变剂)
p.G12D p.R80X fs fs
Missense Nonsense INDEL INDEL Splice Site
IVS55+1G>A Splice Site
SMARCA4 CCDS12253.1
PALB2 CCDS32406.1
g.chr19:11002492C>T
g. Chr16: 23603471C>T
Nucleotide (cDNA)
Amino acid Mutation Type (protein)
KRAS
CCDS8702.1
CDKN2A CCDS6510.1 SMAD4 CCDS11950.1 TGFBR2 MLL3 CCDS2648.1 CCDS5931.1
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g.chr12:25289551G>A g.chr9:21961120C>T (homozygous) g.chr18:46829124dupA (homozygous) g.chr3:30688926dupG (homozygous) g.chr7:151279445G>A