胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒(高通量测序法)注册技术审查指导原则(2017年第52号)
附件胎儿染色体非整倍体( T21、 T18、 T13)检测试剂盒(高通量测序法)注册技术审查指导原则本指导原则旨在指导注册申请人对胎儿染色体非整倍体(T21、T18 、T13)检测试剂盒(高通量测序法)注册申报资料的准备及撰写,同时也为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考。
本指导原则是针对该类试剂的一般要求,申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用,若不适用,需具体阐述理由及相应的科学依据,并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。
本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件,但不包括注册审批所涉及的行政事项,亦不作为法规强制执行,如果有能够满足相关法规要求的其他方法,也可以采用,但需要详细阐明理由,并对其科学合理性进行验证,提供详细的研究资料和验证资料,相关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。
本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制定的,随着法规和标准的不断完善,以及科学技术的不断发展,—1——本指导原则相关内容也将适时进行调整。
一、范围胎儿染色体非整倍体(Fetal Chromosome Aneuploidies )中的21 三体、 18 三体、 13 三体( Trisomies 21、 Trisomies 18、Trisomies13 ,即 T21 、T18、T13)是临床上最常见的染色体非整倍体疾病。
其对应的分别为 21-三体综合征(又称唐氏综合征,先天愚型或 Down 综合征)、18-三体综合征(又称 Edwards 综合征)和 13-三体综合征(又称 Patau 综合征),发病率分别约为 1/700、1/6000、1/10000,患儿绝大多数存在严重智力障碍及器官畸形。
产前筛查和产前诊断是为避免产生遗传缺陷患儿提供的手段。
常规的产前筛查方法包括:早孕期的超声与血清学联合筛查和中孕期母体血清学筛查。
筛查结果为高风险的孕妇经建议经产前诊断进行最终确认,由孕妇知情选择。
胎儿染色体异常的产前诊断金标准为介入前产前诊断手术 ,是指通过绒毛取材术 /羊膜腔穿刺术 /经皮脐血管穿刺术,取相应细胞采用细胞生物学方法对胎儿染色体进行核型分析。
高通量测序方法检测胎儿染色体非整倍体的原理是:孕妇母体血浆中存在胎儿游离DNA (cell-free DNA ,cfDNA ),长度约为75bp— 250bp,几乎全部来源于胎盘的滋养层细胞,其浓度和孕周密切相关并以一定比例( 5%— 30%)稳定存在于母体外周血浆中。
高通量测序方法通过取母体血浆提取包含正常母体和胎—2——儿的血浆游离DNA ,经文库构建,片段扩增等,最后进行上机测序,通过软件分析数据获得染色体数目评价结果。
以检测21三体综合征为例,当对怀有T21胎儿的母体血浆游离DNA 数据进行分析时,其 21 号染色体游离DNA 总数会有小比例的升高,通过统计学算法区分这一微小差异来实现利用cfDNA进行胎儿染色体非整倍体的产前筛查。
但高通量测序法不能对染色体结构异常进行检测,不能代替传统筛查中的开放式神经管缺陷筛查等。
本指导原则所述的胎儿染色体非整倍体(T21 、 T18 、 T13 )检测试剂盒(高通量测序法)是指通过高通量测序法检测孕妇外周血血浆中胎儿游离脱氧核糖核酸(DNA ),通过分析样本中的胎儿游离DNA 的 21 号、18 号及 13 号染色体数量的差异,预期用于对胎儿染色体非整倍体疾病21-三体综合征、 18-三体综合征和13-三体综合征进行产前筛查的检测试剂盒。
本指导原则所述的高通量测序法,是指通过文库构建、片段扩增进而进行上机测序的第二代测序方法,不需要进行片段扩增的第三代、第四代单分子测序方法在文中并未涉及。
但高通量测序技术发展迅速,第三代、第四代单分子测序方法在企业内部参考品设臵、性能评估或临床评价等处如有适用的方面,可以参照执行。
本指导原则所述检测试剂盒的适用人群为:对孕周为12+0周及以上的孕妇进行产前筛查,其结果不能代表对孕妇怀有三体—3——胎儿的确认,产前筛查的结果必须要经过产前诊断进行确认。
伦理学原则应遵守国家相关法律法规及行业规定。
二、注册申报资料要求(一)综述资料综述资料主要包括产品预期用途、产品描述、有关生物安全性的说明、有关产品主要研究结果的总结和评价以及其他内容。
其中,其他内容包括同类产品在国内外批准上市的情况,应着重从方法学及检出限等方面写明拟申报产品与目前市场上已获批准的同类产品之间的主要区别。
综述资料应符合《体外诊断试剂注册管理办法》(国家食品药品监督管理总局令第 5 号,以下简称《办法》)和《关于公布体外诊断试剂注册申报资料要求和批准证明文件格式的公告》(国家食品药品监督管理总局公告 2014 年第 44 号,以下简称“公告” )的相关要求。
综述资料应详细阐明检测原理,可配合图示并写明一个完整检测配合使用的全部试剂及耗材名称、生产厂家、货号或注册证书号以及详细的组成成分。
(二)主要原材料的研究资料主要原材料的研究资料包括企业内部参考品和完成检测所需试剂组成两部分。
1.企业内部参考品应至少包括:阳性参考品、阴性参考品、检测限参考品、嵌合体参考品,具体要求如下:—4——1.1 阳性参考品:应采用T21 、 T18、T13 胎儿 DNA 片段按一定比例与正常女性血浆混合的模拟样本。
1.2 阴性参考品:应包括采用染色体数目正常胎儿DNA 片段按一定比例与正常女性血浆混合的模拟样本,以及采用其他染色体异常胎儿DNA 片段按一定比例与正常女性血浆混合的模拟样本。
其他染色体异常的阴性参考品由申请人依据常见染色体异常项目并根据对产品的质控要求自行选择。
1.3 检测限参考品:应采用T21 、 T18、 T13 胎儿 DNA 片段按不同比例梯度与正常女性血浆混合的模拟样本,如 5%、3.5%、2.5%等,建议采用95%(n≥ 20)的阳性检出率作为最低检测限确定的标准。
1.4 嵌合体参考品:由申请人按照对产品的质控要求自行设定模拟 T21 、T18 和 T13 嵌合体的组成比例,如70%异常, 30%正常; 30%异常, 70%正常等。
T21 、T18、T13 及其他染色体异常胎儿DNA 片段可由流产组织或羊水细胞、细胞系等来源制备。
申请人应详细说明企业内部参考品的组成、详细说明制备及检定方法、胎儿 DNA 片段浓度确认方式和所占比例的选择依据。
组成各项企业内部参考品的样本应为不同来源。
2.完成全部检测流程所需试剂一般应至少包括:血浆游离DNA 提取纯化试剂、文库构建试剂、文库定量试剂、测序试剂、—5——阴性质控品、阳性质控品以及与之配合使用的测序芯片和数据分析软件。
具体要求如下:2.1 血浆游离DNA 提取纯化试剂:无论申报产品中是否包含,申请人均应提交配合使用的提取纯化试剂的原理、详细组成成分、生产厂家、货号及第一类医疗器械备案凭证编号的相关资料。
性能方面需对该试剂提取的 DNA 片段长度范围准确性及纯度要求,提取效率、重复性及抗干扰能力进行评估。
2.2 文库构建试剂、文库定量试剂、测序试剂:文库构建试剂对片段化的 DNA 进行缺口补平及相应部分5’端磷酸化(如需)和3’端去磷酸化(如需),之后使用连接酶加上用于测序和分析的标签和接头,构建成可以用来测序上机的标准文库;文库定量试剂通过 PCR 扩增及与标准品曲线的比对,用于定量测定文库浓度,为后续均一化文库进行上机测序做准备,同时能够评估文库构建的质量。
文库定量时应明确对文库质量、片段大小及浓度要求,应提供分析图谱,对其中参数进行解释说明(如是否有杂峰,产生的原因,是否对最终结果产生影响等)。
文库定量不限于上述方法,也可采用其他方法进行,如荧光染料法、Qubit 定量等;测序试剂用于对均一化的文库进行片段扩增,通过基因测序仪捕捉扩增过程中碱基的变化引起的信号变化来达到读取序列的目的。
以上三种试剂一般由:相应功能的酶(末端修复酶、DNA—6——连接酶、缺口修复酶 DNA 聚合酶等)、核苷酸序列(引物、接头序列、标签序列、文库定量标准品)、缓冲液及 dNTP 组成。
具体要求如下:2.2.1 酶:应提交纯度、活性及功能性试验资料。
例如:文库构建过程包括但不限于末端修复酶、DNA连接酶、缺口修复聚合酶等,所选择的酶应当具有末端突出削平、缺口补平、标签或接头连接、 DNA 聚合酶活性。
2.2.2 核苷酸序列:应提交相应的序列组成和纯度信息,序列准确度;引物设计应提交引物设计原则及选择对比依据。
2.2.3 缓冲液:应明确详细的组成及各盐浓度选择对比的依据。
2.2.4 dNTP :包括 dATP、dGTP 、dCTP、dTTP ,应提交对纯度、浓度等的详细验证资料。
2.3 阴、阳性质控品:须能够监控DNA 片段提取到最终测序结果全过程,因此应当由阴、阳性(T21、 T18 和 T13 )胎儿DNA 片段按已知比例与正常女性血浆基质混合组成。
2.4 测序芯片:应详细阐明芯片进行片段扩增的原理及结构,明确使用芯片型号,并对同一次测序芯片上样的样本间精密度进行评价。
2.5 数据分析软件:举例介绍原始数据质量评估、数据处理和筛选的方法,明确数据筛选依据以及使用的算法。
2.6 提交不同原材料对于最终测序数据质量影响的评估材料。
—7——由于各测序平台的技术侧重点不同,数据质量评估的项目可能存在差异,需考虑包括但不限于以下方面:文库浓度、文库片段大小、单样本总序列数(数据量)、唯一比对率、单次检测的GC gap (最高 GC 值与最低GC 值的差值)等。
2.7 除上述资料,申请人还应提交主要原材料的筛选依据及试验资料。
如为自制,则应提交:制备方法、质量要求、质量检测方法、对比筛选的试验资料等;如为外购,则应提交:外购证书、质量要求、质量检测方法、对比筛选的试验资料等。
其中,对比筛选的试验资料应包括筛选过程中的数据、图谱、对比图表等信息。
(三)主要生产工艺及反应体系的研究资料1.主要生产工艺包括配制工作液、半成品检定、分装和包装。
配制工作液的各种原材料及其配比应符合要求,原材料应混合均匀,配制过程应对关键参数进行有效控制。
所提交申报资料中应包括主要生产工艺介绍和生产工艺流程图,后者需标明关键工艺质控步骤,并详细说明该步骤的质控方法及质控标准。
2.反应体系研究指完成检测所涉及到的最佳反应条件的选择确定过程,包括对提取纯化步骤、游离 DNA 片段的末端修复、接头及标签连接、文库定量、片段扩增、测序反应的反应条件及反应体系的选择确定,涉及到对样本类型、样本用量、试剂用量、缓冲体系的选择、反应温度和时间条件及检测过程中质控方法确—8——定的依据。
重点关注:酶浓度、引物浓度、dNTP 浓度、离子浓度、加样量及反应体积、片段扩增各阶段温度、时间及循环数、测序数据质量的评估指标等,其中加样量和反应体积应参考相应行业标准,经研究验证后确定。
某某医院孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测临床报告单模板
孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测
临床报告单
送检单位:孕妇姓名:
年龄:
标本编号:
末次月经:______年____月____日
筛查孕周:
住院/门诊号:
送检医师:
标本类型:
标本采集时间:_______年____月____日
标本状态:
标本检测时间:_______年____月____日
检测项目:胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测
6.若结果为高风险,受检者可根据《保险知情同意书》中的保险责任,报销一定的产前诊断费用。
检测机构:
检测者:审核者:医师签名:报告日期:年月日
检测方法:孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测分析
结果:
检测项目
检测值(Z)
参考范围
高风险/低风险
21三体
(-3<Z<3)
18三体
(-3<Z<3)
13三体
(-3<Z<3)
结果描述及建议:
说明:
1.本报告仅针对21三体综合征、18三体综合征和13三体综合征3种常见胎儿染色体异常。
2.该技术不适用的检测孕妇人群为:孕周<12+0周;夫妇一方有明确染色体异常;1年内接受异体输血、移植手术、异体细胞治疗等;胎儿超声检查提示有结构异常须进行产前诊断;有基因遗传病家族史或提示胎儿罹患基因病高风险;孕期合并恶性肿瘤;医师认为有明显影响结果准确性的其他情形。
3.鉴于当前医学技术发展水平和孕妇个体差异等因素,本检测可能出现假阳性或假阴性结果。
4.本检测结果不能作为产前诊断结果,如检测结果为高风险,建议受检者接受遗传咨询及相应产前诊断;如检测结果为低风险,则说明胎儿罹患本检测目标疾病的风险很低,但不排除其他异常可能性,应进行胎儿系统超声检查及其他检查。
NIPTPlus,无创产前筛查新坐标
NIPTPlus,无创产前筛查新坐标众所周知,与常染色体非整倍体一样,一些染色体亚结构异常(微缺失/微重复)也会导致严重的身体或智力发育异常。
目前绝大多数该类型疾病为随机发生,但是其中同样存在一些可复发性疾病,例如DiGeorge综合征和猫叫综合征。
尽管染色体微缺失/微重复综合征的发病率目前还不是非常明确,但相当多的研究表明其综合发病率可能非常接近唐氏综合征【1 -2】。
同时,相关临床研究表明:核型正常的情况下,6% B超显示异常和1.7% 高龄或唐筛阳性的病例中存在致病性CNVs【2】。
而与染色体非整倍体疾病不同,致病CNVs的发生风险与孕妇年龄并没有密切的关联性【3】,提示针对低龄孕妇(通常认为的三大常染色体非整倍而言的低风险人群)中胎儿可能出现致病CNVs的风险目前是被低估的。
尽管如此,目前临床上针对该类疾病的检测并没有像唐氏综合征一样有比较完善的产前筛查/诊断体系。
孕妇外周血中来源于胎儿或胎盘的游离DNA(cffDNA)的发现为产前筛查带来了革命性突破。
大量的临床试验也已经充分证明利用高通量测序技术和cffDNA对胎儿三大常染色体非整倍体(T21、T18和T13)进行风险评估的高度准确性。
与此同时,伴随NIPT在全球超过60多个国家临床工作中的推广应用【4】以及相关临床研究的深入,NIPT的检测范围也在进一步扩大,满足临床对于更多染色体微缺失/微重复疾病的无创检测。
针对染色体微缺失/微重复的NIPT检测主要与胎儿游离DNA含量、相关区域生物或技术的变异性、CNVs片段大小以及测序深度等因素有关【5】。
目前国内外已经开展多个临床试验验证该方法的有效性。
其中部分研究团队利用较高的测序深度可以有效检测出孕妇外周血中的胎儿CNVs【6-9】,其检测的分辨率甚至可以低至300Kb【7】。
但是鉴于较高的测序深度带来的显著增长的成本和临床实际应用难度,也有很多研究团队将目光集中到利用较低测序深度进行染色体微缺失/微重复的研究中【10-16】。
低胎儿DNA浓度样本重采血行无创产前检测成功的相关因素分析
《中国产前诊断杂志(电子版)》 2023年第15卷第2期·论著· 低胎儿DNA浓度样本重采血行无创产前检测成功的相关因素分析吴小娟 贺权泽 张春花 王挺 (南京医科大学附属苏州医院生殖与遗传中心 215002)【摘要】 目的 探讨影响低胎儿DNA浓度样本重采血复测成功的相关因素。
方法 回顾性收集2018年1月至2020年12月期间在南京医科大学附属苏州医院做NIPT检测,且首次检测因胎儿DNA浓度低检测失败的单胎孕妇的临床资料,根据重采血复测后是否获得有效结果分为成功组和失败组,分析其母体特征、NIPT检测结果,采用多因素Logistics回归分析影响重采血复测成功的因素。
结果 因胎儿DNA浓度低首次NIPT检测失败的的样本157例,重采血复测后有94例(59.87%)样本检测成功获得结果,63例(40.13%)仍因胎儿DNA浓度低检测失败,最终检测失败率0.138%(63/45500)。
比较重采血后成功组和失败组样本信息发现:两组样本的重采血孕周和首次检测的胎儿DNA浓度有显著性差异(犘<0.05),孕周>19周或首次检测胎儿DNA浓度>3%的样本重采血再检测获得有效NIPT结果的成功率更高。
结论 重采血可以降低NIPT检测失败率。
重采血孕周和首次检测的胎儿DNA浓度是影响重采复测成功的主要因素。
临床医生可以结合这两个参数,给孕妇咨询时选择重采血NIPT检测、其他筛查还是介入性产前诊断提供参考意见。
【关键词】 无创产前检测;胎儿DNA浓度;检测失败;重采血孕周【中图分类号】 R715.5 【文献标识码】 A犇犗犐:10.13470/j.cnki.cjpd.2023.02.006 通信作者:王挺,Email:biowt@163.com犉犪犮狋狅狉狊犪犳犳犲犮狋犻狀犵狋犺犲狊狌犮犮犲狊狊狉犪狋犲狅犳狋犺犲狀狅狀 犻狀狏犪狊犻狏犲狆狉犲狀犪狋犪犾狋犲狊狋犻狀犵狉犲犱狉犪狑犪狀犱狉犲狋犲狊狋犱狌犲狋狅犪犾狅狑犳犲狋犪犾犳狉犪犮狋犻狅狀犠狌犡犻犪狅犼狌犪狀,犎犲犙狌犪狀狕犲,犣犺犪狀犵犆犺狌狀犺狌犪,犠犪狀犵犜犻狀犵犚犲狆狉狅犱狌犮狋犻狏犲犪狀犱犌犲狀犲狋犻犮犆犲狀狋犲狉,狋犺犲犃犳犳犻犾犻犪狋犲犱犛狌狕犺狅狌犎狅狊狆犻狋犪犾狅犳犖犪狀犼犻狀犵犕犲犱犻犮犪犾犝狀犻狏犲狉狊犻狋狔,犛狌狕犺狅狌,犑犻犪狀犵狊狌,215002犆犺犻狀犪【犃犫狊狋狉犪犮狋】 犗犫犼犲犮狋犻狏犲 Thisstudywasperformedtoinvestigatethefactorsassociatedwithasuccessfulredrawandretestinthesewomenwithinitialno callresultsduetoalowfetalfraction.犕犲狋犺狅犱狊 Weretrospectivelyanalyzedthedataof157womenwhounderwentasecondblooddrawandretestwithinitialno callresultsduetoalowfetalfractionfrom2018to2020inourcenter.犚犲狊狌犾狋狊 Amongthe45500womenwhounderwentNIPT,lowfetalfractionwasreportedasthecauseofNIPTfailurein157womenwhoperformasecondblooddrawandretest.94(59.87%)womenwithasuccessfulresultand63(40.13%)womenstillreceiveanunsuccessfulresult(no callresults).Thefinalfailureratewas0.138%(63/45,500).Comparisonbetweentwogroupsshowedasignificantdifferenceinboththefirsttestfetalfractionandredrawgestationalage.Theprobabilityofobtainingasuccessfulresultwithasecondblooddrawandretestincreaseswithhigherfirsttestfetalfraction(>3%)andredrawgestationalage(>19).犆狅狀犮犾狌狊犻狅狀狊Asecondblooddrawcanreducesfailurerateduetoalowfetalfraction.ThefirsttestfetalfractionandredrawgestationalagearetwomajorfactorsassociatedwithasuccessfulNIPTretest.Thisshouldaidin92Copyright ©博看网. All Rights Reserved.·论著·《中国产前诊断杂志(电子版)》 2023年第15卷第2期thecounselingofwomenwhofacedwiththechoiceofsecondbloodredrawandretest,otherscreening,oraninvasivediagnostictest.【犓犲狔狑狅狉犱狊】 noninvasiveprenataltesting;fetalfraction;no callresults;redrawgestationalage 1997年,Lo等[1,2]在母体外周血中发现了胎儿游离DNA开启了无创产前诊断的新纪元。
【范文工作总结】学习许俊泉先进事迹心得体会感悟
学习许俊泉先进事迹心得体会感悟中国生物芯片的先行者许俊泉的先进事迹是我们的学习目标,这是一个有着坚定意志的人,这恰恰也是我们需要的,学习许俊泉先进事迹心得体会感悟范文一起看看吧!许俊泉,男,民建成员,1975年8月出生,现任北京博奥晶典生物技术有限公司(以下简称博奥晶典)CEO兼法人代表,兼任深圳微芯生物科技有限责任公司董事长、东莞博奥木华基因科技有限公司董事长及中国侨商投资企业协会第一届科技创新委员会会员。
许俊泉是国务院侨办重点华侨华人创业团队、2015-2016年北京市优秀创业企业家、第二届“亦麒麟”领军人才、2016最佳青年榜样奖、2016年度健康行业领军人物及2017年度创新人物获得者。
作为中国工程院程京院士回国后的首个硕士研究生,许俊泉有幸得到程院士十余年来的悉心指导,在生物芯片的研发工作中打下坚实的技术基础,同时经历了从技术研发到产品研发,再到产业化、市场化、管理化的成长历程,也为日后积累丰富的管理经验。
后在美国进修MBA课程,接受专业的职业经理人培训,同时摸索并开拓博奥国际市场,为博奥生物拓展国际业务、提升中国生物芯片行业在国际的影响力奠定基础。
许俊泉是清华大学精密仪器与机械学学士,清华大学生物科学技术硕士,美国加州大学圣地亚哥分校MBA,历任美国AVIVA Biosciences 公司工程师、美国ACEA Biosciences 公司资深工程师、博奥生物集团有限公司暨生物芯片北京国家工程研究中心财务总监、运营副总裁和高级副总裁等职,拥有生物医药行业近20年的科技研发及企业管理经验,主要从事生物芯片、基因测序、多重PCR和生物信息等生命科学领域的研究开发,及其相关研究成果在科研服务、重大疾病诊断、HLA分型、分子育种、中药鉴定、食品安全、动物疫病及细胞免疫治疗等行业市场的推广应用。
许俊泉带领博奥晶典仅用了短短数年的时间就实现了从零到4亿元的年度销售额,年平均销售收入增长率高达200%!籍此业绩获得了“2015德勤高科技高成长中国50强”第六名和亚太地区500强第十名的荣誉,还获得了“2016德勤高科技高成长中国50强”及“2016德勤-亦庄高科技高成长”第一名!博奥晶典是博奥生物集团有限公司暨生物芯片北京国家工程研究中心旗下核心产业化平台,运营总部位于北京经济技术开发区生物医药园区。
胎儿染色体非整倍体无创基因检测试剂盒的临床验证_付有晴
DOI:10.16016/j.1000-5404.201506018胎儿染色体非整倍体无创基因检测试剂盒的临床验证付有晴1,娄季武2,赵颖2,蔡婉芳2,颜妙丽3,瞿京辉3,徐婉芳2,何怡2,林洋洋2,叶菀华2,周光纪2,刘彦慧2[523000广东东莞,广东医学院医学检验系1;523000广东东莞,广东省东莞市妇幼保健院产前诊断中心2;518000广东深圳,华大基因生物科技(深圳)有限公司3][摘要]目的验证胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)基因检测试剂盒(联合探针锚定连接测序法)在临床检测上的准确性和有效性。
方法选择广东省东莞市妇幼保健院的孕妇外周血样本,采用胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)基因检测试剂盒通过联合探针锚定连接测序法检测,并将结果与临床诊断金标准染色体核型分析结果或出生随访结果作对比。
对灵敏度、特异性、总符合率和一致性系数Kappa值进行评价,以验证该试剂盒在临床检测上的准确性和有效性。
结果共完成有效样本389例,测序法检出T21阳性6例,T18和T13均未检出阳性,与染色体核型分析结果相符,检测为阴性共383例,经电话随访至出生未发现非整倍体胎儿。
统计分析结果显示,测序法与核型分析法总符合率为100%,Kappa=1(≥0.8),其中检测T21的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值均为100%;检测T18和T13的特异性、阴性预测值均为100%。
结论采用试剂盒通过联合探针锚定连接测序法检测T21、T18、T13的结果准确度高且方法安全,可以在临床上推广使用。
[关键词]试剂盒;非整倍体;联合探针锚定连接测序法;胎儿游离DNA;产前诊断[中图法分类号]R714.55[文献标志码]AClinical validation of noninvasive genetic testing kit of fetal chromosomal aneuploidy Fu Youqing1,Lou Jiwu2,Zhao Ying2,Cai Wanfang2,Yan Miaoli3,Qu Jinghui3,Xu Wanfang2,He Yi2,Lin Yangyang2,Ye Wanhua2,Zhou Guangji2,Liu Yanhui2(1Faculty of Medical Laboratory Sciences,Guangdong Medical College,Dongguan,Guangdong Province,523000;2Center of Prenatal Diagnosis,Dongguan Maternal and Child Health Hospital,Dongguan,Guangdong Province,523000;3Biological Technology of BGI,Shenzhen,Guangdong Province,518000,China)[Abstract]Objective To verify the accuracy and effectiveness of a genetic detection kit for noninvasive fetal trisomy(T21,T18and T13,based on combinatorial probe-anchor ligation sequencing,a product of BGI Biotechnology Limited Co.)in clinical practice.Methods Pregnant women who underwent prenatal diagnosis in our hospital were recruited in this study.Maternal peripheral blood samples were collected from each participant,and then processed in accordance with the kit instructions followed by combinatorial probe-anchor ligation sequencing.The results were compared with the results from prenatal karyotyping confirmation and baby born.The sensitivity,specificity,overall compliance rate and consistency coefficient Kappa values were evaluated to verify the accuracy and validity of the kit in the clinical testing.Results A total of389valid samples was tested using this genetic testing kit.Six pregnant women were found carrying trisomy21fetuses by sequencing,and none of them carrying trisomy18or13fetus,which consistent with the results of karyotyping.The other383women were negative,which was further validated by[基金项目]东莞市医学重点资助项目(2013108101021);广东省省级科技计划项目(2013B022000003)[通信作者]刘彦慧,E-mail:liuliang71215@163.com周光纪,E-mail:50059583@qq.com[优先出版]http://www.cnki.net/kcms/detail/51.1095.R.20151124.0853.011.html(2015-11-24)telephone follow-up after baby born.Statistical analysis showed that the total coincidence rate of our sequencing and karyotyping was100%and the Kappa=1(≥0.8),indicating that the sensitivity,specificity,positive predictive value and negative predictive value of trisomy21were100%,and the specificity,negative predictive value of trisomy18and trisomy13were100%.Conclusion This genetic detection kit for noninvasive fetal trisomy is of high accuracy and security,and should be worth of extensive application in clinic.[Key words]testing kits;aneuploidy;combinatorial probe anchor attachment sequencing;cell freeDNA;prenatal diagnosisSupported by the Key Project of MedicalResearch of Dongguan(2013108101021)and the Project of Science and Technology Plan of Guangdong Province (2013B022000003).Corresponding author:Liu Yanhui,E-mail:liuliang71215@163.com;Zhou Guangji,E-mail:50059583@qq.com染色体非整倍体胎儿发生率高,对人类危害大,是我国长期重点防治的先天缺陷之一[1-2]。
胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测样本采集手册
胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测样本采集手册一、受检者准备1.检测对象:孕周范围为孕12-24周的孕妇。
2.采样体位:坐位取血,且在采血前患者需要有10分钟时间稳定自己的体位。
【注意事项】要求受检孕妇先进行B超检测,确认胎儿为单活胎。
采血前24小时内避免运动和饮酒,不宜改变饮食习惯和睡眠习惯。
二、样本采集前准备1、知情同意书签署:送检医生与受检者及其家属作良好沟通,告知该检测的重要性、临床意义及潜在的风险,并指导受检者签署知情同意书。
对于孕周大于24周并坚持要求进行该检测的受检者,由送检医生指导其签署知情同意书补充条款。
2、送检单填写:要求用钢笔或签字笔填写,并使用正楷字体,字迹清晰,填写完整。
3、送检单必填信息:送检单位、送检医生、采血日期、受检者姓名、年龄、孕周、B超检查结果、身份证号码、联系电话。
4、信息核对:仔细核对送检单和受检者的基本信息,确保一致;检查受检者是否按照医嘱准备,并向其解释操作目的以取得配合。
5、样本标识:在采集管、知情同意书、送检单上贴上样本唯一条码,并注明受检者姓名、年龄、孕周、检验项目等信息,确保与送检单一致。
【注意事项】1.粘贴条码标签时,应使条码与采集管的管长平行,字母朝管口方向,避免以环绕管壁粘贴的方式使管周被遮挡,而无法清晰看到管内样本情况。
(条码7个,分配:患者一个、采血机构一个、保健所3个、保健院一个、检测中心一个)2. 样本采集后使用的条码必须为抗冻条码,并且粘贴牢固,确保在运输、检测、储存过程中不会脱落或字迹模糊不清。
三、样本采集1、采样器:医用一次性采血针、10 mL EDTA抗凝管、灭菌棉签、止血带、消毒液。
2、采集操作:全血标本的采集—使用普通的10mlEDTA采血管:严格按照《实验室操作技术规范》的要求采取10 mL孕妇外周血,采血后请立即缓慢颠倒6次使血液与管内成分混匀(如图1),拖延颠倒混匀时间可能会造成检测失败。
混匀后立即放直立于4℃冰箱内,并在6个小时内进行血浆分离。
无创产前基因检测胎儿染色体非整倍体技术研究及应用进展
无创产前基因检测胎儿染色体非整倍体技术研究及应用进展发布时间:2022-03-10T08:03:03.068Z 来源:《医师在线》2021年11月22期作者:覃雪春[导读]覃雪春(来宾市妇幼保健院;广西来宾 546100)【摘要】染色体非整倍体属于临床中发生率较高的出生缺陷问题,且此种状况的发病率现阶段还在不断增加,明显导致新生儿出生质量呈下降趋势,同时此种疾病严重背离了优生优育的生育理念。
在此发展背景中,强化产前检查对于防止染色体出现非整倍体情况有着不可忽视的关键作用。
无创产前基因检查属于一种新型的临床检查方式,且具有无创伤性、高安全性等特点,当前已被临床所广泛应用,其为临床诊断胎儿染色体非整倍体提供重要的参考依据,有利于改善预后效果。
我国属于出生缺陷发生率较高的国家之一,其中染色体异常是造成出生缺陷情况出现的关键因素,但是在各种各样的染色体异常疾病之中,由于染色体非整倍体而造成的残疾情况以及生活障碍问题较为普遍。
因此,减少染色体非整倍体胎儿的出生概率以及提高我国人口出生质量水平已然是目前大众关注度高的社会问题以及医学方面的重点研究方向。
【关键词】无创产前检测;胎儿染色体非整倍体;技术研究;应用进展现阶段临床对染色体非整体疾病主要采取以血清学与使用超声诊断学为基础的检查方式进行检查,在此基础上开展无创伤性的产前筛查工作与有创性取样的产前诊断方式。
为此,在所得检查结果的基础上对胎儿对应开展选择性的流产措施,有利于降低出生缺陷发生率[1]。
随着母体外周血液中胎儿游离DNA的发现与研究,为无创产前基因检测的研究以及胎儿染色体非整体治疗奠定了良好的研究基础。
但是新型的基因测序检测技术的出现,尤其是大规模的并行测序技术的快速进步,从而为无创产前基因检测技术的发展奠定了稳定的技术支持。
一、母体外周血中胎儿游离DNA临床表现特点在孕妇外周血游离DNA中大约有90%-95%左右是属于母体自然凋亡DNA,但是大约有5%-10%左右的DNA是属于胎儿自身凋亡细胞产生的[2]。
孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查实验室技术【专家共识】
孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查实验室技术【专家共识】孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查(non-invasive prenatal testing,NIPT)是应用高通量基因测序等分子生物学技术检测孕妇外周血中胎儿游离DNA片段,以评估胎儿常见染色体非整倍体(T21、T18、T13)风险的一种产前筛查方式[1,2,3,4]。
相对于传统的孕妇外周血血清学筛查,NIPT具有高检出率及低假阳性率的优点[5,6,7]。
随着技术的快速发展,NIPT的临床应用日益增加,其临床适用范围参见《孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范》(国卫办妇幼发[2016]45号附件1)[8]。
为规范NIPT的应用,国家卫健委临床检验中心产前筛查与诊断实验室室间质评专家委员会《产前筛查与诊断实验室技术专家共识》专家组进行充分讨论,制订本共识对NIPT 实验室技术的临床应用作出要求和建议。
本共识着重在质量管理与质量控制等方面进行详细描述,并将随着技术的发展持续更新以满足临床需求。
一、实验室总体要求开展NIPT检测的实验室在机构要求、实验室资质、设备试剂要求、质量管理及工作要求等方面必须符合《医疗机构临床实验室管理办法》(卫医发[2006]73号)、《孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范》(国卫办妇幼发[2016]45号附件1)、《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》(卫办医疗政发[2010]194号)等相关规定。
(一)人员资质要求从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的专业技术人员应当按照《产前诊断技术管理办法》要求取得相应资质;从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测的实验室人员应当经过省级及以上卫生行政部门组织的临床基因扩增检验技术培训,并获得培训合格证书。
实验室审核NIPT检测结果的专业技术人员需具有中级及以上专业技术职称。
临床报告必须由产前诊断机构中具备产前诊断资质的副高及以上职称临床医师审核签发。
染色体核型分析联合CNV-seq技术在NIPT高危孕妇产前诊断中的临床应用研究进展
*基金项目:广西壮族自治区卫生健康委员会科研课题项目(Z20201084)①梧州市妇幼保健院 广西 梧州 543002染色体核型分析联合CNV-seq技术在NIPT高危孕妇产前诊断中的临床应用研究进展*黎永鉴① 闫丽琼① 朱昭颖① 【摘要】 染色体核型分析联合拷贝数变异测序(CNV-seq)技术对非侵入性产前检测(NIPT)高危孕妇进行产前诊断,检出胎儿的严重遗传缺陷,并在知情同意下行临床干预,是近年临床预防出生缺陷的常用手段。
NIPT 技术由于其敏感性高、特异性高、准确性高及无创性等优势,近年逐渐成为临床产前筛查的主流检测技术。
传统的染色体核型分析技术,在细胞遗传学领域一直是确诊染色体畸变的“金标准”。
长期以来,该技术是染色体病的产前诊断主要方法,染色体核型分析主要局限性是对染色体的微小结构变异和基因变异不能有效检出。
CNV-seq 技术不但能准确检出常规的染色体异常,而且能对未知来源的染色体片段提供更为精准的检测信息,特别是5 Mb 片段以下的染色体微缺失/微重复,但CNV-seq 技术缺点是不能检出平衡易位和倒位等染色体异常,因此两种产前诊断技术的优缺点可互为补充。
染色体核型分析联合CNV-seq 技术进行产前诊断,将会为NIPT 高危孕妇提供更为精确可靠的产前诊断结果,减少出生缺陷。
本文将对染色体核型分析联合CNV-seq 技术在NIPT 高危孕妇产前诊断中的临床应用做简要综述,为临床工作提供参考。
【关键词】 非侵入性产前检测 高危孕妇 染色体核型分析 拷贝数变异 二代测序技术 染色体畸变 产前诊断 doi:10.14033/ki.cfmr.2023.19.046 文献标识码 A 文章编号 1674-6805(2023)19-0180-05 Progress in Clinical Application of Chromosome Karyotype Analysis Combined with CNV-seq Technique in Prenatal Diagnosis of NIPT High-risk Pregnant Women/LI Yongjian, YAN Liqiong, ZHU Zhaoying. //Chinese and Foreign Medical Research, 2023, 21(19): 180-184 [Abstract] In recent years, chromosome karyotype analysis combined with copy number variation sequencing (CNV-seq) technology is a common means of clinical prevention of birth defects in non-invasive prenatal testing (NIPT) high-risk pregnant women for prenatal diagnosis, detection of fetal serious genetic defects, and clinical intervention after informed consent. Due to its advantages of high sensitivity, specificity, accuracy, and non-invasive, noninvasive prenatal test (NIPT) technology has gradually become the mainstream technology for clinical prenatal screening in recent years. Chromosome karyotype analysis technology has always been considered as the "gold standard" for diagnosing chromosomal aberrations, and is also a first-line method for prenatal diagnosis of chromosomal diseases. The main limitation of chromosome karyotype analysis is that it can not effectively detect the small structural and genetic variations of chromosomes. CNV-seq technology can not only detect conventional chromosome number and structural abnormalities, but also provide more accurate detection information for chromosome fragments from unknown sources. Microdeletion and microduplication of chromosome fragments above 5 Mb can also be detected. However, CNV-seq technology has limitations such as inability to detect balanced translocation and inversion of chromosomes, so the advantages and disadvantages of the two prenatal diagnostic techniques can complement each other. Traditional karyotype analysis combined with CNV-seq technology for prenatal diagnosis will provide more accurate and reliable prenatal diagnosis results for NIPT high-risk pregnant women and reduce birth defects. This article will briefly review the clinical application of chromosome karyotype analysis combined with CNV-seq technology in prenatal diagnosis of NIPT high-risk pregnant women, providing reference for clinical work. [Key words] Noninvasive prenatal test High-risk pregnant women Chromosome karyotype analysis Copy number variation Second generation sequencing technology Chromosome aberration Prenatal diagnosis First-author's address: Wuzhou Maternal and Child Health Hospital, Wuzhou 543002, China 据《中国出生缺陷防治报告》(2012年)等所示,我国的出生缺陷发生率约为5.6%,每小时就有103例缺陷儿出生[1-3]。
CNV-seq结合STR多态性分析在检测孕早期流产物中潜在葡萄胎病例的应用价值
CNV-seq结合STR多态性分析在检测孕早期流产物中潜在葡萄胎病例的应用价值作者:郭芳芳彭海山万志彬李怡杨洁霞来源:《新医学》2021年第07期【摘要】目的評估基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)结合短串联重复序列(STR)多态性分析技术在检测孕早期(≤9周)流产物组织中潜在葡萄胎病例的应用价值。
方法收集行流产物组织CNV-seq结合STR多态性检测的孕早期病例,挑取部分新鲜绒毛组织进行CNV-seq 结合STR多态性检测,其余组织常规固定后进行病理组织学检测。
结果共纳入782例孕早期病例,经CNV-seq结合STR多态性检测共检出66例(8.44%)潜在葡萄胎病例,其中57例(7.29%)为三倍体,9例(1.15%)为全基因组同源单亲二倍体。
57例三倍体中有52例随访到病理形态学结果,其中19例提示为宫腔内绒毛,12例为部分绒毛间质水肿,12例为偶见绒毛、极少许绒毛和少许绒毛,9例未见绒毛。
病理形态学提示未见绒毛和少许绒毛的3例三倍体病例的STR基因分型检测示染色体异常三倍体2例、部分性葡萄胎1例。
9例全基因组同源单亲二倍体中,经病理形态学及p57Kip2蛋白免疫组织化学染色提示为完全性葡萄胎8例,余1例病理形态学提示少许绒毛,随后经STR基因分型检测证实该病例也为完全性葡萄胎。
结论CNV-seq结合STR检测孕早期流产物对发现潜在的葡萄胎病例有一定的价值,特别是完全性葡萄胎;相较于病理组织学检测,STR基因分型检测在孕早期葡萄胎标本中更易获得可靠的结果。
【关键词】孕早期;葡萄胎;短串联重复序列多态性分析;产前诊断;基因分型CNV-seq combined with STR polymorphism in detection of potential hydatidiform mole in abortion tissues of early pregnancy women Guo Fangfang, Peng Haishan, Wan Zhibin, Li Yi,Yang Jiexia. Medical Genetics Center, Guangdong Women and Children Hospital, Guangzhou 510010, China Corresponding author, Yang Jiexia, E-mail:****************【Abstract】Objective To evaluate the value of CNV-seq combined with short tandem repeat (STR) polymorphism in the detection of potential hydatidiform mole in abortion tissues of early pregnancy women (≤ 9 weeks). Methods Clinical data of early pregnancy women whose abortion tissues were subjected to CNV-seq combined with STR polymorphism analysis were collected. The villi tissues were partially prepared for CNV-seq combined with STR detection, and the remaining tissues were routinely fixed for histopathological diagnosis. Results A total of 782 early pregnancy women were recruited. Among them, potential hydatidiform mole was detected in 66 cases(8.44%) by CNV-seq combined with STR including 57 cases of triploid (7.29%) and nine cases of whole genome isodisomy (1.15%). Pathomorphological results were obtained in 52 of the 57 triploid cases. Normal villi were observed in 19 patients. Partial villi stromal edema was seen in 12 cases. Villi were occasionally noted or a slight or extremely slight amount of villi could be found in 12 cases. No villis were seen in nine cases. Pathomorphological examination prompted that among three triploid cases with no villi and a slight amount of villi receiving STR genotyping, two patients were diagnosed with chromosomal abnormal triploid and one case of partial hydatidiform mole. Among nine cases of whole genome isodisomy, eight patients were indicated as complete hydatidiform mole by pathomorphological diagnosis and p57Kip2 immunohistochemistry, and the remaining one patient with a slight amount of villi was subsequently confirmed as complete hydatidiform mole by STR genotyping. Conclusions The combination of CNV-seq and STR has certain value in the detection of potential hydatidiform mole in the abortion tissues of women with early pregnancy,especially for complete hydatidiform mole. Compared with pathomorphological diagnosis, STR genotyping is more likely to obtain reliable results in detecting potential hydatidiform mole in early pregnancy women.【Key words】Early pregnancy;Hydatidiform mole;Short tandem repeat polymorphism;Prenatal diagnosis;Genotyping葡萄胎主要包括完全性葡萄胎和部分性葡萄胎,几乎所有的完全性葡萄胎为完全父源性单亲二倍体,部分性葡萄胎是具有双雄单雌来源的三倍体[1]。
